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NCBI使用方法之一：Map viewer查找基因序列，RNA，启动子
NCBI使用方法之一：Map viewer查找基因序列，RNA，启动子
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下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤
一、打开Map viewer页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html
在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：
二、点击“GO”出现如下页面： .
三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：
说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。
四、点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的&Genes seq&，出现新的页面，页面下方为：
五、点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：
先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。
六、在Sequence Format后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：
在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(,,,, ) 这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。
CDS join(,,,, )
CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从3660开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。
说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流，让我们把NCBI用的更好！
wudihero007
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在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(,,,,
这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。
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CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从3660开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。
说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流，让我们把NCBI用的更好！
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如何利用NCBI的资源与工具检索基因/基因编码产物的功能
美国国立生物技术信息中心(NCBI)是目前国际上几个重要的生物信息学网站之一，Entrez是NCBI的数据库检索查询系统，BLAST是NCBI开发的序列相似搜索程序，本文重点介绍如何利用Entrez检索查询系统以及BLAST序列相似搜索程序在NCBI的多个数据库中检索基因/基因编码产物的功能。
Abstract：
NCBI (National Center for Biotechnology Information) is one of the most important international bioinformatics websites. Entrez is database searching system of NCBI.BLAST is sequence similarity searching program developed by NCBI. This article introduces the skil s of searching the function of a gene or gene product by Entrez and BLAST in several database of NCBI.
ZHANG Xue-mei
作者单位：
重庆医科大学图书馆,重庆,400016
年，卷(期)：
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怎样在NCBI上查找基因
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