正常人基因会微染色体重复多少风险高吗

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胎儿基因芯片X染色体微重复
状态:就诊前
希望提供的帮助:
1、北大的医生说如果和父母之一一样,就没有什么问题,我想问是100%肯定吗?有没有可能虽然和我一样,我没有发病,但致病基因在孩子身上发病了呢?或者影响孩子生长发育?
2、因为单脐的问题,我后期还需要单独B超查消化系统或神经系统方面的问题?医生说单脐之类的和目前这个染色体没有关系,但为什么会出现这么多问题呢?几乎没有一次产检能顺利过关的,实在是担心。
3、我的这个重复片段会导致以后怀孕孩子出现染色体或其他疾病的风险更高吗?这胎已经知道是个女孩,如果我再次怀孕是男孩,也遗传了我重复的片段,会出现什么问题吗?
自从知道孩子有问题后在网上看过很多关于染色体的文章,这个风险我们实在是承受不起,最近2个月都是在担惊受怕中过来的,目前都已经31周了,请您给点建议吧!真的十分感谢!祝您一切顺利!
所就诊医院科室:
北京昌平区中西医结合医院 妇产科
北京大学人民医院 产科
检查资料:
女孩子主要受X染色体失活的影响。相对异常的风险小,男孩子可能的风险大。
状态:就诊前
谢谢潘医生!X染色体失活是什么意思?就我目前这个情况看的话,会有什么影响?另外,我咨询遗传科的医生说是正常遗传了我的一条X染色体,我表型正常的话孩子也会正常。您说男孩子可能的风险大,是否意味着我不适合生育男孩?或者是说只要他不遗传我这条X染色体就行了?谢谢潘医生了!
这是非常专业性的问题。有时间还是当面来咨询吧
疾病名称:羊水穿刺基因芯片检测,染色体微重复&&
希望得到的帮助:胎儿能不能要
病情描述:多囊卵巢促排怀孕,进行保胎,在徐州做四维发现帆状胎盘,建议去南京复查,在南京检查显示球状胎盘,肠管回声增强,做羊水穿刺基因芯片检测,样本x染色体p22.33区段或y染色体p11.32区段存在约60...
疾病名称:胎儿基因芯片X染色体微重复&&
希望得到的帮助:1、北大的医生说如果和父母之一一样,就没有什么问题,我想问是100%肯定吗?有没有可能...
病情描述:潘医生您好,下面是我的情况简介:末次月经日(记得不是很准),孕期一直定时产检,13周NT值0.15cm,16周唐筛提示OBS高危,20周查B超脊柱未发现明显异常,但发现胎儿右侧脉络藏囊肿0...
疾病名称:胎儿基因芯片x染色体低比例嵌合重复&&
希望得到的帮助:希望您能安排明天脐血穿刺
病情描述:请问我明天直接去找您做脐血穿刺做核型可以么,我现在刚登机,晚上十一点到上海。请告诉下我到哪里找您,凝血血常规和之前的单子已带好。还有就是想问下您可以做个羊水fish吗,我想对比看下。麻...
疾病名称:羊水穿刺基因芯片结果微重复&&
希望得到的帮助:1、请问这微重复对胎儿有哪些影响?
2、是否必须查父母的基因芯片样本呢?对诊断的辅助...
病情描述:何教授您好。13周胎儿NT增厚至3.1mm,无创低风险,6月25孕17周抽羊水查快速PCR+基因芯片检查。快速PCR结果正常。今天拿到基因芯片结果,染色体8、12、14、18有微重复。其中染色体8、18不明确,...
疾病名称:胎儿4号染色体重复1.5Mb&&
希望得到的帮助:查询基因数据库 了解是否致病
病情描述:胎儿4号染色体重复 46,XN,dup(4)(p15.32)1.5Mb 重复部位是否含致病基因 有无案例报道
疾病名称:胎儿染色体异常&&胎儿唇腭裂&&
希望得到的帮助:染色体微缺失微重复,是检查染色体还是基因芯片
病情描述:女,26岁。唇腭裂引产胎儿,基因芯片检查结果为16号染色体异常
疾病名称:胎儿染色体异常&&
希望得到的帮助:小孩能要吗?
病情描述:羊水基因检测,报告X染色体Xq28区段存在725.3kb片段的2次重复,内含FAM58A等15个OMIM基因。报告还说该片段重复的临床意义尚不明确。这样的情况严重吗?另外的检查都是好的,小孩能要吗?我们大人...
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遗传生殖医学中心染色体微缺失微重复综合征遗传检测的现状及展望
作者:王增阁 郭奇伟 周裕林
选自:中华检验医学杂志, ): 407-409.
自20世纪80年代医学界首次发现染色体的微小缺失或重复可导致疾病的发生以来,有赖于人类基因组研究的深入及细胞分子检测技术的不断发展,微缺失微重复的临床意义也越来越得到重视[]。在近年精准医学兴起的背景下,临床检验工作者需加强对染色体微缺失微重复相关疾病的了解,知晓有关检测技术优点和局限性,以便更好地为临床提供实验室支持。
一、染色体微缺失微重复综合征概述
染色体微缺失微重复综合征是由于染色体微小片段缺失或重复,使正常基因剂量发生改变而导致的具有复杂临床表现的一组染色体病。其常见临床表现有:生长发育异常、智力发育迟缓、内脏器官畸形、特殊面容、内分泌异常、精神行为改变和肿瘤等[]。该类疾病目前已发现近300种,发病率在1/200 000~1/4 000不等,合并发病率近1/600[]。其遗传特点常为显性发病,以新发突变为主(约占85%~95%),家族性遗传约占5%~10%[]。
二、染色体微缺失微重复遗传检测主要技术
微缺失微重复综合征其染色体畸变一般小于5 000 000 bp,传统的染色体核型分析分辨率较低,只能依赖于细胞分子遗传技术或分子遗传技术进行检测[]。目前,临床上应用于微缺失微重复综合征检测的技术主要有下列几种。
1.荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH):
FISH是最早应用于微缺失微重复综合征检测的技术。该技术原理是利用DNA碱基对的互补性,将直接标记了荧光的单链DNA(探针)和与目标样本的互补DNA杂交,通过观察荧光信号在染色体上的位置与数目反映相应染色体片段的情况[]。与传统核型分析比较,FISH技术的优势主要表现于:(1)可检测出小于5 000 000 bp片段的染色体微缺失或微重复;(2)不需细胞培养,可以缩短诊断所需的时间。目前,FISH技术主要用于验证基因芯片等技术筛检出来的染色体微缺失微重复片段。
2.染色体微阵列芯片技术(chromosomal microarray,CMA):
CMA能在全基因组水平上对染色体片段缺失或重复进行检测,可发现大量未知的、导致异常表型的染色体微缺失微重复[]。根据采取的技术路线不同,主要有比较基因组杂交芯片(array–comparative genomic hybridization,array–CGH)[]和单核苷酸多态性芯片[]两种平台。其检测分辨率远远高于传统核型分析和FISH技术(具体分辨率取决于采用的芯片种类);自动化程度高,结果判断相对客观[,]。美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)等多个学术组织已将CMA作为微缺失微重复综合征检测的一线推荐技术[]。
但CMA也存在一些局限,如:不能分析平衡异位、倒位等染色体结构异常;受限于其探针覆盖范围,可能导致不同染色体片段间检测分辨率的差别;结果解读需要较强的临床经验和医学遗传学理论水平。值得一提的是,近几年兴起的一种基于液态悬浮芯片原理的细菌人工染色体标记–磁珠鉴别/分离(bacterial artificial chromosome on beads,BoBs)技术,能够以相对简单的操作检测几十种临床意义明确的微缺失微重复综合征,正逐步获得临床的应用和认可[]。
3.实时荧光PCR技术(real–time PCR):
real–time PCR检测微缺失微重复的原理是设计2对引物和标记不同荧光基团的探针分别检测目标染色体上的序列和对照染色体上的序列(通常为看家基因序列)。通过循环阈值(ΔCt)的差值判断染色体片段的数目异常。此方法简单快速、廉价易行。但也存在一些缺点,容易出现假阳性或假阴性的检测结果。同时,因为波长范围的影响,同一反应中共存的荧光基团的种类有限,使得检测通量十分有限[]。
4.多重连接依赖探针扩增技术(multiplex ligation–dependent probe amplification,MLPA):
MLPA是针对目标基因和内参基因上的序列设计若干对相邻的寡核苷酸杂交探针,通过连接反应后可形成数十条长度不等的可供扩增的杂交探针。运用同一对引物对这些长度不同的杂交探针进行扩增后,经过毛细管电泳分析扩增产物,最后通过电泳图谱上不同产物峰的相对面积即可获得微缺失微重复的检测结果。相比real–time PCR,该技术的准确度得到较大提高。其不足之处一是试剂主要依赖国外进口,成本较高;二是其需使用毛细管电泳进行结果分析,检测通量较低,限制了这项技术在临床的大范围推广[]。
5.高通量测序技术(next generation sequencing,NGS):
NGS可以一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,该技术已普遍用于各类物种基因组测序、分子育种及临床研究。通过测序深度的调整,NGS分辨率可达到1 bp~1 000 000 bp之间,为分析染色体微小缺失和重复提供了有效的手段。如Kunze等[]运用测序技术阐述了Xq26.3微缺失会影响PHF6基因及miR–424在骨髓增生异常综合征中的表达引人注目的是,随着NGS平台及数据处理方式的发展,NGS在微缺失微重复的无创产前检测中也迅速得以应用[]。如高通量测序可用于GJB2基因微缺失导致耳聋的无创产前检测[]。尽管高通量测序技术有诸多优势,但其仍具有一些尚待解决的局限性:首先,高通量测序平台临床普及度仍不够广泛,成本仍较高;其次,虽测序通量有质的飞跃,但后续的大量测序数据的分析确却成为临床工作者所面临的一大难题。然而,随着测序技术的改进发展以及数据处理软件的完善,相信这些问题将能够很快解决。届时,高通量测序技术在染色体微缺失微重复综合征的检测领域将发挥不可或缺的重要作用。
三、染色体微缺失微重复检测的临床应用
1.儿科遗传病领域的临床应用:
染色体微缺失微重复是儿童先天性畸形及智力障碍的主要原因。儿童患者原因未明的发育迟缓/智力障碍、自闭症、多发先天性畸形中,12%存在有临床意义的染色体微缺失微重复。因此,染色体微缺失微重复的检测对儿科临床遗传学研究非常重要。儿科中,除了症状比较明确或者遗传因素比较确定的患者可采用FISH、MLPA等以目标基因检测为主的技术外,对于大部分不明原因患儿,建议采用CMA从整个基因组层面对染色体拷贝数变化进行扫描,能够有效提高致病因素的检出率。
2.出生缺陷防控领域的临床应用:
尽管产前诊断技术和围产期治疗模式有所进步与完善,出生缺陷仍然是引起新生儿发病和死亡的主要原因之一。染色体微缺失微重复的检测在出生缺陷防控中具有重要意义,如:(1)反复流产、死胎、死产人群的遗传检测;(2)曾生育过不明原因智力落后、发育迟缓、多发畸形或类似综合征患儿的人群的病因学检测;(3)超声检测异常胎儿的产前诊断;(4)出生缺陷新生儿的遗传筛查[]。
目前临床应用较多的是对超声高风险胎儿的产前诊断,推荐采用CMA技术,可对胎儿遗传状况获得大量的数据,有利于临床处理。但对一些临床意义不明确的微缺失微重复,结果判读和临床处理时面临较大的伦理学困境。
3.肿瘤领域的临床应用:
肿瘤是细胞生长分化紊乱形成的新赘生物,来源于生殖系或体系细胞突变。随着当前精准医学发展,临床对肿瘤遗传背景的研究越来越深入。染色体微缺失微重复可导致基因组紊乱,并认为是导致肿瘤发生的重要原因之一。多个研究表明,急性淋巴细胞白血病、乳腺癌和肠癌等癌细胞中均发现有不同数量的染色体微缺失或微重复[]。这些发现,尤其是涉及激酶基因的,提示可以成为药物靶点。生殖系细胞突变看,有研究发现1q21.1与神经母细胞瘤有关,涉及NBPF23的表达[]。这些研究均提示肿瘤临床检测中染色体微缺失微重复检测的重要性。
染色体微缺失微重复综合征是临床合并发病率较高的一类染色体病,对其的检测技术也在不断发展。尤其是近十年,基因芯片技术和高通量测序技术的产生和发展,使临床识别的潜在的微缺失微重复综合征的比例显著增加[]。如何正确地选择检测技术,为临床提供更为准确可靠的实验室依据,还需要广大临床检验者共同努力。
参考文献:略
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今日搜狐热点幻灯分享:NIPT在产前筛查微缺失/微重复病变中的价值
2015年6月26日至28日,第五届中国胎儿医学在重庆召开。6月27日下午的Session
是NIPT专题。笔者有幸得到会议方邀请,介绍NIPT与染色体微缺失微重复综合征检测方面的内容,报告题目为《NIPT
在产前筛查微缺失/微重复病变中的价值》。做为一名基因组科研工作者,笔者主要从基因组新技术应用角度进行阐述,不当处还望大家特别是临床的朋友们批评指正。(幻灯片第1页)
本页简要回顾NIPT发展历程和里程碑。NIPT可以说是基因组医学走进大众的一项有最有代表性的应用技术。从1997年卢煜明教授发现孕妇外周血中存在胎儿游离DNA,迄今将近二十年时间。NIPT从实验室走入临床,离不开科学发现、技术发明、应用研究以及卫生行政审批等多方面的工作。基于上述方面的进展与突破,NIPT检测的标本数量在不断增长。以我单位为例,截止到今年6月份,已经完成超过60万例标本的检测(柱状图是提供给Prenatal
杂志主编用于七月份ISPD会议的一张图)。数字反映趋势,这项技术正逐渐得大家的认可。(第2页)
NIPT虽然称为Testing(即检测),但目前临床对这一技术的定位是一项产前筛查技术,目标疾病是三种常见常染色体非整倍体,包括21三体、18三体与13三体。基于cfDNA
全基因组shotgun
测序的NIPT,从原理上看,除非整倍体外,还有会发现其他一些异常,包括其他染色体非整倍体以及结构异常。在山东省立医院等与我单位合作发表的这个病例中,我们意外发现了13q的一个微缺失。这一缺失区域有涉及两个基因,有文献报道这两个基因突变会导致相关遗传病,但对此也存在争议;数据库也没有检索到这个区域缺失综合征。这个病例经后续分析,最后判断是一个遗传多态。相信大家在NIPT实践中也有类似的经历。不过虽然纠结,但长远来看这类积累会充实到我们对相关疾病认识中来。这个案例引发的针对微缺失/重复综合征的新问题我们后面讨论。(第3页)
以上三页幻灯主要介绍染色体拷贝数变异、微缺失/重复综合征的一些基本信息。相对于染色体不分离所导致的非整倍体,大部分CNV发生与母亲高龄关系并不大。由于这个原因,美国妇产科医师学会(ACOG)在针对染色体微阵列(CMA)产前诊断应用时,提出采用CMA进行产前诊断,不应局限于35岁级以上孕妇。研究显示,超过1%的妊娠存在具有临床意义的微缺失/重复(28日刘子建教授的报告也提到了这个数字)。(第4~6页)
微缺失/重复综合征到底有多少种呢?国际上比较权威的数据库DECIPHER
(DatabasE
of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans using Ensembl
Re- ),到本周一共收录了70种综合征共计5.2万余个病例的信息。这些综合征分布在人类基因组大部分染色体上,我们可以按不同染色体、不同区域来检索,非常直观清晰。(第7页)
针对微缺失/微重复,我们已经有了准确的分子诊断技术,如BoBs,FISH等,这些技术主要是针对特定或者目标疾病的靶向性诊断技术。全基因组范围内的检测技术主要包括染色体微阵列技术(CMA)与高通量测序技术。本质上来讲,CMA技术是全基因组测序技术的一种衍生技术。相比CMA,高通量测序技术能够发现更多的信息;近年测序技术也有新突破(如我单位已开发相关方法,可以不依赖核型信息,直接检测染色体的平衡易位),是重要的发展方向。(第8页)
随着(基于cfDNA测序的)NIPT应用于染色体非整倍体筛查,相对介入性诊断如羊水穿刺等,很多孕妇更愿意选择NIPT这种非侵入性的检查。NIPT如果能够准确检测微缺失/重复,就可以把相关高风险孕妇筛查出来,以便及时进行介入性产前诊断,具有一定应用价值。这张表格列举了近几年这方面的部分研究进展。可以看到目前国际上主要NIPT机构,都在积极开展这方面的研究工作。幻灯第10页,是笔者检索到的第一篇应用cfDNA测序检测微缺失综合征的研究论文,是美国宾州的一家研究机构(Magee&Womens
Research Institute)于2011年发表在NEJM上。(第9~10页)
接下来两张幻灯,主要介绍(基于cfDNA
测序的)NIPT检测微缺失/重复变异的技术方法。相比非整倍体,微缺失/重复涉及的区域相对较小,所以技术难度会高一些。为此我单位也专门开发了一套FCAPS分析,其中比较核心的一项内容是将人类参照基因组划分成很多小窗口(多达数十万个),然后将测序获的片段与这些窗口逐一比对,从而判断哪些地方发生了缺失与重复。检测效力主要影响因素包括测序量、胎儿DNA含量、CNV大小与区域特性。总体来说,测序量越高(适度增高)、胎儿DNA含量越高、CNV区域越大,越容易检测出来。(第11~12页)
前面介绍的几项研究,NIPT都是基于cfDNA全基因组测序的策略。基于目标区域测序的NIPT,也可以检测微缺失/重复。这是国外一家机构今年发表的一篇论文,采用SNP测序来检测DiGeorge
综合征等五种微缺失综合征。有了这些工作基础,一些NIPT机构开始提供扩大的NIPT服务,也就是将目标疾病从非整倍体扩到微缺失/重复综合征(部分还包括其他的染色体的非整倍体,不在本文讨论范围)。第15页就是国外相关商业服务的一个临床案例。(第13~15页)
随着NIPT日渐广泛的应用以及技术的发展,我们面临新的选择与挑战,即是否将NIPT目标疾病扩大至微缺失/重复综合征?为此行业内也在进行激烈的讨论。第16页列举了一些目前比较积极观点、第17页是这方面的不足与挑战。由于微缺失/重复综合征单一病种发病率并不高,所以阳性预测值(PPV)会比较低,此时假阳性率(FP)可能会是一个更加重要的评估指标。很抱歉这一点我好像在现场报告时没有提到。(第16~18页)
以上就是此次分享的内容。适逢十五年前的6月26日,人类基因组计划框架图宣告完成。这期间科学技术发展之迅猛,让人目不暇接;另一方面临床存在实际需求。科技进步如何更加科学、合理与规范的服务于临床,需要多领域多学科的同道们共同努力。这是科技发展的目标,是医学发展的方向,也是我们的职责所在。
这个报告在素材收集过程中得到了华大医学NIPT团队的协助,在此向大家表示感谢!
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以上网友发言只代表其个人观点,不代表新浪网的观点或立场。孤独症全基因组CNV分析与一例携带15q11.2-q13微重复患者的研究--《中南大学》2009年硕士论文
孤独症全基因组CNV分析与一例携带15q11.2-q13微重复患者的研究
【摘要】:
背景:孤独症是一种严重的儿童精神疾病,通常起病于3岁之前,其发病率约为0.3‰~1‰,男女患病比率为4:1,主要临床表现为不同程度的社会交往能力缺陷、语言交流技巧障碍、重复刻板的动作和兴趣狭窄等。
孤独症遗传度较高,属复杂性疾病。细胞遗传学研究显示染色体的异常率较高;经大样本、同胞对以及核心家系的研究已经发现了很多与孤独症相关的位点,克隆了多个易感基因,但其病因至今未明,近两年的研究显示拷贝数变异可能与孤独症相关。
目的:分析中国汉族人群孤独症患者的DNA拷贝数差异,寻找与孤独症相关的位点。
方法:收集中国汉族人群32例孤独症患者,采用HumanCNV370-Duo芯片进行拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)的基因分型研究,芯片扫描的结果用BeadStudio软件进行分析。对一例有较大染色体重复区域的患者用染色体G-显带、N-显带技术进行检测。根据所需的目的基因片段在BAC文库中筛选所需的BAC克隆,用荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)进行验证。
结果:通过BeadStudio 3.3.7软件分析芯片的数据,所有样本的基因分型成功率(Call Rate)均在99%以上,最高达到了99.8%。用cnvPartition v1.2.1软件进行全基因组CNVs分析,发现了227个CNVs,其中1例孤独症患者在15号染色体长臂近着丝粒区的15q11.2-q13区间存在8Mb重复的变异。经染色体G-显带技术、N-显带技术证实该患者核型为47,XY,+mar,FISH技术进一步证实上述发现。
结论:1.通过CNV分析,在32例孤独症患者中发现了227个CNVs,其中226个被Database of Genomic Variants(DGV)数据库收录,可能是多态,另外1个位于15q11.2-q13区间的8Mb微重复的CNV可能与孤独症相关。2.染色体G-显带、N-显带技术显示携带该CNV的患者核型是47,XY+mar。FISH证实多出的标记染色体来源于15q11.2-q13区间。
【学位授予单位】:中南大学【学位级别】:硕士【学位授予年份】:2009【分类号】:R749.94
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张雅丽;[D];山西医科大学;2007年
刘莎;[D];辽宁师范大学;2009年
陈鑫;[D];吉林大学;2008年
郭云;[D];辽宁师范大学;2008年
胡艺俏;[D];中南大学;2009年
焦公凯;[D];南京医科大学;2004年
田疆;[D];天津医科大学;2006年
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