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求助！limma包中间卡住了（重赏）
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问题已解决悬赏丁当:30
各路高人，来看看，我用limma包算差异基因的时候卡住做不下去了。以前都是直接用affy包读取CEL文件，然后做归一化等等处理，然后limma做差异，所以有一套语言一直在用，然后最近有一批已经处理过的xlsx格式数据，直接找差异基因就行了。但是我用算法出现问题了，具体是这样的：raw&-read.table(&test1.csv&)#先读取数据，这里有问题吗？需要设置header吗？design &- model.matrix(~ -1+factor(c(1,1,1,1,1, 2,2,2,2,2,2,2,2,2)))colnames(design) &- c(&A&, &B&)fit &- lmFit(eset, design)#然后这里就出问题了Error in rowMeans(y$exprs, na.rm = TRUE) : 'x'必需为数值#这里eset是我以前做数据的时候用的，是不是该改成raw？但是不管该成什么都是有上面的提示这个是什么意思？是我数据里面有非数值出现？请各位高手来看看解答一下，比较着急
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eset&- read.csv(&C://Users//Administrator//Desktop//test1.csv&,row.names = 1)design &- model.matrix(~ -1+factor(c(1,1,1,1,1, 2,2,2,2,2,2,2,2,2)))colnames(design) &- c(&A&, &B&)fit &- lmFit(log(eset), design)
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额。。。感谢楼上的给顶贴，还是希望有人来回答啊，割肉了30个叮当。。。
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不错！好棒
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raw.data &- read.csv(&R.csv&)试试这个
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唉，就这位仁兄靠谱点，先试试
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limma必须用log后的数据
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eset&- read.csv(&C://Users//Administrator//Desktop//test1.csv&,row.names = 1)design &- model.matrix(~ -1+factor(c(1,1,1,1,1, 2,2,2,2,2,2,2,2,2)))colnames(design) &- c(&A&, &B&)fit &- lmFit(log(eset), design)
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帮你置顶，吸引更多人讨论～
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dachong99 帮你置顶，吸引更多人讨论～哇，把版主也炸出来了，谢谢版主置顶~~我觉得咱们这个版，其实有很多人都遇到各种各样的问题，希望各位老手们多多施予援手，哪天我们这些小白就能慢慢解答一些原来觉得挺难的问题了
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dachong99 edited on
897004 eset&- read.csv(&C://Users//Administrator//Desktop//test1.csv&,row.names = 1)design &- model.matrix(~ -1+factor(c(1,1,1,1,1, 2,2,2,2,2,2,2,2,2)))colnames(design) &- c(&A&, &B&)fit &- lmFit(log(eset), design)这位朋友，早来一点点我就把最佳答案给你了OTZ
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我也正在学习阶段
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关于丁香园用oligo包来读取affymetix的基因表达芯片数据-CEL格式数据 | 生信菜鸟团关注今日：17 | 主题：108351
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即送15丁当
重发如何用R及bioconductor分析GEO数据库别人上传的芯片信息？
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这个帖子发布于6年零67天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
GEO数据库有很多老外上传的基因芯片信息，几乎都是CEL文件，究竟如何从这些CEL文件中得到未在文章中揭露的差异表达基因的相关信息，我整整查了两个多星期的资料，可是还是弄不明白，希望过来的同道们给俺指点一下，感激不尽！目前，我有几个疑问，如下：1. 分析别人的CEL文件的大概思路是什么？我下载了springer上面的两本资料，但还是看不明白来，不怕大家笑话，自己太菜了。2. 我安装了R以后，键入biocLite()后安装bioconductor包的时候，为什么最后提示：The downloaded packages are inC:\Documents and Settings\Administrator\Local Settings\Temp\RtmpmVYdbb\downloaded_packages这表示软件包已经下载，但是我打不开这个目录，貌似没有啊，是不是这些包已经自动安装了，还是要特别的方法安装？3.我下载了《Bioconductor Case Studies》，里面有例子，但是里面的ALL编程包怎么也安装不了，希望能给点指点，谢谢。另外《》，我也下载了，希望和大家一起分享。我在园子里搜了几乎所有的帖子，还是不太明白。
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weibin0528 edited on
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1. 按照Bioconductor官网上的说明，在R界面下输入source(&http://bioconductor.org/biocLite.R&)biocLite()等待系统自动安装默认的Bioconductor packages。如果要安装特定的package，比如gcrma，则第二行输入biocLite(&gcrma&)安装的过程是首先下载各个package的压缩包到系统临时文件夹，然后自动解压安装到R安装目录下。所以安装完毕后，在windows xp下会有如下提示：The downloaded packages are inC:\Documents and Settings\Administrator\Local Settings\Temp\RtmpmVYdbb\downloaded_packages这个只是告诉你下载的压缩包在临时文件夹中存放的位置。因为在windows中，系统临时文件夹默认是隐藏的，所以你看不到，需要在“查看文件夹选项”里勾选“显示隐藏的文件和文件夹”。2. 从NCBI GEO下载原始数据，比如GSE16265_RAW.tar，解压到比如GSE16365_RAW，会发现里面包含一系列压缩包，不用再解压了。然后用如下命令读入CEL文件：&library(affy)&affybatch &- ReadAffy(celfile.path = &GSE16365_RAW&)请注意目录的路径，在window下，反斜杠‘\’要用转义字符“\\”表示。然后可以使用RMA或者MAS5等方法对数据进行background.correction, normaliztion, pm.correct等等一系列处理。如果你一切用默认参数，则可以使用如下命令：&eset &- rma(affybatch)，or eset &- mas5(affybatch)&exp &- exprs(eset)exp就是数字化的表达谱矩阵了请注意，rma只使用pm信号，exp数据已经进行log2处理。mas5综合考虑pm和mm信号，exp数据没有取对数。具体请参阅bioconductor网站上affy相关技术文档和算法相关文献。
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您应该去affymetrix官方网站下载您所用的小鼠芯片相应的注释文件。初学者还是要尽量下载CEL格式的文件分析。另外建议用几天时间把Affy这个包的说明文件仔细读一遍。很多事情虽然可以照着运行，表面上看起来就几行代码而已，但具体原理和代码还真是得自己摸索出来。
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bluerye edited on
第一，bioconductor没有名叫&sma&的package第二，直接搜accession number，比如GSE16265就好了我发的那个tar文件名是最后下载下来的原始数据压缩文件……忘了说一点，如果ReadAffy用目录读取，那么就是读取指定目录下所有的cel文件。如果有一些是你这次分析不需要的，请记得把它们移走
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没人帮忙吗
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GEO的数据可以用bioconductor包GEOquery来获取。安装不了，要贴出错信息。不会问问题，就别指望别人来回答。
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1. 按照Bioconductor官网上的说明，在R界面下输入source(&http://bioconductor.org/biocLite.R&)biocLite()等待系统自动安装默认的Bioconductor packages。如果要安装特定的package，比如gcrma，则第二行输入biocLite(&gcrma&)安装的过程是首先下载各个package的压缩包到系统临时文件夹，然后自动解压安装到R安装目录下。所以安装完毕后，在windows xp下会有如下提示：The downloaded packages are inC:\Documents and Settings\Administrator\Local Settings\Temp\RtmpmVYdbb\downloaded_packages这个只是告诉你下载的压缩包在临时文件夹中存放的位置。因为在windows中，系统临时文件夹默认是隐藏的，所以你看不到，需要在“查看文件夹选项”里勾选“显示隐藏的文件和文件夹”。2. 从NCBI GEO下载原始数据，比如GSE16265_RAW.tar，解压到比如GSE16365_RAW，会发现里面包含一系列压缩包，不用再解压了。然后用如下命令读入CEL文件：&library(affy)&affybatch &- ReadAffy(celfile.path = &GSE16365_RAW&)请注意目录的路径，在window下，反斜杠‘\’要用转义字符“\\”表示。然后可以使用RMA或者MAS5等方法对数据进行background.correction, normaliztion, pm.correct等等一系列处理。如果你一切用默认参数，则可以使用如下命令：&eset &- rma(affybatch)，or eset &- mas5(affybatch)&exp &- exprs(eset)exp就是数字化的表达谱矩阵了请注意，rma只使用pm信号，exp数据已经进行log2处理。mas5综合考虑pm和mm信号，exp数据没有取对数。具体请参阅bioconductor网站上affy相关技术文档和算法相关文献。
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weibin0528 edited on
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weibin0528 edited on
1. 安装的问题已经基本解决，但是在安装个别package时出现了问题，比如：& biocLite(&sma&)Using R version 2.12.2, biocinstall version 2.7.5.Installing Bioconductor version 2.7 packages:[1] &sma&Please wait...警告信息：In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :package ‘sma’ is not availabl请教这是怎么一回事？2. 看了这句话“从NCBI GEO下载原始数据，比如GSE16265_RAW.tar，解压到比如GSE16365_RAW，会发现里面包含一系列压缩包，不用再解压了。” 试了一下，找不到“GSE16265_RAW.tar“。参考下面图。能否提示一下在哪里找GSE16265_RAW.tar。
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weibin0528 edited on
这个是上面图片的衔接，找不到“_RAW.tar”类型的文件下载。
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第一，bioconductor没有名叫&sma&的package第二，直接搜accession number，比如GSE16265就好了我发的那个tar文件名是最后下载下来的原始数据压缩文件……忘了说一点，如果ReadAffy用目录读取，那么就是读取指定目录下所有的cel文件。如果有一些是你这次分析不需要的，请记得把它们移走
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谢谢，上面问题先不回答，用手机上网，不太方便。今天又遇到下面问题:2 我直接从网上下个 RMySQL_0.7-5.tar.gz 的package, 直接用菜单命令 程序包---从本地zip文件安装程序包 ， 发现无法读取， 另外也无法在线安装， 不知道是不是有其他途径可以安装?
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weibin0528 谢谢，上面问题先不回答，用手机上网，不太方便。今天又遇到下面问题:2 我直接从网上下个 RMySQL_0.7-5.tar.gz 的package, 直接用菜单命令 程序包---从本地zip文件安装程序包 ， 发现无法读取， 另外也无法在线安装， 不知道是不是有其他途径可以安装?CRAN的包可以选个镜像直接安装install.packages(“RMySQL” , dependencies =TRUE)
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bluerye edited on
bluerye CRAN的包可以选个镜像直接安装install.packages(“RMySQL” , dependencies =TRUE)谢谢，不过我输入命令后，出现下面提示，仍然不能安装成功，不知怎么回事？？& install.packages(&RMySQL&,dependencies =TRUE)将程序包安装入‘D:\My Documents/R/win-library/2.12’(因为‘lib’没有被指定)警告信息：In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :package ‘RMySQL’ is not available
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install.packages(&RMySQL&,lib=&D:\\My Documents\\R\\win-library\\2.12\\&,dependencies=TRUE)再试试这个。
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bluerye install.packages(&RMySQL&,lib=&D:\\My Documents\\R\\win-library\\2.12\\&,dependencies=TRUE)再试试这个。还是不行，不知道有没有其他的方法可以安装上？另外，我已经下载了这个程序包，能不能手动安装？大家可以看看这个程序包，可以在bioconductor上搜索到，但就是不能装上。
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weibin0528 edited on
weibin0528 还是不行，不知道有没有其他的方法可以安装上？另外，我已经下载了这个程序包，能不能手动安装？大家可以看看这个程序包，可以在bioconductor上搜索到，但就是不能装上。我又琢磨了一下，RMySQL 好像没有在windows上安装的版本（zip文件）.难道这个包不能安装吗，那怎么分析数据那？
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Growlywolf 第一，bioconductor没有名叫&sma&的package第二，直接搜accession number，比如GSE16265就好了我发的那个tar文件名是最后下载下来的原始数据压缩文件……忘了说一点，如果ReadAffy用目录读取，那么就是读取指定目录下所有的cel文件。如果有一些是你这次分析不需要的，请记得把它们移走sma包先不管了，主要是举个例子，我现在已经学会了直接安装下载下来的package的方法。通过GSE16265号码，我已经下载了raw文件，里面包括不少样本信息，如果我想直接从中下载部分样本信息，也就是挑出几个cel文件来单独分析的话，能不能吧这几个cel文件转换成类似于conductor网站上的package，直接载入？
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weibin0528 我又琢磨了一下，RMySQL 好像没有在windows上安装的版本（zip文件）.难道这个包不能安装吗，那怎么分析数据那？Linux大多数生物信息学分析都是在Linux平台下完成的
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Growlywolf Linux大多数生物信息学分析都是在Linux平台下完成的是啊。一直用的windows，难不成换系统？
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weibin0528 通过GSE16265号码，我已经下载了raw文件，里面包括不少样本信息，如果我想直接从中下载部分样本信息，也就是挑出几个cel文件来单独分析的话，能不能吧这几个cel文件转换成类似于conductor网站上的package，直接载入？先弄清几个概念：cel是原始数据文件，package是一组特定函数或程序的集合。这两个概念完全不是一个范畴内的东西。利用特定的package，读取cel原始数据，生成affybatch对象，然后经过背景校正、标准化等等一系列处理，转化为数字化的表达谱，进行下一步分析。
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Growlywolf 先弄清几个概念：cel是原始数据文件，package是一组特定函数或程序的集合。这两个概念完全不是一个范畴内的东西。利用特定的package，读取cel原始数据，生成affybatch对象，然后经过背景校正、标准化等等一系列处理，转化为数字化的表达谱，进行下一步分析。是啊，刚才下载了raw文件，输入命令，提示没有CEL文件，继续找，人家根本没有上传CEL文件，而是gpr格式的，当然还发现又txt的，怪了，看来要从基础学起了。
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Growlywolf 2. 从NCBI GEO下载原始数据，比如GSE16265_RAW.tar，解压到比如GSE16365_RAW，会发现里面包含一系列压缩包，不用再解压了。然后用如下命令读入CEL文件：&library(affy)&affybatch eset exp &- exprs(eset)exp就是数字化的表达谱矩阵了请注意，rma只使用pm信号，exp数据已经进行log2处理。mas5综合考虑pm和mm信号，exp数据没有取对数。具体请参阅bioconductor网站上affy相关技术文档和算法相关文献。最后我键入 exp，出现下面的结果：是不是右边一列数据就表示ID对应的基因的标准化后的表达量？这些数据能否和来自另一个实验的CEL文件里面的基因表达量作比较？
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weibin0528 最后我键入 exp，出现下面的结果：是不是右边一列数据就表示ID对应的基因的标准化后的表达量？这些数据能否和来自另一个实验的CEL文件里面的基因表达量作比较？对，这个就是取了对数之后的表达量。第一列是探针名称。具体探针对应哪些基因，版上前面有介绍。一般认为使用同一时期的同样组织经过同一系列实验产生的datasets中，这些数据是可比的。但是不同的组织、不同批次的实验之间不能直接相比。
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Growlywolf 对，这个就是取了对数之后的表达量。第一列是探针名称。具体探针对应哪些基因，版上前面有介绍。一般认为使用同一时期的同样组织经过同一系列实验产生的datasets中，这些数据是可比的。但是不同的组织、不同批次的实验之间不能直接相比。你好，是不是通过下面的方法找出对应的基因名字那？还有是不是人基因组用hgu95av2.db来注释基因名字，我下的CEL文件时小鼠的，不知道应带选择什么package？我查了一下院子里没有找到？谢谢。## Affymetrix U133 2.0 array ID these might be## obtained from#### tbl ids library(&hgu95av2.db&)## map probe ids to ENTREZ gene ids...& entrez toTable(entrez)probe_id gene_id1 1635_at 252 1674_at 75253 39730_at 254 40202_at 6875 40504_at 5445## ... and to GENENAME& genename merge(toTable(entrez), toTable(genename))probe_id gene_id gene_name1 1635_at 25 c-abl oncogene 1, receptor tyrosine kinase2 1674_at 7525 v-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral oncogene homolog 13 39730_at 25 c-abl oncogene 1, receptor tyrosine kinase4 40202_at 687 Kruppel-like factor 95 40504_at 5445 paraoxonase 2## find and extract the GO ids associated with the first id& goIds library(&GO.db&)& head(as.data.frame(Term(goIds)))Term(goIds)GO:0000115 regulation of transcription involved in S-phase of mitotic cell cycleGO:0006298 mismatch repairGO:0006355 regulation of transcription, DNA-dependentGO:0006464 protein modification processGO:0007155 cell adhesionGO:0007165 signal transduction
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我只做过水稻的芯片分析，没做过人类基因组。你可以参考这两个帖子：
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非常感谢，经过这几天的强化和大家的指导，学到了不少，毕竟是从零开始的。
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bluerye 您应该去affymetrix官方网站下载您所用的小鼠芯片相应的注释文件。初学者还是要尽量下载CEL格式的文件分析。另外建议用几天时间把Affy这个包的说明文件仔细读一遍。很多事情虽然可以照着运行，表面上看起来就几行代码而已，但具体原理和代码还真是得自己摸索出来。多谢指导，前几天还是一头雾水，现在清楚了不少，不过还是要一步步来，从基础学起。
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Growlywolf好厉害啊，我刚刚开始学这个，好多不清楚的问题，通过你的回答，都解决啦，但是：然后可以使用RMA或者MAS5等方法对数据进行background.correction, normaliztion, pm.correct等等一系列处理。如果你一切用默认参数，则可以使用如下命令：&eset &- rma(affybatch)，or eset &- mas5(affybatch)&exp &- exprs(eset)exp就是数字化的表达谱矩阵了请注意，rma只使用pm信号，exp数据已经进行log2处理。mas5综合考虑pm和mm信号，exp数据没有取对数。这里得到的数字化的表达谱矩阵，怎么才能分析出差异基因？具体步骤是什么啊？急急急！！！希望Growlywolf能多多指教！谢谢
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酸菜肉丝 这里得到的数字化的表达谱矩阵，怎么才能分析出差异基因？具体步骤是什么啊？急急急！！！希望Growlywolf能多多指教！谢谢SAM是一个选择：
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Growlywolf大人能说的具体点吗？在R上怎么实现啊？
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酸菜肉丝 Growlywolf大人能说的具体点吗？在R上怎么实现啊？SAM可以在excel中实现你把R生成的表达谱数据导出成制表符分隔的文本格式表格，用excel打开调用SAM分析
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Growlywolf您好 我也遇到相类似的问题 还需要载入程辑包 下步怎么做啊？谢谢
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dachong99 edited on
谢谢@，谢谢@楼主，这个帖子给入门的人很大的帮助，已经成功搭建R和bioconductor环境。@何不建立一个交流***，大家一起交流
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你好老师我现在也在做这个东西
很多都不明白，不知道怎么才能利用这个大数据， 求经验。谢谢
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