克林顿政府曾希望新一届美国政府能够沿着自己任上开创的涉朝问题“新局面”走下去。然而，在2000年大选中胜出的共和党新总统乔治·沃克·布什（小布什）被新保守主义分子包围着，他在竞选期间就不断批评《美朝框架协议》，更把矛头指向朝鲜政府，抨击对朝接触政策反而帮助这个政权避免了崩溃。显然，美国对朝鲜的政策一直把“弃核”和“政权崩溃”搅合到一起考虑，以致于常常混淆了哪个是主要目标。而平壤很难理解这些变化，因此他们认定美国从一开始就不是认真的。
小布什总统上任伊始就重审对朝政策，推翻了克林顿政府改善关系的政策。八个月后，2001年9月，美国发生了严重的恐怖袭击事件，美国政府宣布发动“反恐战争”。值得一提的是，“911事件”后，朝鲜外交部发言人在第一时间表态，说这是“令人惋惜和悲剧性的事件”，强调“作为联合国的成员，朝鲜反对一切形式的恐怖主义和对其的支持，这一立场不会改变”。朝鲜的这个表态完全不同于以往的对美强硬姿态，但小布什政府对此没有给予理睬。在2002年1月的国情咨文中，小布什总统将朝鲜列为“邪恶轴心”国家。
2002年10月，美国情报部门宣称发现了朝鲜的秘密核计划，并掌握了朝鲜在国际市场上进行技术和设备采购的证据，将朝鲜与巴基斯坦秘密核交易的证据一并曝光。小布什政府东亚及太平洋事务助理国务卿詹姆斯·凯利紧急赴朝，在与朝副外相姜锡柱的会谈中，他当面拿出朝鲜进口用于铀浓缩离心机的“证据”，而姜毫不掩饰，亲口承认这一切都属实。
这件事引发美国朝野震惊。看起来，朝鲜在声称放弃研制以钚为原材料的核武器的同时，又在“明修栈道、暗度陈仓”，偷偷研发以铀为原材料的核武器。小布什政府认为朝鲜背弃了《美朝框架协议》，由此宣布终结双边谈判，而在朝鲜看来，美国方面也没有履行框架协议中的全部承诺。这次关系的破裂直接触发了第二次朝核危机。
几乎在同一时期，美国开始拉盟国一道在东海、黄海至印度洋一线实施“防扩散安全倡议”（PSI）。2002年12月，在美国授意下，西班牙海军在也门外海拦截了载有“飞毛腿”导弹的朝鲜货船“小山号”，后来，在得到也门政府作出仅供本国使用且下不为例保证的基础上放行，是为“小山号事件”。
当年11月14日，美国主导的朝鲜半岛能源开发组织（KEDO）决定停止向朝鲜运送重油。朝方则认为美国中止供油属于违约，并于12月12日宣布，将重启根据《美朝框架协议》冻结的核计划。2003年1月10日，朝宣布正式退出《不扩散核武器条约》。
作为《不扩散核武器条约》缔约国，中国坚决反对任何形式的核武器扩散，一贯主张全面禁止并彻底销毁核武器。同时，中国主张通过谈判和平解决分歧。既然《美朝框架协议》执行不下去了，而美国又希望中方能够出面斡旋，帮助解决问题，并国务卿派鲍威尔到北京来游说，经过慎重研究，并考虑到促朝弃核也符合中方利益，中国政府决定接受美方的请求。初步考虑邀请朝美双方来中国进行三方会谈。鲍威尔访华后，中方于2003年春派特使访朝，虽不乏困难，但访问基本上是成功的，朝方同意尝试三方会谈。但朝鲜的根本立场并没有改变，还是希望与美方直接谈，理由是核问题由美国对朝安全威胁引起，要解决也必须是朝美直接达成协议。中方把朝鲜的要求和意见转达给了美方，而美方则坚持不能再与朝鲜单独谈，任何会谈必须在有中方在场的情况下进行。朝美双方的要求是完全拧着的，中方抓住“谈”这个基本共识，以坚忍不拔的精神居中斡旋，终于双方都同意派代表到中国来谈一谈，美方与朝方可以在三方框架内接触。
中国外交部于4月22日发表了公开信息，表示：“中方一直主张通过对话和平解决朝核问题，这也是有关各方和国际社会的共识。基于上述共识，将邀请朝鲜和美国派代表团来中国进行会谈。”中方通过积极介入，把各方拉回到了谈判桌前。从2003年4月到2007年10月，举行了一轮中、美、朝三方会谈和六轮有韩国、日本、俄罗斯加入的六方会谈。过程充满曲折，但对话使得朝核态势基本维持在可控范围内。六方会谈中所形成的三份文件——2005年的《9·19共同声明》、2007年的《2·13共同文件》和《10·3共同文件》——为通过对话谈判和平解决朝核问题打下重要的政治基础。但令人遗憾的是，这些协议在达成后却因为这样或者那样的变故往往得不到执行，会谈常常陷入破裂，局势一再地卷入螺旋上升的紧张状况。
2003年4月23至25日，中朝美三方会谈在北京举行，笔者作为当时的中国外交部亚洲司司长，与朝鲜外务省美国局副局长李根和美国东亚及太平洋事务助理国务卿凯利分别率团与会。
但是会谈还未正式开始便戏剧性地遭遇僵局。小布什总统有令在先，禁止美国代表团成员同朝方单独进行任何形式的会面，而朝方则希望能与美方单独谈。三方会谈的前一天晚上是中方主办的宴会，美朝代表都出席了，席间，朝方谈判代表李根借敬酒的机会与凯利单独说话，直接告诉美方，朝鲜已经对乏燃料棒进行了后处理。凯利随后把李根对他讲的话转述给笔者，生气地说，他需要请示华盛顿如何应对。第二天早上美方代表团声称，不能与朝进行任何直接接触了，只能三方一起谈。朝方代表团则因此而拒绝出席三方会谈。经过中方居中反复劝说，朝方放弃了退出会谈的打算，但是三方会谈实际上也只是中方分别与朝方和美方谈。
这次三方会谈的尝试虽然艰难且不令人完全满意，但朝美两国回到谈判桌前，让国际社会看到了外交对话的可能性，紧张气氛开始降温。朝方提交了一份以放弃核开发和导弹试验换取美日韩经济援助和体制保证的“一揽子计划”，这个方案体现了朝鲜的基本立场和思路，实际上成为以后几轮会谈朝方方案的基础。
三方会谈吸引了韩国和日本的强烈关注，国际社会对会谈也更加关注。美要求扩大多边会谈，让韩日加入进来，对此中方没有感到困难，同时认为也应该让俄罗斯加入。面对各方释放的信号，中国继续发挥作用，进行了大量静悄悄的外交斡旋活动，穿梭访问，广泛听取各方意见。围绕核问题，朝鲜的态度是一以贯之的，即：朝鲜面对美国敌视政策，需要发展核武器来保障自身安全，朝鲜对美方已经无法信任。而中方表示坚决反对朝鲜走拥核的道路，但是可以理解朝鲜安全关切，支持多边谈判寻求和平解决办法，而且愿意承担沟通协调并主办更多会谈的责任。
苏联解体之后，中国成为朝鲜最重要的合作伙伴和援助国，朝方需要维系两国合作关系，认识到应尊重中国这个友好邻国的意见，对中方的和谈建议难以回绝。而美国方面的态度则是非常强硬，小布什政府的立场是：保留军事解决的选项，如何选择要看朝鲜参加谈判的表现。中方向美方转达了朝鲜的意见，同时也表达了自己清晰的立场：中国坚决反对任何采用军事手段的企图，但是可以支持通过和平谈判找到解决核问题的妥协方案。
由此可见，无论是美方还是朝方，各自都有两手打算：美方是可以谈，不行就打；朝方是要么谈出一个结果，要么拥核自保。而中方采取的策略是全力推动谈判，同时坚决打掉双方另外的企图。
table.）中方不同意，强调如果美方坚持保留军事解决的选项，朝方就要坚持保留拥核的选项了。后来，美方对措辞做了调整，表示“军事解决的手段还没有离开桌子”。(The military option is not off the
table.)这个说法和前面的提法相比似乎没有太大区别——尤其是对不以英语为母语的人来说，但美方很坚持，说这是总统的意思。笔者曾经开玩笑地问美方同事，如果“没有离开桌子”，又不在桌子上面，会是在哪里？他说，你可以发挥想象力。而当笔者把这个话转述给李根时，对方瞪大了眼睛问我：“那是在哪里？”
2003年7月，与朝鲜打过多年交道的外交部副部长戴秉国作为特使前后访问朝鲜和美国，劝说双方重启对话。在朝鲜，戴秉国一行在与朝方同行长时间会谈之后，受到金正日的接见。会见结束时，金正日说：“既然中国同志说可以再谈，那我们就再试一试吧。”
这一轮斡旋的结果是，美方同意派代表团尽快到北京来谈。在形式上，美方希望能让韩日都加入进来，也不反对中方建议的让俄罗斯参加。如果朝鲜希望三方谈，美方同意再进行一次三方会谈，但坚持必须紧接着就进入六方会谈。中方把美方的意见转达给了朝鲜，朝方的回应很痛快，说，只要美方同意与朝方直接接触，其他要求都可以同意，也不妨就直接进入六方会谈。
鉴于朝核问题的敏感性和朝美对立的严重性，六方会谈会场的设计和布置都成为困难的政治问题。由于六个国家关系微妙，无法安排在长条桌子对面，我们把桌子围成一个六边形，这样每个代表团都可以坐在桌子的一边。会谈确定在钓鱼台国宾馆宽敞的芳菲苑进行。
更难的是如何安排朝美对话。朝方高度重视与美方的双边接触，要求必须在独立的空间与美方谈；而美方则坚持不能在单独的房间谈，美朝接触时须与其他代表团“在同一个屋顶下”。我们想出办法，在芳菲苑大厅的角落用屏风、绿植和沙发隔出几个独立的喝茶空间，用于会间休息，其中一个专门保留给朝美代表团对话用。
我们分别邀请了朝鲜和美国驻北京的大使馆官员来考察，他们都认可了，扫清了最后的障碍。其实后来美朝对话越来越重要和深入，他们主动要求转入了“单独的房间”。
2003年8月27日至29日，第一轮六方会谈在北京召开，由时任中国外交部部长李肇星主持开幕，中国外交部副部长王毅任中方代表团团长。参加第一轮六方会谈的各国代表团团长是：美国亚太事务助理国务卿詹姆斯·凯利、朝鲜副外相金永日、俄罗斯副外长亚历山大·洛修科夫、韩国外交通商部次官补李秀赫、日本外务省亚洲和大洋洲局局长薮中三十二。
朝方仍坚持一揽子解决核问题，提出的方案主要分为四个阶段，每阶段都要求美国“同时行动”。
当年一则来自利比亚的声明引人注意。那年12月，利比亚领导人卡扎菲宣布“彻底放弃大规模杀伤性武器”，并接受国际原子能机构的核查，全盘交出了手中的核研发成果。美国随即解除对利制裁，摘掉了利“支持恐怖主义国家”的帽子，并建立了外交关系。一时间，利比亚成了西方国家眼中消除核生化武器和远程导弹的“模范生”。也许美国曾试图以此为例打动朝鲜，但八年后利比亚局势的剧烈变化及其后果对朝鲜在核问题上的态度产生了反向的影响。
2004年2月25日至28日，第二轮六方会谈在北京继续举行。会谈焦点在于解决核问题的目标和第一阶段措施。会谈中，美坚持朝应同利比亚一样，先放弃核计划并接受国际原子能机构核查；中、俄、韩三国则倾向“乌克兰模式”，强调若朝主动弃核，应尊重其主权并给予安全保障。
本轮会谈通过了六方会谈启动以来发表的第一份书面文件——《主席声明》。声明强调：各方表示致力于朝鲜半岛无核化目标，通过对话和平解决核问题；各方表示愿意和平共存，并同意采取协调一致的步骤解决核问题及其他关切。
同年6月23日至26日，第三轮六方会谈召开。朝方仍坚持“冻结换补偿”，但首次表示冻结是为了最终弃核。美方也展现一定的灵活性，提出了五阶段的弃核方案。第三轮会谈虽然没有实质性协议，但是最终达成了“以循序渐进的方式，按照口头对口头、行动对行动”原则解决朝核问题的重要共识。这是中方在开启六方会谈以来就反复强调的，要求美朝相互同时迈出步伐。
第四轮六方会谈与第三轮间隔了13个月之久。导致会谈中断的一个主要原因是，小布什政府在连选连任前后对朝态度更趋强硬，多次将朝鲜领导人称为“暴君”，将朝鲜称为“暴政前哨”。另一个原因是，韩国在2004年9月初承认曾秘密提炼武器级钚和浓缩铀材料，这引起朝方强烈不满。2005年2月10日，朝鲜宣布已经制造出核武器，并无限期中止参加六方会谈。美国则在6月底首次对朝实施金融制裁。
中国并未放弃斡旋，13个月后朝鲜同意重返六方会谈。第四轮六方会谈第一阶段会议和第二阶段会议分别于2005年7月26日至8月7日和9月13日至9月19日在北京举行。这轮六方会谈最大的成果是在9月19日达成了《第四轮六方会谈共同声明》（以下称《9·19共同声明》）。这是一份成功地凝聚了各方共识的重要文件，其意义在于：朝鲜首次承诺放弃一切核武器及现有核计划，韩国也明确表态不发展核武器；美国同意在适当时候讨论向朝提供轻水堆；美、日首次正式承诺将采取步骤实现与朝鲜关系正常化；首次谈到朝鲜半岛和平机制问题和东北亚安全问题。
这是六方会谈以来达成的第一份共同声明，作为解决朝核问题的路线图，《9·19共同声明》让人们看到了一线曙光。但曙光却又很快被美国对朝鲜金融制裁的乌云所遮蔽。
2005年9月23日，几乎就在六方会谈进行的同时，在毫无预兆的情况下，美国财政部根据情报机构提供的信息，公开指责澳门汇业银行替朝鲜在该行开设的多个账户“洗钱”“流通伪钞”，所获资金用于“支持恐怖主义”。此前的9月9日，美国已提出冻结朝在澳门汇业银行的2500万美元资金。10月21日，美又宣布将8家朝鲜企业列入黑名单，冻结其在美资产。汇业案虽然表面上看与朝核问题没有直接关联，但对朝核问题的解决进程产生了重大影响。
11月9日至11日在北京召开第五轮六方会谈第一阶段会议时，朝鲜代表团如仍如期而至。但在第一阶段会议之后，美国于12月开始对朝实施金融制裁。面对美国不断加大的制裁力度，朝鲜公开声称，若美不肯取消经济制裁，将不再重返六方会谈。而美国没有松手，2006年4月美国财政部进一步加大了对朝鲜的制裁力度。
由此开始，今天已被人们熟悉的围绕朝核问题的“制裁-试验-再制裁-再试验”的恶性循环开始了。美国不断升级的制裁没能阻止朝鲜升级武器试验的步伐，2006年7月5日，朝鲜向日本海试射7枚导弹，10月9日，朝鲜宣布成功进行了地下核试验。
同年10月14日，联合国安理会以15票赞成一致通过了美国提出的1718号决议。决议要求：所有联合国成员对朝鲜实施与核武器及技术、大型武器和奢侈商品有关的禁运；要求朝鲜不再进行核试验，暂停与弹道导弹有关的所有活动。
2006年10月，中方与六方会谈其他成员展开了新一轮密集磋商和协调。终于在11月1日，朝鲜宣布重返六方会谈。同期，美国民主党赢得中期选举，在参众两院同时占据多数，力主对外逞强和军事冒险的“新保守主义”在美国退潮，对朝强硬势力在小布什政府中的影响也随之下降。
2006年12月18日至22日，第五轮六方会谈第二阶段会议召开。2007年2月8日至13日，第五轮六方会谈第三阶段会议在北京继续进行，会谈的最大成果是通过了共同文件《落实共同声明起步行动》（以下称《2·13共同文件》）。《2·13共同文件》主要包括一系列平行行动，包括朝方以最终废弃为目标关闭并封存宁边核设施，以及申报和最终放弃全部核项目。朝美将开始双边谈判，美将启动不再将朝列为支恐国家的程序。其中，朝鲜同意申报所有核计划是一个很大进步。
《2·13共同文件》签署后，半岛局势出现了一定程度好转，朝韩部长级对话恢复，2007年3月1日，国际原子能机构总干事巴拉迪赴朝，商讨关闭和封存宁边核设施的具体细节。同日，朝鲜副外相金桂冠访美，这是凯利2002年10月访朝后，朝鲜对美国的一次“破冰之旅”，也是朝美第一次就关系正常化问题开展谈判。
与此同时，对朝制裁日益成为阻碍《9·19共同声明》和《2·13共同文件》履行的障碍。朝鲜坚持将取消制裁作为关闭宁边核设施的一个先决条件，但美方却不能同意。
2007年3月，在第六轮六方会谈第一阶段会议于北京召开之际，美方宣布汇业银行涉朝资金将被转账到中国银行，朝鲜承诺将这笔资金用于人道主义和教育。中间的一个插曲是，由于某种“技术问题”，这笔钱并没能马上转入中国银行账户，而朝鲜认为己方已经履行了相应义务，在澳门汇业银行问题中没有尽到义务的是美国，因此在澳门汇业银行问题解决前，朝“就不会采取下一阶段措施”。直到6月25日冻结资金问题得到解决，朝才开始恢复履行《2·13共同文件》。7月14日，朝鲜关闭宁边核设施，韩国提供的6200吨重油抵达朝鲜。同日，国际原子能机构核查人员重返朝鲜，前往宁边地区监督和验证关闭核设施。至此，应该说，朝核问题的解决终于开始迈出重要的步伐。
2007年9月1日，美朝工作组在日内瓦举行会谈。朝方表达了申报所有核计划和“去功能化”的明确意愿，美方则承诺把朝鲜从“支恐国”名单中去掉。但是，在9月25日联合国大会上，小布什总统发表演讲，将朝鲜等国称为“残酷政权”（brutal regime），表明美国对朝鲜政权的态度仍然相当负面。
2007年9月27日到10月3日，第六轮六方会谈第二阶段会议进行。六方签署了《“落实共同声明第二阶段行动”共同文件》（以下称《10·3共同文件》），“去功能化”和“申报”是两大重点。其中要求朝鲜：一、对宁边原子能研究中心5兆瓦实验性反应堆、后处理厂（放射化学实验室）及核燃料元件制造厂进行去功能化；二、在2007年12月31日前对其全部核计划进行“完整、准确”的申报。《10·3共同文件》还对美朝、日朝进一步改善双边关系提出了要求。11月5日，宁边三个核设施开始去功能化。
但到了2008年1月，朝鲜在去功能化完成了75%后，其他国家提供的重油、设备和物资援助并没有到位，朝方开始犹豫，并以此为由，放缓了去功能化步伐。
与此同时，申报开始成为新的争议焦点。美朝在申报问题上主要存在三点分歧：一、钚材料数量；二、朝鲜是否存在浓缩铀项目；三、朝鲜与叙利亚是否存在核合作。由于这些分歧和争议的存在，朝鲜并未按照规定在2008年1月1日前完成申报。
经过各国间多轮磋商，以及美朝于2008年3月和4月在日内瓦和新加坡会晤，双方在申报和将朝鲜从“支恐国”名单除名问题上逐渐形成共识。朝鲜提交了宁边反应堆运行记录，美国可以此为依据计算朝鲜的钚数量。美国对此举是充分肯定的，称之为核查朝鲜核计划的“重要一步”。美国的义务则是在45日内将朝鲜从“支恐国”名单中去掉。
但是，就在朝鲜提交申报书当天，时任美国国务卿赖斯在《华尔街日报》撰文提出“验证”问题，要求对朝鲜申报予以核查。 朝鲜强烈反对美国将验证与“除名”挂钩的做法，而且提出，《10·3共同文件》并未包括验证条款。8月11日，鉴于美国并未在45天内完成将朝鲜从“支恐国”除名的承诺，朝鲜宣布“暂停去功能化作业，同时考虑按原状恢复宁边核设施”，并驱逐了国际原子能机构监督人员，局势骤然紧张。直至10月初，美国国务院助理国务卿、朝核问题六方会谈美国代表团团长希尔访问朝鲜，美朝就验证问题达成协议，美国宣布将朝鲜从“支恐国”名单中除名，朝鲜随后重新启动去功能化作业，表示接受去功能化阶段验证措施。
至此，在过去的6年左右的时间内，六方会议虽然周折和反复不断，在顿挫中艰难前行，但总体上维持了半岛稳定，更重要的是坚持了无核化和谈判解决分歧的大方向。但是这个进程未能持续下去。
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