逆转录化学反应原理理中为什么要42度

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【求助】RT-PCR中cDNA的量多了会不会导致没有条带?
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这个帖子发布于10年零109天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
各位前辈,作为新手有许多很奇特的问题,请谅解。
作RT-PCR两个月了,结果出来过一次,但是因为实验室分光光度计坏了,昨日提出RNA后,目测了一下,:P,就做了,因为我唯恐模板不够,逆转录的时候,加的RNA只多不少:P,结果还可以,但是今天换了个模板,却什么结果也没有,只有引物二聚体,内参也没跑出来。我又作了cDNA的电泳,挺好的,没降解。除了模板其余都一样,会不会是模板加多了也会导致没有条带呢?
最近一直不太顺利,心情比较郁闷,今天看到结果,心都凉了,差点就要哭出来了,老板催着要文章,不发文章不能毕业,时间来不及了。:(:(:(
麻烦各位前辈不吝赐教!!
不知道邀请谁?试试他们
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一般不至于的,你还是耐心再做2两次,PCR有时就是不稳定,这是PCR的缺陷之一
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设几个梯度好了,只要药品没问题,肯定能出来的
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丁香园中级站友
1。做PCR要有耐心,条带的丢失很有可能是摸班的问题或是这个PCR体系本来就不稳定,建议你将条件贴出来供大家讨论。2。摸班的过多的确会影响它和引物的结合,我的建议是先做浓度剃度然后在做温度剃度,而且增加电泳的上样量就会看到条带的
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各位DXYer:我用的是TOYOBO的RT试剂,按照说明书,在RT时加进了所有的组分后,就直接在42度保温1小时,跑cDNA时带很漂亮,再用产物做PCR,结果全是弥散,不管是管家基因,还是我的目的基因。这是什么原因呢,请各位帮忙分析一下,PT-PCR结果附图
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像问一以下你说的cdna得质量还可以来跑 ,是琼脂糖胶,何以看出你的cdna质量好
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感谢各位的安慰,我已竭尽耐心,也会继续努力!!我的条件RT
dNTP (10mmol/L)
AMV 逆转录酶
1ul(1ug左右)
加DEPC水补至
20ul 42度 1小时,99度 5 分钟PCR
dNTP (10mmol/L)
引物上游(10pmol/ul) 1ul
Taq 酶 5U/ul
灭菌蒸馏水
95度 5分钟,94度30秒,59度30秒,72度45秒,循环34次,末次延伸72度7分钟 ,退火温度是用温度梯度摸出来的,Mgcl2的量也是用梯度摸出来的,曾经做的结果很好,可是现在突然就什么都没有了,只有引物二聚体。
借得别人的内参b-actin能做出来,没有问题,但是自己的内参GADPH 却做不出来,是不是引物稀释的过程出的问题?
谢谢各位!!
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摘要 : 逆转录PCR (RT-PCR)具有较高的灵敏性、操作简单等优点,常用于基因定量分析、生物学检测等,此外常用逆转录PCR克隆目的基因。 本文主要讲述了逆转录PCR的原理、重要参数以及操作注意事项。
逆转录()的原理
逆转录PCR (RT-PCR)具有较高的灵敏性、操作简单等优点,常用于基因、生物学检测等,此外常用逆转录PCR克隆目的基因。 本文主要讲述了逆转录PCR的原理、重要参数以及操作注意事项。
cDNA的合成是RT-PCR的重要环节。以mRNA为模板,在逆转录酶的催化下,随机引物、(dT)或基因特异性引物的引导下合成互补的DNA(complementary DNA,cDNA),再按照普通PCR的方法用两条引物以cDNA为模板,则可扩增出不含内含子的可编码完整基因的序列。
逆转录PCR重要参数
不同mRNA拷贝成cDNA的效率不同;因此,适合于一种mRNA拷贝的条件可能对另一种mRNA不适合。一般来说,从事不均一mRMA群体时,所使用的条件是导致的终产量达到最大,下述参数十分重要。
1.逆转录酶 有两种不同的逆转录酶可以催化以mRNA为模板,oligo(dT)作为引物,合成与mRNA互补的cDNA链。一种来自纯化的禽成髓细胞瘤病毒(AMV),由两条肽链组成,具有聚合酶活性和很强的H活性,它最适温度是42℃,最适pH8.3。在高反应温度时可消除mRNA的二级结构对逆转录的阻碍,然而高水平的RNA酶H的活性既抑制cDNA产生也限制其长度。另外,禽源逆转录酶制剂可被能切割DNA的核酸内切酶污染。另一种来源于鼠白血病病毒(Mo-MLV),是单肽链的,有RNA聚合酶活性和相对较弱的RNA酶H活性,最适温度37℃,最适pH7.6,较弱的RNA酶H活性对获得2-3kb的mRNA的全长cDNA有很大好处。在第一链反应前可用氢氧化甲基汞处理,破坏mRNA的二级结构,这一步对于最适反应温度较低(37)℃的鼠源逆转录酶催化的反应可能更为重要。临合成cDNA第一链之前加入过量的巯基试剂,可以使氢氧化甲基汞从RNA上解离。
2.单价阳离子 离子条件基本上影响各种模板的转录效率。用钾比用钠离子可获得较长的转录产物。对于c长度的最适钾离子浓度为140-150mM。
3.二价阳离子 对于反转录酶活性来说,二价阳离子是必需的。低于4mM Mg2 未能观察到活性;产生全长转录产物的最适浓度是6-10mM。
4.脱氧核苷三磷酸 使用四种脱氧核苷三磷酸(dNTP)中每一种的高浓度对于有效合成cDNA是特别重要的。如果其中只有一种的浓度下降到10-50微摩尔以下,全长转录物的产量将明显下降。常用的dNTP的浓度为200-250微摩尔。
材料与方法
2 仪器、用具
PCR仪、电泳仪等、0.2mlPCR管(1个)、移液器、碎冰
RNase Free dH2O;5&RT Buffer (含25mM Mg2 );dNTP (10mM each);RNase Inhibitor(10U/&l );Oligo (dT)20 (10&mol/L);ReverTra Ace
(1) 以总RNA为模板,合成cDNA第一链,体系如下:
(2) 反转录反应条件为:30℃ 10min,42℃ 30min ,99℃ 5min,4℃ 5min。反应结束后冰
注意事项:
① cDNA第一链合成的反应液冰上配制。
使用ReverTra Ace、RNase Inhibitor 等酶类时,应轻轻混匀,避免起泡;由于酶保存液
中含有50%的甘油,粘度高,分取时应慢慢吸取。
逆转录PCR时,提取RNA是关键,收集RNA沉淀时,离心速度不要低于13000rpm,在离心前的沉淀也尽可能在低温下条件下操作,此外逆转录酶可以选择MMLV逆转录酶,主要是因为这个条件比较容易掌握。
作者:青岚 点击:次
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