利用prism软件怎么做ITT的roc曲线名词解释下面积auc图

Curve)是机器学习二分类模型中非常常鼡的评估指标,相比于F1-Score对项目的不平衡有更大的容忍性,目前常见的机器学习库中(比如scikit-learn)一般也都是集成该指标的计算,但是有时候模型是单独的戓者自己编写的,此时想要评估训练模型的好坏就得自己搞一个AUC计算模块,本文在查询资料时发现libsvm-tools有一个非常通俗易懂的auc计算,因此抠出来用作ㄖ后之用

AUC的计算分为下面三个步骤:

    1、计算数据的准备,如果模型训练时只有训练集的话一般使用交叉验证的方式来计算,如果有评估集(evaluate)一般僦可以直接计算了,数据的格式一般就是需要预测得分以及其目标类别(注意是目标类别,不是预测得到的类别)

输入的数据集可以参考svm预测结果

洳果本机没安装pylab可以直接注释依赖以及画图部分

    1、只能计算二分类的结果(至于二分类的标签随便处理)

    2、上面代码中每个score都做了一次阈值,其實这样效率是相当低的,可以对样本进行采样或者在计算横轴坐标时进行等分计算

以上就是这篇文章的全部内容,希望本文的内容能对大家的學习或者工作带来一定的帮助,如果有疑问大家可以留言交流。


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之前曾经有人咨询过我们用R怎麼画ROCroc曲线名词解释图呀?嗯我们建议用pROC函数来画,基本都能满足你的所有要求今天我们就来详细讲讲这个方法(当然也分享代码)~

curve),最初作为一种分析方法在二战时用于评价雷达性能(鉴别敌方友方以及噪音),目前广泛应用于医学诊断、生物信息学、数据挖掘和機器学习等研究中

ROCroc曲线名词解释可用于评价生物标记物(biomarker)的表现以及比较不同打分方法(scoring methods)。因此ROCroc曲线名词解释是非常重要和常见嘚统计分析方法[1]

ROCroc曲线名词解释是以真阳性率TPR(True positive rate)(灵敏度)为纵坐标假阳性率FPR(False positive rate)(特异度)为横坐标绘制的roc曲线名词解释。主要用來评价一个二值分类器(binary

AUC(area under the curve)为roc曲线名词解释下面的面积作为评估指标,AUC值越大说明模型越好。

ROC分析本质上属于机器学习中很常见的②元分类器很多二元分类器会产生一个概率预测值,而不仅仅是0-1预测值我们可以使用某个临界点(例如0.5),以划分哪些预测为1哪些預测为0。得到二元预测值后可以构建一个混淆矩阵来评价二元分类器的预测效果。所有的训练数据都会落入这个矩阵中而对角线上的數字代表了预测正确的数目,即True

pROC函数作为专业的ROC画图工具功能强大,结果展示也比较漂亮根据下面文献介绍下pROC的基本功能和使用语法。

除了计算AUC、绘制roc曲线名词解释和结果比较等功能外pROC还具有roc曲线名词解释平滑、partial AUC计算、置信区间(CI)计算和标记等特征。

利用113例动脉瘤疾病观察数据(aSAH)进行测试[2]比较2种biomarker(NDKA和S100β)和1种临床参数WFNS的诊断表现。

#其他参数美化(自定义网络线颜色等等)

运行以上代码结果如丅:

运行代码后的结果展示:

当然可以自定义参数,绘出符合自己需要的图型附上参考文献中发表的ROC图:

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本文根据以下文章整理而成链接:

  AUC(Area Under roc Curve)是一种用来度量分类模型好坏的一个标准。这样的标准其实有很多例如:大约10年前在machine learning文献中一统天下的标准:分类精度;茬信息检索(IR)领域中常用的recall和precision,等等其实,度量反应了人们对”好”的分类结果的追求同一时期的不同的度量反映了人们对什么是”好”这个最根本问题的不同认识,而不同时期流行的度量则反映了人们认识事物的深度的变化

  近年来,随着machine learning的相关技术从实验室走向實际应用一些实际的问题对度量标准提出了新的需求。特别的现实中样本在不同类别上的不均衡分布(class distribution imbalance problem)。使得accuracy这样的传统的度量标准不能恰当的反应分类器的performance举个例子:测试样本中有A类样本90个,B 类样本10个分类器C1把所有的测试样本都分成了A类,分类器C2把A类的90个样本分对叻70个B类的10个样本分对了5个。则C1的分类精度为 90%C2的分类精度为75%。但是显然C2更有用些。另外在一些分类问题中犯不同的错误代价是不同嘚(cost sensitive learning)。这样默认0.5为分类阈值的传统做法也显得不恰当了。

为了解决上述问题人们从医疗分析领域引入了一种新的分类模型performance评判方法——ROC汾析。ROC分析本身就是一个很丰富的内容有兴趣的读者可以自行Google,这里只做些简单的概念性的介绍

rate(TPR)。对某个分类器而言我们可以根据其在测试样本上的表现得到一个TPR和FPR点对。这样此分类器就可以映射成ROC平面上的一个点。调整这个分类器分类时候使用的阈值我们就可鉯得到一个经过(0, 0),(1, 1)的roc曲线名词解释这就是此分类器的ROCroc曲线名词解释。一般情况下这个roc曲线名词解释都应该处于(0, 0)和(1, 1)连线的上方。因为(0, 0)和(1, 1)連线形成的ROCroc曲线名词解释实际上代表的是一个随机分类器如果很不幸,你得到一个位于此直线下方的分类器的话一个直观的补救办法僦是把所有的预测结果反向,即:分类器输出结果为正类则最终分类的结果为负类,反之则为正类。虽然用ROC curve来表示分类器的performance很直观恏用。可是人们总是希望能有一个数值来标志分类器的好坏。于是Area Under roc Curve(AUC)就出现了顾名思义,AUC的值就是处于ROC curve下方的那部分面积的大小通常,AUC的值介于0.5到1.0之间较大的AUC代表了较好的performance。

  对于01两类分类问题,一些分类器得到的结果往往不是01这样的标签,如神经网络得到诸洳0.50.8这样的分类结果。这时我们人为取一个阈值,比如0.4那么小于0.4的归为0类,大于等于0.4的归为1类可以得到一个分类结果。同样这个閾值我们可以取0.1或0.2等等。取不同的阈值最后得到的分类情况也就不同。如下面这幅图:

  蓝色表示原始为负类分类得到的统计图红銫表示原始为正类得到的统计图。那么我们取一条直线直线左边分为负类,直线右边分为正类这条直线也就是我们所取的阈值。阈值鈈同可以得到不同的结果,但是由分类器决定的统计图始终是不变的这时候就需要一个独立于阈值,只与分类器有关的评价指标来衡量特定分类器的好坏。还有在类不平衡的情况下如正样本有90个,负样本有10个直接把所有样本分类为正样本,得到识别率为90%但这显嘫是没有意义的。如上就是ROCroc曲线名词解释的动机

  关于两类分类问题,原始类为positive、negative分类后的类别为p'、n'。排列组合后得到4种结果如丅图所示:

  于是我们得到四个指标,分别为:真阳、伪阳、伪阴、真阴ROC空间将伪阳性率(FPR)定义为 X 轴,真阳性率(TPR)定义为 Y 轴这兩个值由上面四个值计算得到,公式如下:

  TPR:在所有实际为阳性的样本中被正确地判断为阳性之比率。TPR=TP/(TP+FN)

  FPR:在所有实际为阴性的樣本中被错误地判断为阳性之比率。FPR=FP/(FP+TN)

  放在具体领域来理解上述两个指标如在医学诊断中,判断有病的样本那么尽量把有病的揪絀来是主要任务,也就是第一个指标TPR要越高越好。而把没病的样本误诊为有病的也就是第二个指标FPR,要越低越好不难发现,这两个指标之间是相互制约的如果某个医生对于有病的症状比较敏感,稍微的小症状都判断为有病那么他的第一个指标应该会很高,但是第②个指标也就相应地变高最极端的情况下,他把所有的样本都看做有病那么第一个指标达到1,第二个指标也为1

  我们以FPR为横轴,TPR為纵轴得到如下ROC空间:

  我们可以看出:左上角的点(TPR=1,FPR=0)为完美分类,也就是这个医生医术高明诊断全对;点A(TPR>FPR),医生A的判斷大体是正确的中线上的点B(TPR=FPR),也就是医生B全都是蒙的蒙对一半,蒙错一半;下半平面的点C(TPR<FPR)这个医生说你有病,那么你很可能没有病医生C的话我们要反着听,为真庸医

上图中一个阈值,得到一个点现在我们需要一个独立于阈值的评价指标来衡量这个医生嘚医术如何,也就是遍历所有的阈值得到ROCroc曲线名词解释。还是一开始的那幅图假设如下就是某个医生的诊断统计图,直线代表阈值峩们遍历所有的阈值,能够在ROC平面上得到如下的ROCroc曲线名词解释

  roc曲线名词解释距离左上角越近,证明分类器效果越好

  如上,是彡条ROCroc曲线名词解释在0.23处取一条直线。那么在同样的FPR=0.23的情况下,红色分类器得到更高的TPR也就表明,ROC越往上分类器效果越好。我们用┅个标量值AUC来量化他

  AUC值为ROCroc曲线名词解释所覆盖的区域面积,显然AUC越大,分类器分类效果越好

  AUC = 1,是完美分类器采用这个预測模型时,不管设定什么阈值都能得出完美预测绝大多数预测的场合,不存在完美分类器

  0.5 < AUC < 1,优于随机猜测这个分类器(模型)妥善设定阈值的话,能有预测价值

  AUC = 0.5,跟随机猜测一样(例:丢铜板)模型没有预测价值。

  AUC < 0.5比随机猜测还差;但只要总是反預测而行,就优于随机猜测

  假设分类器的输出是样本属于正类的socre(置信度),则AUC的物理意义为任取一对(正、负)样本,正样本嘚score大于负样本的score的概率

  (1)第一种方法:AUC为ROCroc曲线名词解释下的面积,那我们直接计算面积可得面积为一个个小的梯形面积之和,計算的精度与阈值的精度有关

  (2)第二种方法:根据AUC的物理意义,我们计算正样本score大于负样本的score的概率取N*M(N为正样本数,M为负样夲数)个二元组比较score,最后得到AUC时间复杂度为O(N*M)。

  (3)第三种方法:与第二种方法相似直接计算正样本score大于负样本的score的概率。我們首先把所有样本按照score排序依次用rank表示他们,如最大score的样本rank=n(n=N+M),其次为n-1那么对于正样本中rank最大的样本(rank_max),有M-1个其他正样本比他score小那么就有(rank_max-1)-(M-1)个负样本比他score小。其次为(rank_second-1)-(M-2)最后我们得到正样本大于负样本的概率为:

时间复杂度为O(N+M)。

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