这是个人类同口袋妖怪一同生活的世界，有无数的人梦想成为杰出的口袋妖怪训练员，我们的主角也是其中之一。而且，他有着不输给任何人的信念…………
这里是マサラ小镇，虽然宁静，但却非常的小，故事就从这个小镇开始。我们的主角是拥有雄心壮志的小孩，怎么可能甘愿呆在自己的小屋里打FC？男子汉就应该到外面去闯闯嘛。不过出门之前，先从电脑里把小恢复的药（キズぐすり）拿出来。
“喂，小孩，小心草丛！”主角刚想离开村子进入草丛，便听到背后有人喊叫。原来是这个镇上的名人——オーキド博士，他可是口袋妖怪的专家。
“草丛里生活着口袋妖怪，你打扰了它们的生活。自己身边没有口袋妖怪保护是很危险的。跟我来吧。”于是，博士便把一无所知的主角带到了他的研究所。
研究所里，博士的孙子，也是主角的劲敌在等待着博士给他口袋妖怪。再博士交代几句之后，便让主角先从三个小妖怪中挑选一个。待主角拿定注意之后，博士的孙子也会挑选一个，当然是克制主角属性的那一只（真赖皮~）。
好了，终于有了自己的小妖怪的，呵呵。主角等不及想要开始自己的冒险，然而还没有走出研究所，劲敌就已经下了战书。“我们先来战斗一次看看吧”
盛情难却啊，打就打吧。博士的孙子可是很厉害的，要不怎么配当劲敌呢。（不过说归说，再厉害也不顶用，主角毕竟是主角，呵呵）。虽然他的小妖怪是克自己属性的，不够好在一开始没有相应属性的攻击技能，火拼应该拼的过他，再说我们还有药呢。
终于还是主角还是赢了，告别了博士和母亲之后，主角离开了小镇踏入草丛之中。果然和博士说的一样，在草丛中隐匿了和多小妖怪，时不时的出来袭击主角。好在它们的等级都很低，应该没问题。
很快的就来到了トキワ村，虽然也是小村落，但是比故乡可是要大很多。二话不说，先到口袋妖怪中心（PC）中去恢复一下，然后就开始办正事吧。来到SHOP，看来店长已经在等主角了，他给了主角おとどけもの要主角带回去给博士（不知道我刚出来的吗？又要回去~难道把我当跑腿的？）。赶紧回去给博士，博士也不给主角吃亏，给了主角口袋图鉴，以后就可以用图鉴查找看到过的小妖怪了。同时5个妖怪球到手，这就意味着可以抓野生的小妖怪了。谢别博士后主角继续自己的冒险旅程。在回トキワ村前先去自己家隔壁，也就是劲敌的家里，女主人会给主角地图，方便了许多。
终于又回到了トキワ村，不过这里也太小了，不够看，唯一的一个会馆还进不去，先去下一个城市看看吧。不过主角刚要出村，却不一个老头叫住了。原来他是要教主角抓小妖怪（对各位玩家来说没有必要的吧，但是还是看一下，不要辜负人家的好心^_^）。 而且他还给了主角一个手提电视（新要素！！好象是教你怎么战斗，具体功能慢慢研究）。
一直向北走，来到了トキワ村的森林，森林里有很多口袋妖怪训练员，这里的昆虫系妖怪比较多，如果之前抓到波波的话就没有难度了。草丛中隐藏着道具，对于一开始贫瘠的主角来说可千万不要漏掉啊。另外最重要的是，这个地方可以抓到皮卡丘，千万不要错过啊（玩口袋没皮卡丘可不行~~）。
终于从阴森的トキワ村的森林走出来了，明媚的阳光下，主角来到了ニビ镇。血气方刚的主角在PC少许休息后便冲向了会馆。什么？不认识路？那没关系，小镇右侧出口的人心青年会把你带到会馆门口，也就是说，不打败会馆是不能出镇的。这个会馆的管主是专攻岩石系的小刚（就是动画里看到年轻女性就七荤八素的那个）。如果当初选妙娃种子或杰尼龟的话，可以说这个会馆毫无难度。
终于，有纪念意义的第一枚徽章到手！同时得到了39号技能。这时你会发现背包中多出了わざマシンケース（也是新道具），至于用处么，似乎是让小妖怪学技能用的（现在学技能要用道具，道理是讲通了，但是总觉得多此一举）。不管怎样，向着下一个目标出发……
刚走出小镇就看到有一位大叔（难道又要叫我停下？干脆这次我先叫他算了）。果然，这位大叔给了主角跑鞋（哈哈，任天堂终于开窍了，不加入跑鞋一定会被骂死）。
哇，路上好多训练员等着主角呢，难道出名了吗^_^？尽管我们的主角再强劲，经过连续战斗后还是会觉得有点吃力，实在不行就往ニビ镇的PC多跑几次吧，不会吃亏的。
终于，来到了オツキミ山脚下，这里也有PC，真是体贴~~。PC中有一秃头，和他说话他会卖给你鲤鱼王，500块，要不要自己决定…………
进入山洞内，同样有很多训练员和野生妖怪在等待着主角，真是到哪里都不得安宁。在阴暗的山洞中不断摸索，来到地下二层，却遇到了一个身穿黑色衣服的古怪青年，衣服上还写着R字，看来对主角非常的不客气，那就较量一下吧。他们便是故事中的反派人物——火箭队（既然你诚心诚意的问了…………），今后还要遇到多次恶战。一顿摸爬滚打后终于找到了出口。出口处，一个穿白大褂的男子等在那里，看来是他们的老大。打到他之后，主角可以从两块化石中挑选一块妥善保管，以后可以孵化化石系的妖怪。另一块则被他拿走。（战斗明明是我赢了，应该都归我才对…………）。这个山洞中除了化石外，月光石（つきのいし）和奇怪糖果（ふしぎなアメ）也是比较重要的东西，务必要拿到手。
终于走出山洞了，又一次见到明媚的阳光感觉真不错。突然发现有两个穿格斗服的男子站在高地上，上去询问后，可以选其中一人教妖怪格斗系的技能。（右边那个比较厉害）。谢过二位壮士，主角赶紧来到了不远的ハナダ市。虽然挑战会馆是重要，但是也要先休息休息，先在城市里兜兜风再说。
有自行车行？！太好了！跑了那么多路脚都痛了。先弄辆车骑骑再说。
“欢迎光临，这里是自行车行”老板好热情啊。
“什么？！一百万？！”
这下怎么办？算了，看来上天注定不该是我的东西（即使用改到一百万也别想买），先挑战会馆再说。
ハナダ市会馆的管主是专攻水系，打败她之后可以得到徽章和3号技能。继续向下一个城镇出发。
通往下个城市的路好象要经过一间房子，但是门口有警察进不去，唉。那就先往上边走吧。刚走不久，一张熟悉的面孔出现了，原来是主角的劲敌啊，好久不见，他的实力提高了很多，看来也修炼过了。不过作为主角是一定不会输的（输了重来~~）。战斗结束后他给了主角一个手机，以后就可以和认识的人打电话了。
一番过关斩将后终于来到海角的小屋。奇怪，进去后竟然没有人，只有一只皮皮，没办法，只能和皮皮说话，交谈中得知这个家伙是人，他要主角帮他控制一下电脑，我们人心的主角当然爽快的答应了，举手之劳嘛。说完后皮皮跑进机器中，主角去操纵电脑。而后从机器的另一边从先了原先变成皮皮的マサキ。为了表示感谢，他给了主角一张船票（ふねのチケツト），管他有用没用，先放着再说。
抄近道回到ハナダ市，发现警卫已经让路了，那就走吧~~。
哎呀，屋子里乱七八糟的，墙上还破了一个洞。询问主人后得知有一人来捣乱，后来破墙而逃。
“有这等事？！”主角听罢立刻追了出去。果不其然，屋外有一个行踪可疑的男子，没错就是他了！（谁叫你穿黑衣服等着我抓的~^_^）。又是火箭队！真是无恶不作（而且还没什么实力）。轻松解决后从他身上搜出了28号技能。
继续我们的旅程。在路上有传统的妖怪寄养所，走一步一格经验在初期应该算是比较划算的。可惜只能寄养一只，那也就是说不能生蛋了，残念~~
“什么？！ヤマブキ市不能去？”幸好边上有地道，可以先到クチバ市。
一路打发挑战者，终于来到了クチバ市。原来是港口城市啊，有船诶，看来船票有用了。先不忙，休息要紧。来到PC后别忘了PC左边的房子，里面有一位好心的钓鱼爱好者会送主角一根鱼竿，暂时只能钓钓鲤鱼王什么的，有耐心的话快练到20级吧。不过暂时没有地方可以迅速提高等级，最好还是放在妖怪寄养所里。
在会馆上面有一所尖屋顶的房子，听完里面的老头说的很多很多的话后，可以得到一张兑换券（ひきかえけん）。可以回去换自行车了（终于等到了~~）。
“会馆！会馆！会馆边上怎么长了一棵树？真讨厌。算了，先乘船吧，说不定下船之后树就死掉了，呵呵。”
进入船后到处逛逛看看，船内高手还真不少呢，趁现在多讨教讨教，要是船开走了就找不到人了。逛着逛着就快到船长室了，但是在通往船长室的楼梯下面遇到了劲敌，又长进了……
战斗结束后就去船长室找船长，耐心听完他一番话后，他很高兴的把他珍藏已久的01号秘传机器（ひでんマシン）给主角。现在终于可以砍掉可恶的植物了，而且以前有很多不能去的地方现在可以去。下船上岸之后，船起航了。
虽然可以去很多新的地方，但是主角还是决定先挑战クチバ市的会馆。这个会馆是电气系的会馆嘛，管主的房间门口有电进不去，经过主角自己勘察后，发现房里的柱子上有机关，一番摸索之后终于打开了门。管主最后一个是胖雷丘，还是有点实力的，不管怎样，现在已经有3枚徽章入手了，离我们主角的梦想又近了一步。
现在有了间切能力，去哪里好呢。我们的主角探索欲望太强了，所以决定先去城市右边的山洞。山洞里有好多地鼠，幸好没有训练员干扰，而且地势比较明朗，所以很快就穿过了山洞。山洞出口原来在トキワ村的森林附近，那暂时从这里来回算是比较方便的。山洞出口往下走有一间小屋，里面的人会给主角05号密传机，妖怪学习后可以是用闪光，这样就不怕漆黑的山洞了。不过前提条件是主角必须已经抓到10种小妖怪，不然人家可不会给你，要是没有的话快去抓吧。
再次回到ハナダ市，右边出口用间切后就可以畅通，不过前方有好多训练员等着挑战主角，平均等级20级左右，没什么好怕的（主角的妖怪应该已经第3形态了吧）。一路来到了岩间隧道（イワヤマトンネル），里面一片漆黑什么都看不见，幸好刚才得到了闪光，使用后就会变的光亮许多了。一路上看到很多假扮怪物的训练员，真是恶趣味，汗一个~~。幸好道路不是很复杂，没有太多的岔路，不过路是长了一点，如果单靠一个妖怪的话，可能会出现技能不够用的情况。稍费工夫就出来了。（记得以前玩GB红的时候没有用闪光就这么过来了，真佩服自己）。
出了山洞后不远的地方就是シルワスコープ村，这里最著名的建筑是一座口袋妖怪塔（ポケモンタワー），这座塔是为了悼念亡灵而建立的，里面有很多的幽灵系口袋妖怪。以最优秀的训练员为目标的主角，又怎么能不去参观一下呢？而且从村民的口中得知フジ先生失踪多日。看来看去，还是这座塔的嫌疑最大。所以无论如何都要进去探个究竟。
刚刚来到塔的第2层，一个熟悉的身影又出现了。没错，又是主角的劲敌，既然碰了面就免不了要切磋一番。当然，结果一定还是主角胜他一筹。塔内有好多退灵师，直接攻击他们的妖怪是没有作用的，但是超能系的技能对他们有特效。一路上遇到很多迷雾一般的妖怪骚扰主角，除了逃跑外别无他法，在第6层往上的楼梯口处更是阻挡主角前进。这时主角突然想起，在第2层的某人说过需要得到シルワスコーブ的力量才能是幽灵现出原形。但是这个东西在哪里呢？唉，看来这件事只能先搁一下，先往下一个目标进发吧。
从西面出村，可以到达ヤマブキ村，不过同样道路也已经被堵，但是越过地下通道就可以到达タマムシ市。从タマムシ市往左走，有一只卡比熊挡在路中间死活都不动。在熊的上方的屋子里，主人会给主角02号秘传机，鸟类学习的话可以随时飞到去过的城市，真是超级方便的技能。タマムシ市真不愧是大城市，市里有一家百货商店，可谓是品种齐全，楼顶有自动售货机，给边上的小姑娘3个饮料就可以得到3个技能，（因为去ヤマブキ村不是用饮料贿赂警卫，所以不用多买了）。在百货店边上的高层大楼的楼顶（从大楼背后进入）有一间小屋，里面桌子上的妖怪球里有伊布，这可是唯一得到的机会，千万不要错过。另外市内还有一家游戏机房，虽然主角重多任务在身，但是毕竟是小孩子，怎能挡的住游戏机的诱惑（可以用硬币换妖怪和技能）。不过没硬币盒不让买硬币（还以为小孩子不能玩老虎机呢）。不过在餐厅中有一为好心的大叔给了主角一个硬币盒（コインケース）。这下可以过过瘾了~。玩了几把后，发现一个黑衣男子站在墙边看壁画，非常的可疑！于是主角便上去打话，没想到竟然是火箭队的人。二话不说马上开架，没几下子他就败下阵来。见形式不妙连忙鞋底抹油，立刻逃出了主角的视线。“唉，又让火箭队的人逃掉了。不过刚才他在看什么呢？”于是主角连忙走到那幅画旁边调查了一下，没想到打开了一个暗道。
原来这个是火箭队的秘密基地，一定隐藏着什么阴谋。地下一层有一扇门打不开，先下二层再说。从第二层开始会有很多单向通行的标记，踏上之后就会不停的向前滑行。虽然头晕目旋，不过也难不倒主角。终于来到了第下第5层，打倒最里面的火箭队员后，逼他交出了电梯钥匙，从第2层转啊转可以到达电梯。来到电梯内直接选第4层，终于见到了火箭队的老大！不过实力也只是一般。打败他以后他留下了主角一直在找的シルワスコーブ！赶快回去妖怪塔看看。
果然，戴上シルワスコーブ之后原先骚扰主角的小妖怪以及挡在第6层楼梯口的妖怪都现出了原形。终于来到第7层，フジ先生果然被抓到这里来了。救出フジ先生后来到他的家中，作为谢礼他给了主角妖怪之笛（ポケモンのふえ），先放着吧。
“タマムシ市的会馆还没有挑战呢，先去会会。”于是，主角又来到了タマムシ市。这里的会馆里的妖怪全是植物系，带火系的或虫系的会好些。挑战前药先买些，因为对方使用毒粉或催眠粉比较多。馆主的王牌是霸王花，算是植物系中的佼佼者了。
从タマムシ市往左走，原先的卡比熊还躺着…………。试试吹妖怪之笛把它吹醒吧。
吹了一阵子后果然有反映，不过好象因为主角打扰它睡觉使它抓狂了，竟然攻击主角。卡比熊可是非常强的，不但防御高，而且HP也多，睡觉还可以恢复HP，打呼也能攻击。不过最后还是被主角制服了。（劝大家抓住它，因为游戏中一共只有两次抓卡比熊的机会，而且实力的确是强，不过抓的时候满困难的，要记住坚持就是胜利！）
现在有很多道路可以去，不过主角还是决定回ヤマブキ村的出入口去看看，毕竟这里最近嘛。
在拿伊布的大楼里从正门进第一层的老婆婆会给主角茶（おちや）。通往ヤマブキ村的路上，警卫正好要茶，给他就可以过去了（行贿的方法和以前不一样^_^）。来到ヤマブキ村里，到处都四火箭队的人，而且会馆也不能去。先去中间的大楼（シルフカンパニー）看看吧。这里竟然有11层！难道是火箭队的总部？不管了，不如虎穴焉得虎子，干脆捣了他们的老窝。（虽然里面有补给点，但仍要做好长时间战斗的准备，毕竟是11层~~）。
楼内每一层都有传送点，但是最好不要乱踩，因为传到后来自己都不知道怎么来的，很容易迷路，也很容易漏掉重要道具。只要一层一层往上走就没问题。在第5层可以拿到钥匙，这样原先很多不能开的门都可以开了。
在第3层中间屋子的传送点来到第7层。劲敌又再次出现，打败他后和边上的人说话，会意外的得到乘龙。往下面的传送点走很快就可以到达BOSS处。（如果不想拿大量道具的话只要第5层拿钥匙，第3层传送到第7层就可以了）。
火箭队的老大也比以前强了不少，不过终究还是敌不过主角。这样，这所大楼中的战斗总算结束了。和坐在沙发上的老大爷交谈可以得到大师球。
整个城市都恢复了正常，会馆也可以去挑战了。这个城市有两个会馆，分别是格斗系会馆和超能系会馆，挑战格斗系会馆是没有徽章的，不过打败馆主后可以挑选一个格斗系的小妖怪。超能系会馆内分为一间间小房间，其中由传送点相连，要找到馆主算是一间麻烦的事情，不过多走几次应该可以找到。馆主的王牌是胡地，非常厉害的说。
终于有5枚徽章了，向下一个目的地セキチク市进发！从シルワスコープ村往下，过了九曲桥后又有一只卡比熊挡路。老规矩吹笛子（如果另一个没有抓住，这个就不要再漏掉了）。一路往下，路上经过一个钓鱼爱好者的家，他会给你厉害的钓鱼竿（すごいつりざお），可以钓一些高级的水系妖怪。从タマムシ市往左来到自行车道一路往下，同样可以来到セキチク市。
在城市的上方有个狩猎场，这里可以花500元买30个特殊的妖怪球，里面有很多外面捉不到的妖怪，特别是迷你龙，两次进化后成为快龙，有多厉害大家也知道。一路走到狩猎场的深处，这里有间小屋，同屋内的人交谈可以得到03号秘传机，水系的妖怪学习后就可以在水上移动了。
出了狩猎场来到市内一家人家（就是PC右边的房子），主人说他的假牙掉了要主角帮他找一下。主角在狩猎场内的确是拣到了一副假牙（就在拿03秘传机不远的地方）。于是马上还给了主人，主人热心的把04号秘传机给了主角，妖怪学习后可以推动大石头。对着屋内的大石头先练习一下吧。隔壁的钓鱼爱好者同样会给主角一根好的鱼竿，用来掉厉害的水系妖怪。
来到セキチク市后忙了好一阵子，现在终于有空挑战这里的会馆了。这个会馆以毒系和超能系为主，馆中有个无形的墙，要来到馆主那里必须从外围饶进去。馆主的王牌是双弹瓦斯（记得以前好象不是，变弱了？）不是很难对付。这样一来就有6枚徽章入手。紧接着往下一个目标前进。
看看地图，前往グレンじま镇必须经过19号水路，原先不能去，但是现在有了03号秘传机就可以马上出发了。从19，20号水路来到双子岛，到这里就没路了，先到山洞里去看看吧。
到达了洞底后发现这里有湍急的水流，根本无法在水上移动。
“不知道把洞里的大石头推到这里来，能不能堵住水流。”无奈之下只有这个办法。于是马上把所有的石头推到边上的洞里（记得有一个洞就要推一块石头）。工夫不负有心人，继续前进………
出山洞后再走不远就到了グレンじま镇，镇上有个研究所，把化石给他们，就可以得到化石妖怪。会馆进不去………，先去找ボケモンやしも找钥匙吧。ボケモンやしも的门需要按石像上的机关才会开，不过有些看了，有些则关闭。在第3层必须从右下角左边的断层跳到第2层，不然是找不到路的。在地下室找到了会馆的钥匙，这下可以挑战会馆了。
会馆里全是火系的妖怪，用水系再好不过。馆主的王牌是风速狗，实力算是比较强的，不过用水系轻松应付。刚出会馆门口就被快艇接到了新地图。
从第一座小岛往上走来到温泉山洞，里面的老爷爷会给主角06号秘传机作用是击碎岩石。渡过海往上走可以来到ともしびやま山。山上石头好多啊，推的砸的都有。进入山洞后一条路往前走，出洞后往上走不久就可以遇见传说中的火焰鸟，就此一个抓吧！（另外电光鸟和急冻鸟分别是发电站和双子岛，具体在专题中会有怪物图鉴，这里不详细解说了，就一个字，抓！）。接着往第2个岛出发吧（要乘快艇去）。
在第2个岛上的一所房子里和某个大叔交谈时突然有人闯入（看不懂日文不知道发生了什么事T-T，触发一下剧情就可以了）。岛的最上房的房子里，主人会教主角的妖怪技能，非常厉害！一定要学啊。
来到第3个岛上，这里的暴走族似乎很多，还在PC边上闹事，稍稍教训他们一下就都溜掉了。继续前进，来到きのみのもり森林，在森林的最深处遇见一个小女孩和她交谈后突然兽到素力普的攻击（这个是野生的）。战斗胜利后自动回到第2个岛的那位大叔家，为了答谢主角某某功勋，把袋子（きのみぶくろ）给主角。这个袋子似乎是用来装种子之类的东西。然后回到第1座岛的PC就可以了。新岛的任务就次完结。
目前还省下トキワ村的会馆没有挑战，现在应该已经有资格了吧。没想到这个会馆的馆主竟然是火箭队的老大！他的妖怪比较杂，有尼多王和尼多后，以及三地鼠和铁甲暴龙，实力很强。打败他之后终于集齐了8枚徽章。
从トキワ村往左走。在路上又遇到了劲敌，不过主角现在的实力应该很强了吧，解决他应该不成问题。然后在23号道路上向警卫一一出示自己的徽章，通过之后便来到チャンピオンロード山洞。山洞内有些白色的机关，要用大石头压在上面打开道路。
出了山洞后，终于来到了セキエイこうげん，主角冒险的最终目标——四天王就在这里，作好一切准备后就去挑战吧！第一位天王是水系加冰系，第二位是岩石系加格斗系，第三位是幽灵系，最后一位是龙系。每一个都很难对付，不过只要准备好属性相克的妖怪就没问题了（50级以上是必须的）。将他们都打败后竟然要和自己的劲敌交手…………，这场冠军争夺战看来是无法避免了。他的实力非常强！妖怪的平均等级60级。不过我们的主角已经胜了他多次，又怎么会在这种关键时候败下阵来（实在打不过就继续修炼吧）。打败他之后博士宣告主角成为新的冠军，到次就算是游戏通关了，不过冒险并没有结束…………
按照惯例，通关后仍可以继续玩下去，而且只要捉到60种妖怪就可以到博士那里换386版的图鉴。然后来到四天王的地方想赚点外快（大家都有这个习惯吧），没想到不让进，说是一某个天王失踪了，没办法。
来到クチバ市，从这里的港口坐快艇可以到达新岛，在第一座岛上的PC屋内和博士谈话后，来到抓火焰鸟的岛上，在如口处回发现两个火箭队员，打败他们后进入山洞。在山洞有很多大石头挡道，必须将其推开（感觉在玩搬运工），在山洞的深出矗立着几块石板，上面写有奇怪的文字（不用去管他）。在下面一层发现了红宝石，拿到后回PC屋的博士那里，把红宝石交给博士后。但是据博士说，想让机器发动还需要蓝宝石，于是到港口坐快艇来到第4座小岛。
刚一踏上小岛，劲低又出现了，不过这次并没有和主角交手（识时务）。在岛上也有妖怪寄养所，而且可以养两只，放两只不同性别的妖怪后不久就可以生蛋。从小池塘上游过进入冰天雪地的山洞，不断的踏冰溜冰后终于得到了07号秘传机，这样就可以从瀑布逆流而上了。在山洞深处撞见冰天王被火箭队围攻，二话不说立刻冲上去解围。救出冰天王后来到码头座快艇去第5个小岛。
在第5个岛上干掉几个火箭队的杂碎，可以他们的基地进不去（门上那么大个R字，应该是吧）。到处逛逛发现没有特殊事件，还是坐快艇去第6座小岛吧。来到底6座小岛后往南走，在岛的最南边有一善大门，使用01号秘传机技能能将门砍碎（必须自己手动使用）。来到洞内后要选择正确方向的洞跳入，不然就只能回到第一层（上，左，右，下）。来到洞底发现蓝宝石，此时火箭队的研究人员突然出现抢走了蓝宝石。根据推测，他一定是逃回了第5座小岛的基地中，不过此时门还没有开。还上先去第7座小岛吧。
岛的北面有座塔，主角可以一层层的挑战，里面的训练员都非常强（同红蓝宝石中通关后的地方，不过自由度高了不少）。岛的东南边有一个遗迹，这里可以抓字母妖怪安农，为了完成图鉴慢慢抓吧。
现在回到第5座小岛上，发现火箭队的基地的门已经开了。基地里面到处都是转啊转的机关，头晕啊。不过多转转就能转到研究员那里，问他要回蓝宝石后回到第一座岛的博士那里，机器就可以正常运作了。这台机器可以和NGC通讯。
然后来到ハナダ市，顺着河流来到ハナダのどうくつ山洞，山洞深出终于找到了传说中的妖怪超梦，实力非常强，一定要抓住啊。

你到底是要绿宝石还是叶绿的攻略?
口 袋 妖 怪 绿 宝 石 攻 略
首先选择男/女主角，你的对手将是跟你性别相反的人物。给主角起好名字后就可以进入芳园地区啦。
首先，你会出现在天元镇的一辆小货车里。下车后，妈妈让你上楼去调整时钟。调好后下楼，妈妈说博士就在这儿，让你去找他。来到隔壁的房间，上楼后调查一个精灵球，你的对手就会出现。对话后走出房子，往上离开天元镇时，发现博士正被一只针鼠追赶，他让你在旁边的背包里选择一只PM参加战斗，赶跑针鼠。
（注：对手会选择在属性上克制你的精灵。）
赶跑针鼠后，博士会把你选的这只精灵送给你，并且要你去103号道路找他的孩子，也就是你的对手。穿过101号道路就是道吉镇了，在右边的屋子里有个大婶会送你伤药。道吉镇上方是103号道路，在那里击败对手后，回到天元镇的研究所，博士会送你图鉴，对手也会给你5个精灵球。离开研究所，妈妈还会送你跑步鞋，之后就可以在前进的时候按住B键以2倍的速度跑步前进了。
穿过102号道路来到天元市，先去上方的训练馆。馆主是你的爸爸，对话的时候会出现一个叫道夫的绿头发男孩，帮他抓完感知兽后，爸爸会告诉你，让你收集4枚徽章后再来这里挑战。离开天元市，在104号道路发现一间无人的屋子，先不用理他，继续前进。104号道路的上方是天元森林。在前进的途中会遇到天力公司的一名职员，他被水之团的一名小兵拦截了。击败小兵后会获得一个超级球。走出森林，还是104号道路，在这里的一间屋子里可取得肥波鲸喷壶。继续前进，抵达金水市。
以下是金水市训练馆的资料：
走出训练馆，会遇到刚才的职员与小兵。上前对话后往右走到116号道路。在最右边有条隧道，洞口有个老头说他的小海鸥被水之团的人抢走了。进去后会看到刚才的小兵和小海鸥，击败他后会得到一个超级球，把小海鸥还给老头后就可以回金水市了。找到刚才的职员，他会带你到天力公司找他的BOSS，BOSS会送你一个导航机，还让你给一个正在山木镇、叫代后的人送信。之后在金水市下方会遇到对手，他会向你挑战。
回到天元森林下面的无人小屋，跟刚才的老头对话，他会送你到山木镇。
以下是山木镇训练馆的资料：
挑战完毕后往西北走，有个山洞，进去后跟里面的矿工对话可得到秘传机05闪光。山洞里需要使用闪光，在深处即可找到代后，把信给他后会得到招式机47钢翼，之后如果回到天力公司找BOSS还会得到学习装置。再去找那个老头，他会送你去卡依市。
刚到达卡依市，会发现在水族馆门前有许多水之团的人。在下方的造船厂二楼跟一名老伯对话后，就可以进入水族馆了。在二楼击败两名小兵后即可离开卡依市。
在110号道路会遇到对手，以下是对手的资料：
击败他后可获得探宝仪。继续前进可到达银叶市。在训练馆门前会遇到道夫，跟他对战后才可以进入训练馆。
以下是银叶市训练馆的资料：
在精灵中心右边的屋子里可获得一辆自行车，有快速自行车和跳跃自行车两种，分别有不同的功能，以后可随时来换车。在右下角的屋子里可获得秘传机06碎岩。往左走是117号道路，这里有饲养屋，可放精灵到这里生蛋。继续前进就到西达镇了。
在西达镇的上方有条隧道，把路上的岩石用碎岩劈掉后可获得秘传机04怪力。回到银叶市，往上走来到111号道路，这里有竞速塔，上方是沙漠地带，暂时还不能进去。往右走，在112号道路那里有一条火之捷径，走过去后发现已经穿过了沙漠地带。继续前进，穿过113号道路后来到哈吉镇。
哈吉镇的左边是114号道路，继续前进会到达流星瀑布。在流星瀑布里面会遇到水之团和熔岩团的人，对话后得知他们正在争夺一颗化石。之后回到112号道路，在火之捷径的旁边有缆车，乘坐缆车即可到达凹凸山的山顶。击败熔岩团的首领后可取得化石，之后可会哈吉镇把化石交给之前在流星瀑布里的那名研究员。
以下是熔岩团首领的资料：
以下是飞音镇训练馆的资料：
走出训练馆会遇到对手，他会给你一个躲避沙尘暴的道具，以后就可以去沙漠了。（注：在沙漠里有一座时有时无的虚幻塔，在里面可捡到一块化石。）现在已经收集够4枚徽章了，回到天元市，向爸爸发出挑战。
以下是天元市训练馆的资料：
打败爸爸后，道夫的爸爸会出现，并送你秘传机03冲浪。在这同时，之前开船的那位老头也会回到家里。去银叶市，在右边使用冲浪来到118号道路，在这里会遇到代后。往上走是119号道路，这里有高草，只能走路前进。在119号道路的最上方，有一间气象台，里面被水之团占领了。
击败二楼的Boss后，气象台所长会送你一只天气小子。
以下是水之团小头目的资料：
出气象台，过桥后会遇到对手，以下是对手的资料：
打倒他后会得到秘传机02飞天。继续前进来到日川市。日川市的训练馆门前不知有什么东西挡住，无法进去，只好继续赶路。
在120号道路的桥上会再次遇到代后，他告诉你那种透明的东西是隐身龙变的，并给你一瓶可令隐身龙显身的喷雾剂，让你击败前面的隐身龙（30级）。回到日川市，对训练馆门前的隐身龙使用喷雾剂即可进去。
以下是日川市训练馆的资料：
继续前进，在121号道路会遇到熔岩团的人，来到阿田市后发现城市已经被水之团占领。在上方的百货大楼门前会看到对手，在这里可与对手进行联盟比赛前的最后一次比赛，以下是对手的资料：
打败他后，他就飞回家去了。在阿田市最右边，发现入海口被肥波鲸封锁，从水之团的小兵口中得知熔岩团大军压至落日山。在121号道路使用冲浪来到122号水路，水路中间的小岛既是落日山。上山打败熔岩团的人吧。
回阿田市通过小道消息打听到在凹凸山异常现象，立即飞往飞音镇，坐缆车上山。上到山顶后往下走，会有一阵地震，之后在山腰上会出现一个山洞，里面就是熔岩团的秘密基地。在深处遇到熔岩团首领，古拉顿也在那里。对话后要与首领对战，以下是熔岩团首领的资料：
对话后古拉顿逃跑，熔岩团首领也离开。
之后飞到卡依市，在上方的船厂里发现潜水艇被水之团盗走。飞回阿田市，在右上方的水域里可进入水之团的秘密基地，在深处发现水之团的首领已坐着潜水艇逃走。另外，在这个基地里还可捡到一个大师球。离开秘密基地，往右穿过124、125号水路，即可来到道谷市。
以下是道谷市训练馆的资料：
超能力训练馆（2 VS 2模式）
在道谷市右边有一所研究所，里面被熔岩团占领。来到二楼，发现代后正被一个小头目和首领缠住，上前便可与代后组队作战，每人可用3只精灵。
打败熔岩团的人后，去道谷市左上角的屋子，代后会送你秘传机08潜水。离开道谷市，在127号水路使用潜水，在水中一直往下走，进入一个洞窟，发现潜水艇就在这里。上岸后击败路上水之团的人，来到深处，遇到水之团首领，还有海皇牙。对话后要与水之团首领对战，以下是水之团首领的资料：
回话后海皇牙溜走，首领也离开。离开洞窟，上岸后发现天气大变，还会遇到两个团的首领与代后。
游到126号道路，使用潜水，在中间上浮，即可到达双鹿市。古拉顿和海皇牙正在这里战斗。与代后对话，他会让你进入觉醒寺。在觉醒寺深处找到Wallace，对话后他让你去天柱找他。离开双鹿市，游到131号水路，在水路的中间往上拐即可抵达天柱。在天柱顶层遇到天空之龙后，即可飞会双鹿市。
回到双鹿市，等天空之龙化解了灾难后，可获得秘传机07登瀑，之后可以去打训练馆。
以下寺双鹿市训练馆的资料：
在128号水路使用登瀑即可抵达精灵联盟前面的冠军之路，在这里需要使用秘传机03、04、05、06、07才能过去。在冠军之路1层会遇到道夫，以下是道夫的资料：
闯过冠军之路后就抵达精灵联盟了。门卫验证你拥有所有徽章后即可为你打开胜利的道路。
以下是四大天王and冠军的资料
天王1－Sidney，邪恶系天王
天王2－Pheobe，鬼魂系天王
天王3－Glacia，冰系天王
天王4－Drake，龙系天王
打败冠军后，你就成为了新一届的联盟冠军，之后Wallace会带你进入冠军殿堂，记录你的精灵。之后就通关了。
通关后，你会回到家里。爸爸会给你一张船票，以后就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之后看电视，上面说有不明精灵在芳园地区飞行，妈妈问你是蓝水督还是红水督，你选择哪只，以后就会遇到哪只水督。走出屋子，博士会帮你把图鉴升级为386版，之后在芳园地区就可以抓到金银版的精灵了。
坐船来到战斗乐园，这里是以前战斗塔的所在地，现已改建为更大的对战地区……这里有7种对战设施，暂时不一一作介绍。在乐园的最右边，会看到一个奇怪的树，对着它使用肥波鲸喷壶，就会出现骗人树，40级。收服骗人树后，在它挡住的地方使用冲浪，一直往左走可进入一个洞窟，在里面有大量的画画犬。
暂时离开战斗乐园，在119号道路的气象台所长那里得知，某号道路（随机变化）的天气有异常状态，之后立即到那条道路。如果那里是出大太阳，则要寻找一个山洞，古拉顿在里面；如果那里下大雨，则要寻找一小块可以潜水的水域，里面呆着海皇牙。两只神兽各70级。
去天柱，2楼需要用快速自行车冲过去（3格加速）。在楼顶有70级的天空之龙。
看过电视后，在芳园地区的某条道路会随机出现红/蓝水督，40级。
先去134路，和RS里一样，到一块在急流里可以潜水的地方，到洞底，阅读墙上的文字，再使用挖洞（DIG），门会打开。进门，阅读文字，把321号放在第一位，把369号放在最后再读一遍，会发生地震，所有神柱的门会打开。
他的洞在沙漠南边，到了以后，阅读墙上的文字，然后向左走两步，向下走两步，使用碎石（ROCK SMASH）门会开，等级是40
他的洞在105路上，到了那里后，阅读文字，然后顺时针围绕洞跑一圈（一定要靠墙）跑完后，门就会开，40级
最后的洞在120路上，找到后，读墙上的文字，走到房间中间，使用闪光门就会开，40级
当你收集了100种PM时，博士会给你以下三只精灵的其中一只：
剩下的就要你自己去探索了。THE END.