Alpha多样性（样本内多样性 Alpha Diversity）（一般指生境内物种的多样性程度即不侧重于比较，而只是评估生境内的多样性程度）是对某个样品中物种多样性的分析，包含样品中的物種多寡——丰富度（Richness）和样品中各个种的相对密度——均匀度（Evenness）两个因素

Richness, Chao1，Shannon三个指数是常用的评估丰富度的指标数值越高表明样品包含的物种丰富度就越高。

Chao1指数 : 通过低丰度OTUs来进一步预测样品中的OTUs数量；

Shannon指数 : 计算考虑到样品中的OTUs及其相对丰度信息

以10为底的shannon_10）转换来預测样品中的分类多样性。

Simpson指数 : 表示随机选取两条序列属于同一个分类（如OTUs）的概率（故数值在0~1之间）

数值越接近1表示表明OTUs的丰度分部樾不均匀；

Dominancez指数 : 取值为1-Simpson，表示随机选取两条序列属于不同分类（如OTUs）的概率；

Equitability指数: 根据Shannon指数值计算当其值为1时表明样品中的物种丰度分咘绝对均匀，

而其值越小这表明物种丰度分布呈现出越高的偏向

是群落丰度的指标，指数越高该群落越稳定，种群间联系越紧