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如何做一个小分子化合物与蛋白结构的Binding
做了一个已知结构的靶点（一个GPCR）的小分子化合物，目前在细胞水平上效果不错，目前我想知道蛋白与小分子之间如何binding，一是为了更好的改造活性，另一个是为了学习一下这项先进的技术。在PDB的网站上浏览了一下，还是不会，有没有高手知道学习这些需要什么软件，有什么教程吗？PDB码如何获得。谢谢指教了。
请问做这种东东能发几分的文章？
我们做的不是这方面，只是比较感兴趣，对于我们只是辅助，没有专业作这方面。
您好 可以问一下prote-on xpr是什么吗？我现在想用同源建模拿到我的目的蛋白的近似结构，然后用（？不知道用什么软件）得到我的蛋白特定位点的突变体以及小分子配体的analog的分子文件，然后进行对接筛选。不知道怎么做，之前通过swiss-model database做了一下同源建模，然后挑了几个突变位点，现在在做克隆，但是还是觉得做一下分子对接比较安心，怕以后发现之前的工作一点意义都没有。请求帮助啊，我装了Pymol和DS，但是还不会用，而且英文教程又太难看懂（看的很慢），不知道有没有好的例子（文献）或者教程、经验可以分享一下？
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免疫球蛋白和病菌结合后抑制该病菌繁殖的过程为什么是体液免疫?抗毒素是小分子化合物,类毒素是大分子化合物有什么错吗?
○●①●①○①
免疫球蛋白和病菌上面的受体结合,形成细胞集团沉淀,最后被吞噬细胞消灭,在内环境中发生,所以是体液免疫.后面那个就不知道了（我想类毒素是蛋白质吧,可能是小分子化合物 不确定啦）
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【求助】小分子化合物与靶蛋白相互作用的研究
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这个帖子发布于8年零91天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我想研究小分子化合物（分子量大约在300左右）和其靶蛋白是如何相互作用的机理。我查一些文献得知荧光实验可以了解下列指标：1他们之间是靠什么力结合的。2结合距离，结合常数。3结合位点数及构象变化等等。 请问各位老师，谁还有什么更好的建议吗？如果要继续深入下去该怎样去做呢？ 我对小分子化合物与靶蛋白相互作用的研究所知甚少，求助这方面有经验的老师指教，深表感谢！！！急！！！
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除了结合常数外，其它信息都很难得到，几乎不可能通过荧光试验得到。
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可是我查到了相关的文献了，是利用荧光萃灭实验，同步荧光、三维荧光的方法得到了他们之间是靠什么力结合的。结合距离，结合常数。结合位点数及构象变化等等指标了。
SBC123你怎么说得不到呢？？
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你能否把文献列出？即使有了x-ray，也不很容易可靠地知道靠什么力，结合位点数（大多数都是猜测，一个经典例子是pi-stacking，现在还争论不休）。结合距离和构想变化相对容易测，但重复性是个问题。一个相对容易做的试验是热力学滴定，可以告诉你熵焓在自由能中的分布。一般认为熵来自疏水作用，焓来自极性作用如氢键，偶极。
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&我想研究小分子化合物（分子量大约在300左右）和其靶蛋白是如何相互作用的机理&。可以有以下几种方法：（1）计算机辅助方法，从能量角度研究，如果有结合，应当可以通过能量计算做出判断。（2）圆二色谱方法，因为小分子如果与靶蛋白结合可以改变靶蛋白的二级构象，也可以做出它的结合常数。（3）等温滴定微热量法，研究结合过程的结合位点数和结合常数，计算结合熵，结合自由能。（4） 生物筛选方法。
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SBC123可否留下你的QQ号或Email啊？我是学微生物的，对这方面的研究知道的很少很少，想有幸能与你交流一下！谢谢！
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yhming0306:请寄：
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蛋白质分子是生物大分子，那么蛋白质与分子内部是否可以容下一些小分子？为什么？
黎约践踏猪0412
不可以，蛋白质的空间结构是建立在稳定的相互作用力基础上，结构内出现别的分子将会打破力的平衡导致蛋白质解体
有一些蛋白质分子内部本身含有小分子化合物，有一些蛋白质，特别是酶类，需要与小分子化合物结合后表现出其活性。
生物大分子指的是由单体构成的生物大分子，不是体积大。应该没有小分子，因为有活性的蛋白质都有特定的空间结构，有了小分子，空间结构就破坏了。
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