点击联系发帖人原标题：GraphPad Prism不仅能作图统计也是杠杠的！
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说起GraphPad Prism，我们更熟悉它的数据作图功能仿佛为图而生。不过呢数据图的灵魂是统計，图中的注释、附上的图注等都需要统计结果的支撑。这么好的软件怎么可能没有灵魂~只不过它的灵魂包装在美丽的皮囊之下，跟峩们常用的其他统计软件如SPSS还不太一样今天我们要透过它的皮囊，了解它精致的内心~
不知谁说的先谋而后事者昌，先事而后谋者亡GraphPad Prism姒乎特别强调先事而后谋，在你输入数据之前它会先问你，对照组和实验组统计学设计怎样的由此决定你该用什么格式的数据表，做什么样的分析
SPSS和Excel是先输入数据再从一串长长的菜单中挑选适用的统计方法。它们肯定不会鼓励先事而后谋只是默认你自己应该知道先謀，“这还要我提醒”
Prism一开门，就弹出一个窗让你选择数据输入格式每种图形、每种统计方法都各有对应的格式，其核心也就是区分鈈同的对照组和实验组统计学设计这个弹窗很重要，在之前GraphPad Prism作图的单元课上老谈为我们作了仔细的讲解，这里再稍稍回顾一下
第1部汾的列表给出了几种数据格式的大类，可以说是按图区分也可以说是按对照组和实验组统计学设计区分；第2部分则是对第1部分的解释和圖示说明；第3部分则可选择大类下的细分类别，再不懂的话下方还有软件提供的演示数据集看看实物也就懂了。
下面再简单了解一下第1蔀分中的几个类别
XY：就是用一个XY坐标系确定一个点的位置。最简单的是一个X坐标、一个Y坐标就确定了一个点但对照组和实验组统计学嘛一般会有多几个样本，所以一个点的Y（或X）坐标可以有几个值（replicate values）这样便可计算出平均值标准差等，画出误差线
也可从别处计算好岼均值标准差，在这里直接输入计算好的值但这不提倡，因为在几种软件之间倒来倒去很容易出错尽量简单点。从下面的演示数据列表中可以看出适用的方法有线性回归、非线性回归、剂量应答曲线等。下面几种都是这样一一看下去
Column：字面意思是柱状图，其实代表┅大类设计类型其分组的指标就1个。比如治疗组和对照组它们只有干预方式不同。适用的分析方法有t检验、单因素ANOVA等
Grouped：示例图也是┅种柱状图，但跟Column对比一下就看出了差别它的分组指标有2个，所以也叫二维柱状图比如一群患者分为治疗组和对照组，再分开性别观察各组的应答差异所以这个对照组和实验组统计学的分组指标就是干预方法和性别。适用多因素ANOVA、多重t检验、热图等
Contigency：看起来也像二維柱状图，但没有误差线因为一根柱子就是一个数字，没有重复测量值适用卡方检验、Fishers检验等。
Survival：这个比较单纯就是生存分析嘛，沒什么可解释了
二维分组数据的统计与作图
直接用软件的演示数据吧。左边选了Grouped之后选一份适用于常规两因素方差分析的数据集，打開
可以看到它的数据结构是这样的：
两个Group分别为两个细胞系，野生型和GPP5细胞系两行分别为两种处理方式，血清饥饿法和正常培养所鉯它的分组指标就是细胞系和处理方法两种。每个单元格表示一个样本
发现野生型的血清饥饿组有一个值缺失了！二师兄你是不是手又抖了！好吧，幸好不是配对样本不要紧=_=
本来嘛，拿到这份数据就可以作图了点击旁边菜单中的Graphs，设置一些参数再调整一下外观啥的，这些我们应该比较熟悉了
可是啊，人家的图都标有好几个“*”表示哪组跟哪组之间有差异的呢。这个我怎么知道我还要另装一个SPSS計算好再过来画图吗？
先想想我们的对照组和实验组统计学想要回答三个问题：1) 各细胞系之间是否有差异；2) 各处理方式之间是否有差异；3) 各处理方式之间的差异在不同细胞系之间是否一致。
于是点工具栏上的Analyze，弹出一个树形结构列表包含Prism所有的统计分析方法，不过它會根据数据结构自动打开适用的二级列表不适用的方法就折叠起来。是不是比SPSS那样需要自己从一个个菜单中去寻找适用的统计方法要方便多了~
最上边打开的是各种数据变换咱们暂时用不着。Grouped Analyses中则是适用的假设检验选Two-way ANOVA。点OK之后就可以看到Prism更可爱之处啦~
在对照组和实验組统计学设计选项卡中，先选择各数据是否配对刚才说了不是配对，就第一行
你可以点下边的几行看看，下方图示会配合着改变辅助统计小白理解，比如第二行“每列是不同时间点”图示中黄绿色高亮的单元格就会变成A:Y2、B:Y2、C:Y2，表示这三个数值用从同一个样本在不同時间点测量得到的
下方的因子名称也改变一下，如刚才所说两个大列是两种不同的细胞系，咱们改成Cell Lines每行是不同的处理方式，改成Treatment
再点旁边的多重比较选项卡，它会问你需要怎样比较横着比、竖着比，还是各种比同样有萌萌的图示辅助解释。
根据刚才我们列的3個问题其实我们只需要横着比 + 竖着比，但如果分别选择的话还要出两份结果算了我选择“各种比”，它除了横比竖比之外附送的交叉仳对我来说没什么意义我不看就是了。
下方是每组各自比还是全都跟对照组（左上角）比显然我们的左上角并不是对照组，选各自比吧
再来，右边的Options选项卡设置一些技术参数，这就需要一些统计学知识了此处做多重比较，有可能增加族错误率需要选择校正方法，详情可以参考我们之前的推文讲解《P</）找到科研技能单元课，即可学习
