【分子生物学】真核生物基因转录的启动子
1.类型Ⅰ基因的启动子
类型Ⅰ基因的启动子即类型Ⅰ基因，它是RNA聚合酶Ⅰ的启动子，控制rRNA前体基因转录，其产物经剪接加工后生成各种成熟rRNA.rRNA基因在每个细胞内有数百个拷贝，没个拷贝的序列都基本相同，并且具有相同启动子序列。所有真核生物rRNA基因共同特征：①以多拷贝形式串联排列；②在没个拷贝单元的内部，18SrRNA,5.8SrRNA和28SrRNA的基因都按照5’→3’方向依次排列；③rRNA基因转录单位的长度比3种成熟rRNA的总和要长。
类型Ⅰ启动子序列组成：核心启动子位于转录起始点附近，从-45至+20；上游控制元件（UCE）位于-180--
-170.这两个启动子的序列有85%相同，两部分都富含有GC。这两个区域的碱基序列突变将引起启动子强度下降。
RNA聚合物I对其基因的转录需要两种转录因子——UBF1和SL1参与。
2.类型Ⅱ基因的启动子
（1）转录起始点
在转录起始位点周围，类型Ⅱ启动子具有基因最适合表达所需的保守序列，它的共同序列是PyPyANT/APyPy(Py指嘧啶C或T，N为任意碱基）。这个保守序列称为转录起始位点。转录起始点与TATA框一起组成核心启动子，启动子位于下游任意基因转录。
（2）基本启动子
基本启动子位于转录起始位点上游-25 —
-30范围的7bp左右的保守区域，共同序列是TATAAAA，其中第5、7位的A常备T所取代，因而该保守区的碱基频率T95A87T93A95A63A83A50.这一序列成为ATAT框。有时，TATA框还会出现G和C。有的基因启动子目前尚未发现TATA框。这类基因表现为：①持家基因：是在所有细胞都呈现为组成型表达，它们控制细胞内维持生命活动所必需的重要生化途径的一系列酶类。②在发育受到调控的一大类基因。
（3）上有启动子元件
在核心启动子上游100—200bp范围内，存在着一个转录调控区，含有多个组成启动子的原件，统称为上有启动子元件（UPE）这些序列元件一般表现为细胞类型的特异性，其功能是提高转录的效率和特异性。
β-珠蛋白基因的启动子，在转录起始点上游越100bp的启动子区域内，将每个碱基逐一取代，观察这种逐个突破对转录的影响。结果显示有3个短序列中的突变导致转录水平明显下降，它们的中心分别于转录起点上有-30，-75和90的两个区域中的突破对转录影响很大。这三个原件分别是：①TATA可读框
②CCAAT框 ③GC框。
3.类型Ⅲ基因的启动子
（1）基因内启动子
基因内启动子位于基因编码的内部。占第Ⅲ类基因启动子的大多数。已发现的SSrRNA，tRNA、Alu基因家族的启动子都位于转录起始点下游，即在基因内部。
基因内启动子的序列是高度保守的，5srRNA基因的A框相当于tRNA基因的A框。
（2）转录起点上有启动子
转录起点上有启动子又称基因外启动子，这类启动子4种原件：TATA可读框；②近端序列元件（PES）；③远端序列原件（DSE）④八聚体基序原件（OTC）。
无论在离体环境或活体细胞内，TATA框结构都是这些基因被RNA聚合酶Ⅲ转录时所必需的。在序列和位置上类似于mRNA编码基因TATA框，而且两者序列元件在功能上可以互换。在U6基因转录中，具有典型Ⅱ启动子的TATA框，但他却是RNA聚合酶Ⅲ转录作用特异性的主要决定因素。
（3）混合型启动子
混合型启动子是指既具有基因内的也具有基因外的启动子元件构成的启动子。它的上游启动子由TATA框，PSE以及尚未鉴定的远端元件构成；基因内的B框上与上游元件协同作用，共同启动转录，增加转录效率。
已投稿到：
以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。小鼠EDNRB基因启动子生物信息学分析[1]-博泰典藏网
典藏文档　篇篇精品
小鼠EDNRB基因启动子生物信息学分析[1]
导读：第９卷第１期生物信息学ＶｏＩ．９Ｎｏ．１２Ｏ１１年３月ＣＩｌｉｎａＪｏ哪ａｌｏｆ，利用生物信息学在线软件分析先天性巨结肠相关ＥＤＮＲＢ基园启动子序列，结果显示：小鼠ＥＤＮＲＢ基因定位于１４号染色体，转录起始点３００ｂｐ左右可能为启动子区域，启动子区域包含长度为１４７３ｂｐ的ＣｐＧ岛，人类和小鼠保守区域内含有３３个共同的转录因子结合位点，属于Ｇ蛋白偶联受体超家族．配受环境与遗传因素共同影响的神经第９卷第１期生物信息学ＶｏＩ．９Ｎｏ．１２Ｏ１１年３月ＣＩｌｉｎａＪｏ哪ａｌｏｆＢｉｏｉｒ南ｍＩ撕ｃｓＭａｒ．．２０１１ｄｏｉ：１０．酬．ｉ蜘．１６７２―５５６５．２０１１．０１．０１８小鼠ＥＤＮＲＢ基因启动子生物信息学分析１张万里１，李伟１，吴川清１，林学科１，李航１，王国斌１，陶凯雄Ｈ（华中科技大学同济医学院附属协和医院普外科，武汉４３∞吃）摘要：ＥＤＮ砌ｙＥＤＮ３／ＥＣＥ―ｌ信号传导通路在胚胎发育期神经嵴细胞分化、迁移、发育为神经节细胞的过程中起到关键作用。采用进化足迹法，利用生物信息学在线软件分析先天性巨结肠相关ＥＤＮＲＢ基园启动子序列，结果显示：小鼠ＥＤＮＲＢ基因定位于１４号染色体，编码４４２个氨基酸，分子量为：４９４３０Ｄａ，转录起始点３００ｂｐ左右可能为启动子区域，启动子区域包含长度为１４７３ｂｐ的ＣｐＧ岛，存在两段保守序列，人类和小鼠保守区域内含有３３个共同的转录因子结合位点。关键词：Ｅ咖；启动子；生物信息学；转录因子中图分类号：Ｑ５培．２文献标识码：Ａ文章编号：１６７２―５５６５（２０１１）一０１一０７２一ｃ１５ⅨｏｉＩｌｆ：研ｍ撕ｃｓＡｎａｌｙｓｉｓ０ｆＭ｜０ｕ孵ＥＤ】岍ｍＧ叫ｅＰＩ．０Ｉ瑚眈ｒＲｅｇｉｏ璐（肌妒咖柳旺矿酬鼠ｒｇｌ！，ｙ，所锄舶咖ｆ，孙唧胁成谢嘶旷胁咖‰妙矿‰删强炯咖ｙ，‰４３００趁，醌妇）ｚＨ心Ｇｗａｌｌ．１ｉ１，ｕｗｅｉｌ，ｗ１ＪｃＩ啷．ｑｉｌｌ９１，ｕＮ‰ｅ．ｋｅ。，ｕＨａｒｌ９１，ＷＡＮＧＧｕｏ．ｂｉｎｌ，ＴＡｏＫａｉ．ｘｉｏ耐’Ａｂｓ咖ｃｔ：ＥＤＮＲＢ／ＥＤＮ３／ＥＣＥ―ｌｓｉ酬ｉｌｌｇｐａｍ、ｖａ），ｐｌａｙｓ锄ｉｍｌ埘ｔ鲫ｔｍｌｅｉｎｄｌｅｄｉ］瞻ｒｅＩｌｔｉａ咖ｎａｎｄｒＩｌｉ鲫ｉｏｎｏｆｒｌｅｕ－Ｉａ：Ｉｃ陀ｓｔｃｅⅡｓｔ０ｆ０ⅡｎｇａＩｌｇＬｉｏｎｃｅｌｌｓ幽Ｉ玛ｅＨｌｂｒｙｏＩｌｉｃｄｅｖｅｌｏｐ腿ｎｔ．Ｏ｜ｌｌｉＩｌｅｂｉｏｉ幽ｍ嘶ｃ８ｔ００ｌｓａｎｄｐｂｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｆ抽ｔ一面ｎｔ吨ｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏ锄ｌｙ舱Ｈｉｒｓｃ｝ｌｓｐｍｎｇ’ｓｄｉ∞ａｓｅ鸽ｓｏｃｉａ州ＥＤＮＲＢｇｅｎｅ’ｓｐｍ啾ｅｒ．１ｈｅｒｅｓｕｈｓｓｈｏｗｅｄｔＩｌａｔｍｏｕｓｅＥＤＮＲＢｇｅ鹏ｗ嬲删巾ｐｅｄｔｏｃｈｎ加０ｓｏｍｅ１４，枷ｃｈｅｎｃｏｄｅｄａｐｍｔｅｉｎｃ０璐ｉ８ｔｉｌｌｇｏｆｚ弭２ａ而ｎｏ∞ｉｄｓ而ｔｈａＩｌ净ｋｕｌａｒｗｅｉｇｈｔ４１９４３０Ｄａ．３００ｂｐ踟ｕｎｄｈ锄ｓｃｒｉ面ｏｒｌａｌｓｔ缸ｓｉｔｅｒ啦灿ｂｅｐ删ｌｌｏｔｅｒ嘲ｏｎ８，ｗｈｉｃｈｉｎｃｌｕｄｅｄａＣｐＧｉ８ｌａｎｄｗｉｔｈａｌｅｎｇｔＩｌｏｆ１４７３ｂｐ．Ｔｈｅｐ埘ｍｔｅｒｒｊ晒０ｎｓＩｌａｄｈ∞ｃｏｎ眈ｎ，ｅｄｓｅｌｑｕｅｎｃ朗，尚ｃｈｃｏｎｔａｉｎｅｄ３３朝ＩＩｌｅ咖ｓ耐砸ｏｆｌａｌｆ抽ｔｏｒｂｉｎｄｉｒｌｇｓｉｔｅｓ．Ｋｅｙ帅ｒｄｓ：ＥＤＮＲＢ；弘砌０ｔｅｒ；ｂｉｏｉ幽硼撕ｃｓ；觚１ｓｃｄｐｔｉｏｎａｌ＆ｔｏｒ先天性巨结肠（ＨｉｒｓｃｈｓｐｍＩＩｇ§ｄｉｓｅａ跎，ＨＤ）是一种况下定位于细胞膜，属于Ｇ蛋白偶联受体超家族．配受环境与遗传因素共同影响的神经嵴细胞源性多基因体内皮素（明ｄｏｍｅｈｎ，阻）结合，通过细胞内ｃａ２＋磷性疾病，其发病机制为患儿在胚胎发育过程中，遗传因脂依赖性蛋白激酶第二信使系统将信息传人细胞内，素和环境因素造成神经嵴细胞分化、迁移、发育障碍，促进内质网和肌浆网钙储库内Ｃａ２＋迅速释放，胞质肌层和黏膜下神经丛的神经节细胞缺如，导致受累肠内Ｃａ２＋浓度迅速升高忙Ｊ．胚胎发育过程中，ＥＤＮＲＢ／段异常收缩，近端肠段代偿性扩张与肥厚。该病与环ＥＤＮ３／ＥＣＥｌ信号传导通路在神经嵴细胞迁移发育分境因素和遗传因素相关，其中环境因素起着更为重要化成神经节细胞时候扮演着重要角色，对结直肠肠神的作用．目前已发现内皮素Ｂ受体（ｅｒｌｄ础出ｎｒｅｃｅｐｔｏｒ经系统形成不可缺少”Ｊ。唧ｅＢ，ＥＤＮＲＢ）和砌强等１０种基因与ＨＤ发病有关．目前在ＮＣＢＩ的ＧｅｎＢ肌ｋ数据库中未记录小鼠在所有ＨＤ患者中ＥＤＮＲＢ基因突变作为病因约占５％ＥＤＮＲＢ基因启动子序列，本研究利用进化足迹法和一ｌＯ％，在肋致病病因中仅次于ＲＥＴ居第２位¨Ｊ。生物信息学的研究方法，从ＮｃＢＩ中筛选出可能的启ＥＤＭ诳基因编码一种Ｇ蛋白偶联受体，在生理情动子序列，同时对其转录调控元件和核苷酸序列的同收稿日期：２ＩＤｌ０一０１一∞；修回日期：２０１０一∞一∞．基金项目：国家自然科学基金资助项目（３０嗍）。作者简介：张万里，男．博士研究生，Ｅ―ｍｉＩ：日ｍｕＪ呲ｋｅ国脚ｍ．咖．明．?通讯作者：陶凯雄．男，主ｆｔ医师，博士研究生导师，Ｅ―ｎｎｉＩ：ｔａ０ｌ‘ａｉ菇衄ｇ＠１６３．Ⅻ．万方数据第ｌ期张万里，等：小鼠ＥＤＮＲＢ基因启动子生物信息学分析１７３源性、染色体定位以及保守结构域转录因子结合位点进行分析，为进一步研究ＥＤＮＲＢ基因的基因调控功能奠定基础。１材料与方法１．１材料１．１．１小鼠ＥＤＮＲＢ基因序列和基因组结构该基因ＧｅｎｅＩＤ：１３６１８，定位于１４Ｅ２．３负链，基因跨越２９０７１ｂｐ，含有７个外显子、６个内含子，转录ｍＲＮＡ的ＩＤ号ＮＭ―！Ｄ０７９０４．３，编码蛋白质产物含有４４２个氨基酸，分子量为４９４３０Ｄａｌｔｏｎ，该基因尚未记录启动子序列。１．１．２程序和数据库在线核酸序列数据库：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ＩｄＩｌｌ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｂａｎｋ／Ｊ宁列对比ＢＬＡＳＴＮ：ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌＩｌｌ．ｎｉｈ．昏代，启动子在线分析软件：Ｐｒｏｍｏｔｅｒ２．０ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅⅣｉｃｅｓ／Ｐｒｏｍｏｔｅｒ／ＮｅｕｒａＪＮｅ啪ｒｋＰｒｏ啪ｔｅｒＰＩ．ｅｄｉｃｔｉ彻：ｈｔｔｐ：／／玳哪．ｆｈｉｍｙ．ｏｒｇ／８ｅｑ－ｔｏｏｌｓ／ｐｒｏｍｏｔｅｒ．ｈｔ―ｍｌＰｍｎｌｏｔｅｒＳＣＡＮ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ―ｂｉｍａｓ．ｃｉｔ．ｎｉｈ．９０、，／ｍｏｌｂｉｏ／ｐｒｏｓｃ龇∥ＦｉｌｌｓｔＥＦ：ｈ郇：／／ｒｕｌａｉ．ｃｓｈｌ．ｏｒｇ／ｔｏｏｌｓ／ＦｉｌｌＢｔＥＦ／转录因子预测软件：Ｐ―Ｍａｔｃｈ１．０：ｗｗｗ．ｇｅｎｅ―ｒｅｇＩｌｌａｔｉｏｎ．ｃｏｍ／ｃｇｉ―ｂｉＩ∥ｐｕｂ／ｐｍｇｒａｍ＆／ｐｍａｔｃＩ∥ｂｉｍ，ｐ―ｍａｔｃｈ．ｃｇｉ两序列间保守区域转录因子结合部位预测软件：Ｃ∞ｓｉｔｅ：ｈｔｔｐ：／／ａｓｐ．ｉｉ．ｕｉｂ．肿：８０９０／ｃｇｉ―ｂｉｎ／ＣＯＮＳｌｌ哑ｙｃｏｎｓｉｔｅ／ＣｐＧｉｓｌａｎｄ预测软件：ｈｔｔｐ：／／ｃｐｇｉｓｌａｎｄｓ．岫ｃ．ｅｄｕ／１．２方法１．２．１获得人类和小鼠ＥＤＮＲＢ基因序列在ｈ即：／／们ｎｖ．血ｂｉ．ｎｌＩｌｌ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅＩＩｂ粕ｋ数据库中检索ＥＤＮＲＢ获得人类和小鼠ＥＤＮＲＢ基因ＩＤ分别为１３６１８和１９１０，采用ＧｅｎｅＢａＩｌｌ‘格式获得基因信息。１．２．２ＥＤＮＲＢ基因启动子序列的确定在ＮＣＢＩ的ＧｅｎｅＢａｎｋ中查找，获得人类ＥＤ―ＮＲＢ基冈的转录起始位点在基因序列图上的定位，并获取转录起始点上游３０００ｂｐ至下游ｌ０００ｂｐ的万方数据５’侧翼序列。该序列包含潜在的启动子序列。１．２．３利用上述在线启动子分析软件进行预测采用在线启动子预测软件在默认条件下对取得ＥＤＮＲＢ基因序列进行预测分析。一１．２．４人和小鼠启动子区转录因子结合位点分析选用Ｐ―Ｍ批ｈ１．０程序，核心序列相似性（ｃｏ弛ｓｉｍｉｌ撕ｔ），）设为０．７５，矩阵相似性（ｎＩ撕ｘｓｉｍｉｌａｒｉｔ）ｒ）设定为０．８０，输入ＥＤＮＲＢ基因上游３０００ｂｐ，搜索Ⅱ认ＮＳＦＡＣｐｏｓｉｔｉｏｎｗｅｉｇｈｔｍａｔｒｉｘ（ＰＷＭ）数据库中的脊椎动物转录因子结合部位，获得该基因启动子转录因子结合结果，然后将人和小鼠ＥＤＮＲＢ基因５’端上游４００１ｂｐ，同时输入Ｃｏｎｓｉｔｅ程序中，获得两者之间的保守区域，并搜索位于两个序列保守区域相同位置的转录因子结合位点，其余的结合部位作为假阳性而被去除，该方法明显的降低了假阳性率，提高了预测的准确度Ｈ?。１．２．５ＥＤＮＲＢ基因启动子ＣｐＧ岛分析按照儆ａｉ．ｅｔａｌ¨１对ｃｐＧ岛的定义和算法分析预测。２结果与分析２．１小鼠和人类ＥＤＮＲＢ基因启动子定位小鼠和人类ＥＤＮＲＢ基因位于不同染色体上，ＤＮＡ序列长度均不同，具体结果见表ｌ。表１人类、小鼠ＥＤＮＲＢ基因启动子在基因组序列凰上定位１铀ＩｅｌＩ栅】ｉ盟Ｉｉｏｎ０ｆＭｏｕ∞蹰ｄｈｕⅡ姗’ｓＥＤＮＲＢｉｎｇｅ鹏２．２小鼠ＥＤＮＲＢ基因启动子预测结果由表２可知不同的在线预测软件具有不同的预测准确性，小鼠ＥＤＮＲＢ启动子序列理论上应分布于转录起始点附近，通常确定启动子的算法可以分成两种，一种根据启动子区各种转录信号，如ＴＡＴＡ盒、ｃｃＡＡＴ盒，结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测，但其预测的假阳性率较高，ＰＲＯＭ０１ｌＥＲ２．０每２３ｋｂ出现一个假阳性；ＰＲＯＭＯｒＩＥＲＳＣＡＮ平均每１９ｋｂ出现～个假阳性哺ｊ。另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Ｆｉ玛ｔＥＦ搜索通过５’ｕＴＲ定位技术构建的第一外显子数据库，识别第一剪切点，结合ｃｐＧ岛信息，确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序预测含ｅｐＧ岛的启动子的敏感性和特异性都高于９０％，预测不含ｃｐＧ岛７４生物信息学第９卷的启动子的精确性相对略低‘７１。结合这些因素考虑，ＦｉｒｓｔＥＦ预测的启动子位点可能性很高，但有待于后续试验进一步证实。表２Ｔａｂｋ２进化足迹法分析，利用Ｃｏｎｓｉｔｅ程序确定人和小鼠同源基因保守区域见图１和图２，只保留位于保守区域内共有的转录因子结合部位３３个（表３）．人类在２―３０００～２ＥＤＮＲＢ基因启动子预测结果４００ｂｐ和２８００一３８００ｂｐ处为可能的保４００ｂｐ和３０００Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｒｅｓｌｌｌ协０ｆＥＤＮＲＢ’ｓｐｒｏｍｏｔｅｒ守区域，小鼠的保守区域为２２００～２启动子预测软件Ｐｍｍｏｔｅｒ２ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉ‘Ｉｅ∥Ｐ－叫ｎｏ【ｅｌ／预测结果７００ｂｐ，在转录起始点上游一２５～一３０ｂｐ处无ｐ０８ｉｔｉｏｎ№∞１２∞２１００２５００Ｏ．６３０．７２７酞ｅｌｉｈ００ｄＭａｒｇｉＩＩａｌｐｍｄｉｃ６∞Ｍａ晒ｎ―ｐｒ；ｅｄｉｃｔｉ∞ＭａｒｇｉｎａＩｐＭｌｉｃｔｉｏｎＭａｒｇｉｎａＩｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎＴＡＴＡ框（ＴＡＴＡｂ似），和典型的真核生物启动子序列结构不同。互补链上游一１０２ｂｐ存在可能的ＣＡＡＴ框（ＣＡＡＴｂｏｘ），在上游还含有可能的ＴＡＴＡ结合蛋白因子、ＡＴ结合转录因子等结合位点，结合相关文献报道，推测该序列可能含有编码其它蛋白质序列的转录起始点。Ｏ．６４６Ｏ．５９２Ｏ．５９６Ｅｎｄ４１９０３０００３７０【】ｏＮｅｕ豫ｌＰＩＤｍｏｔｅｒＭａｒｇｉｆｌａｌｐｒｅｄｉｃ６０ｎＮｅ呐ｒｋＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎＳｔａｆｔＳｃｏｍｈｔｔｐ：∥ｗｗ．ｆｍｉｍｙ．ｏ形ｓｅｑ－４４０ｔｏｏＩｓ／ｐ阳ｍｏＩｅｒ．ｈｔｌＩｌＩ１０４８１０９８０．８３１．００１０５８２８３４１１０８２８８４图１人类ＥＤⅣＲＢ基因启动子保守区域分析Ｏ．８０Ｆｉｇ．１Ａ衄ｌｙｓｊｓｏｆＨｕｎｌａｎＥＤＮＲＢ’８ｃｏｎ鸵“ｅｄｒｅｇｉ帆２９６５ＰｍｍｏｔｅｒｓｃＡＮ３０１５Ｏ．９７嘶：／／ｗｗｗ―ｂｉｍ∞．ｃｉｔ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｍｏｌｂｉｏ／ｐ瑚ｃ∞ＦｉｒｓｔＥＦ№ｐ埘ｎｏｔ髓ｌｅ画衄ｓｗｈｅ∞ｐ砌ｃｔｅｄｓｃｏｒｅＳｔ眦Ｅｎｄ！业；么璺些：塑丝：型塑芝堕翌！竖：２．３！１２１２ｊ鲤Ｑ：！！ｉ１ＥＤＮＦｕＢ基因启动子区域转录因子结合部位分析经Ｐ―Ｍａｔｃｈｌ．０程序搜索ＴＲＡＮＳＦＡＣ６．０数据库，获得小鼠ＥＤＮＲＢ基因启动子转录起始点上游３图２小鼠ＥＤＮＲＢ基因启动子保守区域分析Ｆｉｇ．２‘Ａｎａｌｙ８ｉ８ｏｆＭ叫卵ＥＤＮＲＢ’Ｂｃｏｎ∽ｗｅｄｆｅｇｉ帆０００ｂｐ正负链转录因子结合部位共计６３１个，再用ｌ仅）ｌ―――――¨――――－－―――――．－―－――――――――－――――――――――＋＿｛＋――――――――＿．―――＋―――＋―――――――――＿―――――――＿ｌ―――廿―――卜－－―＋――＋――――＋斗２４００―――■―■■■――●■――――――●―■―＿ＣＤＧｌｓｌａｎｄ１２４０ｌ―卜――卜―＋斗―――．｝卜―｝卜卜――■―卜＋――件＋―――――斗―＋斗―卜――＋卜―――＋―－＋――－＋――书―＋―一．■―――――――＋一３２００ｓｅｌｅｃｔＣｐＧＩｓＩａｎｄＩ洲钟＊ｍｉ协：％ＧＣ＝５５．ＯｂｓＣ阚ＣｐＧ＝０．６５．ＬｅｎｇＩｈ：５００．Ｄｉ嘲ｎｃｅ：１００１铂船２２１３．ｅｎｄ＝３６８５。％ＧＣ＝５３．４．ｏｂｓＣｐＧ脚ＣｐＧ＝０．６７８，Ｌ鲫鲫＝１４７３ｏｆＭｏｕｓｅ豳３小鼠ＥＤＮＲＢ基因启动子ＣｐＧ岛分析结果Ｆｉｇ．３Ｒｅ８ｕｌｔｓＥＤＮＲＢｐｍｍｏｔｅｒ’ｓＣｐ（；ＩｓＩ绷ｄ注：直横线为ＥＤＮＲＢ基因启动子序列，竖线为ＣＧ位点。粗横线表示ＣｐＧ岛万方数据第ｌ期张万里，等：小鼠ＥＤＮＲＢ基因启动子生物信息学分析１７５２．４启动子ＣｐＧ岛预测ＣｐＧＩｓｌ觚ｄＳｅａｒｃｈｅｒ【８１对小鼠ＥＤＮＲＢ基因启动子分析发现该序列存在２２１３～３位（昀ｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌｆａｃｔｏｒｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅ），这种方法降低了假阳性率，使得预测结果更为准确¨ｏ。采用各种在线启动子预测工具对小鼠ＥＤＮＲＢ基因潜在启动子区域分析，发现在转录起始点上下游３００ｂｐ为可能启动子区域，该区域不存在真核生物典型的ＴＡＴＡ框，存在可能的ＣＡＡＴ框结构，该区域可能存在编码其它蛋白质产物的不同转录起始点。结合生物信息学与进化足迹法人类和小鼠ＥＤ―ＮＲＢ启动子保守区内预测存在３３个共同的转录因子结合部位，和目前报道的人类ＥＤＮＲＢ基因启动子区域存在ＣｐＧ岛一致，小鼠也存在该结构，这些生物信息学预测为探索ＥＤＮＲＢ基因调控机制和构建特异性启动子提供了研究方向。由于数据库搜索分析知识在序列中对已知位点进行查找，而那些未知的新的转录因子结合部位则不能通过这种方法进（下转至第８１页）６８５ｂｐ长度为１４７３ｂｐ的ＣｐＧ岛，Ｇ＋Ｃ含量为５３．４％，ＣｐＧ观察值／预测值为０．６７８，该区域表观遗传学改变可能对ＥＤＮＲＢ基因的表达调控起到重要作用，对该区域的研究有助于揭示先天性巨结肠的发病机制一Ｊ。详见图３。３讨论采用进化足迹法，对ＥＤＮＲＢ基因启动子序列进行分析，获得了较为准确的启动子序列信息，通过搜索ｒｒＲＡＮＳＦＡＣ６．０数据库，发现人类与小鼠ＥＤ―ＮＲＢ基因存在两段保守区域，Ｃｏｎｓｉｔｅ进一步分析筛选出其启动子保守区域共同存在的转录因子结合部万方数据第ｌ期乔辉，等：阳离子一叮ｒ相互作用在两种典型蛋白质折叠型中的偏好性８１（上接第７５页）行分析，同时由于真核生物之间存在特异性和预测Ｓ．Ｉｒｌ仃∽ｅＵＩｌｌ盯ｃａｌｃｉｕｍｔＩＩｅ衄ｄ讪ｅｌｉｎＢ哪ｇｅｎｅ―ｄｅｆｉｃｉｅｎｔｒｅｃｅｐｔｏｒ―Ｂｌｌｌｏｂｉｌｉ翻畸∞０ｆｔｈｅ删ｉ彻ｉｃｉ曲｛８ｔｉ∞ｉｎｓｕｒｇ，ｍｔ［ｊ］．ＪＰｅｄｉａｔｒ２０ｃｒ７．４２：１６６３一１６７０．软譬曼理旱限性，该在篓存在极大不足，这些分析结果有待于实验进一步验证。４结论小鼠ＥＤＮＲＢ基因位于１４号染色体负链，含有２９０２５ｂｐ，转录起始点上游为可能的启动子调控区域，启动子不存在真核生物典型的ＴＡ’ｒＡ框。启动子保守区域内和人类共同的转录因子结合部位有３３个，和人类启动子具有同源性。转录起始点上游存在长度为ｌ４７３ｂｐ的ＣｐＧ岛，ＧＣ％＝５３．４％，Ｏｂ－ｓＣｐＧ／ＥｘｐＣｐＧ＝０．６７８，该区域横跨转录起始点至第一外显子，ＤＮＡ甲基化、组蛋白乙酰化等表观遗传学机制通过对该区域的调控，控制ＥＤＮＲＢ基因的表达，在先天性巨结肠、黑色素瘤等相关疾病发生机制中扮演重要角色。参考文献（Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ）：【１］张万里，王国斌。陶凯雄．内皮素Ｂ受体基因与先天性巨结肠关系的研究进展［Ｊ】．世界华人消化杂志，２００９，１７（２５）：２６０７―２６１１．［３］ＳｈｉｎＭＫ，ｋｖｏｒ跎ＪＭ，ＩｌｌｇｒａｍＲｓ，Ｔｉｌｇｈｍ肌ｓＭ．１１Ｉｅｔｅｍｐｏ甜弛ｑｕｉ∞ｍｅｎｔｆｈｅｎｄｏｔＩｌｅＩｉｎｃｍｔ［４］Ａｌｂｉｎｄ叭帆ｍ［Ｊ］．Ｎａｔｕｍ，１９９９，４０２：４９６―５０１．０ｆ哪ｌａｔｏｌｙｃ哪ｐ耐鲫ｎ［Ｊ］．ＮｕｃＩｅｉｃｓｉ印ａＵｉｎｇｄｕｒｉｎｇｎｅｌｌｒａＩＳ甑ｄｅｌｉｎ，ＷｙｅｔｈＷ．Ｗ晒∞硼肌明ｄＢ丽ｓｋｎｈａｒｄ．Ｃ蚰一ｅＩｅｍｅｎｔｓｕｓｉｎｇｃｍ鲻一ｓｉｔｅ：ｗｅｂ―ｂａ鲥ｄｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ８ｐｅｃｉｅｓＡｃｉｄ８Ｒ∞．，２００４，３２（Ｗｅｂｓｅｍｒｉ８ｓｕｅ）：Ｗ２４９一Ｗ２５２．［５］呲ａｉＤ，Ｊ佣∞ＰＡ．Ｃ伽ｐｆｉｅｈｅｎｓｉｖｅ蛐ａｌｙｓｉｓ０ｆＣｐＧｉ８ｌ柚ｄ８ｉｎｈｕ?ｍ∞ｃｈｍｍｏⅫ∞ｓ２ｌ锄ｄ２２［Ｊ］．Ｐｒ∞Ｎａｔｌ２００２．９９（６）：３７４０一５．［６］ＦｉｃｋｅｔｔＡｃａｄｓｃｉＵｓＡ．，ＪＷ，Ｈａｔｚｉｇ∞ｒｇｉ伽ＡＧ．Ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ＂珊ｏｔｅｒ础卿ｉｔｉｏｎ［Ｊ］．Ｇｅｎ哪ｅ‰，１９９７，７（９）：８６ｌ一８７８．［７］Ｄａｎｔｌ面ＲＶ，Ｇ联踯Ｉ，ｚｈａｒＩｇＭＱ．ｃ咖ｐｕ扭ｔｉｏｎａｌｉｄ即弼ｃａ￡ｉ∞ｏｆｐ咖ｏｔｅ鹅粕ｄｆｉ璐ｔｅｘ咖ｉｎｔＩＩｅｈｕＩＩ瑚ｇｅｎｏｍｅ［Ｊ］．Ｎ砒Ｇ删，ｎｅｗ２００１，２９（４）：４１２―４１７．［８］，Ｉ砒沥Ｄ。Ｊｏｎ黯ＰＡ．ＴｈｅＣｐＧｉＢｌａｒＩｄ８ｅａ∞ｈ盯：ａＷＷＷ睁８伽∞［Ｊ］．ＩＩＩ［９］ＳｉｌｉｃｏＢｉｏＩ．。２００３，３（３）：２３５―４０．Ｂａ硼ｓＰ，伽ｊＩｌｂ∞ｈ盯Ｓ．Ｅｐｉｇ∞ｅｔｉｃｓ：ｃｏｍｅｃｔｉＩＩｌ；ｅ删ｍｍ∞ｔ蛐ｄ鲫ｏｔｙｐｅｔ０８８（５）：４∞一８．ｐｈｅ蛳锄ｄｄｉｓｅ嘲［Ｊ］．ＪＤｅｎｔ脑．，２００９，Ａ，Ｍｅｎｄ吼Ｌ，ｅｔｂｙ［１０】ＬｅｎｈａｌｄＢ，Ｓ锄ｄｅ“ｎａ１．Ｉｄｅｎｔｉ６ｃａｔｉｏｎ０ｆ伽吡∞ｒｖｅｄ∞昏ｄａ叼ｅｌｅｍｅｎｔｓ［Ｊ］．ＪＢｉｏｌ，２００３，２（２）：１３．ｃｏｍｐ舡ａｔｉｖｅ酎ｍ仇ｎｅ卸ａＩｙｓｉｓ［２］Ｎａｋ砒８ｕｊｉＴ，Ｌｅｉｒｉｓ，Ｍ删ｍｏｔ０Ｋ，Ａｋｉｙ∞ｈｉＪ，ＴａｇｌｌｃｈｉＴ，ｓｕ妇万方数据小鼠EDNRB基因启动子生物信息学分析作者：作者单位：刊名：英文刊名：年，卷(期)：张万里， 李伟， 吴川清， 林学科， 李航， 王国斌， 陶凯雄， ZHANG Wan-li， LI Wei， WU Chuan-qing， LIN Xue-ke， LI Hang， WANG Guo-bin， TAO Kai-xiong华中科技大学同济医学院附属协和医院普外科,武汉,430022生物信息学CHINA JOURNAL OF BIOINFORMATICS)
本文链接：http://d..cn/Periodical_swxxx.aspx包含总结汇报、高中教育、自然科学、高等教育、经管营销、行业论文、医药卫生、农林牧渔、教学研究、求职职场、计划方案以及小鼠EDNRB基因启动子生物信息学分析[1]等内容。本文共2页
相关内容搜索9. 选择性的σ因子：
答：（1）选择性的ζ因子（alternative ζ factor）：
不同的ζ因子与同一种RNA pol结合，ζ因子决定了RNA pol与启动子结合 特异性（promoter specificity）。
（2）许多细菌可产生一系列ζ因子，分别用于正常和极端生长条件下的转录调控：
热激（Heat shock）反应：
E.coli在温度达37℃以上时，表达大约17中热激特有蛋白。
ζ32是rhoH基因编码的一种选择性的ζ因子，它与RNA pol结合，识别这些热激特有蛋白的启动子，启动表达。
（3）噬菌体编码自己的ζ因子：
许多噬菌体（Bacteriophage）编码自己的ζ因子，利用宿主细菌的RNA pol，选择地识别噬菌体基因启动子并表达这些基因。
10. NtrC和MerR：变构激活：
答：（1）NtrC具有ATPase活性，利用变构作用促使开放起始复合物的形成：
NtrC调控与氮代谢有关基因的表达，如glnA基因。
NtrC具有DNA结合和激活两个结构域（domain）。
只有在氮（nitrogen）浓度很低时，激酶NtrB才将NtrC磷酸化，使NtrC构象发生变化，暴露其DNA结合域并与特定启动子前序列结合，再利用ATPase活性水解ATP获取能量，将闭合的复合物转变为开放的复合物，激活转录。
（2）MerR通过扭曲启动子DNA而激活基因的转录：
MerR控制抗汞酶基因merT的转录。
merT启动子﹣10与﹣35元件相隔19bp（一般是15~17bp），这种间隔既不是ζ70启动子的最适间隔，也不能使两种元件平行排列，因此RNA pol与启动子结合后也不能形成开放复合物。
当环境中无汞（mercury）时，MerR与merT启动子﹣10～﹣35间的一段DNA结合；聚合酶能与启动子，但无法起始转录。
当汞与MerR结合时，MerR构象变化，使所结合的DNA扭曲，扭曲使merT启动子﹣10～﹣35形成类似强启动子的结构，聚合酶可以起始merT的表达。
（3）变构激活：
多数活化子通过募集RNA pol到启动子位点的方式发挥作用，如CAP和选择性ζ因子。
NtrC和MerR通过变构激活（allosteric activation）的方式发挥作用：即这些转录活化子通过DNA或蛋白质的构象变化，使已经形成的闭合起始复合物转变为开放起始复合物。
没有NtrC和MerR的参与，RNA pol可与启动子结合，但形成没有活性的闭合起始复合物。
NtrC活化子是因为自身的构象变化才能暴露出DNA结合域，与DNA结合，并利用ATPase活性使闭合复合物转变为开放复合物。
MerR活化子导致DNA构象变化，从而使闭合复合物转变为开放复合物。
11. 抑制子以多种方式发挥表达调控作用：
答：通过抑制子（Repressors）结合位点与启动子重叠，阻止RNA pol与启动子的结合，如lac 抑制子。
阻止闭合起始复合物向开放的转变，抑制子结合位点位于启动子旁边，通过与启动子上的pol的互作而阻止转录的起始，如E.coli Gal抑制子。
阻止启动子逃离，噬菌体φ29 P4蛋白与PA2的相互作用。
12. araBAD操纵子：
答：（1）AraC的抗激活作用及其对araBAD操纵子的调控：
E.coli araBAD操纵子的启动子在有阿拉伯糖（arabinose）而无葡萄糖时活化，编码阿拉伯糖代谢的酶类得以表达。
无阿拉伯糖时，AraC与araO2和araI1序列结合，抑制转录；当有阿拉伯糖与AraC结合后，AraC与araI1和araI2结合，在CAP的协助下可激活操纵子的表达。
araBAD操纵子与lac操纵子非常相似。
（2）araBAD启动子常被用于表达载体：
阿拉伯糖对araBAD启动子的诱导活化非常强大，因此，araBAD启动子常被应用于表达载体（expression vector）。
将外源基因克隆在该启动子之后，当受到阿拉伯糖的诱导时，启动外源基因的高效表达。
13. 色氨酸操纵子（the tryptophan operon）：
答：（1）Trp操纵子及其调控：
Trp操纵子编码5个结构基因，用于色氨酸的生物合成。
当细胞内色氨酸浓度很低时，这些结构基因可在调控下高效表达。
表达由2个层次：1）Trp抑制子对转录起始的抑制；2）转录起始后的衰减作用（attenuation）。
（2）Trp抑制子：
①Trp抑制子被另一个操纵子trpR编码。
②Trp抑制子是2聚体蛋白，有一个中央核心（central core）和2个DNA识别头部（DNA-reading head）（2个亚基的C-末端）。
③Trp抑制子必须与色氨酸结合形成复合物后，才可与操纵子结合，所以色氨酸被称为辅抑制子（corepressor）。色氨酸通过终产物抑制（负反馈调节，negative feed-back regulation）的方式抑制了自身的表达。
④Trp抑制子降低转录起始约70倍，而Lac抑制子的抑制活性要强很多。
⑤在Lac操纵子中乳糖作为诱导物（inducer），使抑制物失活，从而诱导操纵子的表达；Trp操纵子中色氨酸是辅抑制物，从而抑制操纵子的表达。
（3）Trp操纵子的衰减作用（attenuation）：
因为色氨酸浓度降低，抑制子不能得到辅抑制子（即色氨酸）的协助，Trp操纵子的转录得以起始（第一层次的表达调控）；随着色氨酸浓度的升高，Trp操纵子通过提前终止转录的方式抑制转录，这种调控叫衰减作用。
（4）Trp操纵子衰减作用的原理：
①细菌体内的转录和翻译是偶联的。
②Trp操纵子的前导肽含有2个连续的色氨酸残基，如果色氨酸的浓度很低，核糖体将会在这2个密码子处暂停。核糖体的暂停改变了前导RNA的二级结构，消除了此处的终止子结构，因而核糖体可将Trp操纵子成功转录完成。
③如果色氨酸浓度高，核糖体顺利通过了前导RNA中的终止子区，终止子可以形成并提前终止了RNA pol对于操纵子的继续转录。
④Trp操纵子的前导肽序列TrpL中有4个互补序列：通常1：2，3：4区配对，3：4配对形成终止子，2：3配对破坏终止子。
⑤核糖体对Trp操纵子前导肽中2个连续色氨酸残基的翻译与色氨酸的浓度有关，决定是否形成终止子，提前终止已经进行的转录。Trp浓度低时，核糖体停留在第10和11密码子处（1区），妨碍了1：2区配对，则2：3配对，终止子3：4配对不能形成，转录成
看过本文章的还看过。。。
基因的分子生物学读书笔记_理学_高等教育_教育专区。基因的分子生物学读书笔记 分......
基因的分子生物学读书笔记_理学_高等教育_教育专区。基因的分子生物学读书笔记 分......
我掌握了以中心法则为核心的最基 本的分子生物学知识 了解了基因表达调控的基本...东北师大附中理科学霸高中化学选修5笔记89份文档 应届生求职季宝典 .........
朱玉贤版分子生物学学习笔记_理学_高等教育_教育专区。modern molecular biology 第...复制以 dna 双链为模板,转录以 dna 的一条链为模板。c、原料不同。复制 的.........
!!分子生物学笔记完全版_韩语学习_外语学习_教育专区。!!分子生物学笔记完全版列〃 一个典型的真核基因包括 ①编码序列—外显子(exon) ②插入外显子之间的非编.........
分子生物学实验课上所讲授的质粒提取、蓝白斑筛选、rna 提取及鉴定、基因组 dna 提取、western blot、琼脂糖凝胶电泳、pcr 技术等都是我现在常用的技术。在实验课.........
分子生物学笔_生物学_自然科学_专业资料。朱玉贤版分子生物学读书笔记基因的结构 dna 的复制、修复和重组基因表达的调控原癌基因与抑癌基因信号转导细胞周期及其调节.........
现在分子生物学(笔记) 朱玉... 78页 免费 医学分子生物学重点汇总 5页 免费...基因:编码 rna 或蛋白质的全部核苷酸序列,包括结构基因 调控基因 结构基因和调控.........
51页 8财富值 一级建造师学习笔记(实务经... 34页 10财富值如要投诉违规内容...一、 1、分子生物学:指分子遗传学,偏重于核酸的分子生物学,研究基因或 dna .........
分子生物学课件重点整理 ... 33页 免费 现在分子生物学(笔记) 朱玉... ..人类基因为大写斜体 第3节 真核生物的断裂基因 节一、 割裂基因的发现 1977,.........
“n+2” 的内涵 分子生物学 1、课程综述(15分) 2、课外读书笔记(15分) ..笔记(10分) 5、期末考试(40分) 267 教学大纲 1 绪论 2 染色体与dna 3 .........
生命是什么读书笔记(共8篇)_职业规划_求职职场_...的一致性以及通过诱变进行的果蝇基因在染色 体上的...《生 命是什么》这本通俗读物为以后分子生物学的.........
医学分子生物学原理(复习题... 21页 免费 分子生物学核心笔记 10页 免费 分子...质粒——是细菌细胞内携带的染色体外的 dna 分子,是共价闭合的环状 dna 分子,.........
现在分子生物学(笔记) 朱... 78页 免费 分子生物学技术 139页 1下载券 医学...1953 年 james watson 和 francis cnck 借助于几个实验室的研究成就,根据 dna.........
分子生物学试题及答案 3页 免费喜欢此文档的还喜欢 现在分子生物学(笔记) 朱玉...d dna分子中的超螺旋:( ) 类型:选择题 选择:(a)仅发生于环状dna中.如果双.........
医学分子生物学 57页 免费 分子生物学核心笔记 10页 免费 现在分子生物学(笔记...(四)基因工程技术既是突破,也是融合,既是科学,也是技术.它们是分子生物学,生物.........
肿瘤的基因治疗过程 二、分子生物技术在医学领域的应用 分子生物纳米技术在医学...2014全国高考状元联手分享状元笔记 衡水中学文科学霸高中数学笔记 清华附中文科学霸.........
现在分子生物学(笔记) 朱玉... 78页 免费 分子生物学复习 16页 1财富值如...倍,形成染色体压缩 5 c value(c 值):即一种生物单倍体基因组 dna 的总量..........
2、真核基因结构 “基因”的分子生物学定义:产生一条多肽链或功 能rna所必需...2014全国高考状元联手分享状元笔记 衡水中学文科学霸高中数学笔记 清华附中文科学霸.........
确定了生物遗传的物质基础是 dna 现代分子生物学的建立和发展阶段(20 世纪 50 年代初到 70 年代初) 这一阶段以 1953 年 watson 和 crick 提出的 dna 双螺旋.........
普通生物学笔记 普通生物学讲课文本 绪论 思考题:..如对 基因物质 dna 的深入研究, 使定向改变生物的...近年来,从分子的水平来阐明生命现象的本质,已涉及.........
■ 热门推荐}