（工具篇）：如何查找基因的启动子及预测转录因子？
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（工具篇）：如何查找基因的启动子及预测转录因子？
最近长链非编码RNA（lncRNA）很火热，好不容易找到了一个心仪的lncRNA（关于怎么找，我们之前也聊过：自己做测序、芯片；从别人的数据里挖据；或移植研究从其他疾病里扯一个过来验证），那么问题来了：分子有了，机制部分我该往哪个方向扯呢？很多人可能都会仔细寻找下游靶分子，以证明该lncRNA参与了xx调控，具有某个功能，表明该lncRNA分子在疾病发生发展过程中起到了很重要的作用。其实，我们还可以往上游做，以丰富机制研究的深度。今天我们就聊一聊，预测一下参与调控lncRNA表达转录因子的方法。今天我们通过2个方式进行预测：1、需要用到UCSC、PROMO数据库首先，我们需要找到lncRNA的启动子序列。打开UCSC数据库：举例：HOTAIR输入：HOTAIR点击GO点击红色的那个序列得到这么一个图，点击红色框，继续点击，得到这个界面，我们需要修改一些参数：转录起始位点上游2000nt和下游100nt区域为我们所选的启动子区。SubmitOK，启动子序列有了。拷贝下来。接下来，我们打开PROMO数据库：http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3在SelectSpecies进行部分设置，Submit另外，如果对转录因子有选择的话，也可以在SelectFactors中进行设置。最后，我们点击SearchSites将刚刚得到的启动子序列粘贴进行。另外，默认容错率15%，如果得到的转录因子过多，我们可以进行调整，设置成5%或0%。Submithttp://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promo.cgi?dirDB=TF_8.3&idCon=&getFile=resumSearchRes.html我最终设置了容错率为0，一共得到了120个预测的转录因子。那么这些转录因子都有可能与HOTAIR的表达相关，可能存在正向或负向的调控关系。2、直接通过GENECARDS数据库查找相关基因的转录因子打开GeneCards，输入HOTAIR：选择第一个HOTAIR，得到这个界面，往下拉：点击：See All at QIAGEN得到了很多很多的预测转录因子。前面蓝色的评分很高，后面的小竖是结合位点。点开一个，例如FOXC1：再点击小竖线可以查看结合的那段序列哦。最后，我们可以对这两个方法所预测的结果进行取交集，这样也算有的放矢。?最近要准备国自然基金了，于是把前段时间发过的文章最新进行了整理，并编辑成了《科研修炼手册》3.0，旨在为大家的科研与基金之路能添砖加瓦。3.0手册内容包括策略篇、工具篇、文章篇和杂志篇四部分：策略篇从科研方法论到文章解读，从文章解读到设计课题和准备基金，让大家不再为课题发愁；工具篇主要包括了lncRNA研究、公开数据挖掘等有关的数据库和软件，用好这些神器，释放洪荒之力；文章篇梳理别人文章的架构，给自己的科研思路提供一些方向，洋为中用，彼为我用，百战不殆；杂志篇梳理了部分专业领域的杂志，让投稿更有目的性。?手册1.0，2.0和3.0科研修炼手册的1.0与2.0版本的最新链接如下：小张聊科研修炼手册V1.0/s/1eSHULv8小张聊科研修炼手册V2.0/s/1dF5Lwkh小张聊科研修炼手册V3.0/s/1eS6z1ia，密码：bhj2That's all. Thank you!
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【求助】JASPAR预测转录因子结合位点，如何分析，例如Strand -1是什么意思啊
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这个帖子发布于2年零228天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
实验牵涉到转录因子对Promoter的作用，于是就用JASPAR预测转录因子结合位点，结果如下不知道怎么分析，那个strand-1是什么意思啊，我看有些是strand+1，有些是strand-1.这两者有区别吗。好像srand-1是预测出的结合位点是根据反义链来的，那转录因子结合到正义链或者反义链 会导致什么样的结果呢。在下愚钝 不知道表达清楚没有。还请园子里各位战友指教。[img]file:///C:\Users\Poul\AppData\Roaming\Tencent\Users\\QQ\WinTemp\RichOle\@0]~RZ%7(`JPBV549SQU3VW.jpg[/img]
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请问你找到答案了吗？我也想知道啊！
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Strand -1 +1表示正负链
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为什么JASPAR软件中总是提示You are submitting a sequence that is not fasta-formated
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静水深流19 为什么JASPAR软件中总是提示You are submitting a sequence that is not fasta-formated 同问！
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静水深流19 为什么JASPAR软件中总是提示You are submitting a sequence that is not fasta-formated同问，请问搞定了吗，求高人指点
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序列不是fasta格式，加个“&”符号就好了
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为什么JASPAR软件中总是提示You are submitting a sequence that is not fasta-formatedfasta格式复制时记得全选，抬头要复制下来，例如：&hg38_refGene_NM_000610 range=chr11:39303 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
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**JASPAR使用操作说明，新手上路艰难啊
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同问高手，JASPAR的使用操作说明，新手**~~~
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我也遇到同样的问题啊·····在JASPAR网页document上也没找到关于结果的解释！
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@笑眼回眸 步骤可参考/preview/4353397
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此贴已阅，关键是我的转录因子还是搜不到，搜到类似的TF，估计只能PCR验证了，，你说呢？谢谢@carolyuan2014
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麻烦问下楼主，用JASPAR可以预测一段序列的未知的转录因子吗？
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你好，最近我在写文章分析启动子突变点对Putative binding sites for transcription factors 的影响，是不是得把所有的transcription factors 都得选择，就是选&ID&旁边的“TOGGLE”。然后看潜在的结合位点？但是这样发现很多很多结合位点，这样的话是不是需要看“SCORE”啊？比如说评分大于某个数才是非常有意义之类的？期待回复~谢谢~
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score和relative score都只是参考，一般参考score
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