在这个sc RNA-seq单测序数据試验中采用了4种呼吸道平滑肌肉细胞（airway smooth muscle cells），每种细胞均有 地塞米松治疗、非治疗两类共计8个样本，储存在 airway 包中

高通量测序数据常采用 FASTQ 格式来保 存所测的碱基读段和质量分数。如图 所示,FASTQ 格式以测序读段为单位存 储,每条读段占 4 行,其中第一行和的第三行由文件识别标志和读段名(ID)组成(第一行以“@”开头而第三行以“+”开头;第三行中 ID 可以省略,但“+”不能省 略),第二行为碱基序列,第四行为各碱基所对應的测序质量分数序列

导入基因组特征（注释）

 

 eg. 外显子的染色体位置， 基因的起始、终止位点
 
 

 
 

注意这里采用了一个基因组注释文件的子集， 完整的信息可以从

 

 
 
 

 上图显示的是SummarizedExperiment类(以及他的子类DESeqDataSet)的布局, 粉红色 assay(se) 表示实際的数据 每行为一个基因，每列为一个样本；
colData 表示样本的具体信息随后我们会对它进行填充；rowRanges 表示每一个基因的信息。具体如下
 
 

注意：此处得到的数据需要采用EDSeq2包进行差异分析所以不对数据进行标准化，切记

 

 我们采用 DESeq2 包进行，差异表达基因的分析
 
 

# 此步采用 airway 包自带的se数据进行后续操作可以忽略。如果没有进行上面的步骤也可以直接采用下面的数据进行后续操作