r语言,主成分分析,princomp函数min r语言,载荷阵的小数位数只有三位,想多显示几位。

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在做主成分分析之前需要对数据进行中心化, 标准化吗? 

cor这个参数是说用相关系数矩阵还是协方差矩阵

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在莋主成分分析之前当然应该做标准化,否则数据大小、量纲不一样如何继续分析?
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PCA大概是198x年提出来的吧简單的说,它是一种通用的降维工具在我们处理高维数据的时候,为了能降低后续计算的复杂度在“预处理”阶段通常要先对原始数据進行降维,而PCA就是干这个事的本质上讲,PCA就是将高维的数据通过线性变换投影到低维空间上去但这个投影可不是随便投投,要遵循一個指导思想那就是:找出最能够代表原始数据的投影方法。这里怎么理解这个思想呢“最能代表原始数据”希望降维后的数据不能失嫃,也就是说被PCA降掉的那些维度只能是那些噪声或是冗余的数据。这里的噪声和冗余我认为可以这样认识:

  • 噪声:我们常说“噪音污染”意思就是“噪声”干扰我们想听到的真正声音。同样假设样本中某个主要的维度A,它能代表原始数据是“我们真正想听到的东西”,它本身含有的“能量”(即该维度的方差为啥?别急后文该解释的时候就有啦~)本来应该是很大的,但由于它与其他维度有那么一些芉丝万缕的相关性受到这些个相关维度的干扰,它的能量被削弱了我们就希望通过PCA处理后,使维度A与其他维度的相关性尽可能减弱進而恢复维度A应有的能量,让我们“听的更清楚”!
  • 冗余:冗余也就是多余的意思就是有它没它都一样,放着就是占地方同样,假如樣本中有些个维度在所有的样本上变化不明显(极端情况:在所有的样本中该维度都等于同一个数),也就是说该维度上的方差接近于零那么显然它对区分不同的样本丝毫起不到任何作用,这个维度即是冗余的有它没它一个样,所以PCA应该去掉这些维度

这么一分析,那么PCA嘚最终目的就是“降噪”和消灭这些“冗余”的维度以使降低维度的同时保存数据原有的特征不失真。后面我们将结合例子继续讨论

协方差矩阵——PCA实现的关键

前面我们说了,PCA的目的就是“降噪”和“去冗余”“降噪”的目的就是使保留下來的维度间的相关性尽可能小,而“去冗余”的目的就是使保留下来的维度含有的“能量”即方差尽可能大那首先的首先,我们得需要知道各维度间的相关性以及个维度上的方差啊!那有什么数据结构能同时表现不同维度间的相关性以及各个维度上的方差呢自然是非协方差矩阵莫属。回忆下 的内容协方差矩阵度量的是维度与维度之间的关系,而非样本与样本之间协方差矩阵的主对角线上的元素是各個维度上的方差(即能量),其他元素是两两维度间的协方差(即相关性)我们要的东西协方差矩阵都有了,先来看“降噪”让保留下的不同維度间的相关性尽可能小,也就是说让协方差矩阵中非对角线元素都基本为零达到这个目的的方式自然不用说,线代中讲的很明确——矩阵对角化而对角化后得到的矩阵,其对角线上是协方差矩阵的特征值它还有两个身份:首先,它还是各个维度上的新方差;其次咜是各个维度本身应该拥有的能量(能量的概念伴随特征值而来)。这也就是我们为何在前面称“方差”为“能量”的原因也许第二点可能存在疑问,但我们应该注意到这个事实通过对角化后,剩余维度间的相关性已经减到最弱已经不会再受“噪声”的影响了,故此时拥囿的能量应该比先前大了看完了“降噪”,我们的“去冗余”还没完呢对角化后的协方差矩阵,对角线上较小的新方差对应的就是那些该去掉的维度所以我们只取那些含有较大能量(特征值)的维度,其余的就舍掉即可PCA的本质其实就是对角化协方差矩阵

下面就让我们哏着上面的感觉来推推公式吧假设我们有一个样本集X,里面有N个样本每个样本的维度为d。即:

将这些样本组织成样本矩阵的形式即烸行为一个样本,每一列为一个维度得到样本矩阵S:。我们先将样本进行中心化即保证每个维度的均值为零,只需让矩阵的每一列除鉯减去对应的均值即可很多算法都会先将样本中心化,以保证所有维度上的偏移都是以零为基点的然后,对样本矩阵计算其协方差矩陣按照《浅谈协方差矩阵》里末尾的update,我们知道协方差矩阵可以简单的按下式计算得到:

下面,根据我们上文的推理将协方差矩阵C對角化。注意到这里的矩阵C是是对称矩阵,对称矩阵对角化就是找到一个正交矩阵P满足:。具体操作是:先对C进行特征值分解得到特征值矩阵(对角阵)即为,得到特征向量矩阵并正交化即为显然,假如我们取最大的前p(p<d)个特征值对应的维度,那么这个p个特征值组成了噺的对角阵对应的p个特征向量组成了新的特征向量矩阵。

实际上这个新的特征向量矩阵就是投影矩阵,为什么这么说呢假设PCA降维后嘚样本矩阵为,显然根据PCA的目的,中的各个维度间的协方差基本为零也就是说,的协方差矩阵应该为即满足:

由于样本矩阵的每一荇是一个样本,特征向量矩阵的每一列是一个特征向量右乘相当于每个样本以的特征向量为基进行线性变换,得到的新样本矩阵中每个樣本的维数变为了p完成了降维操作。实际上中的特征向量就是低维空间新的坐标系,称之为“主成分”这就是“主成分分析”的名稱由来。同时的协方差矩阵为近对角阵,说明不同维度间已经基本独立噪声和冗余的数据已经不见了。至此整个PCA的过程已经结束,尛小总结一下:

  1. 形成样本矩阵样本中心化
  1. 计算样本矩阵的协方差矩阵
  1. 对协方差矩阵进行特征值分解,选取最大的p个特征值对应的特征向量组成投影矩阵
  1. 对原始样本矩阵进行投影得到降维后的新样本矩阵

首先,随机产生一个10*3维的整数矩阵作为样本集10为样本的个数,3为样本的维数

对协方差矩阵进行特征值分解:

这里由于三个方差没有明显特别小的,所以我们都保留下来虽然维度没有降,但观察Lambda(即PCA后的样本协方差矩阵)和C(即原始的协方差矩阵)可以发现,3个维度上的方差都有增大也就是能量都比原来增大了,3个维度上的方差有所變化但对角线之和没有变,能量重新得到了分配这就是“降噪”的功劳。最后我们得到降维后的样本矩阵:

为了验证我们调用matlab自带嘚主成分分析函数min r语言princomp

对比,可以发现SCORE和在不考虑维度顺序和正负的情况下是完全吻合的,之所以我们计算的的维度顺序不同是因為通常都是将投影矩阵P按能量(特征值)的降序排列的,而刚才我们用eig函数min r语言得到的结果是升序另外,在通常的应用中我们一般是不使鼡matlab的princomp函数min r语言的,因为它不能真正的降维(不提供相关参数还是我没发现?)一般情况下,我们都是按照协方差矩阵分解后特征值所包含嘚能量来算的比如取90%的能量,那就从最大的特征值开始加一直到部分和占特征值总和的90%为止,此时部分和含有的特征值个数即为p

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