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利用微卫星标记分析北京油鸡的遗传多样性微卫星及其应用_百度文库
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微卫星及其应用
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你可能喜欢怎么统计ISSR样带及计算等位基因的频率(等位基因) - PCR实验 - 生物秀
标题: 怎么统计ISSR样带及计算等位基因的频率(等位基因)
摘要: [怎么统计ISSR样带及计算等位基因的频率(等位基因)] 各位战友，我正在写毕业论文，但不知怎么统计ISSR样带尤其是怎么计算等位基因的频率，还请各位战友指教，不胜感激。 关键词:[等位基因]……
各位朋友，我正在写毕业论文，但不知怎么统计ISSR样带尤其是怎么计算等位基因的频率，还请各位朋友指教，不胜感激。
按Lelley 等[7 ]对经非变性聚丙烯酰胺凝胶分离的微卫星扩增产物分析方法进行数据统计后,采用Nei[8 ]的方法计算相似系数( GS ) : GS = 2Nij/ ( Ni +Nj) ,其中Ni 和Nj 分别为i 和j 两材料的总等位基因数, Nij为i 和j 两材料的共有等位基因数。遗传差异( GD) = 1 - GS ,利用GD 值按不加权成对群算数平均法(UPGMA) 进行聚类分析。[ 7 ] 　Lelley T , Stachel M, Grausgruber H , Vollman J . Analysis of rela2tionship between Aegilops tauschil and the D2genome of wheat utiliz2ing microsatellites. Genome , 2000 , 43 : 661～668.[ 8 ] 　Nei M,Li W H. Mathematical model for studying genetic variation interms of restriction endonucleases. Proc. Natl . Acad. Sci . USA ,1979 , 76 :.
谢谢了。他做的是ISSR 你告诉他SSR统计的方法也行啊？我不太懂 是不是就是可以这样做的哦希望你不是看错他的问题了 他问的是ISSR哦
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电话：021-十万火急：如何查找微卫星标记的序列重复次数(序列,微卫星标记,基因定位) - DNA技术 - 生物秀
标题: 十万火急：如何查找微卫星标记的序列重复次数(序列,微卫星标记,基因定位)
摘要: [十万火急：如何查找微卫星标记的序列重复次数(序列,微卫星标记,基因定位)] 我在做一个基因定位的课题，可是不知道从何下手
现在正摸索着选标记。可是从那里可以查到微卫星标记的序列重复次数呢？比方说某个标记为CA repeats，简写为（CA ）n，但是怎么样可以知道n=多少呢？
十万火急啊！请帮帮我把 关键词:[序列 微卫星标记 基因定位]……
我在做一个基因定位的课题，可是不知道从何下手
现在正摸索着选标记。可是从那里可以查到微卫星标记的序列重复次数呢？比方说某个标记为CA repeats，简写为（CA ）n，但是怎么样可以知道n=多少呢？
十万火急啊！请帮帮我把
回复很抱歉，你的问题太专了，我们的现在似乎很少有人从事这个方面的工作。很长时间没有答复，对不起！回复选用微卫星作为基因标记正是因为其具有高度的长度多态性，（CA ）n意味（CA ）序列的重复次数是不确定的。由于人类是二倍体，所以对于一个特定的微卫星位点其体细胞DNA就可能有两种长度，比如，父方来源等位基因片段为CA10,母方来源等位基因片段为CA12，则该人的基因型为CA10、CA12，由于不同长度的微卫星序列标记了基因，所以可以进行等位基因分析。
对于一个微卫星序列，其STR序列重复次数可以到数据库中查询，比如NCBI的UNI STS, CHLC数据库等，甚至某些位点说明了每种重复长度的人群分布。
不知说明白了没有，如果有问题可以再来信询问。
回复前两位的回答不知你清除没有？
微卫星标记的两侧全序列（包括微卫星）可以在NCBI中查找
找出来一数数就知道了。不过先要知道你要做的微卫星标志
的名称就可以搜索。
比如D10S等等，有哼多这样的标志在基因组上。回复D16S3093 UniSTS:23226
Primer Information
Forward primer: CAAGGGCAAAACTCCAT
Reverse primer: CCAAAAGGTTGATTCTCTG
PCR product size: 262-274 (bp), Homo sapiens
GenBank Accession: Z53476
Homo sapiens
Name: D16S3093
Also known as: , Z53476, AFMb308zh9, RH15586, RH31368, RH83445, HSB308ZH9, SHGC-20949, gdb:604259
Cross References
RH details RH15586 Genebridge4
RH31368 Genebridge4
RH31368 Stanford G3
RH83445 Genebridge4
RH83445 Stanford TNG
GDB GDB:610602
gdb:604259
Mapping Information
View all results using the Map Viewer
D16S3093 Sequence Map: Chr 16 mv
Position: 08364 (bp)
D16S3093 deCODE Map: Chr 16
AFMb308zh9 NCBI RH Map: Chr 16 mv
Position: 232.2 (cR)
Lod score: 3.75
SHGC-20949 TNG Map: Chr 16 mv
Lod score: 7.4
Reference Interval: 45
SHGC-20949 SHGC-G3 Map: Chr 16 mv
Position: 1489 (cR10000)
Lod score: F
Reference Interval: 1000:1 bin 29
AFMb308zh9 Genethon Map: Chr 16 mv
Position: 50.80 (cM)
AFMb308zh9 Marshfield Map: Chr 16 mv
Position: 52.26 (cM)
AFMb308zh9 GM99-G3 Map: Chr 16 mv
Position: 1449 (cR10000)
Lod score: F
Reference Interval: D16S (50.8-56.2 cM)
AFMb308zh9 GM99-GB4 Map: Chr 16 mv
Position: 207.79 (cR3000)
Lod score: F
Reference Interval: D16S (50.8-56.2 cM)
Electronic PCR results
Working Draft phase 1 (from GenBank HTGS division) (1)
AC 29888 .. 30157 Homo sapiens chromosome 3 clone RP11-417E21 map 3p, WORKING DRAFT SEQUENCE, 21 unordered pieces (180953 bp)
Working Draft phase 2 (from GenBank HTGS division) (1)
AC 58584 .. 58855 Homo sapiens chromosome 16 clone RP11-142A12, WORKING DRAFT SEQUENCE, 4 ordered pieces (162375 bp)
不好意思，俺真看不懂，数哪儿？回复D16S3093 UniSTS:23226
Primer Information
Forward primer: CAAGGGCAAAACTCCAT
Reverse primer: CCAAAAGGTTGATTCTCTG
PCR product size: 262-274 (bp), Homo sapiens
GenBank Accession: Z53476
Homo sapiens
Name: D16S3093
Also known as: , Z53476, AFMb308zh9, RH15586, RH31368, RH83445, HSB308ZH9, SHGC-20949, gdb:604259
Cross References
RH details RH15586 Genebridge4
RH31368 Genebridge4
RH31368 Stanford G3
RH83445 Genebridge4
RH83445 Stanford TNG
GDB GDB:610602
gdb:604259
Mapping Information
View all results using the Map Viewer
D16S3093 Sequence Map: Chr 16 mv
Position: 08364 (bp)
D16S3093 deCODE Map: Chr 16
AFMb308zh9 NCBI RH Map: Chr 16 mv
Position: 232.2 (cR)
Lod score: 3.75
SHGC-20949 TNG Map: Chr 16 mv
Lod score: 7.4
Reference Interval: 45
SHGC-20949 SHGC-G3 Map: Chr 16 mv
Position: 1489 (cR10000)
Lod score: F
Reference Interval: 1000:1 bin 29
AFMb308zh9 Genethon Map: Chr 16 mv
Position: 50.80 (cM)
AFMb308zh9 Marshfield Map: Chr 16 mv
Position: 52.26 (cM)
AFMb308zh9 GM99-G3 Map: Chr 16 mv
Position: 1449 (cR10000)
Lod score: F
Reference Interval: D16S (50.8-56.2 cM)
AFMb308zh9 GM99-GB4 Map: Chr 16 mv
Position: 207.79 (cR3000)
Lod score: F
Reference Interval: D16S (50.8-56.2 cM) Electronic PCR results Working Draft phase 1 (from GenBank HTGS division) (1)
AC 29888 .. 30157 Homo sapiens chromosome 3 clone RP11-417E21 map 3p, WORKING DRAFT SEQUENCE, 21 unordered pieces (180953 bp)
Working Draft phase 2 (from GenBank HTGS division) (1)
AC 58584 .. 58855 Homo sapiens chromosome 16 clone RP11-142A12, WORKING DRAFT SEQUENCE, 4 ordered pieces (162375 bp)
不好意思，俺真看不懂，数哪儿？您好，我也在做微卫星，是新手，请问您根据编号找到微卫星序列信息后，也就是这个表，引物直接用它给出的吗？还需要自己根据微卫星DNA序列重新设计吗？忘指导！
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电话：021-用4个微卫星标记分析7个绵羊群体之间的遗传关系_王吉振_百度文库
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用4个微卫星标记分析7个绵羊群体之间的遗传关系_王吉振
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