第2页/共3页
。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使
用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键
，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all
行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s选择nb-spheres.
到目前为止已经差不多了
下面是一些细节的调整
残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing 转变为
3-button viewing editing，这样就可以编辑修改pdb文件了，咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。
然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，
file&&save image as&&png
第2页/共3页
寻找更多 ""您所在位置： &
&nbsp&&nbsp&nbsp&&nbsp
pymol使用笔记讲解.doc 28页
本文档一共被下载：
次 ,您可全文免费在线阅读后下载本文档。
下载提示
1.本站不保证该用户上传的文档完整性，不预览、不比对内容而直接下载产生的反悔问题本站不予受理。
2.该文档所得收入(下载+内容+预览三)归上传者、原创者。
3.登录后可充值，立即自动返金币，充值渠道很便利
需要金币：350 &&
你可能关注的文档：
··········
··········
做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。Pymol的笔记 3软件安装与初始设置 3Pml格式的右键菜单 3软件使用难题与Bug 3单字母标记氨基酸残基Windows用户 3基本知识 4景深 4全屏 4通用命令 5例一 5结构显示细调 5选择 6选择原子 6选择侧链 6选择骨架上的原子 6选择钙离子 6选择范围内原子 6从选择的原子扩展到残基 6color 7彩虹色（反彩虹色用：rainbow_rev） 7颜色举例 7label 7label字体 7设定label距离 7label举例 7label氨基酸残基 7氢键 8氢键概念 8目前使用的氢键做法： 8各种方法氢键数量比较 8氢键做法汇总 8结构叠加比对 9Align命令用法 9Wiki中的&align&命令 9静电势APBS（目前没有大问题） 10各种静电势方法总结 10安装 10精简的步骤 10分链作图 11动画 11Pymol出动画图方法 11手工抽图方法 11每帧都被光线追踪 11友立GIF动画使用 11Pymol教程与实例 12合用的教程分类 12使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较 12label驴子笔记 12显示氢键（活性中心） 14用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令 15其他结构描述方法 15Contacttable 15基本知识 15用CCP4NCONT 16用CCP4CONTACT/ACT 16Interface 16用PISA做结合分析 16计算BSA的软件讨论 16Ligplot 17静电势DelPhi（有问题） 17DelPhiv.5.1使用方法 17Pymol打开DelPhi电势文件 18Grasp2打开DelPhi电势文件 18修结构方法搜集 19修结构刚开始据说是要先修主链 19修结构的时候发现侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置. 19修结构重在整体形象。 19修结构新番总结 20过度修正 20认清身边有毒的朋友 21高考阅卷得到的收获 23附录 23基本知识 23RMSD(RootMeanSquaredDeviation) 23氨基酸分组方法和代表性颜色 23Pymolpml文件实例 24C10IQsort 24图像处理 26批量裁剪 264个大小相同的图片排成一个 26未整理 26某人总结的结构解析方法： 26结构修正时遇到的问题和用到的小tips： 27分子置换的步骤 28COOT中添加小分子的方法 28如何画出氢键 28Pymol的笔记软件安装与初始设置安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处理（.bat文件）来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。.bat文件内容如下：（D:\Temp\，是msi文件的目录，pyt.msi是msi文件名，pyt是为了方便，pymol安装用的msi文件名的简写）msiexec/iD:\Temp\pyt.msi新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到&C:\Users\YOU&，启动文件为PyMOL目录下的pymol.exe。如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的pymol.cmd，再不行就试运行一次C:\Python27\Scripts\pymol.cmd。Pml格式的右键菜单后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的方法如下：在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOT&pml_auto_file-shell下建立新项：edit，再建立新项：command，值为：&C:\Windows\System32\NOTEPAD.EXE&&%1&软件使用难题与Bug日在联想E49，Win7下安装1.61beta版，bg_colorwhite设定背景色后，label就不显示了。单字母标记氨基酸残基Windows用户windows下不能建立.pymolrc文件，认可的文件名是：'pymolrc','pymolrc.py'or'pymolrc.pym'从本博文下载附件（pymolrc）后拷贝到安装目录即可,无需后缀名。1.6版的PyMOL目录下还有一个.pymolrc_example文件，也包括单字母氨基酸的命令。pymolrc文件里
正在加载中，请稍后... 上传我的文档
 下载
 收藏
该文档贡献者很忙，什么也没留下。
 下载此文档
正在努力加载中...
pymol作图的一个实例
下载积分：30
内容提示：pymol作图的一个实例
文档格式：PDF|
浏览次数：1130|
上传日期： 09:31:01|
文档星级：
全文阅读已结束，如果下载本文需要使用
 30 积分
下载此文档
该用户还上传了这些文档
pymol作图的一个实例
官方公共微信蛋白质相关下载方法及PyMOL简单应用_图文_百度文库
两大类热门资源免费畅读
续费一年阅读会员，立省24元！
蛋白质相关下载方法及PyMOL简单应用
上传于|0|0|暂无简介
阅读已结束，如果下载本文需要使用1下载券
想免费下载本文？
定制HR最喜欢的简历
下载文档到电脑，查找使用更方便
还剩24页未读，继续阅读
定制HR最喜欢的简历
你可能喜欢君，已阅读到文档的结尾了呢~~
广告剩余8秒
文档加载中
扫扫二维码，随身浏览文档
手机或平板扫扫即可继续访问
举报该文档为侵权文档。
举报该文档含有违规或不良信息。
反馈该文档无法正常浏览。
举报该文档为重复文档。
推荐理由：
将文档分享至：
分享完整地址
文档地址：
粘贴到BBS或博客
flash地址：
支持嵌入FLASH地址的网站使用
html代码：
&embed src='/DocinViewer-4.swf' width='100%' height='600' type=application/x-shockwave-flash ALLOWFULLSCREEN='true' ALLOWSCRIPTACCESS='always'&&/embed&
450px*300px480px*400px650px*490px
支持嵌入HTML代码的网站使用
您的内容已经提交成功
您所提交的内容需要审核后才能发布，请您等待！
3秒自动关闭窗口}