[转载]PyMOL用法（教程二）
基础Pymol命令
这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。
Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：
Pymol& log_open log-file-name.pml
如果你想终止记录，只需要键入：
Pymol& log_close
好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：
Pymol& load 2vlo.pdb
现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：
Pymol& load 2vlo.pdb, test
下面说说如何来操作你新建的对象。
Pymol& show representation
Pymol& hide representation
其中representation可以为：cartoon, ribbon,
dots, spheres, surface和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入：
Pymol& hide lines
Pymol& show ribbon
我们将得到如下结果：
也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：
Pymol& label all, chains
这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。
好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F－J去掉即可：
Pymol& hide ribbon, chain
上面的东东还可以这样完成：
Pymol& select test, chain
Pymol& hide ribbon, test
上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。
比如你可以：
Pymol& hide everything,
Pymol& show cartoon, test
这样你会得到：
　说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：
Pymol& select selection-name,
selection-expression
其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要避免使用：
! @ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { }
| ~ ` & & ? /
如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：
Pymol& delete selection-name
Pymol& delete object-name
下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings －
Colors中找到：
Pymol& color color-name
Pymol& color color-name, selection-expression
比如我们可以：
Pymol& color red, ss h
Pymol& color yellow, ss s
Pymol& color green, ss l+""
其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta
sheet，l+""代表Loop和所以其他结构。
这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Beta
sheet变成黄色；把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：
Pymol可以同时打开多个pdb文件：
Pymol& load object-name-1.pdb
Pymol& load object-name-2.pdb
如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：
Pymol& disable object-name-1
Pymol& enable object-name-1
你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。
Pymol& disable selection-name
使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。
放大选定目标：
Pymol& zoom selection-name
定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：：
Pymol& orient selection-name
你也可以用view命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：
Pymol& view key, action
其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store或者recall。如果不加任何“action”，则默认为recall：
Pymol& view v1, store
Pymol& view v1, recall
Pymol& view v1
说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。
使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：
Pymol& log_open script-file-name
这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令：
Pymol& @script-file-name
不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用get_view命令。
你可以选择外部GUI窗口中的File － Append/Resume/Close
Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。
你可以随时编辑该文档。
在linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。
如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外部GUI窗口里面的File － Save
Session，创建一个会话文件（.pse）。
该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行log_open命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（@），而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的File
什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是Pymol所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。
如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效：
Pymol& ray
Pymol& pngyour_path/image_name
最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。
Pymol命令的语法与目标选择的表达
上次介绍一些Pymol的基本命令。现在来具体说说Pymol命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol来说是至关重要的。
从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下：
Pymol& keyword argument
其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量：
Pymol& quit
当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择all就是zoom的默认变量：
Pymol& zoom
Pymol& zoom all
还有些命令可以带多个参数，比如加色命令color，它的用法如下：
Pymol& color color-name
Pymol& color color-name, selection-expression
第一个color虽然只带一个变量"color-name"，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的作用是把整个结构变成"color-name"的颜色。
第二个color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了"selection-expression"，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成"color-name"定义的颜色。
要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号","隔开。
通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如"color-name"，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如"selection-expression"，它可以很简单，也可以非常的复杂。这个东东，我称之为选择表达，对Pymol命令的使用非常重要，所以下面要详细的讲一下。
选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个Helix，一些个Beta
sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线[_]组成，但是因避免使用下列符号：
! @ # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { }
| ~ ` & & ? /
选择表达由所谓的"selector"加上"identifier"组成，其中"selector"定义了某类属性，而"identifier"则在该类属性下需要被选择的部分。如下例：
Pymol& select test, name
其中"name"就是一个selector，它表示在pdb文件中描述的原子的名字；"c+o+n+ca"则是对应的"indentifier"，它表示我们要选择pdb文件中名字叫"ca+cb"的原子（ca代表alpha　carbon，cb代表beta　carbon）。整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为"test"，这样我们可以在后面继续使用它。
下表列出了大多数的selector：
Identifier及例子
chemical-symbol-list
周期表中的元素符号
Pymol& select polar, symbol o+n
atom-name-list
pdb文件中的原子名字
Pymol& select carbons, name ca+cb+cg+cd
residue-name-list
氨基酸的名字
Pymol& select aas, resn asp+glu+asn+gln
residue-identifier-list
pdb文件中基团的编号
Pymol& select mults10, resi 1+10+100
residue-identifier-range
Pymol& select nterm, resi 1-10
alternate-conformation-identifier-list
一些单字母的列表，选择具有2种构型的氨基酸
Pymol& select altconf, alt a+b
chain-identifier-list
一些单字母或数字的列表
Pymol& select firstch, chain a
segment-identifier-list
一些字母（最多４位）的列表
Pymol& select ligand, segi lig
flag-nummer
一个整数（０－３１）
Pymol& select f1, flag 0
numeric_type
type-nummer
Pymol& select type1, nt. 5
type-string
一些字母（最多４位）的列表
Pymol& select subset, tt. HA+HC
external-index-number
Pymol& select idno, id 23
internal-index-number
Pymol& select intid, index 23
secondary-structure-type
代表该类结构的单字母
Pymol& select allstrs, ss h+s+l+""
下表是另一些Selector，有关比较的：
Identifier及例子
comparison-operator b-factor-value
一个实数，用来比较b-factor
Pymol& select fuzzy, b & 12
comparison-operator occupancy-value
一个实数，用来比较occupancy
Pymol& select lowcharges, q &
formal_charge
comparison-operator formal charge-value
一个整数，用来比较formal charge
Pymol& select doubles, fc. = -1
partial_charge
comparison-operator partial charge-value
一个实数，用来比较partial charge
Pymol& select hicharges, pc. &
另外有一些Selector是不需要Identifier的，它们被列在下表中：
所有当前被Pymol加载的原子
什么也不选
所有当前被Pymol加载的氢原子
所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载的原子
所有在被“可见”的显示的对象中的原子
所有的具有定义坐标的原子
在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名规则可以在下面的网址中找到：
在选择表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logical
operator）使用，这样我们可以表达更加复杂的选择。这些操作子被列于下表中：
效果与例子
选择原子但不包括s1中的
Pymol& select sidechains, ! bb
选择既在s1又在s2中的原子
Pymol& select far_bb, bb &
farfrm_ten
选择s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和s2原子）
Pymol& select all_prot, bb | sidechain
选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain,
segi)　全部符合s2中对应的原子
Pymol& select same_atom, pept in prot
s1 like s2
选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi)符合s2中对应的原子
Pymol& select similar_atom, pept like prot
选择那些原子，其van der Waals半径至少和s1的van der Waals半径相差X
Pymol& select farfrm_ten, resi 10 gap 5
s1 around X
选择以s1中任何原子为中心，X为半径，所包括的所有原子
Pymol& select near_ten, resi 10 around 5
s1 expand X
选择以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1扩展至该新的范围所包含的所有原子
Pymol& select near_ten_x, near10 expand 3
s1 within X of s2
s1 w. X of s2
选择以s2为中心，X为半径，并包含在s1中的原子
Pymol& select bbnearten, bb w. 4 of resi 10
把选择扩展到全部residue
Pymol& select complete_res, br. bbnear10
byobject s1
把选择扩展到全部object
Pymol& select near_obj, bo. near_res
neighbor s1
选择直接和s1相连的原子
Pymol& select vicinos, nbr. resi 10
这些逻辑选择还可以组合使用。比如你想选择chain b，但是不选择其中的residue 88：
Pymol& select chain b and (not
在使用多重逻辑选择时，为了让Pymol正确处理顺序，请使用括号，这样最里层括号里面的内容将会被最先处理，以此类推。
好了，目标选择就先说到这里。其实关于目标选择还有所谓的“宏”可以用，可以简化表达式，准备下次说说。
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做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。
Pymol的笔记 3
软件安装与初始设置 3
Pml格式的右键菜单 3
软件使用难题与Bug 3
单字母标记氨基酸残基Windows用户 3
基本知识 4
通用命令 5
结构显示细调 5
选择原子 6
选择侧链 6
选择骨架上的原子 6
选择钙离子 6
选择范围内原子 6
从选择的原子扩展到残基 6
彩虹色（反彩虹色用：rainbow_rev） 7
颜色举例 7
label字体 7
设定label距离 7
label举例 7
label氨基酸残基 7
氢键概念 8
目前使用的氢键做法： 8
各种方法氢键数量比较 8
氢键做法汇总 8
结构叠加比对 9
Align命令用法 9
Wiki中的&align&命令 9
静电势APBS（目前没有大问题） 10
各种静电势方法总结 10
精简的步骤 10
分链作图 11
Pymol出动画图方法 11
手工抽图方法 11
每帧都被光线追踪 11
友立GIF动画使用 11
Pymol教程与实例 12
合用的教程分类 12
使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较 12
label驴子笔记 12
显示氢键（活性中心） 14
用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令 15
其他结构描述方法 15
Contact table 15
基本知识 15
用CCP4 NCONT 16
CONTACT/ACT 16
Interface 16
用PISA做结合分析 16
计算BSA的软件讨论 16
Ligplot 17
静电势DelPhi（有问题） 17
DelPhi v.5.1使用方法 17
Pymol打开DelPhi电势文件 18
Grasp2打开DelPhi电势文件 18
修结构方法搜集 19
修结构刚开始据说是要先修主链 19
修结构的时候发现 侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置. 19
修结构重在整体形象。 19
修结构新番总结 20
过度修正 20
认清身边有毒的朋友 21
高考阅卷得到的收获 23
基本知识 23
RMSD(Root Mean Squared Deviation) 23
氨基酸分组方法和代表性颜色 23
Pymol pml文件实例 24
C10 IQ sort 24
图像处理 26
批量裁剪 26
4个大小相同的图片排成一个 26
某人总结的结构解析方法： 26
结构修正时遇到的问题和用到的小tips： 27
分子置换的步骤 28
COOT中添加小分子的方法 28
如何画出氢键 28
Pymol的笔记
软件安装与初始设置
安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处理（.bat文件）来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。
.bat文件内容如下：（D:\Temp\，是msi文件的目录，pyt.msi是msi文件名，pyt是为了方便， pymol安装用的msi文件名的简写）
msiexec /i D:\Temp\pyt.msi
新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到&C:\Users\YOU&，启动文件为PyMOL目录下的pymol.exe。
如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的pymol.cmd，再不行就试运行一次C:\Python27\Scripts\pymol.cmd。
Pml格式的右键菜单
后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。
windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的方法如下：
在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOT&pml_auto_file-shell下建立新项：edit，再建立新项：command，值为：
&C:\Windows\System32\NOTEPAD.EXE& &%1&
软件使用难题与Bug
日在联想E49，Win7下安装1.61beta版，bg_color white设定背景色后，label就不显示了。
单字母标记氨基酸残基Windows用户
windows下不能建立.pymolrc文件，认可的文件名是：'pymo
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