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下载所得到的文件列表基于贪心算法与最短路径的基因组组装最优拼接问题---1411.doc
文档介绍：
基于贪心算法与最小路径的基因组组装优化问题摘要随着人类基因组计划的实施和飞速发展,基因组测序拼接作为生物信息学的核有着极其重要的应用价值。新的测序技术大量涌现,产生的 reads 长度更短, 数量更多,覆盖率更大,能直接读取的碱基对序列长度远小于基因组长度。本文通过如何在保证组装序列的连续性、完整性和准确性的同时设计耗时短、内存小的组装算法,建立数学模型来解决基因组组装问题。针对问题一,首先,利用相应的软件对原基因组 G进行切割,利用全基因鸟枪法测序对切割后的短基因进行测序,得到较小的基因组 jiG ,通过对比多条任意切割后相似的基因组 jiG 从而找出个别碱基对存在的识别错误。而对于基因组中存在的重复片段可以通过两个 read 之间的 DNA 片段的长度满足一定的分布规律即pared end read 来解决。接下来对比任意两个 1mn read 和 3mn read 是否相等,通过 MATLAB 软件建立 n? m 阶的关联矩阵,最后利用图论中的最短路径方法使更多的基因组能拼接在一起, 尽可能使拼接出来的基因组在原基因组的覆盖率达到最大。针对问题二, 先把附件给出的数据提取出来导入 MATLAB 中,再结合问题一给出的模型对基因组进行重组,从而得到新的基因。最后,基于对基因组组装的研究,为使重组基因能更接近原基因序列,对问题一提出模型进行合理性的评价。关键词: 基因组组装全基因鸟枪法测序贪心算法最短路径一、问题的重述 1.1 问题背景快速和准确地获取生物体的遗传信息对于生命科学研究具有重要的意义。对每个生物体来说,基因组包含了整个生物体的遗传信息,这些信息通常由组成基因组的 DNA 或RNA 分子中碱基对的排列顺序所决定。获得目标生物基因组的序列信息,进而比较全面地揭示基因组的复杂性和多样性,成为生命科学领域的重要研究内容。 1.2 问题提出确定基因组碱基对序列的过程称为测序( sequencing )。测序技术始于 20 世纪 70 年代,伴随着人类基因组计划的实施而突飞猛进。从第一代到现在普遍应用的第二代,以及近年来正在兴起的第三代,测序技术正向着高通量、低成本的方向发展。尽管如此,目前能直接读取的碱基对序列长度远小于基因组序列长度,因此需要利用一定的方法将测序得到的短片段序列组装成更长的序列。通常的做法是,将基因组复制若干份,无规律地分断成短片段后进行测序,然后寻找测得的不同短片段序列之间的重合部分,并利用这些信息进行组装。例如,若有两个短片段序列分别为 TT GCTAGCGT GCTAGCGT AGGTCTGA 则有可能基因组序列中包含有 TT GCTAGCGT AGGTCTGA 这一段。当然,由于技术的限制和实际情况的复杂性,最终组装得到的序列与真实基因组序列之间仍可能存在差异,甚至只能得到若干条无法进一步连接起来的序列。对组装效果的评价主要依据组装序列的连续性、完整性和准确性。连续性要求组装得到的(多条)序列长度尽可能长;完整性要求组装序列的总长度占基因组序列长度的比例尽可能大;准确性要求组装序列与真实序列尽可能符合。利用现有的测序技术,可按一定的测序策略获得长度约为 50–100 个碱基对的序列,称为读长( reads )。基因组复制份数约为 50–100 。基因组组装软件可根据得到的所有读长组装成基因组,这些软件的核心是某个组装算法。常用的组装算法主要基于 OLC ( Overlap/Layout/Consensus )方法、贪婪图方法、 de Bruij n 图方法等。一个好的算法应具备组装效果好、时间短、内存小等特点。新一代测序技术在高通量、低成本的同时也带来了错误率略有增加、读长较短等缺点,现有算法的性能还有较大的改善空间。具体解决问题如下: 问题一:试建立数学模型,设计算法并编制程序,将读长序列组装成基因组。你的算法和程序应能较好地解决测序中可能出现的个别碱基对识别错误、基因组中存在重复片段等复杂情况。问题二: 现有一个全长约为 120 ,000 个碱基对的细菌人工染色体( BAC ), 采用 Hiseq2000 测序仪进行测序, 测序策略以及数据格式的简要说明见附录一和附录二,测得的读长数据见附录三,测序深度( s equencing d epth )约为 70×, 即基因组每个位置平均被测到约 70 次。试利用你的算法和程序进行组装,并使之具有良好的组装效果。二、问题分析 2.1问题一分析本题要求我们的算法和程序应能较好地解决测序中可能出现的个别碱基对识别错误、基因组中存在重复片段等复杂情况。故在下列分别对个别碱基识别错误和基因组中存在重复片段进行分析。 2.1.1 个别碱基对识别错误分析 read 中每一个碱基都有一个质量值,来表示该碱基被正确测出的概率。一般来说,5'端的碱基正确的概率较大,而3'端1到3个碱基可能是错误的。这就要求拼接软件在拼接时能够纠错,但是,可纠错的软件也可能把正确的碱基当作错误来纠正。所以不仅要求拼接软件在拼接时能够纠错,尽可能多的发现真正的错误,而且要求拼接软件尽可能少的将正确的碱基识别成错误的。 2.1.2 基因重复片段分析基因组中存在大量重复片段, 重复片段可能导致拼接错误,或者导致不连续的较短 contig 出现。重叠片段类型主要有以下几种,如下图所示。图1基因组重叠片段类型图 2.2 问题二分析本题题目提供全长约为 120,000 个碱基对的细菌人工染色体,采用新一代的 Hiseq2000 测序仪进行测序。附件提供了筛选好的定长 reads 数据文件。先将附件的数据提取出来储存到空文件 A中,再将之导入到 MATLAB 中。然后使用第一题提出的基于贪心算法与最短路径算法的组装算法的模型中,得出新的基因组 G,并对结果进行误差分析。三、问题假设(1) 假设测序过程中没有其他因素的干扰; (2) 假设题目所给定的序列相对位置的碱基全部遵循 GU-AC 法则; (3) 假设题目中所有的序列都是正常可判别的序列,没有出现序列的基因突变等情况; (4) 假设一个完整基因组,打断成 500bp 的片段是随机的; (5) 假设基因组每个位置被测到的几率是等可能的; (6) 所有片段上的碱基都已经被识别出来,不存在未知碱基。四、模型符号说明 jiG 原基因进行第 j-1 次复制并对其进行任意切割后的第 i个基因 jiL 基因 jiG 的长度,即 jiG 有 jiL 个碱基对 K碱基对数量,即有 K个碱基对 1 ij read jiG 第一个碱基对到第 K个碱基对组成的基因 3 ij read jiG 第 jiL -K+1 个碱基对到第 jiL 个碱基对组成的基因 12 ij read jiG 第一个碱基对到第 jiL -K个碱基对组成的基因 23 ij read jiG 第K+1 个碱基对到第 jiL 个碱基对组成的基因 Conting (C) 由 jiG 经过贪心算法和最短路径算法后拼接产生的基因?? mngl 从顶点 00g 到 mng 的一条路的权.也就是 mnL 的值?? mngz mng 的父1
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全基因组检测与遗传病筛查
全基因组检测与遗传病筛查Whole genome： Approach to the Milestone in Genetic Disease Scan?南京中医药大学附属医院赖仁胜 盐城
全基因组平台―人类3.6万基因全部测出 不是人类疾病基因全部测出?
全基因组测序（HiSeq X10）是 ? 染色体全基因组芯片探索并掌握个人遗传组成的最 有效手段，? 检测DNA里包含的所有变异，Chromosomal Microarray Analysis (CMA)? 稳定的检测所有的染色体结构包括发生在编码区的小范围突 变，也包括用全外显子组测序 等方法检测不到的某些重要的 非编码区变异以及结构变异。? 数据结果不太稳定，精度好变异和部分已知突变? 数据结果比较稳定，分辨率差? 检测后有较成熟的软件分析和重现性，有FDA批准? 检测后不知所措：不知道该用什么措施去认识，分类和治疗人体遗传变异―两种领域? 种系变异―生物界 ? 体细胞变异---肿瘤界germline variants? 出现在各种罕见或常见的somatic variants? 体细胞变异则是癌症和遗遗传疾病中? 基因异常出现频率占总基传病发生的主要原因? 基因异常出现频率：因1/万癌症基因占总基因1/100（ 300:30000）； 遗传病基因占总基因3/万检测遗传学变异---两种主流技术平台? 基因测序平台―检测碱基 ? 染色体芯片分析---检测结突变? 一代测序 ? 二代高通量测序（产前项目构改变CNV（FDA通过）? aCGH 比较基因组杂交 ? 全基因组CMA： aCGH+SNP ? 全基因组CytoScan HDcFDA通过）? 全基因组测序? 全基因组OncoScan都有仪器数据分析系统 都有仪器数据分析系统 但报告软件系统没有建立 仪器外报告软件云服务已在建立全基因组测序：HiSeq x 10---10台测序仪组和服务器GeneChip系统 :是由高密度GeneChip芯片和试剂，杂交、扫描仪器，数据处理和分析工具组成检测平台，世界上第一种经欧盟和美国FDA审批的体外诊断的芯片系统。片面： 全基因组和高深度测序，才能真正解析基因变异对疾病的影响并 更好地开发靶向治疗药物，实现个体化医疗。。? 全基因组测序―缺乏重复性?? 高通量测序―缺乏稳定性?HiSeq X Ten是Illumina于2014年推出的最新 测序系统，工厂规模的测序系统，实现了 Illumina测序仪迄今为止最高的测序通量和最 低的测序成本。HiSeq X Ten系统由10台超高 通量测序仪HiSeq X组成，测序读长为 2×150bp，单台仪器每次运行可产出高达 1.8Tb的数据，运行时间在三天以内，10台仪 器同时运行时，每周至少可完成320个人类基 因组测序（以30×覆盖度计算）， 千年基因的HiSeq X Ten测序实验在CLIA（ Clinical Laboratory Improvement Amendments）及IGN（Illumina Genome Network）认证的基因组学实验室开展，其中 CLIA是国际公认的提供临床测序服务的最高 认证，亚太区仅千年基因总部Macrogen及 Takara Bio两个机构通过认证（药明康德仅 PGM通过CLIA认证）Illumina2011年推出MiSeq，实现1000bp读 长，获得高通量最精确的测序，但是科研思 维贻害公司（只有枪，至今未见生产子弹， 需客户科研自造） Thermo-LifeTech 2010年推出PGM，以后推 出PROTON,时间快，灵活应用于临床，有少 数子弹供应（CancerPanel，inherit Panel， BRCA1/2，传染病） 高通量测序都遇到政策阻碍，技术本身缺点 文库制作繁琐，质控难 没有规范测序深度， 多次PCR环节，不断放大系统内产物误差 软件自设计自主过滤导致不确定数据采集???千年基因――HiSeq X Ten测序结果展示 注：医学临床要求长read测序深度至少&80X样本名称 R1 Q30 (%) R2 Q30 (%) Avg. Q30 (%) read长度（bp） Sample 91.0 85.2 88.1 150总reads数目总碱基数目（Mb） 平均测序深度（X） 参考基因组长度（Mb） 去除duplicate后可比对reads数目 去除duplicate后可比对reads比例 测序深度大于1X的参考基因组覆盖率 测序深度大于5X的参考基因组覆盖率 测序深度大于10X的参考基因组覆盖率875,493,626131,324 45.9 2,858 733,598,826 91.8% 99.3% 99.0% 98.5%为什莫目前高通量和全基因组测序还不稳定？? Q30每下降10%，数据过滤时将有约20%的reads被滤掉，意味着75%的Q30将比85%的Q30少20%的可用数据，而致病变异很可能也同时被过滤掉了，? 边合成边测序时第二条read的碱基质量一般会低于第一条read? 由于测序试剂、实验操作和GC bias等因素影响，所有待测区域的覆盖深度并不完全一致。尤其是高GC含量的区域，由于测序偏好性的存在一般覆盖深度 会低于其他区域。? PCR扩增不可避免引入的完全一致的DNA片段，duplicate reads所占比例的高低主要取决于实验人员操作的熟练程度。由于这部分数据对后期的变异分 析没有意义，因此会在分析前过滤去除。Chromosomal Microarray Analysis (CMA) 平台分类十余年来，生物界基因组引领---从微观走向基因组? 基于胚系突变的学科进展―细胞分子生物学，分子遗传学，医学遗传学，基因组学，癌症基因组 学（TCGA）, 药物基因组学，转化医学，个体化 靶向治疗…..? 基于胚系突变的技术进步---核型分析，PCR技术，FISH, 定量PCR，SNP（GWAS），LOH, 片段 分析，基因测序（一代，二代）全基因组芯片―从染色体宏观走向基因微观改变? 更适应解决体细胞个体化治疗分子病理技术? CNV，突变，FISH, 表达谱，甲基化，微卫星---涵盖体细胞染色体病Mayo clinic pathologistDr. Pandita? 新的认识：肿瘤启动突变来自于?CNV (C class)和序列突变（M class）?tumors can be classified in those driven by either mutations (M class) or copy number aberrations (C class). C class tumors noted that predictive copy number changes are more frequent than predictive somatic mutation changes in solid tumor samples. These results seem to indicate that there is some risk to limiting tumor profiling to somatic mutations, and emphasize the importance of whole genome copy number analysis in identifying clinically relevant prognostic and predictive markers. Next generation sequencing technologies have limited ability to detect clinically relevant lower level amplifications, copy neutral loss of heterozygosity, and homozygous deletions, even at significant depth of coverage.? 实体瘤主要由CNV启动，不是突变? 强调全基因组CNV分析在临床预测，预报和诊断方面的重要性。? 下一代测序技术目前对临床病理最?常见的低丰度CNV，中心拷贝杂合 子缺失nlLOH，纯合子缺失和亚克 隆进展部分细胞形成少量的mosaic 等检测能力不足Copy Number Tumors Revealed?2 solid tumor classes- M class (mutation driven) and C class (copy number driven)?Nature Paper : Patients with CN versus SM1.2. 3. 4. 5.Ovarian 100% CN,Breast- 90% CN, Lung SQ -85% CN, Head & neck- 75% CN, Lung ADC -60% CN,0% SM20% SM 25% SM 30% SM 40% SM?Multiple CN Are Druggable/Predictive By Currently available drugs染色体减数分裂随机导致疾病―1.5%，1/3流产? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?无着丝粒断片 cen 着丝粒 chi 异源嵌合体 ct 染色单体 del 缺失 der 衍生染色体 dic 双着丝粒 dup 重复 end 内复制 g 裂隙 h 次缢痕 i 等臂染色体 ins 插入 inv 倒位 inv ins 倒位插入 inv(p-q+) /inv(p+q-) 臂间倒位 mar 标记染色体 mat 来自母亲 mos 嵌合体（同源） P 染色体短臂? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?pat 来自父亲 Ph'' 费城染色体 q 染色体长臂 r 环状染色体 rcp 相互易位 rea 重排 rec 重组染色体 rob 罗伯逊易位 s 随体 sce 姐妹染色体互换 t 易位 tan 连续（串联）易位 染色体病图片 ter 末端 pter 短臂末端 qter 长臂末端 tri 三着丝粒医学遗传学―平衡易位是发病基础? 平衡易位：减数分裂时相 ? “平衡易位”在普通人群互易位和复杂易位形成的 原发性易位，基本上无遗 传物质的丢失，对个体的 发育一般无严重的影响， 故称之为平衡易位平衡易 位携带者通常不会患有异 常表型，外貌、智力和发 育等通常都是正常的。发生率为1．9%。，染色 体平衡易位患者流产和生 畸形儿的可能性极高，生 出健康儿的比例不足三分 之一。? 核型分析，FISH是以往主要手段? 当下，“分子倒置探针杂交或分子核型分析”肿瘤体细胞全基因组芯片分析发现? 癌细胞：及其复杂的体细胞染色体病――CNV,突变，reareagement，扩增，多体，非平衡易位， nl LOH，断裂，缺失，倒位，嵌合，微缺失，同 源杂合子缺失，异源性杂合子缺失，卫星-中心粒 多体，非同源末端连接……? 实体癌：除液态血液肿瘤外的所有癌，80%以上的临床基因异常是体细胞染色体病，随亚克隆演 进，上皮间质转化，成为形态学去分化核异形― 病理常规诊断的基础
个体化治疗分子病理学技术
ASCO 2014 FISH 902 篇分子遗传新突破―CytoScan HD assay? 属于全基因组荧光杂交+PCR+软件诊断 ? 全基因组的分子遗传技术―仪器自动化原位杂交 ? 优势检测肿瘤体细胞复杂演进性900基因突变―CNV现象和核型多倍体分析，可与形态验证。? 重复性，分辨率，精确性优于FISH，? 全基因组价格优于各种二代测序，4天软件报告目前用Affymetrix芯片发表的科学文章现已多达143190 篇（截至日），多篇文章发表在nature、 science、cell等世界最高级别的学术刊物上? ? ?Search Results for & complete copy number& Displaying records: 1 - 10 of 35 Permissions Request Form - The Hematologist4/17/2009 | The Hematologist... www.hematology.org/publications/hematologist beforecompleting this form ... We will return a signed copy of this form ...Photocopy (complete Section 2 ... 2013 American Society of Hematology / American Society of...6/10/2013 | ASH Website... 4 DEFINITIONS ? Cloning ? Cut & Paste = Blocks of text or evencomplete notes from another MD ? Copy & Paste = Carry forward of prior notes ... ASSOCIATE MEMBERSHIP APPLICATION American Society ...10/29/2013 | ASH Website... to ASH NewsLink ? Complimentary copy of Hematology ... When submitting your completed application, make ... weeks after yourcomplete application is ... Blood Basics3/29/2014 | ASH Website??美国Affymetrix 公司是基因芯片产业先行者，早在1989年就研制出了世界首张 基因芯片。其开发的寡核苷酸原位光刻合成专利技术(light-controlled in situ synthesis of DNA microarrays)，是目前最高密度的芯片制备技术。Affymetrix 公司以其完备的芯片设计，稳定可靠的分析结果和强大的生物信息学分析能力 ，帮助研究人员在短时间内获得大量可靠的结果，为后续研究提供重要的线索 和帮助。目前用Affymetrix芯片发表的科学文章现已多达24319篇（截至2011年 12月29日），多篇文章发表在nature、science、cell等世界最高级别的学术刊 物上。??Affymetrix GeneChip生物芯片检测系统，是由高密度GeneChip芯片和试剂， 杂交、扫描仪器，数据处理和分析工具组成的一整套检测平台，是世界上第一 种经欧盟和美国FDA审批的可用作体外诊断的芯片系统。???Multiple Myeloma: To T or Not to T, What Will the Answer Be?11/1/2011 | The HematologistASCT has been a standard of care in myeloma due to achievement of both high extent and frequency of response and to the prolonged progression-free survival compared with conventional chemotherapy. However, the availability of novel therapies, including bortezomib and lenalidomide, that have improved outcome has impacted the transplant paradigm.Rights and Permissions4/11/2014 | The HematologistMaterial published in The Hematologist: ASH News and Reports is covered by copyright. All rights reserved. The American Society of Hematology (ASH), the publisher of The Hematologist, expects that you will respect its intellectual property rights and use its material solely as permitted by Sections 107 or 108 of U.S. Copyright Law (Fair Use). ASH-AMFDP Award4/2/2014 | ASH Website平台设备 Affymetrix GeneChip芯片系统的硬件平台由高度自动化的流体工作站、高 通量芯片扫描仪，和相关探针序列描述和注释数据库等组成。高度自动化的处 理减少手工操作时间，提高了数据重复性。配合使用不同类型的芯片， Affymetrix GeneChip芯片系统可用于RNA和DNA检测的多方面的应用研究。???原位光刻合成技术 Affymetrix芯片采用原位光刻技术和严格的流程控制合成高密度基因芯片， 可以在每平方厘米基片上合成超过400万的探针。 Affymetrix原位光刻合成技术的原理：先将基片支持物(wafer)羟基化，并用 对光敏感的保护基团将羟基基团保护起来。然后选取特制的光刻掩膜 (photolithographic mask)覆盖在基片上，遮挡不需要合成的部位，暴露需合成 部位。当光通过蔽光膜照射到基片上，需要合成探针的部位透光，受光照射部 位的羟基脱保护而活化。加入3’端活化(5’羟基末端连接光敏保护基团)的单 一一种核苷酸单体底物后，发生偶联反应。在一轮反应之后更换另一张光掩膜 控制FISH技术与二代全基因组芯片比较看清片段大小能力---分辨率FISH : Poor resolution! Rough image rateGene ERBB2 (Her2) MYC EGFRCommercial FISH Probe Resolution (Kb) 142 140 300OncoScan Resolution (Kb) 50 50 50FGFR1MET MDM2193460 4095050 50FISH skew : High False Positives And Negatives 歪曲了周围区的缺失―分辨率粗糙HER2 False Positive by FISHCentromere deleted Relative to centromere Her2 is “gained”Her2 False NegativeChr 17 amplified Her2 relative to centromere “not gained”二代测序与全基因组芯片比较NGS相关产品 精确度 Cytoscan 备注 50kb。有多篇文献甚至报道发现的CNV小 测序深度对于数据的可靠性非常重要，目 精确度与测序深度有关，目前的成本不到1 于50kb。FDA的认证也认可这样的分辨率 前的NGS都未很明确的标注深度，对其 个reads的coverage很难保证结果的精确性 CNV检出能力值得怀疑 由于Coverage的偏差，每次run的结果可能 都不一致 CNV+SNP设计，全基因组覆盖基因组覆盖度 稳定性科诺安仅做了85例的与SNP芯片对比试验， FDA认可Cytoscan作为遗传病的检测手段， 得出的重复性结果值得怀疑 证明其稳定性高 测序有于在构建测序文库的过程中有PCR 放大的过程，因此相对灵敏度较高（需要 高覆盖倍数的测序深度配合），但也由于 PCR放大过程的不均衡性，样品中片段的 内在浓度比例常常会被破坏掉。造成结果 的假阳性等 由于是核酸杂交，不需要扩增，是封闭的 系统，保真性高技术原理数据库参考 检测周期 操作流程 检测通量 样本量要求 能否检测嵌合体目前没有统一的libarary文件供NGS平台， ISCA，DGV等权威芯片数据库供客户参考 及对比 得到的对比结果值得怀疑 文库构建，及结果分析非常复杂，需要有 2.5个工作时间出结果，好用的chas软件， 数据分析过程简单直接 经验的生物信息团队进行分析 无需胞培养 高 更少，DNA量&50ng即可 不能 目前市面上1个reads不到的DNA测序收费 在2500左右，但这么低的reads数，结果的 一致性和准确性值得怀疑 无 有，系统有SFDA，FDA及CE认证，芯片 有FDA证 探针从2000w条探针库挑选，上市前超过 3000例真实样本验证 Cytoscan 备注 之前的无创已经被喊停，说明测序技术上 临床的稳定性和可靠性值得怀疑 无需细胞培养or对照DNA 一张芯片一个样本，符合临床诊断封闭式 环境的要求。同时提供autoloader，一次可 检测48个样本 50ng/ul 20%的嵌合体 Chas软件可以很直观分析嵌合体检测成本临床资质研发过程仅1000例样本的参考文件NGS相关产品全基因组芯片（CMA）优势---稳定性重复性?Affymetrix芯片采用独特的PM-MM探针设计 方式，即针对每段参考序列设计一对25-mer 探针，其中一个是完全匹配（perfect match, PM）探针，另一个是靠近序列中间的错误位 点匹配（mismatch, MM）探针。检测时将每 对PM-MM探针的检测信号综合起来，这样有 助于区分特异性结合与非特异性结合的靶片 段，从而提高探针灵敏度和特异性。?Affymetrix芯片采用原位光刻技术和严格的流 程控制合成高密度基因芯片，可以在每平方 厘米基片上合成超过400万的探针。 Affymetrix原位光刻合成技术的原理：先 将基片支持物(wafer)羟基化，并用对光敏感 的保护基团将羟基基团保护起来。然后选取 特制的光刻掩膜(photolithographic mask)覆 盖在基片上，遮挡不需要合成的部位，暴露 需合成部位。当光通过蔽光膜照射到基片上 ，需要合成探针的部位透光，受光照射部位 的羟基脱保护而活化。加入3’端活化(5’羟 基末端连接光敏保护基团)的单一一种核苷酸 单体底物后，发生偶联反应。在一轮反应之 后更换另一张光掩膜控制活化区域，并换另 一种核苷酸单体实现在待定位点合成预定序 列寡聚体。光掩膜设计和严格的工艺流程使 制造的芯片具有高质量、高重复性和一致性 ，也确保了芯片上探针合成的极高密度。高探针灵敏度和特异性。这种PM- MM设计对于在复杂序列背景样品中低丰度表 达产物的检测中有明显优势。同时，使用多个探针来检测转录本或SNP等，有效 减少了探针杂交非专一性的影响，并通过合适的算法获得更为有力的数据。GeneChi芯片优势---表达谱检测也可做? 独特的表达谱PM-MM 探针设计Affymetrix芯片采用独特的PM-MM探针设计方式，即 针对每段参考序列设计一对25-mer探针，其中一个是完全 匹配（perfect match, PM）探针，另一个是靠近序列中间 的错误位点匹配（mismatch, MM）探针。检测时将每对 PM-MM探针的检测信号综合起来，这样有助于区分特异 性结合与非特异性结合的靶片段，从而提高探针灵敏度和 特异性。这种PM- MM设计对于在复杂序列背景样品中低 丰度表达产物的检测中有明显优势。同时，使用多个探针 来检测转录本或SNP等，有效减少了探针杂交非专一性的 影响，并通过合适的算法获得更为有力的数据。GeneChip芯片优势--表达谱芯片GeneChi芯片优势--软件数据报告简明全基因组染色体荧光杂交报告（Chromosome Microarray Report）姓名： 病例编号: M- 染色体微阵列(基 因芯片 Affymetrix CYTOSCAN HD) 检测 送检科室： 医生： 样本类型: 外周血 日期: 临床诊断 先天性 心脏病（主动脉 瓣上狭窄，卵圆 孔未闭，肺动脉 轻度狭窄）检测内容：以50个标记和100Kb分辨率检测基因组DNA拷贝数变化及杂合缺失，探针位置涵盖22对常染色体及性染色体。 结果（根据人类细胞遗传学国际命名体制ISCN） 发现病变区： arr 7q11.2 (72,718,277-74,142） [hg19]遗传报告：染色体 微阵列分析显示一条7号染色体q11.2缺失(del 7q11.2)，大小约为1.42Mb； 检索文献及数据库：该缺失区域含多个OMIM的致病基因，ISCA数据库定义为病理性缺失。该缺失与Williams-Beuren Syndrome (WBS) 临床遗传疾病重叠区域并相符。 临床注释：Willia-Beuren Syndrome (WBS)：威廉综合征是由于7号染色体q11.2微缺失引起，是一种以主动脉发育不良和认知障碍为特点的临床 综合征。典型的临床表现包括：轻到中度智力发育迟缓，生长发育迟缓（身材矮小），特殊面容，心脏病（主动脉瓣上狭窄），关节活动受限， 尿道狭窄和一过性婴儿期高钙血症等。 诊疗建议： 双亲进行特异位点（缺失区域内）的荧光原位杂交（FISH）检测初筛、以明确该变异的来源。 建议咨询优生遗传专科医生和心脏外 科，推荐医院为上海中山医院和北京阜外医院本公司协议医生。检测方法学局限性 : 1. 这个分析不检测基因组平衡重组(如染色体倒位和平衡的染色体易位)。2. 此方法仅对靶向目标的点突变有多基因群检测 3.小于 100kb的杂合缺失（LOH）和基因组嵌合有局限性 4. 基因组的线性定位基于GRCH37(hg19)，5. 临床医师应该结合病人完整的细胞遗传学分析和临床相关信息 及家族史向分子病理咨询师进行咨询。 鉴于个人多态性以及全基因组的大数据关注细节，信息检测不能完全吻合或排除错误率，如果该个体临床表型与检测结果 不符，请咨询优生遗传专科主任医师基因操作师：主任医师：日期：备注：任何问题请联系电话139xxxxxx，本公司遗传咨询主任医师xxx3500遗传分析仪――IGH/TCR 重排全基因组二代荧光杂交芯片--血液病全融合基因，突变检测? 下列表格显示的髓系造血肿瘤和增生疾病的全部融合基因和突变基因的MDR监测,定性诊断，预后 预测，靶向治疗检测? 表格以外的2500个基因和750K 密度芯片检测? 全部自动化扫描和医学分子病理医师报告? 外周或骨髓血2ml，除去路程时间5个工作日报告和上海公司服务唤醒石蜡样本优势-OncoScan Assay? 保存20年高降解石蜡样本（40bp探针结合点） ? 75ngDNA做全基因组，超过二代测序能力 ? 900个癌基因高密度区，分辨率50k，精确检测融合，缺失，断裂，扩增和亚克隆动态进程微变化? 拷贝阈值达50倍，特别适用检测晚期肿瘤4倍体，多倍体复杂变异和实体瘤突变等? 可检测全部常见体细胞靶向药物突变，实体瘤诊断优势-OncoScan Assay实体瘤诊断-OncoScan NexusExpress软件? 芯片试剂24个样本，数分钟生成拷贝信息 ? 拷贝数视图和频率带视图直观扩增，缺失，低水平嵌合，LOH和肿瘤异时相演进的亚克隆改变芯片扫描系统获得SFDA注册证?日FDA官方网站发布消息称： 美国FDA批准了Affymetrix 公司的CytoScan Dx芯片以帮助儿童的染色体改变诊断。这些 改变可能与儿童的发育迟缓或智力残疾有关 。基于血液样品，该测试可以一次试验就检 测出整个基因组的染色体大片段及小片段的 缺失及扩增。 ?该机构的审查还包括了一项研究，比较了 CytoScan Dx Assay和通常用于检测与发育 迟缓或智力障碍相关的染色体变异的测试的 表现。从960份血液标本检测结果的比较显示 ， CytoScan Dx Assay的检测能力高于常规 的检测，这些常规方法包括核型分析和FISH 染色体检查。??目前Cytoscan及其检测系统已经得到多种资 质认可 芯片扫描系统获得SFDA注册证昂飞GCS 3000Dx v.2基因扫描仪成为第一个 获得SFDA、欧盟CE-IVD和FDA三重认证的?CytoScan 750K芯片和CytoScan HD?CytoScan 750K芯片的特点-表现优秀，成本降低 全基因组覆盖，与临床相关的基因区域特别加密 ：? 750,000 个生物学标记 ? 200,000个 SNPs 探针，能检测&3Mb LOH? ? ? ? ? ?? 550,000 个CNV探针，&200kb的卓越的分辨率. 遗传学区域加密覆盖? 1 marker per 1 kb for ISCA, Cancer Genes & X Chromosome ? 1 marker per 2 kb RefSeq genes Percentage of genes covered (25 markers/100 kb) CytoScan HD ISCA constitutional genes (340) Cancer genes (526) OMIM Morbid genes (2,640) 100% 100% 98% CytoScan 750K 100% 100% 83%? ? ? ? ?X chromosome OMIM Morbid genes (177)RefSeq genes (36,121)100%96%93%80%全基因组芯片与基因测序的区别项目 临床应用批证 时间 价格 检出测序无5-7天9000元 20%-70%药靶 /1000x/50基因 突变 20%缺失 0%的mosaic nl LOH 6000元/50k/全 80%药靶突变 基因组 90%缺失和 CNV 95%nlLOH全基因组芯片有2-3天实体癌细胞主要为CNV和nlLOH,少数为点突变遗传病编号 3 4 5 6 16 1 1 1 2 2Chr染色体Disorder/Region(疾病/区域) Bartter4 (infantile with sensorineural deafness) 1q21.1 Microdeletion with thrombocytopenia-absent radius Short stature、pituitary and cerebellar defects、& small sella Joubert4/ Nephronophthisis1 Feingold syndrome中文解释 巴特综合征4型（幼儿感觉神经性耳聋征） 血小板减少征（TAR）相关的微缺失 身材矮小、垂体小脑缺陷、小内蝶 Joubert综合征4型/肾消耗病1型法因戈尔德综合征53 56 58 86 107 108 113 119 145 152 153 156 161 165 175 184 190 207 213 214 215 216 228 236 237 248 250 252 2605 5 5 8 10 10 10 11 13 15 15 15 15 16 16 17 17 20 21 21 21 21 X X X X X X YCornelia de Lange syndrome 严重智力迟钝精神发育阻滞伴有多种先天畸形 Familial adenomatous polyposis (FAP)/ Gardner/MR Atrial septal defect (ASD) 8p22 deletion/ duplication syndrome DiGeorge2 Hypoparathyroidism、 sensorineural deafness、 renal disease (HDR) Cowden 11p15.5 UPD OR 学习困难Beckwith-Wiedemann syndrome Retinoblastoma Autism 15q11.2 Prader-Willi syndrome 小儿肥胖多食 性腺障碍 deletion，UPD 15q11.2 Angelman syndrome (Type 1) 智力和发育迟缓 Alpha thalassemia mental retardation (OS) Marfan 16p13.3Rubinstein-Taybi Syndrome Li-Fraumeni1 17q11.2 Neurofibromatosis 1 20p12 Alagille syndrome （先天性肝内胆管发育不良征，动脉-肝脏发育） Alzheimer disease、early onset with cerebral amyloid angion 21q subtelomeric region Down syndrome critical region Down syndrome critical region (DSCR) * Autism，X-linked，susceptibility to，2 自闭症、 X-linked mental retardation21 X-linked mental retardation54/ lissencephaly / ambiguous genitalia X-linked mental retardation30 X-linked lymphoproliferative syndrome (XLP) X-linked mental retardation with isolated growth hormone deficiency Azospermia factor b德朗热综合征，科妮莉亚德兰格综合征，迟钝 家族性腺瘤性息肉病、Gardner综合征（骨瘤等) 房间隔缺损（ASD）的房室传 8号染色体p22 缺失/重复综合征 迪格奥尔格综合征、第三、四咽囊综 甲状旁腺功能低下征、神经性耳聋、肾脏疾病 Cowden综合征（多发性错构瘤综合征） 魏德曼综合征, 巨舌，低血糖症肿瘤, 学习困难 视网膜母细胞瘤 自闭症 普瑞德威利综合征,肌张力减退,身材矮小, 安格尔曼综合症，智力和发育迟缓，睡眠障碍，癫痫发作,拍手,微笑 α型地中海贫血精神发育迟滞综合征 马凡氏综合征 鲁宾斯坦综合征:智力和运动发育迟缓,拇指与 李法美尼综合征1型 神经纤维瘤 1型 阿拉吉耶 综合征 阿尔茨海默病、早发性脑淀粉样血管病 21号染色体长臂亚端粒区域 唐氏综合征关键区域 唐氏综合征关键区域 自闭症、X连锁、易感性相关 X连锁的精神发育迟滞21型 X连锁的智力缺陷54型、X连锁的无脑回伴随不明生殖器综合征、X连锁的婴儿性痉挛 X连锁的智力缺陷30型 X-连锁淋巴细胞增殖综合征 X连锁的智力缺陷伴随单一性生长素缺乏征 无精子因子 b医学遗传病举例? 注意事项：先证者和家族史样本采集真实严谨申请单和联系方式? 全基因组检测和报告：CytoScan HDCGH+SNP? 临床分子病理报告和咨询 ? 各种临床检查和随访，建档昂飞FDA批准的系统 :是由高密度GeneChip芯片和试剂，杂交、扫描仪器，数据处理和分析工具组成检测平台，世界上第一种经欧盟和美国FDA审批的体外诊断的芯片系 统。全基因组芯片操作流程和条件安捷伦 （不要PCR） 昂飞（要求PCR）安捷伦全基因组芯片软件21三体综合征 又称先天愚型或Down综合征属常染色体畸变，?母亲年龄愈大，本病的发病率愈高。在 20到24岁之间，患病率为1/1490，到 40岁为1/106，49岁为1/11 包括学习障碍、智能障碍和残疾等高度 畸形患病儿童的精神发育迟缓，智商很 少超过60的，脑部通常过小、过轻。小 脑、脑干和脑前回出奇地小。教育进度 会因疾病和残疾而遭到破坏，例如不断 复发的传染病、心脏病、弱视、弱听等 。伴有先天性心脏病等其他畸形。因免 疫功能低下，易患各种感染，白血病的 发生率也增高10～30倍。在30岁以后 出现老年性痴呆症状。 1866年，英国医生唐? 约翰? 朗顿在学会 首次发表了这一病症。它最早叫蒙古症??母血无创：21三体综合症临床常见核型 及唐氏综合征关键区1,2,3―与核型分析不一致? 全基因组芯片阳性率最高 ? 结合血清标记物变化 ? 母亲年龄、妊娠前三个月胎儿分型 标准型 嵌合型 易位型二代 基因 测序全基 因组 芯片比核 型分 析发 现更 多的 亚型 和关 键区 改变颈半透明度(nt)、母亲血清中的 游离β人绒毛膜促性腺激素(βhcg)和在妊娠前三个月进行的 妊娠相关血浆蛋白-a (papp-a) 检查是非侵入性检查中筛查21 三体的最有效方式? Nature：母血无创检测与绒毛绒 毛 核 型核型分析只有85%符合率与核 型分 46, XX/ 析不 XY－D, 一致 ＋t （Dq21 q） 47, XX, 45, +21 XX/XY, 47, -G, -12, XY, 47, +t (21q +21/ Gq) XY, +21 47, XY, 45, +n XX/XY, -G, -12, 47, +t (21q XY, Gq +21/ 45, XO 46, XX/47, XX, +21 46, XY/47, XY, +21唐氏综合征临床三种类型唐氏综合征关键区二种类型? ?1. 第21对染色体的三体变异标准型。 染色体移位造成第14对染色体的变异标准型第21对染色体三体变异（Trisomy 21）：又称廿一 三体症，第21对染色体多出一条，细胞中有四十七条色体，占唐氏综合症患者的90-95% 这大多是由通常第1减数分裂期的不分离造成的。也有在第2减数分裂时发生的情况。父母方通 常都携带正常的染色体，婴儿是偶然形成的三体异常。 2. 染色体易位型(Translocation)：占全体比例的5-6% 细胞中多出一条染色体，附着在D组（第13、14、15对染色体）或者G组（第21对22对染色体 ）的染色体上，特别容易出现在第14对或第21对染色体上。易位型中一半左右是偶发性的，也就是 父母双方都是正常染色体。另外一半是遗传性移位，父母有一方携带有这样的染色体，这在家族中 常能找到相同病症的亲属。 3. 无色体型(Mosaicism)：占全体比例的1-3% 由第21对三体变异染色体结合体（占80%）和正常细胞结合体的细胞分裂所产生的不分离造成 。这种场合表现出来的临床现象较轻。通常父母方染色体正常，染色体的不分离在受精卵的细胞分 裂过程中偶然发生，造成婴儿的部分细胞三体变异，部分细胞正常，极为罕见?? ?? ?常染色体显性/隐性遗传性多囊肾病? 常染色体隐性遗传性多囊肾病-? 常染色体显性遗传性多囊肾病----ARPKD? 婴儿型或儿童型多巨大囊肾，ADPKD? 16号染色体的短臂，称为ADPKD1是一种罕见病，75%的患儿在 产后数小时到数天死亡或儿童 高血压。? 异常基因位于第6号染色体基因，另有10%不到患者的异常基 因位于4号染色体的短臂，称为 ADPKD2基因? 1/200～1/1000。成年发病，肝囊肿伴发多囊肾――Potter综合征Perlmann综合征? ADPKD：85%为Chr 16 pdk1（polycistin1）基因，15%为 pdk2（polycistin2）基因，他们编码肾小管上皮膜蛋白Ga激活通道PC-2 和 调节钙通道活性。? ARPKD：Chr 6 PKHD1 基因 ，编码纤维囊素蛋白（FPC）调控PC-2活性， PKHDL1编码受体，启动信号传导。? 上述两种基因的纯合子（隐性）突变，肾小管和胆管上皮钙运转失衡，出现囊肿，特别以隐性发病严重，可伴肝囊肿，肾功衰竭胼胝体发育不全的周围神经病变 Andermann syndrome? ACCPN is inherited in arecessive manner, meaning that only a child who receives two mutated copies of the SLC12A6 gene (one from each parent) will develop the disease? 1/2000发病，运动，感觉和思维紊乱。呼吸道感染死亡Autism 孤独症谱系----广泛性发育障碍亚型? ? ?1 遗传连锁分析 独症连锁的遗传位点有18个，以下分别论述： 1.1 AUTS1 位于7号染色体的长臂(7q22)区域，为最先发现的连锁位点。为了重复验证 ，国际孤独症分子遗传学研究协会(International MolecularGenetic Study of Autism Consortium)2001年选择102个位于7号染色体的微卫星标记对125个符合孤独症诊断标 准的孤独症同胞对进行分析，在7q22区域，D7S477位点的最大值(MLS)为2.15，并通 过连锁不平衡分析发现了两个易感区域. Yu等(2002)在孤独症患者复杂家系的研究中 发现了一组5-260kb不等长度的缺失，其中一个家系在7q2l-7q22区域D7S630情况复杂 ，两个片段缺失(37kb和18kb)另外两个片段则保留。此外，在另外11个家系中也发现 了不同类型的缺失，并推测这些缺失可能是由于等位基因在减数分裂时的错配所致 。 1.2 AUTS2 位于7号染色体的长臂(7ql1.2)区域。Sultana等(2002)报道了一对在 KIAA0442基因有平衡易位t(7;2O)(ql1.2;pl1.2)并有孤独症症状和癫痫症状的同卵双生兄 弟，然而DNA测序并未发现相应的突变，并且关联和连锁分析结果均为阴性。由此得 出结论，KIAA0442基因未必是孤独症的易感基因[1 。Kalscheuer等(2007)也报道了3 名在KI―AA0442基因(7ql1.2)有新生平衡易位的精神疾病患者。但是，并未观察到这些 患者有孤独症的特征。?Autism 孤独症谱系--3/4的患者伴有明显的精神 发育迟滞?1.3 AUTS3 位于l3号染色体的长臂(13q14)区域。Ritvo等(1988)报道了1例患有视网膜母细胞瘤的孤 独症患者有l3ql2至13q14的缺失。Smith等(2002)对散发的外耳道损伤所致语言障碍的孤独症患者的 研究中发现13q有缺失，推测断裂点位于13ql3.2与13q14.1之间。外周血染色体分析发现，缺失的l3 号染色体来自父亲。?1.4 AUTS4 位于15号染包体的长臂(15ql1)区域。Baker等(1994)报道了两名孤独症患者15qll― ql3有重复，且来源于母亲。Cook等(1997)也报道了两名孤独症儿童有源自母亲的l q1l―ql3区域的 重复，微卫星与甲基化分析发现未受累母亲的15qll― q13重复源于其父，且第3代未受累个体均无 此重复。他指出，此家系中的发现表明了父系来源的15qll―ql3重复的重要性。父系遗传表型正常 ，而母系遗传则表现出孤独症或非典型性的孤独症。作者发现孤独症患者l5qll―q13区域细胞水平 可见的异常比例小于3 ，因此基因突变的可能性较大，在显微镜下则不能够发现异常。Filipek等 (2003)发现了两名孤独症患儿有15qll―ql3的倒置重复，两人均无围产期异常，脑电图与MRI扫描也 正常，但均表现为有轻度运动迟滞、嗜睡、严重肌张力减退、中度乳酸性酸中毒。肌线粒体酶测定 发现有明显的脯氨酸过多，局部性呼吸链休克。由此推测此基因可能影响线粒体的功能。Shao等 (2003)运用新的统计学方法对22l例孤独症患者进行了亚型分析，在15al―ql3区域内，使得由传统 方法所得LOD值由1.4 增加到4.7l，且发现y-氨基丁酸受体p-3(GABRB3)基因位于此区域 。Bonati 等(2005)报道了一名孤独症男性病洌，生后肥胖，小脑畸形，染色体组型分型和荧光素原位杂交分 析发现l q远端区域有一个额外拷贝换位到15p，形成15q25.2一qter三倍体，并得出1jq可能决定一 些特异性表型的推论 。?Autism 孤独症谱系--言语，兴趣，行为障碍?1.5 AUTS5 位于l5号染色体的长臂(2q)区域。Buxbaum 等(2001)对95个有两个或两个以上孤独 症患者的家系进行了研究，在2q区域得到最大多点遗传异质性LOD值(maximum multipoint bet erogeneitylod score，HLOD为1.96，最大多点非参数连锁值(muhipoint nonparametric linkage， NPI )为2.39，当对其中49个严格符合孤独症诊断标准的家系进行分析时，HLOD值增至2.99，NI I 增至3.32 。国际分子遗传学孤独症研究协会(2001)对152个孤独症同胞对家系进行连锁分析，在 D2S2l88处得到最大多点I OD值为3.74.采用严格孤独症诊断标准的同胞的最大多点IX)1)值增大至 4.80，进一步确定了与孤独症相的连锁。?1.6 AU FS6 位于l7号染色体的长臂(17(1l1)区域：国际孤独症分子遗传研究协会(2001)也确定 了孤独症另一个连锁位点l7(1儿，并在Sl C6A4基因中的HT I、INT2得到的多点I OI)值为2.34 。 Yonan等(2003)对345个患病同胞对的分析结果显示孤独症与17、5、l1、4、8号染色体均有连锁， 其中最重要的为l7q1l区域，此处D17S1800得到MI S为2.83，且接近SI C6A4基因 。Sutcliffe等 (2005)用17号染色体上的标记对340个有一名孤独症并且至少还有另一名孤独症或孤独症谱系疾病 患者的家系进行研究，发现l7ql1.2与孤独症连锁，在D17S1800得到I 0I)值(隐性遗传方式)为5.44， 而只用其中男性受累的189个家系分析时，此值增至7.86;非参数LOD值由4.88增至5.1。 1.7 AU FS7 位于l7号染色体的长臂(17q21)区域。Cantor等(2005)用l7号染色体上的标记对 6个 (其中48个只有男性患者)孤独症家系的患病同胞对进行研究，发现l7q21 与孤独症有连锁，在 D17S2180处得到的最大LOD值为4.1。?Autism 孤独症谱系--智力落后?1.8 AUTS8 位于3号染色体的长臂(3@5一q27)区域。Auranen等(2002)在对38个芬兰孤独症家系的 研究中发现1/3先证者的直系亲属有艾斯伯格综合征或进行性吞咽困难。在对其中19个只有孤独症 患者的家系的研究中发现了3q25一q27与孤独症的连锁。在D3S3037处得到的最大两点LOD值为 3.16，另外包含艾斯伯格综合征的l8个家系的I 0D值为4.3l。?l.9 AUTS9 位于7号染色体的长臂(7q31)区域。国际孤独症分子遗传学研究协会(1998)对87个患 病同胞对和12个非患病同胞对共99个家系进行了研究，在6条染色体同时得到了多个最大L0D值& 1 的区域，其中7q3l一(t34最为明显。只用其中的87个患病同胞对进行分析时，在D7S53O和D7S684 区域得到最大I OD值为2.53 。Lamb等(2005)在对219个受累同胞对的研究中发现了7q上的两个连 锁位点，分别为D7S477和D7$530与D7S640之间的区域。D7$530多点连锁分析最大I.OD值为 2.31;又增加了145个男性同胞对后，L0D值在D7S480与D7S530区域增至2.55。这提示基因印记在 孤独症的发生中有重要作用 。Trikalinos等(2006)对9项孤独症或孤独症谱系疾病基因组扫描研究做 了荟萃分析，得出7q22一q32与孤独症有明显连锁。1.10 AUTS1l 位于l号染色体的长臂(1q24)区域。Buxhaum 等(2004)对62个至少有两名孤独症 或孤独症谱系疾病患者的家系进行了研究，家系的选择依据患者是否有强迫观念与行为。研究发现 1q24.2与孤独症有连锁，在D1S1 65l处的多点I OI)值为3.O6，两点非参数LOI)值为3.21.连锁位点 位于I)1$547与D1$346之间 。Barlett等(2005)用后验概率连锁(posterior probability linkage PPI )也 得出l(t23一q24区域与孤独症有明显连锁 。??Autism 孤独症谱系―美国患病率在1‰～2‰。?1.11 AUTsl0、l2 分别位于7号染色体的长臂(7q36)与2l号染色体的21pl3一q1l区域。Molly等(2005) 对34个除有一名孤独症患者外.还有～孤独症或孤独症谱系疾病亲属、且二者均有退行性病史的家 系进行了金基因组分析，发现7q35一q36与孤独症有明显连锁，在I)7S483附近得到非参数I OD值 为3.7，最大多点I OD 值为2.0。此外.此表型亚群与21p13一ql1也呈现连锁.在21pl3一ql1区域的 D21S1437位点非参数LOD值为3.0.最大多点LOD值为3. 1.12 AUTSt3 位于l2号染色体的长臂(12q14)区域。Ma等(2007)在对有6 名孤独症患者的26个 家系的研究中12ql4.2与孤独症连锁，在rslt45442处得到多点非参数LOD值为3.O2。当用仅有男性 患者的家系分析时，LOD值增至4.5l，表明性别与患病之问存有特定关系。 1.13 AUTS14 位于l6号染色体的短臂(16pl1.2)区域。Weiss等(2008)在对7j1个孤独症家系拷贝 数变异(copy nunJ~er variations CNV)研究中发现7个来自不同家系(At~lism Genetic Resource Ex―change AGRE)的患儿有缺失或重迭，其中丽个患儿的改变是遗传自父母。通过一系列研究， 最终将这个缺失和重迭区域定位于l 6pl1.2，并且发现1% 的孤独症.与此位点关联l、： 。Marshall 等(2008)通过基因芯片技术在 127个孤独症谱系疾病家系中发现189(44 )个家系有277个不平衡CNV ，而这些CNV并没有出现在正常人中。虽然大部分CNV是遗传自患音父母，但其中27个为新改变。 4名忠哲在l6pl 1.2区域的CNV 在对照组未出现。 1.14 AU'TSI5位于7号染色体的长臂(7q35一q36)区域。Alarcon等一o 9年，对l 2个家系进行了 孤独症三个亚型的分类.包括：“说第一个字的年龄”、“说 一句短语的年龄”、“承复与刻扳行 为”，并n进行了非参数多极连锁分析.结果显示“说第一个字的年龄”与7q35一q36相连锁.并认为???Autism 孤独症谱系―诊断主观（患病率3～4/万 --深圳高达1.32%。）? 、“说第一句短语的年龄”与7 c1牛f1连锁 “。后来征2005年又增加丁样本最，仍然重复出了上述结果。?1.1 5 AU I'SX1 位于X染包体的短臂(Xpl 3)区域。Auranen等(2002)对38个芬兰孤独症潞系疾病 家系进行了两阶段基因组扫描，发现了多个连锁位点.包括(1、3q、7q、X{t。其中最大多点I O1)值 ：DXS7132附近，为2.75。。一 Shao等(2002)进行的孤独症两阶段基因组扫描同样得到多个易感 位 篡，分别在2、r{、7、1j、19千11 X染色 。其}I X染色体I1)XS6789位点的懿夫多点I』)I) 人i 2.0 。。，1.1 6 AUTSX2 位于 染包 的题臂(Xp22.23)区域。 Fomas等(1999)报道了8名在Xp22.23处何 缺失的女性，其中有3人表现为孤独症。怍酱提出了一系列假说，包括：X染色怍钝化、单倍制量不 足以及镶嵌现象，用以解释为什么只有某些女性的单条染色体缺失会表现出孤独症。 1.17 AUTSX3 位于X染色体的长臂的Xq28区域。I aI'll等(2000)和Carney等(2003)分别在孤独 症病例中发现了MECP2基因的突变，此基因位于Xq28处L”’“ 。其中，Carney等(2003)在69名 女性孤独症患者中发现了其中的2人有两个位于MECP2基因中的不同的新发突变。 1.18 我们将全基因组关联分析(Whole GenomeAssociation Study)与DNA 混合分析(I) A pooling)两种方法相结合，对山东地区38家孤独症患者核心家系进行研究发现D7S5l3(7p21.3)与孤 独症相关联，此位点与孤独症的关联迄今在国内外均无报道，此发现有助于在其附近寻找孤独症的 易感基因。上述方法对其他多基因遗传性疾病的研究，如：原发性高血压、精神分裂症等的研究同 样取得了好结果.??孤独症---全基因组芯片唯一适宜? 孤独症易感基因2q区域(A I、US5)，l7q区域 (AUTS6)，l7q3l区域(AUTS9) ，7q36区域(AUTS10)， 17q21 区域(AU FS7)，7q35一q36区 域(AU FS15)，Xp22.23区域 (AUTSX2)，Xql3区域 (AUTSX1)，全基因组芯片的技术局限性? 同源性平衡易位检测较差，主要在少数淋巴瘤罕稀少同源性平衡易位---进一步增高密度解决。? 点突变检测丰度仍然欠缺，主要在少数未知的罕稀少突变发现较差―配合基因测序解决。MR儿童智力发育障碍―出生即应检测基因?有些先天性代谢异常病，例如苯丙酮尿症、同型胱氨酸尿症、枫糖尿症、组氨酸血症，半乳糖血症、先天性甲状腺 功能低下症（克汀病）等，若能在新生儿期作出诊断及时治疗，多数病儿智力可免受损害或病情得到控制?苯丙酮尿症、克汀病生后3个月作出诊断及时治疗，多数智力可以恢复正常，超过6个月治疗，几乎 不可避免地智力受到损害，如果3～4岁以后再治疗，病孩的身体发育亦有困难，难于治疗的程度， 智力障碍很严重。 正常人的平均智商为100。当一个儿童的智商为100时表示智力正常，假如一个儿章的智商在70分 以下，他的智力就被称为“显著低于”平均水平（简化为“智商低于70分”）。智商低于70分的儿 童，在100个同龄儿童中仅有两个。 轻度MR多用智力测验，重度以上MR依靠行为评定量表，两种方法对同一例难于配合同时使用，导 致MR儿童智力发育障碍发病率如孤独症一样在2%--1/万之间??MR儿童智力发育障碍---发病率一般不超过2%。?智力低下的发病原因，大致可分为单基因遗传病、多 基因遗传病、染色体异常及原因不明四种情况。染色 体畸变引起的智力低下约占15%～30%，单基因遗传 病引起的智力低下约占5%，由多基因遗传和环境因 素（神经系统感染，药物滥用，或脑损伤。 ）引起 的智力低下约占50%以上。 单基因遗传病，遗传加CUL4B基因突变， 重度发病 染色体异常，如唐氏综合征，其次如脆性X综合征 Ｘ连锁遗传，男性发病，女性杂合子不完全显性轻度 发病 多基因遗传 ，分为器官性和非器官性，加上环境因 素占所有MR的50%? ???27个非综合征型MR基因被确定,其中23种是X染色体 连锁致病基因,其余的4个基因中,RSS12、CRBN和 CC2D1A为常染色体隐性遗传基因,只有 CDKL3(cyclin-dependent kinase-like 3)是与非综合 征型MR相关的常染色体显性遗传基因,智力低下的遗传成因---染色体畸变，单基因突变，多基因遗传，线粒体基因突变，新病因染色体端部的DNA排列发生异常重组?染色体数目畸变--常染色体数目畸变和性染色 体数目畸变。 21三体综合征完全型〔核型为 47，XX(XY)+21〕、嵌合型〔核型为47， XX(XY)+21/46，XX(XY)〕和易位型〔核型为 46，XX(XY)，-14，+t(14q；21q)〕三种类型 。完全型21三体综合征病情严重，IQ值在2035之间，适应性行为存在严重缺陷。嵌合型 根据细胞异常克隆所占比例大小，智力低下 的程度可有所不同，IQ值在35-70之间。易位 型虽然染色体总数正常，但少了一条正常的 14号染色体，多了一条由14和21号染色体长 臂组成的易位大染色体，实际上等于多了一 条21号染色体，其智力低下的程度类似于完 全型21三体综合征。除21三体综合征外，13 三体综合征、18三体综合征等C组、D组、E 组染色体数目增多都可引起严重的智力低下 ，且D组、E组染色体体积大，携带基因数目 多，增加一条会导致多发畸形，故患儿存活 时? 性染色体数目畸变是指人类的性染色体数目异常引起，这类 病的共同特征是性发育不全或 智力发育障碍。如先天性卵巢 发育不全综合征(核型为45，X 或46，XX/45，X)，先天性睾丸 发育不全综合征(核型为47， XXY或46，XY/47，XXY)，超 雌综合征(核型为47，XXX)，超 雄综合征(核型47，XYY)等等都 有轻度的智力低下、人格异常 等症状。MR儿童智力发育障碍―遗传方式? 染色体结构畸变分为常染色体结构畸变 ? 单基因突变常染色体隐性遗传，苯丙酮尿症、半和性染色体结构畸变。?猫叫综合征，为第五号常染色体短臂部分缺 失所致，核型为46，XX(XY)，del(5)(p15)。 ? IQ值在20左右，性染色体结构畸变核型可表 示为46，fraX(q27-q28)，影响大脑的皮质和 边缘系统发育，男性患病率1/1250 女性携带者有轻度智力低下;另先天性卵巢发 育不全综合征也可因染色体结构畸变引起， ? 核型有46，XXp-、46，XXq-等。 ? 倒位携带者和平衡易位携带者， 106对夫妻 中就有一方为携带者发生率为0.47% ??乳糖血症、黑朦性白痴、精氨酸血症、粘多糖累积症 Ⅱ型、部分白化病等。 常染色体显性遗传，慢性进行性舞蹈症、结节硬化症 、强直性肌萎缩等都有智力低下的特征。遗传性舞蹈 症常于30-45岁时缓慢起病，患者有大脑基底神经节 的变性，为进行性加重的舞蹈样不自主运动和智能障 碍。 X连锁隐性遗传，自残综合征、眼脑肾综合征等 )X连锁显性遗传，口面指综合征、色素失禁症等有明 显的智力低下 多基因遗传病受遗传和环境双重因素的影响，智力低 下的程度有很大不同，智商水平可在30-80之间，??线粒体基因突变，肌阵挛性癫痫伴碎红纤维病，线粒 体肌病脑病伴乳酸中毒及脑卒中样发作综合征，慢性 进行性眼外肌麻痹、神经病伴共济失调和视网膜色素 变性等病智力低下。新病因染色体端部的DNA排列发智力低下的再发风险---群体发病率?40岁以上正常人生育患儿的比例明显升高 (1∶50-1∶100) 智力低下平衡易位携带者患者的子女将有 50%的患病可能。???单基因突变引起智力低下的再发风险--常染色 体隐性遗传（ 隐性纯合子）再发风险是1/4表 型正常的子代是携带者的概率是2/3；一方患 病，另一方正常，子代再发风险是0，但都是 携带者；若夫妇一方患病，另一方是携带者 ，子代再发风险是1/2。(2)常染色体显性遗传杂合子，一方患病，子 代每胎的再发风险都是1/2;若夫妻双方都患病 ，子代的再发风险为3/4;夫妻都正常，子代再 发风险为0。但要注意不规则显性遗传及延迟 性显性遗传的情 ，X连锁隐性遗传男性发病率高于女性，女性患 者都是隐性纯合子，男性患者是半合子。若 夫患病，妻正常，儿女再发风险是0，女儿都 是携带者；若夫正常，妻患病，儿子再发风 险是1，女儿都是携带者；若夫正常，妻为杂 合子，儿子再发风险是1/2，女儿表型正常， 但有1/2的可能是携带者；若夫患病，妻为杂 合子，儿女再发风险都是1/2。 X连锁显性遗传此类遗传方式的疾病女性发病 率高于男性，男患者的所有女儿都是患者， 儿子正常，女患者的儿女各有1/2的发病风 多基因遗传病的再发风险比单基因病复杂， 群体发病率、亲属等级、已有患病人数、遗 传度、病情轻重等因素，?????线粒体遗传病的主要特征为母系遗传，若父 患病，母正常，子女均正常；若父正常，母 患病，子女均有患病可能。MR:智力发育障碍类型和临床检查? ?广义MR：自闭症型―轻中重 15q11.2 Angelman syndrome (Type 1) 智力和发育迟缓安格尔曼综合症，智力和发育迟缓，睡眠障 碍，癫痫发作,拍手,微笑 Alpha thalassemia mental retardation (OS) α型地中海贫血精神发育迟滞综合征 16p13.3Rubinstein-Taybi Syndrome鲁宾斯坦综合征:智力和运动发育迟缓,拇指与 Autism，X-linked，susceptibility to，2 自闭症、X连锁、易感性相关 X-linked mental retardation21 X连锁的精神发育迟滞21型 X-linked mental retardation54/ lissencephaly / ambiguous genitalia X连锁的智力缺陷54型、X连锁 的无脑回伴随不明生殖器综合征、X连锁的婴儿性痉挛 X-linked mental retardation30 X连锁的智力缺陷30型 X-linked mental retardation with isolated growth hormone deficiency X连锁的智力缺陷伴随单一性 生长素缺乏征―举例? ? ? ? ?? ?医学遗传性疾病是医学临床疾病例：日本唐氏经验―让病人及家庭获益遗传学诊断? 先证者临床检查 ? 家系和流调 ? 功能性指标初查 ? 细胞遗传学检查 ? 全基因组遗传谱芯片诊断（临床诊治干预? 一般化验检查， ? 影像和B超检查 ? 生化特检， ? 临床功能激发和兴奋实验 ? 病理诊断FDA临床金标准）? 临床干预治疗? 临床家系干预方案 ? 建档，复查和随访临床表现病因非常复杂举例：X连锁的智力缺陷伴随单一性生长素缺乏征?按其病因，以及属于单一性生长激素缺乏或属于多种腺垂体激素缺乏分为： 1．特发性GHD(IGHD)IGHD患儿往往有围生期异常，包括早产、难产、小胎龄儿，严重窒息 ，发绀及抽搐。1962年Bierch等发现横位、臀部、足先露等非头位胎位在IGHD患儿中高达62％， 而在正常儿童中仅占4％。用GHRH兴奋试验来鉴别IGHD患者颅内损伤的部位已得出明确结论：在 IGHD中大约2／3病变部位在垂体水平之上，而垂体本身只是失去了来自下丘脑的GHRH的刺激作 用。近年来北京协和医院应用CT扫描或磁共振影像(MRI)检查，发现绝大多数IGHD患者下丘脑垂体 存在明确的异常改变，主要有垂体柄断裂、垂体腺萎缩和异位后叶高信号。 2．遗传性GHDGH基因位于第17号染色体长臂，含5个外显子和4个内含子，前者中有两个为 GH基因(GH-V、GH-N)，另外3个为绒毛膜生长催乳素基因。多数家族性GHD为常染色体隐性遗传 ，少数为常染色体显性或伴性遗传，可表现为单一性GH缺乏，或为多发性垂体激素缺乏。 (1)家族性单一性生长激素缺乏所致的GHD：本症较少见，占原发性GHD中5％～10％。按遗传 方式可将其分为三型见下表： ⅠA型单纯性GH缺乏，有正常的GH-V基因，但存在GH-N基因缺陷。ⅠA型患儿在宫内即有生 长障碍．出生身长及体重均小。表现为严重生长停滞，具典型垂体型侏儒体态。智力正常，无其他 垂体功能缺陷。本病亦为家族性GHD中最先确定基因突变类型的遗传性侏儒症，患儿体内完全无 GH，给予外源性GH后会产生GH抗体而导致GH治疗无效。 ⅠB型患儿临床症状与ⅠA相似，其GH水平虽低，但仍可以用放免法测出。与ⅠA型不同是用 外源性GH治疗不产生抗体而有良效。近年研究发现基因突变亦在GH基因，其第4个内含子剪接位 点有G→C或G→T碱基转换，形成新的激活剪接位点，阅读框架转移，形成突变的GH蛋白，影响临床表现病因非常复杂：X连锁的智力缺陷伴随单一性生长素缺乏征?Ⅱ型为常染色体显性传递，父母中有一人为侏懦，临床症状轻重不一。外源GH治疗亦不产生抗 体。近发现其GH基因内含子3剪接位点第6个碱基因T→G转换而失活、导致突变的GH蛋白产物。 Ⅲ型为男性患者，不同家系中症状可不全。有的可伴无丙球蛋白血症。本症基因突变性质不明 。 (2)家族性多种腺垂体激素所致的GHD；为近年从GH基因突变研究中区分出的新的侏儒类型。 该症大多系散发，也可以为常染色体或X染色体连锁遗传。为GH基因转录因子Pit-Ⅰ突变。Pit-Ⅰ蛋 白是垂体细胞生长发育和功能成熟重要的转录因子。Pit-Ⅰ结合靶基因启动子而激活靶基因的转录 。Pit-Ⅰ突变所致的GHD的临床表现多种多样。受累患者表现为GH完全缺乏，基础血PRL检测不到 或水平很低，血基础TSH水平可以为正常低限或降低或检侧不到，有些患者可以有明显的甲状腺功 能减退。所有的患者都没有促性腺素和促肾上腺皮质激素的缺乏。 (3)GH不敏感综合征：主要有下列几种情况：①对GH不敏感-GH受体病(Laron矮小症)或GH受 体数目减少(Pyg-mics矮小症)，GH受体后缺陷。患者血GH水平很高且有活性，血IGF-Ⅰ水平降低 ，外源GH治疗无效，但用重组的人IGF-Ⅰ治疗有效；②GH抗体致循环GH作用抑制；③GH结构异 常；④IGF-Ⅰ合成障碍；⑤抗IGF-Ⅰ抗体干扰IGF-Ⅰ的作用；⑥IGF抵抗。 3．先天性器质性GHD许多先天性发育畸形可导致GHD，如身材矮小的面裂患儿中，约1／3有 完全性或部分性GHD。孤立性上颌第二门齿缺乏也是轻型面裂，患者常伴有身材矮小。 4．继发性GHDGHD可继发于下丘脑―垂体疾病，如肿瘤、感染、创伤、浸润性病变等，这些 疾病可直接损坏垂体，或损害下丘脑，或使垂体门脉系中断，在后两种情况下，下丘脑的促垂体激 素释放因子不能产生或不能到达腺垂体。长期应用较大剂量肾上腺皮质激素亦可抑制生长。临床表现病因非常复杂：X连锁的智力缺陷伴随单一性生长素缺乏征?【临床表现与并发症】 大多数GHD患儿出生时身长体重一般正常，少数患者出生时身材较小。生长障碍大多在出生后 1～2年内发生，但最早可在出生后4个月即出现，也有迟至10岁才起病者。起病后，生长的节律逐 渐变得缓慢，患者与同年龄正常儿童的差别逐渐显著，不过生长并不完全停顿，而是以较缓慢的速 度进行。生长速度缓慢是GHD的重要临床特征。一般认为生长速度在3岁以下低于7cm／年，3岁至 青春期小于4～5cm／年，青春期小于5．5～6cm／年者为生长缓慢，应做进一步的检查。GHD患 儿的最终身高与起病年龄及GH缺乏的程度有关，大多数完全性GHD患儿至成年时身高低于130cm 。 皮肤往往较细致，皮下脂肪丰满，面颊亦较肥胖，使面部呈圆形，这是由于生长激素缺乏时脂 肪动员较少所致。身体各部分的比例较其年龄为幼稚，四肢略为短小一些，下颌骨亦相对较小．一 般说来，体态还相对匀称。如同时有促性腺激素缺乏，则一直保持性幼稚状态。至青春期年龄，第 二性征不出现。喉头不发育，音调高细。外生殖器发育不好，阴毛、腋毛不生长。乳房到青春发育 期仍不发育，月经来潮延迟或根本不来潮。睾丸未降或很小。只有单一性生长激素缺乏者往往到20 岁左右才有青春期第二性征出现。在用人生长激素治疗后，可发动或加速青春期的出现，可能是生 长激素加强了性器官对促性腺激素的反应之故。 【诊断与鉴别诊断】 1．诊断 诊断GHD的目的在于确定是否为可治疗的身材矮小疾患。临床上鉴别身材矮小患者是 矮身材的正常儿童，还是GHD患儿有一定困难。身材比同种族、同地区、同性别和同年龄正常儿童临床表现病因非常复杂：X连锁的智力缺陷伴随单一性生长素缺乏征?身高均值低2SD(标准差)以下的儿童仍可能是正常的，有些原来身材正常的儿童突发生长停滞，虽 其身高尚未降至厨性别同年龄正常儿童身高均值一2SD以下，仍应尽早进行诊断性研究。 GHD的诊断主要依据其临床特点和GH轴分泌功能的测定。目前国际上常见的诊断准则为：① 身高在同地区、同性别、同年龄正常儿童身高―3SD以下者，应立即进行常规病因的筛选及垂体分 泌功能的检查；②身高低于同性别、同年龄正常儿童身高―2SD～―3SD之间者，作常规病因的筛 选检查；③身高在同性别、同年龄正常儿童身高0～―2SD之间者，观察生长速度至少6个月以后再 决定是否需做病因检查；④生长速度低于同性别、同年龄正常儿童第三百分位数者，不论其身高是 否正常，均应进行病因检查。 2．鉴别诊断 (1)全身性疾病所致的矮小症：患者在儿童时期患有心、肝、肾、胃、肠等慢性疾病或各种慢性 感染，如结核病、血吸虫病、钩虫病等都可因生长发育障碍而致身材矮小。 (2)呆小症：此病系由于甲状腺先天性发育不全或缺乏某些甲状腺激素合成所必需的酶所致。患 儿除身材矮小外，常伴及智力低下。 (3)Turner综合征：为性染色体异常所致的女性分化异常．表现为女性型，但第二性征不发育， 身材短小，血浆生长激素不低，用生长激素治疗不起反应，核型检查(染色体分析)显示性染色体为 XO，可确定诊断。 (4)青春期延迟：生长发育较同龄儿童延迟，常到16～17岁以后才开始第二性征发育，智力正 常，无内分泌系统或慢性疾病依据。一旦开始发育，骨骼生长迅速，性成熟良好，最终身高可达正 常人标准。临床表现病因非常复杂：X连锁的智力缺陷伴随单一性生长素缺乏征?二、检验诊断 生长激素缺乏症主要依据临床特点和血GH明显降低作出诊断，必要时进行GH兴奋试验以确定 生长激素缺乏的原因。【一般检验项目】 主要包括血常规、尿常规及相关生化检查以了解全身基本情况。一般根据需要及重点怀疑的病 因选择必要的检查，如甲状腺功能检查、性腺功能检查。【特殊检验项目】 1.血GHGH基础值&5μg／L。单次GH测定诊断意义不大。GH测定是反映GH实际分泌最客观的 指标，GH缺乏症与正常人昼夜间GH平均浓度差异显著，脉冲峰值和最高值之间的差异也非常显著 。但GH受饥饿、运动等影响波动较大，一天中不同时间、个体间差异也很大。正常人GH基础值低 ，常需要进行激发试验来提高诊断的准确率。 2．血IGF-Ⅰ血IGF-Ⅰ水平在儿童期随年龄增长而升高，青春期达高峰，以后降至成人水平， 女性较男性略高。成人血IGF-Ⅰ可间接反映GH水平，但儿童期血IGF-Ⅰ水平随年龄而变化，而且 还与营养状况有关，营养不良及各种慢性消耗性疾病均可使IGF-Ⅰ水平降低。 3．IGFBP-3IGFBP-3是IGF主要的结合蛋白。对于5岁以上的儿童，IGFBP-3测定可作为有意 义的筛选试验。临床表现病因非常复杂：X连锁的智力缺陷伴随单一性生长素缺乏征?【功能试验】 1．运动试验 (1)试验原理：在剧烈运动期间，糖类和糖原迅速动员消耗；20～30分钟后，由于大量分泌的 GH介导脂肪分解，脂肪酸也可被利用。 (2)试验方案：采空腹血样作为基础值。患者骑白行车或爬楼梯10分钟，休息20分钟后再次采 血。GH浓度应升高至20μg／L。 (3)临床诊断价值和评价：对体质性发育迟缓的儿童，约30％的病例GH不恰当地升高。70％～ 90％的病例中，该刺激性试验具有明确的诊断价值。 2.胰岛素低血糖激发试验 (1)试验原理：胰岛素注射可引起血耱明显下降，从而刺激GH的分泌以释放脂肪酸作为能量来 源。作为另一个反馈调节步骤，皮质酵由促肾上腺皮质激素(ACTH)刺激而释放增加。所以，该试 验也可用于垂体一肾上腺轴功能的检查。像精氨酸试验一样，该试验敏感性在健康人群的范围为75 ％～100％。 (2)试验方案：胰岛素0．1U／kg静脉注射。在注射前及后2小时内每30分钟采血测定GH。同时 测定血糖值。只有血糖值比基础值下降超过50％，或&2．22mmol／L，该试验才有意义。 (3)临床诊断价值和评价：在胰岛素注射的最初5～30分钟内，常出现轻度恶心，面色苍白，出 汗甚至轻度嗜唾。特别是存在垂体功能不全时，由于缺少反馈调节，将会出现严重的副反应。在试 验第1小时内或最好是试验全程应该有医生在场。备好胰高血糖素和20％的葡萄糖溶液，以便在出 现严重低血糖时终止试验。临床表现病因非常复杂：X连锁的智力缺陷伴随单一性生长素缺乏征?3．左旋多巴激发试验 (1)试验原理：左旋多巴是大脑儿茶酚胺类神经递质。在接受治疗的帕金森病患者中，已观察到 它对GH的促进效应。脱羧酶阻滞剂卡比多巴和普萘洛尔可增强这种促进作用。 (2)试验方案：在试验开始前2小时服药，普萘洛尔1mg／kg(最大剂量40mg)，左旋多巴250mg ，卡比多巴25mg。分别在0、45和90分钟采血测定GH。 (3)临床诊断价值和评价：该试验副作用少，结果可信但试验时间较长。 4．精氨酸激发试验 (1)试验原理：在75％～100％的受试者中，精氨酸和其他一些氢基酸，可引起GH的显著升高 。 (2)试验方案：精氨酸氯化物与生理盐水以1：10的比例稀释，在30分钟内注射完毕。分别于0 、30、60和90分钟采血测定GH。 (3)临床诊断价值和评价：该试验无任何副作用。 5.可乐定激发试验 (1)试验原理：可乐定是儿茶酚胺类物质，用于治疗高血压和刺激GH分泌。 (2)试验方案：服药前采血，服药后3小时内每30分钟采血测定GH水平。 (3)临床诊断价值和评价：由于其促GH分泌的作用存在显著个体差异，试验必须持续3小时。临床表现病因非常复杂：X连锁的智力缺陷伴随单一性生长素缺乏征?6.GHRH兴奋试验 (1)试验原理：注射GHRH以刺激GH的释放。 (2)试验方案：刺激物为GHRH1-44、1-40或1-29。静脉注射1～2μg／kg，于0、15、30、45、 60和90分钟采血测定GH。GH升高最大值&10μg／L为正常。如果达到最大值．则表明不存在GH缺 乏(若GH&40μg／L，更不可能有GH缺乏)，或GH缺乏可能由下丘脑缺陷所引起。 (3)临床诊断价值和评价：GHRH试验可鉴别下丘脑或垂体自身病变。但必须注意，如果长时间 缺少GHRH刺激，仅给予一次GHRH剂量，功能完好的垂体也可能不分泌恰当剂量的GH。因此建 议在5天内每天给予GHRH1μg／kg，并在给药前和给药后每天进行该试验以确保试验的可靠性。另 据报道，20％受试者出现副作用，包括一过性面色潮红，多见于大龄儿童。GH的兴奋比其他试验 显著。? 这个病例诊断完成后：临床情况清楚了，基因问题更多了！甚至纠纷起来了！海洋般全基因组数据海洋般全基因组数据海洋般全基因组数据海洋般全基因组数据---风给力，鱼满仓前列腺癌 3.6万个基因中发现330个变异，264种CNV,41种突变，查到2种相关靶向药物海洋般全基因组数据---风给力，鱼满仓癌肉瘤全基因组测序：只列出460个基因，找到6个点 突变，4个扩增。收费xxxxx元 ，耗时18天，未发现靶向药物 CDKN2B Amplification(8.52X) CYP2D6 Amplification(8.72X) DPYD exon2:c.C85T:p.R29CEPHB1 exon8:c.G496A:p.E166K LIMK1 exon5:c.C386T:p.S129LMYCAmplification(9.34X)NCAM1 exon1:c.1delC:p.Q1fs SOX10 UGT2B exon5:c.T1172C:p.V391A WEE1 exon1:c.A269G:p.E90G 其余3.6万个基因，均无发现 Amplification(8.08X)谢谢聆听}