蛋白质预测分析
物理性质预测
ComputePI/MW
http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html
Peptidemass
http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html
ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/
http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html
基于组成的蛋白质识别预测
AACompIdent
http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html
http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html
PROPSEARCH
http://www.embl-heidelberg.de/prs.html
二级结构和折叠类预测
http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredictPredictprotein
http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA
http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED
http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html
特殊结构或结构预测
http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe
http://www.wi.mit.edu/matsudaira/macstripe.html
与核酸序列一样，蛋白质序列的检索往往是进行相关分析的第一步，由于数据库和网络技校术的发展，蛋
白序列的检索是十分方便，将蛋白质序列数据库下载到本地检索和通过国际互联网进行检索均是可行的。
检索蛋白质序列
可联网到：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrz/query.fcgi?db=protein
进行检索。
检索蛋白质序列
http://srs.ebi.ac.uk/
系统进行蛋白质序列的检索。
进行序列检索
当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数量的蛋白质序列时，可采用
方式进行序列检索。
蛋白质基本性质分析
蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面，一般包括蛋白质的氨基酸组成，分子质量，等
电点，亲水性，和疏水性、信号肽，跨膜区及结构功能域的分析等到。蛋白质的很多功能特征可直接由分
析其序列而获得。例如，疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋。同时，也有很多短片段被细胞用来将目的蛋
白质向特定细胞器进行转移的靶标（其中最典型的例子是在羧基端含有
序列特征的蛋白质将被引向
中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能。
疏水性分析
http://www.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl
）可被用来计算蛋白
质的疏水性图谱。该网站充许用户计算蛋白质的
余种不同属性，并为每一种氨基酸输出相应的分值。
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第12讲 蛋白质功能分析与预测解析.ppt 145页
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* * * The top sequence in all three triplets of proteins is the fused domain or Rosetta S it is homologous to two separate sequences in another species. In the middle example, the genes Pur2 and Pur3 of yeast both encode enzymes that catalyse steps in the purine biosynthetic pathway. If it were not previously known from biochemical and genetic experiments that these enzymes are functionally linked, the linkage would be apparent from the Rosetta stone sequence Ade5,7,8 from Caenorhabditis elegans. Similarly, in the lower example, the fused sequence of TrpC in the Escherichia coli genome would inform us that the yeast proteins TrG and TrpF are functionally linked, if we did not know already that they both catalyse steps in the biosynthesis of tryptophan. * 在原核生物中，即使经过了很长的进化距离，一些基因簇在其相对位置上表现出了很好的保守性。进一步研究发现，这些基因常常具有功能的相互作用，并且往往是同一个操纵元的组成部分。Overbeek等和Dandekar等提出可以利用这一信息预测功能。在一些真核生物中，一些共调控的基因也出现上述现象，但是真核生物中这种信号很弱，没有被用于功能预测。
* The best starting searches are FASTA, BLAST, and PSI-BLAST, which provide accurate and fast database searching for known similar sequences. If this search does not produce satisfactory results, one may perform several related queries to sequence and structure motif prediction servers (if the structure is not available) or analyses based on high-throughput experimental results (if the experimental data is available). Web resources for structure-based function prediction FATCAT: Flexible structure AlignmenT by Chaining AFPs (Aligned Fragment Pairs) allowing Twists /
RaptorX: a Web Portal for Protein Structure and Function Prediction 使用蛋白质相互作用数据预测功能近几年成为新的研究热点。 这些研究一般都基于这样的假设:即两个蛋白质它们的相互作用蛋白质重合越多在功能上就越可能相关。 3.5基于相互作用的蛋白质功能预测
The evolution of the meaning of protein function. The traditional view is illustrated on the left, and the post-genomic view on the right. 蛋白质A 蛋白质B 转录活性 转录活性 蛋白质之间相互作用以及通过相互作用而形成的蛋白复合物是细胞各种基本功能的主要完成者。 蛋白质A具有转录功能，蛋白质B可以与蛋白质A相互作用，因而蛋白质B可能与基因转录相关 Transcription initiation complex Translation initiation complex 基于相互作
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