免疫共沉淀详细步骤_实验方法
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免疫共沉淀详细步骤
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免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。本实验详细介绍了免疫共沉淀的详细步骤及注意事项。
当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来。目前多用精制的prorein A预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的prorein A就能吸附抗原达到精制的目的。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。
其优点为：（1）相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态；（2）蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响；（3）可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。缺点为：（1）可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用；（2）两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；（3）必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。
1. RIPA Buffer配制：
基础成分：
Tris-HCl（缓冲液成分，防止蛋白变性）
NaCl（盐份，防止非特异蛋白聚集）
NP-40（非离子去污剂，提取蛋白；用H2O配制成10%储存液）
去氧胆酸钠（离子去污剂，提取蛋白；用H2O配制成10%储存液；避光保存）
注意：准备激酶（致活酶）实验时，不要加去氧胆酸钠，因为离子型去污剂能够使酶变性，导致活性丧失。
RIPA蛋白酶抑制剂
苯甲基磺酰氟（PMSF）（用异丙醇配制成200mM的储存液，室温保存）
EDTA（钙螯合剂；用H2O配制成100mM的储存液，PH 7.4）
亮抑酶肽（Leupeptin）（用H2O配制成1mg/ml的储存液，分装，-20℃保存）
抑蛋白酶肽（Aprotinin）（用H2O配制成1mg/ml的储存液，分装，-20℃保存）
胃蛋白酶抑制剂（Pepstatin）（用甲醇配制成1mg/ml的储存液，分装，-20℃保存）
RIPA磷酸（酯）酶抑制剂
激活的Na3VO4（用H2O配制成200mM的储存液，见Sodium Orthovanadate Activation Protoco）
NaF（200mM的储存液，室温保存）
注意：在准备做磷酸（酯）酶实验的时候，不加磷酸酯酶抑制剂
2. 工作液配制：
配制100ml的modified RIPA buffer：
&& 1) 称取790mg 的Tris-Base，加到75ml 去离子水中，加入900mg的NaCl，搅拌，直到全部溶解，用HCl调节PH值到7.4
&& 2) 加10 ml 10%的NP-40
&& 3) 加2.5 ml 10%的去氧胆酸钠，搅拌，直到溶液澄清
&& 4) 加1 ml 100mM的EDTA，用量筒定容到100ml，2-8℃保存
&& 5) 理论上，蛋白酶和磷酸酯酶抑制剂应该在使用当天同时加入（抑蛋白酶肽，亮抑酶肽，胃蛋白酶抑制剂各100&l；PMSF，Na3VO4，NaF各500 &l），但是PMSF在水溶液中很不稳定，30分钟就会降解一半，所以PMSF应该在使用前现加，其他抑制剂成分可以在水溶液中稳定5天。
各种成分在工作液中的终浓度：
&&& Tris-HCl：50 mM，pH 7.4
&&& NP-40：1%
&&& 去氧胆酸钠：0.25%
&&& NaCl：150 mM
&&& EDTA：1 mM
&&& PMSF：1 mM
&&& 抑蛋白酶肽，亮抑酶肽，胃蛋白酶抑制剂：各1 &g/ml
&&& Na3VO4：1 mM
&&&&NaF：1 mM
准备工作：
预冷PBS，RIPA Buffer，细胞刮子（用保鲜膜包好后，埋冰下），离心机
1. 用预冷的PBS洗涤细胞两次，最后一次吸干PBS；
2. 加入预冷的RIPA Buffer(1ml/107个细胞、10cm培养皿或150cm2培养瓶，0.5ml/5&106个细胞、6cm培养皿、75cm2培养瓶)；
3. 用预冷的细胞刮子将细胞从培养皿或培养瓶上刮下，把悬液转到1.5EP管中，4℃，缓慢晃动15min（EP管插冰上，置水平摇床上）；
4. 4℃，14000g离心15min，立即将上清转移到一个新的离心管中；
5. 准备Protein A agarose，用PBS 洗两遍珠子，然后用PBS配制成50%浓度，建议减掉枪尖部分，避免在涉及琼脂糖珠的操作中破坏琼脂糖珠；
6. 每1ml总蛋白中加入100&l Protein A琼脂糖珠（50%），4℃摇晃10min（EP管插冰上，置水平摇床上），以去除非特异性杂蛋白，降低背景；
7. 4℃，14000g离心15min，将上清转移到一个新的离心管中，去除Protein A珠子；
8. (Bradford 法)做蛋白标准曲线，测定蛋白浓度，测前将总蛋白至少稀释1：10倍以上，以减少细胞裂解液中去垢剂的影响（定量，分装后，可以在-20℃保存一个月）；
9. 用PBS将总蛋白稀释到约1 &g/&l，以降低裂解液中去垢剂的浓度，如果兴趣蛋白在细胞中含量较低，则总蛋白浓度应该稍高（如10 &g/&l）；
10. 加入一定体积的兔抗到500&l总蛋白中，抗体的稀释比例因兴趣蛋白在不同细胞系中的多少而异；
11. 4℃缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温2h，激酶或磷酸酯酶活性分析建议用2 h室温孵育；
12. 加入100&l Protein A琼脂糖珠来捕捉抗原抗体复合物，4℃缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温1h，如果所用抗体为鼠抗或鸡抗，建议加2 &l"过渡抗体"（兔抗鼠IgG，兔抗鸡IgG）；
13. 14000rpm瞬时离心5s，收集琼脂糖珠-抗原抗体复合物，去上清，用预冷的RIPA buffer洗3遍，800&l/遍，RIPA buffer有时候会破坏琼脂糖珠-抗原抗体复合物内部的结合，可以使用PBS；
14. 用60&l 2&上样缓冲液将琼脂糖珠-抗原抗体复合物悬起，轻轻混匀，缓冲液的量依据上样多少的需要而定（60 &l足够上三道）；
15. 将上样样品煮5min，以游离抗原，抗体，珠子，离心，将上清电泳，收集剩余琼脂糖珠，上清也可以暂时冻-20℃，留待以后电泳，电泳前应再次煮5min变性。
实验流程为：
1. 转染后24-48 h 可收获细胞，加入适量细胞裂解缓冲液（含蛋白酶抑制剂），冰上裂解30min，细胞裂解液于4&C，最大转速离心30 min后取上清；
2. 取少量裂解液以备Western blot分析，剩余裂解液加1&g相应的抗体加入到细胞裂解液，4&C缓慢摇晃孵育过夜；
3. 取10&l protein A 琼脂糖珠，用适量裂解缓冲液洗3 次，每次3，000 rpm离心3 min；
4. 将预处理过的10&l protein A 琼脂糖珠加入到和抗体孵育过夜的细胞裂解液中4&C缓慢摇晃孵育2-4h，使抗体与protein A琼脂糖珠偶连；
5. 免疫沉淀反应后，在4&C 以3，000 rpm 速度离心3 min，将琼脂糖珠离心至管底；将上清小心吸去，琼脂糖珠用1ml裂解缓冲液洗3－4次；最后加入15&l的2&SDS 上样缓冲液，沸水煮5分钟；
6. SDS-PAGE，Western blotting或质谱仪分析。通过免疫共沉淀确定结合蛋白
&& 1) 用磷酸盐缓冲液洗30块10 cm培养板上的适宜细胞。刮去每块板上的细胞到1 ml冰冷的EBC裂解缓冲液中。
&& 2) 将每毫升细胞悬液转移到微量离心管中，在微量离心机上4℃以最大速度离心15 min。
&& 3) 收集上清（约30 ml）并加入30&g的适当抗体，4℃摇动免疫沉淀物1 h。
&& 4) 加入0.9 ml的蛋白质A-Sepharose 悬液，4℃摇动免疫沉淀物30 min。
&& 5) 用含900 mmol/L NaCl的NETN洗蛋白A-Sepharose混合物，再重复洗5次。最后，用NETN洗一次。
&& 6) 吸出混合物的液体部分。加入800&l的1&SDS胶加样缓冲液到球珠中，煮沸4 min。
&& 7) 将样品加入到大孔的不连续SDS-PAGE梯度胶中，在10 mA的恒定电流下电泳过夜。
&& 8) 通过考马斯蓝染色观察蛋白质泳带。
&& 9) 从胶上切下目标带，将其放到微量离心管中，用1ml 50%乙腈洗两次，每次3 min。
&& 10) 用胰蛋白酶消化胶中的蛋白质，再将肽电洗脱。
&& 11) 通过窄孔高效液相色谱分离肽。将收集的肽在ABI 477A或494A机器上进行自动Edman降解测序。
1. 细胞裂解采用温和的裂解条件，不能破坏细胞内存在的所有蛋白质－蛋白质相互作用，多采用非离子变性剂（NP40 或Triton X-100)。每种细胞的裂解条件是不一样的，通过经验确定。不能用高浓度的变性剂（0.2％SDS)，细胞裂解液中要加各种酶抑制剂，如商品化的 cocktailer。
2. 使用明确的抗体，可以将几种抗体共同使用
3. 使用对照抗体：
单克隆抗体：正常小鼠的IgG或另一类单抗
兔多克隆抗体：正常兔IgG
4. 在免疫共沉淀实验中要保证实验结果的真实性，应注意以下几点：
&& 1) 确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的，而并非外源非特异蛋白，单克隆抗体的使用有助于避免污染的发生；
&& 2) 要确保抗体的特异性，即在不表达抗原的细胞溶解物中添加抗体后不会引起共沉淀；
&& 3) 确定蛋白间的相互作用是发生在细胞中，而不是由于细胞的溶解才发生的，这需要进行蛋白质的定位来确定。
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做了免疫共沉淀然后跑WESTERN,考马斯亮蓝染胶，过夜，清洗，至始至终目的和对照只有IgG重链条带,其它再没了。另外一个是细胞裂解液INPUT，没有发现异样。照理说怎么可能只有重链没轻链呢，难道是蛋白量少了（我提的是600UG蛋白）？还是蛋白和珠子结合太紧密（100度5min处理）？求各位大神指教啊！
我这个主要找的是结合蛋白，所以必须要考染然后结合PULLDOWN做的，所以做不了WESTERN，然后我用的是12%的胶和10%的胶都试过了，结果一样，25KD那里是白板，
哦，这个不知道了，没经验
后期怎么继续使得敏感性较高呢
彩色不敏感，用黑白。用银染肯定可以看到。
哦哦，好的，谢啦，可以试试
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（Co-Immunoprecipitation，CoIP）是研究蛋白-蛋白间相互作用的经典方法，属于的一类，常被用于鉴定特定蛋白复合物的中未知蛋白组分。免疫共沉淀的设计理念是，假设一种已知蛋白是某个大的蛋白复合物的组成成员，那么利用这种蛋白的特异性抗体，就可能将整个蛋白复合物从溶液中“拉”下来（常说的“pull-down”），进而可以用于鉴定这个蛋白复合物中的其他未知成员。免疫共沉淀的特点可以概括为两点，第一是天然状态，第二是蛋白复合物。
与其他研究蛋白质相互作用技术（如GST-Pull down、酵母双杂交等）相比，免疫共沉淀鉴定的相互作用蛋白是在细胞内与目的蛋白发生的天然结合，避免了人为的影响，因此符合体内实际情况，得到的蛋白可信度更高。
1. 免疫共沉淀是建立在蛋白复合物成员间彼此紧密结合的基础上，意味着松散结合的蛋白组分很可能检测不到；2. 由于蛋白质形成复合物以后，某些表位就会被掩盖，因此可能导致使用某一种pull-down抗体，无论怎么增加抗体浓度，也极少能将不到一半的目标蛋白复合物沉淀出来，如有必要最好使用多种不同抗体分别进行CoIP；3. 由于检测的是天然状态，因此在不同的时间和不同的处理下，CoIP拉下来的蛋白复合物都可能是不同的，当然随着实验次数的增加，得到的蛋白复合物成员也会越来越庞大；4. 如果使用Western Blot的方法检测的蛋白复合物中的目标蛋白，则需要在试验前进行预测，具有一定的冒险性；当然如果将蛋白复合物直接进行质谱分析就不存在上述问题，但需要得到较高纯度和浓度的蛋白复合物样品也非易事，并且成本较高；5. CoIP鉴定得到的蛋白间相互作用可能是直接作用也可能是间接作用，进一步区分还需要进行GST-Pull down等实验检测；6. 为了保证CoIP实验的可靠性和严谨性，需要使用复合物的不同成员分别独立进行CoIP实验，并且结果应该能够彼此验证，因为原则上使用复合物的任一成员进行CoIP都会得到其他所有成员
1. 用预冷的PBS洗涤细胞两次；
Carefully wash cultured cells with pre-chilled PBS for 2 times.
2. 加入预冷的RIPA裂解缓冲液（107细胞加入1ml）；
Add in cold RIPA lysis buffer (1ml for 107cells).
3. 用预冷的细胞刮将细胞从培养介质上刮离，并转移到干净的1.5EP管中。并置于低速摇床，4℃缓慢晃动15min；
Scrap cells off to clean 1.5ml eppendorf tubes with a clean, cold scraper. Put them on a low-speed rotating shaker for 15 min at 4°C.
4. 4℃，14000g离心15min，立即将上清转移到一个新的离心管中
Centrifuge at 14,000 g 4°C for 15min, transfer the supernatant to new tubes immediately.
5. 将Protein A/G-agarose微球用PBS 洗两遍，用PBS配制成50%的protein A/G-agarose工作液；
Wash protein A/G-agarose beads for 2 times with PBS and make a 50% protein A/G agarose working solution (in PBS)
6. 在样品中以每1ml中加100μl的比例，加入50%的Protein A/G agarose工作液。水平摇床4℃摇动10min（该步骤的目的是去除非特异性结合的蛋白）
Add in 50% protein A/G agarose with ratio of 100μl for a 1ml sample solution. Shake on horizontal shaker for 10min, 4°C (This step aims to eliminate non-specific binding proteins)
7. 4℃，14000g离心15min，将上清转移到一个新的离心管中，去除protein A/G-agraose微球；
Centrifuge 14,000g at 4°C for 15min, transfer the supernatant to new tubes and discard protein A/G-agraose beads
8. 使用BCA法或者其他方法测定总蛋白的浓度
Quantify total protein with BCA assay or other methods.
9. 用PBS将总蛋白稀释到1 μg/μl以降低裂解液中去垢剂的浓度。如果你觉得你的目的蛋白的浓度低了，你可以将总蛋白浓度提高到10 μg/μl（假设浓度够的话）
Dilute the total protein to 1μg/μl with PBS to decline the concentrations of detergents. If you feel the concentration of your target protein is low, you can dilute the total protein to 10μg/μl. (if it’s high enough)
10. 加入一定体积的一抗，至总体积约为500μl；
Add in appropriate amount of primary antibody to approximately 500μl total volume.
11. 用摇床缓慢摇动抗原抗体混合物，4℃过夜
Slowly shake antigen-antibody complex on rotating shaker at 4°C for overnight.
注意：如果如果下游用于激酶或磷酸酶的酶活测定，则最好将11步改为室温孵育2h；
Note: if downstream experiment is enzyme activity assay for kinase or phosphatase, it’s better to change step 11 to a 2h incubation at room temperature.
12. 14000g离心5s，收集沉淀，并且用预冷的洗涤缓冲液（或者预冷的PBS）洗涤3遍（每次加入800μl）
Centrifuge 14,000g for 5s, keep the pellet and wash with pre-chilled washing buffer (or cold PBS) for 3 times. (800μl each)
13. （用合适体积的上样缓冲液重悬）收集上清，用于进一步的下游SDS-PAGE，western-blot或者质谱分析
Collect the supernatant to proceed to SDS-PAGE, western-blot, or mass spectra analysis.
注意：该CoIP操作步骤是将抗体先结合到Protein A/G-argarose微球上，然后再与抗原混合。相对其他方法，最终的得率较低，但避免了抗体共洗脱的问题。如果你希望获得高纯度的目的蛋白，而不考虑非特异性结合的话，你可以将抗体和蛋白样品在加入Protein A/G-argarose微球之前进行混合，这样最后抗体也会和目的蛋白一同被洗脱下来，从而可能会对western blot检测造成干扰。
Note: This Co-IP protocol is to bind antibody to the Protein A/G-argarose beads and then mix with the antigen. It gives lesser yield than the other one and avoids the problem of co-elution of antibodies. If you want to yield high purity of target protein regardless of non-specific binding, you can mix antibody with protein sample prior to addition of Protein A/G-agarose beads, thus in the end the antibodies are also co-eluted with target protein and interference might occurs in western blot detection.
参考资料：1. ;2. ;
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看起来也不是很复杂，以后可以用一用。
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CRISPR，被称为规律成簇间隔短回文重复，实际上就是一种基因编辑器，是细菌用以保护自身对抗病毒的一个系统
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&&&&&&&&&&&&请教做过免疫共沉淀的高手们谈谈该方法和用途，谢谢！
在要对细胞膜分子、细胞内分子或表达产物进行定性或/和定量时，如果靶蛋白表达水平不高，用细胞裂解液或表达上清进行SDS-PAGE电泳、western blot检测很难达到试验目的时，可用特异性识别靶蛋白的抗体进行免疫沉淀。免疫沉淀获得的蛋白可进行SDS-PAGE电泳，经考马斯亮兰染色或银染后观察目的蛋白条带。
以下附上试验记录一份，提供详细的操作步骤。
免疫沉淀反应（Immunoprecipitation）主要用于抗原或者抗体的定性检测
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答: 对于那些可以引起过敏的食物，应该要忌口。
答: 治疗低血压病，饮食疗法也是治疗本病的有力措施之 一，可逐渐提高患者的身体素质，改善心血管功能，增加心肌收缩力，增加心脏排血量，提高动脉管壁紧张度，从而逐步使血压...
答: 可能是颈椎病，做个ct获MRI看看。
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