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密码子使用度及na结构对蛋白质折叠速率的影响
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学 校 代 码：10135
论文分类号：
研究生类别：全日制
硕士学位论文
密码子使用度及
结构对蛋白质折叠速率的影响
The Influence of Codon Usage Bias and RNA Structure on
Protein Folding Rate
学 科 、 专 业 ：
理论生物物理
申 请 人 姓 名：
指导教师姓名：
二〇一五年五月二十三日
内蒙古师范大学硕士学位论文
独创性声明
本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工
作及取得的研究成果，尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的
地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不
包含本人为获得内蒙古师范大学或其它教育机构的学位或证书而使
用过的材料。本人保证所呈交的论文不侵犯国家机密、商业秘密及
其他合法权益。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已
在论文中作了明确的说明并表示感谢。
关于论文使用授权的说明
本学位论文作者完全了解内蒙古师范大学有关保留、使用学位
论文的规定：内蒙古师范大学有权保留并向国家有关部门或机构送
交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以将学位论文
的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印
或扫描等复制手段保存、汇编学位论文，并且本人电子文档的内容
和纸质论文的内容相一致。
保密的学位论文在解密后也遵守此规定。
导师签名：
内蒙古师范大学硕士学位论文
蛋白质是生命活动的主要承担者，是一类最重要的生物大分子，在
生物体内占有特殊的地位。自然状态下，蛋白质通常可以从未折叠的状
态快速可靠地折叠成具有三维结构的天然构象。结构能够决定功能，蛋
白质的错误折叠会形成无活性蛋白或引起淀粉样纤维的聚集，引起阿尔
茨海默综合症、帕金森氏症、传染性海绵状脑病等蛋白质折叠疾病。蛋
白质折叠对于所有生物体系，都是最基本和最重要的过程，这个过程是
一个复杂而深奥的基础理论问题，且是分子生物学的核心问题之一，目
前仍是个未解之谜。本文主要研究内容如下：
1、在现有的小的蛋白质折叠速率数据库和相关文献的数据基础上，
建立一个较大的蛋白质折叠速率库，并在其中收集了相关的核酸序列的
信息。计算每一条蛋白对应的核酸序列的同义密码子使用度。分析同义
密码子的使用度与蛋白质折叠速率之间的关系。结果表明对于不同二级
结构的每类蛋白质，都有一些密码子的使用偏性与相应折叠速率显著相
关。结果证实了，在蛋白质折叠中，同义密码子的使用偏性起着重要的
2、前期的工作中，建立了一个包含核酸序列信息的蛋白质折叠数据
库。以此为基础，对于每一条蛋白质，计算了相应
茎结构含量，
环结构含量，折叠自由能以及
的柔性等描述
二级结构特性
的基本参量。然后，分析了
二级结构与相应蛋白质折叠速率的关
内蒙古师范大学硕士学位论文
系。结果表明，mRNA
茎结构含量与蛋白质折叠
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81看作80+1，再用乘法分配律。）
25×41类型四：（提示：把99看作100— 1,
把39看作40— 1：两个积中相同的因数只能写一次，提出来。）
34×52+34×48
175×23+23×25
63×53+47×63
247×19— 47×19
93×6+93×4
395×118— 18×395类型三。）（8+40）×25
125×（8+80）
48×（5+100）
24×（2+10）
75×（1000— 2）
15×（40— 8）
类型二：把102看作100+2类型一：（注意：一定要把括号外的数分别乘括号里的两个数，再把积相加或相减：（注意：（提示
采纳率：67%
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第一种 (300+6)x12
125x(35+8)
(12+24+80)×50
32×(25+125)
25×（24+16）
4×(25×65+25×28)
第三种 99x64
第四种 99X13+13
32X16+14X32
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84×36+64×84
75×99+2×75
75×27+19×2 5
31×870+13×310
78X4+78X3+78X3
第五种 88X125
50×(34×4)×3
138×25×4
(13×125)×(3×8)
25×32×125
3900÷（39×25）
420÷（5×7）
800÷（20×8）
847-527-273－
2356－（）
1235－（）
－317－357
第八种 278+463+22+37
732+580+268
425+14+186
158+262+138
375+219+381+225
（181+2564）+2719
378+44+114+242+222
276+228+353+219
(375+1034)+(966+125)
第九种 214-（86+14）
787-（87-29）
365-（65+118）
455-（155+230）
第十种 576-285+85
825-657+57
690-177+77
755-287+87十一种 871-299
第十二种 178X101-178
83X102-83X2
17X23-23X7
83×102－83×2 178×101－178
35X127-35X16-11X35
123×18－123×3+85×123容易出错类型（共五种类型）
600-60÷15
20X4÷20X4
25X4÷25X4
98-18X5+25
56X8÷56X8
280-80÷ 4
12X6÷12X6
175-75÷25
25X8÷25X8
80-20X2+60
36X9÷36X9
36-36÷6-6
25X8÷（25X8）
100+45-100+45
15X97+3 100+1-100+1
102+1-102+1
25+75-25+75
40+360÷20-10
125×27×8
48×35×2×35458+251+749
536-249-136
813+569-213
48+52×346×32+46×68
101×482-48216×29+16×48+16×23
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