vigs侵染番茄幼苗图片后,怎样才能使幼苗存活

植物遗传资源学报2006,7(1):100~105
JournalofPlantGeneticResources
植物基因功能鉴定新工具——病毒诱导基因
沉默技术的研究进展
张增艳,姚鸟兰,辛志勇
(中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与改良国家重大科学工程/农业部遗传育种重点实验室,北京100081)
摘要:病毒诱导基因沉默(Virus—inducedgenesilencing,VIGS)技术是指带一段靶基因序列的VIGS重组病毒侵染植物、引起植物同源基因沉默与表型变异,进而通过表型变异进行基因功能分析的方法,是近年发展起来的从反向遗传学方向快速鉴定植物基因功能的技术,是转录后基因沉默机制的一种表现。①VIGS的分子机制,涉及基因沉默的起始、维持和信号放大、传播共3个阶段;②VIGS技术、载体与方法学的发展;③VIGS作为基因功能研究的优越性,如不必进行转基因、操作方法简便、获得结果快速等;④应用VIGS对植物抗病途径、代谢与发育调控中参与基因功能进行研究的概况。同时,展望了VIGS技术作为植物功能基因组学功能分析的高通量技术平台的美好前景。
关键词:病毒诱导基因沉默;基因功能分析;病毒载体
AdvancesonVirus-inducedGeneSilencingforGeneFunction
CharacterizationinPlants
ZHANGZeng—yan,YAOWu—lan,XINZhi—yong
(TheStateKeyScienceEngineeringofCropGermplasmandGeneImprovement/KeyLabofCropGeneticsandBreeding,
MinistryofAgriculture/InstituteofCropSciences,ChineseAcademyofAgriculturalSciences,Beijing100081)
Abstract:Virus—inducedgenesilencing(VIGS)is
pressionforcharacterizinggenefunctionsofplantsin
ryingaarecentlydevelopedtechniqueofgenetranscriptsup—genetics,whichinvolvesaareversevirusdeliveryvectorcar—shortsequenceoftargetedgenetoinfectayoungplant,andin
afewweeksnaturaldefensemechanismsgeneoftheplantresultinsilencingofthetargetedgene.Itis
viewsintroducedthekindofpost—transcriptionalsilencing.There—follows:①apositivemolecularmechanisminvolvedinVIGS.includingthesilencinginitia—tion,maintenance,andsignalamplificationanddissemination;②developmentsofVIGStechniqueincludingVIGSvectorsandmethodology;③advantagesofVIGSoverotherapproaches.suchasT—DNAortransposontagging,includingthecircumventionofplanttransformation,methodologicalsimplicityandspeedyresults.④studyingtherolesofgenesinvolvedinplantdefenseresponses,metabolicanddevelopment.ThereviewprovidestheprospectsforVIGSasapowerfulandhigh—throughtoolforassessingandcharacterizingthefunctioninplantfunctiongenomics.
Keywords:Virus—inducedgenesilencing;Genefunctioncharacterization;Virusvector
随着各种文库构建、测序和基因克隆等技术的
发展和完善,植物基因组序列与序列表达标签(Ex—
pressedsequence量正在迅猛增加,为阐明这些序列及基因的生物学功能,迫切需要将序列信息转化为功能信息,对靶序列进行功能分析的快捷、高通量的工具。tags,EST)和分离的候选基因的数
收稿日期:2005.08.01修回日期:2005—11-02
基金项目:国家高新计划“863”课题(2004AA222120)
作者简介:张增艳(1963一),女。博士,研究员,博导,主要从事小麦抗病分子生物学和分子育种研究Tel:010—68918781;E—mail:Zhangzy@mail.eaas.net.an
万方数据 
1期张增艳等:植物基因功能鉴定新工具——病毒诱导基因沉默技术的研究进展
利用转基因获得功能(Gain—of—function)法以及T。DNA与转座子突变等基因敲除(Loss—of—function)方法,在候选基因功能研究方面扮演着非常重要的角色,然而它们依赖于植物转基因完善程度、稳定的转基因株系的获得或大量突变体的创造和鉴定,不仅工作量大、周期长、效率低,费时、费力,难以对大
量基因的功能进行高通量的分析。而病毒诱导基因
沉默技术则能克服上述不足,有望成为快速、高通量分析植物基因功能的技术平台。
VIGS技术是指携带一段靶基因表达序列的VIGS重组病毒侵染植物、引起植物内同源基因沉默与表型变异,进而通过表型变异进行基因功能分析的方法【1,2J。1
VIGS的分子机制
VIGS是利用植物对病毒的天然防御机制发展
的瞬时、快速鉴定植物基因功能的技术,是从基因序列到功能的反义遗传学方法,也是转录后基因沉默(Post—transcript
silencing,PTGS)、RNA沉默
机制的一种表现,相似于线虫的RNA干扰。
已在真菌、植物和动物的许多物种中发现了PTGS过程的同源基因和酶,因此认为PTGS机制在整个生物进化过程中是很保守的旧j。目前关于
基因沉默的假说认为,PTGS包括3个阶段:起始、
维持和信号放大与传播∞,4J。双链RNA(dsRNA)是基因沉默的起始因子。第一阶段包括dsRNA形成、识别和小干扰RNA(siRNAs)片段的产生,由RNA病毒复制机制、源于转基因的双向克隆形成的发夹RNA(hpRNA)和反义RNA(asRNA)克隆技术均可产生dsRNA;dsRNA被识别并被Dicer酶从两端降解成21~23核苷酸的siRNA。在维持期,siR.NA与RNA酶形成复合体即RNA诱导沉默复合体(RISC),后者具有RNA同源性寻找活性和解旋酶活性以解旋dsRNA,该复合物可被解旋的siRNA激活,鉴别单链siRNA序列和降解互补的转录产物。
在第三阶段,上述形成的siRNA作为信号被鉴别,在RdRp引导下,siRNA作为dsRNA扩增的诱发子
并以ssRNA作模板,将沉默反应放大、增强,在这个过程中,siRNA可能作为一种信号分子在植株中系
统传播,诱导更多细胞启动PTGS,进一步放大了
PTGS效应∞J。
一些研究显示PTGS的信号分子可以进行短距离和长距离的运动,PTGS在植物体内短距离的细胞间传导是通过胞间连丝进行的,而长距离的传导
方数据则是通过植物的韧皮部进行的,并且麟的信号也
可以利用植物体内RNA的转运网络进行系统传导。
当植物病毒基因组中引入一段寄主基因片段构成重组病毒,后者侵染寄主细胞后,会激活这种植物对病毒的防御机制,表现出目标基因的功能丧失或表达活性下降的表型,进而可根据表型变化鉴定目标基因的功能。如当载体中插入片段是抗病必需基因时,VIGS后植物就降低了对病原的抗性、甚至丧失抗病性。
1995年Kumagai等【6。,1998年Ruiz等【7j以及kjemtrup等旧J分别利用带有特定基因片段的不同病毒载体侵染本氏烟,导致了特定目标基因的沉默,开创了应用VIGS技术研究植物基因功能的先河。2
VIGS技术的发展
VIGS载体的发展
第一个VIGS载体是由模式RNA病毒烟草花
叶病毒(TMV)发展的。1995年Kumagai等∞o在TMV上插入了一段PDS基因的部分序列,侵染本
氏烟后成功地诱导了PDS基因的沉默。PDS即八
氢番茄红素脱氢酶,是类胡卜素合成所必需的酶,具保护叶绿素免受光漂白的作用,而PDS基因发生沉默后被侵染植物就会表现出光漂白症状。PDS表型变异易于辨别,因此PDS基因成为VIGS体系评价的参照基因。1998年由DNA病毒番茄金色花叶病毒(TGMV)发展的VIGS载体,在本氏烟上成功地诱导了镁离子螯合酶的关键基因S“和转基因J,但TGMV载体诱导基因沉默的效率较低。1998年Ruiz等"J以马铃薯X病毒(PVX)作载体,实现了本氏烟PDS基因沉默。PVX载体的最大优点是比TMV载体更稳定,但PVX侵染寄主范围窄。TMV、PVX、TGMV能在接种植株上引起病症,难以解释一些精细的PT.
GS现象,而且不能侵染分生组织、影响其应用范围。
2001年由烟草脆裂病毒(TRV)发展的载体,诱导基因沉默的效率、持久性均优于上述载体旧J,只引起温和的病症,而且能侵染分生组织和花,已广泛用于研究烟草、番茄与马铃薯等多个基因的功能旧J。Gossele等u叫将伴随TMVU2的卫星病毒(STMV)基因组改造、可插入外源片段,由TMV辅助病毒提供复制和运动的蛋白,能有效地抑制PDS等基因的表达并呈现明显的表型突变。Tao等【1lJ建立了基于中国番茄黄化衄叶病毒(TYLCCNV)卫星DNA8分子的DNA卫星载体,既可以有效地抑制转基因
luc荧光蛋白基因发生沉默【8
植物遗传资源学报
GFP的表达,也可高效抑制内源基因PDS和Su的表达。2002年Turnage等[12]利用大白菜曲叶病毒(cbLCV)在拟南芥上建立了VIGS体系。Holberg等u引利用大麦条纹花叶病毒(BSMV)首次在单子叶植物大麦上成功抑制了PDS基因的表达;随后Lacomme等u4J分别对BSMV病毒进行改造,以提高VIGS表型效应。本课题组用BSMV作载体在小麦上实现PDS的VIGSu5I,为快速分析小麦基因功能展示了前景。
VIGS必须依赖于病毒载体在寄主植物上建立有效的VIGS体系。迄今,VIGS体系在烟草上最稳定和应用得最成功。主要原因可能是烟草胞间连丝对病毒的排阻、限制要比其他植物小,也可能是多种病毒可侵染烟草、且这种植物在限制病毒积累的正常防御成分上存在一定的缺陷。
VIGS方法学
由于VIGS使用的载体是遗传修饰的病毒,
VIGS的应用存在一定的复杂性,必须在严格的环境条件下操作,应该考虑以下几个因素【2J。
2.2.1
VIGS载体的插入片段首先是长度,插入基因序列大小的上限取决于病毒在植物细胞间运动的限制,而且在病毒问与植物物种间也可能有所不同。在本氏烟中,PVX和TRV载体上插入的基因序列长度上限均为1.5Kb,此限以上,病毒可能不能传播而高比例地丧失插入片段,影响沉默效果;23bp是基因沉默的下限,大于23bp的序列会产生更有效的沉默,一般采用150~500bp的片段,以保证有效沉默。二是选择靶基因的哪段序列作插入片段。默效果越好,85%以上的同源性即可引起有效的基因沉默【6,l3I。沉默的靶基因序列必须认真选择,可search等方法分析被抑制的基因是否为区域应该都可用于沉默,但如拟沉默某一家族的某J。
方数据侵染植物细胞,与体外转录法相比此法操作成本低廉,更适合进行高通量的基因鉴定【2]。根据植物的种类和实验类型,发展了用农杆菌接种的不同方法,以PVX作VIGS载体,可用牙签沾取农杆菌,然后将牙签刺人烟草幼叶中,该方法适用于高通量的筛选。然而牙签法对于TRV在番茄上传染效果不好,因此必须用注射器压滤、真空泵压滤或用农杆菌液喷雾幼苗才能获得良好的沉默效果。当VIGS用于其他植物时,必须选择农杆菌菌株和优化接种技术,但对于单子叶植物农杆菌介导法尚未成功。2.2.3影响VIGS的环境因素
成功的基因沉默
依赖于病毒传播和植物生长间相互作用的动力学,其中任一因素均受环境条件的影响,温度是病毒传播和基因有效沉默的最重要影响因素之一,TRV在番茄上建立良好的沉默表型是在温度21℃或21℃以下,而TRv在本氏烟上产生沉默的适宜温度为25℃左右,25~29℃是BSMV在大麦上诱导基因沉默的适宜温度[131。生长箱可较好地保持VIGS实验的沉默重演性。
2.2.4
VIGS实验的对照与沉默效率的评价在
VIGS实验中设立对照非常关键。为监检沉默效率,通用的阳性对照为PDS基因的沉默,为排除病毒载体自身可能引起的表型干扰,有必要用空载体病毒接种植物作为阴性对照,另一个内在阳性对照是用一个功能明确的内源基因序列插入病毒载体接种植物。
RT—PCR分析可确定VIGS的沉默程度和特异性,半定量RT—PCR可比较基因沉默和阴性对照中转录产物的量,明确转录产物的相对减少。3
VIGS技术的优越性和局限性
VIGS技术的优越性
VIGS与传统的基因功能分析方法相比,具有5
个优势点幢J。①快速:VIGS能够在病毒侵染植株2~3周内引起靶基因沉默、造成表型变异,从而鉴定出靶基因的功能,不必筛选巨大的群体。而基于遗传转化的功能分析方法需要产生稳定的转基因系,周期较长。②可避免植物转化和插入突变:VIGS只需病毒载体能侵染植物、不依赖产生转基因植物,对于转化效率低、转化困难、生长周期长的植物基因功能分析非常有利;传统的功能基因敲除、筛选过程中,对一些胚发育期必需的基因插入突变将导致致死型突变,从而得不到突变表型。但是VIGS在植物幼苗期和成熟期均可进行,因此利用VIGS对成
VIGS效果是基于序列同源性,同源性越高,基因沉通过Blast基因家族的成员。对于单拷贝基因,其ORF的任一基因,必须认真选择非保守区域或非转录区(UTR)序列来区别具高度保守ORFs间基因,反之选择高度保守区可抑制基因家族的几个成员,克服可能的功能重复[2,162.2.2接种技术最初,以线性化的质粒DNA为模板进行体外转录,然后以侵染性的RNA形式,通过摩擦法接种植株幼叶,可研究少数基因功能,但该方法接种不仅费时而且结果不稳定。此后发展了农杆菌介导法,T—DNA中插入全长的病毒cDNA,在CaMV35S启动子控制下,通过农杆菌介导法使病毒
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gene silencing in plant leaves in different light intensity of light velocity were lower than the contrast plants, PN, 4sat, VC, max value decreased, stomatal conductance (GS) progress, but on CI no significant effect. The Rubisco and FBPase enzyme activities of tomato LeUCP gene were restrained, and the isolation decreased by 23. 3% and 20. 3%. 2, the effects of LeUCP gene silence on chlorophyll fluorescence parameters were studied. The decrease of LeUCP gene expression had no significant effect on Fv/Fm, but decreased photochemical quenching coefficient (qP) and electron transfer rate ETR, and the qP value decreased by 54% compared with Mock treatment plants. The non photochemical quenching coefficient NPQ was improved, and the Je (PSII) and the ratio of Je (PCR) and Je (PCO) and NAD+/NADH ratio were significantly decreased. Explain leucp gene coding for the mitochondrial uncoupling protein to useful light is necessary, can through the influence of Calvin cycle the crux of the enzyme, from the new distribution of PSII electron flow ratio, decreased electron transfer speed and photorespiration and action. 3. The effects of LeUCP gene silence on respiration and Redox status were studied. Gene silencing plant mitochondrial respiration and alternant respiration decreased significantly, the restraint of the AOX1 gene family gene expression and medium gene of AOXla expression was affected obviously. The decrease of the expression of LeUCP gene affected the content of recovery and the content of pyruvate, and the separation of Mock decreased by 54. 3% and 29. 1%, note the mitochondrial oxidase and turn two protein coupling a synergistic relationship between the expression of. Three carboxylic acid in the transmigration of aconitase activity and citric acid content decreased by 34 compared with Mock separation. 6%, 14. 4%. The content of NADH and NAD+/NADH significantly decreased growth, notes on the Redox of mitochondrial uncoupling protein has certain efficiency. 4, the PQ and uncoupling protein gene with low temperature oxidation under control. Compared to the Mock and TRV groups, LeUCP gene silencing induced plant leaves H2O2 and O2. An accumulation, but also in the PQ and ROS accumulation under low temperature control treatment, significantly increased, the PQ and O2 H2O2 after treatment. A separate Mock growth of 44. 67% and 23%. PQ clamp was formed after oxidation to suppress serious, Fv/Fm decreased, MDA content increased. CAT1, CAT2, SOD, cAPX, GR, POD gene expression, but LeUCP+PQ a TRV is still lower than Mock+PQ and TRV+PQ. Compared with mock, PQ treatment plant progress the contents of ASA, GSH, and ASA / DHA, GSH+GSSG also increased, but TRV LeUCP+PQ disposal plant leaf ASA content and GSH contents were lower than the handling of Mock+PQ and TRV+PQ. Further notes leucp to maintain redox signal equalization and strengthen the clamping of the oxidation resistance plays an important role.目录:致谢5-6摘要6-8Abstract8-10缩略词表11-13目录13-171 引言17-27&&&&1.1 病毒诱导的基因沉默(VIGS)17-21&&&&&&&&1.1.1 VIGS的发现与发展18&&&&&&&&1.1.2 VIGS的作用机制18-19&&&&&&&&1.1.3 VIGS在植物基因功能研究中的原理与应用19&&&&&&&&1.1.4 影响VIGS沉默效率的因素19-21&&&&&&&&1.1.5 VIGS技术的优缺点21&&&&1.2 植物线粒体解偶联蛋白21-26&&&&&&&&1.2.1 解偶联蛋白的发现历程22&&&&&&&&1.2.2 解偶联蛋白的结构、基因表达与分布22-23&&&&&&&&1.2.3 解偶联蛋白的解偶联机制23-24&&&&&&&&1.2.4 线粒体活性氧的产生24-25&&&&&&&&1.2.5 线粒体解偶联蛋白在增强植物抵御逆境胁迫中的作用25&&&&&&&&1.2.6 植物解偶联蛋白与交替氧化酶的相互关系25-26&&&&1.3 本文的研究目的和意义26-272 番茄LePDS与LeUCP基因沉默(VIGS)体系的建立27-43&&&&2.1 材料与试剂27-29&&&&&&&&2.1.1 植物材料27&&&&&&&&2.1.2 菌株与质粒27&&&&&&&&2.1.3 酶及试剂27-28&&&&&&&&2.1.4 引物序列28&&&&&&&&2.1.5 常用试剂配制28-29&&&&2.2 实验方法29-34&&&&&&&&2.2.1 番茄叶片总RNA提取、纯化和cDNA合成29&&&&&&&&2.2.2 番茄LePDS、LeUCP cDAN片段PCR扩增29-30&&&&&&&&2.2.3 DNA片段的电泳纯化回收30-31&&&&&&&&2.2.4 回收DNA片段与pGEM-T easy载体连接31&&&&&&&&2.2.5 大肠杆菌DH5a感受态的制备及连接产物的转化31-32&&&&&&&&2.2.6 序列测定及分析32&&&&&&&&2.2.7 质粒DNA提取32-33&&&&&&&&2.2.8 质粒酶切鉴定33&&&&&&&&2.2.9 农杆菌GV3101电转化感受态细胞的制备及电转化33-34&&&&&&&&2.2.10 番茄幼苗VIGS侵染方法34&&&&2.3 结果与分析34-41&&&&&&&&2.3.1 番茄LePDS、LeUCP基因PCR扩增34-35&&&&&&&&2.3.2 目的基因片段与pGEM-T easy的连接与测序鉴定35-37&&&&&&&&2.3.3 含目的基因片段pGEM-T easy质粒酶切回收与鉴定37&&&&&&&&2.3.4 病毒载体TRV-LePDS、TRV-LeUCP构建37-40&&&&&&&&2.3.5 番茄LePDS基因沉默植株表型观察40&&&&&&&&2.3.6 番茄植株LePDS基因沉默效率40-41&&&&2.4 讨论41-433 番茄线粒体解偶联蛋白基因(LeUCP)沉默植株鉴定及其对番茄光合作用的影响43-56&&&&3.1 材料培养与试验设计43-44&&&&3.2 试验方法44-46&&&&&&&&3.2.1 总RNA提取、纯化和cDNA合成44&&&&&&&&3.2.2 生物量的测定44&&&&&&&&3.2.3 光合气体交换与叶绿素荧光测定44&&&&&&&&3.2.4 Rubisco活性的测定44-45&&&&&&&&3.2.5 FBPase活性的测定45&&&&&&&&3.2.6 PSⅡ光化学量子效率(ΦPSⅡ)和碳同化量子产量(ΦCO_2) 的测定45&&&&&&&&3.2.7 其它电子流的计算45-46&&&&&&&&3.2.8 叶绿素荧光成像分析46&&&&3.3 结果与分析46-53&&&&&&&&3.3.1 番茄LeUCP基因沉默对番茄植株的表观、地上部与根系生物量的影响46-47&&&&&&&&3.3.2 病毒TRV的分子检测47-48&&&&&&&&3.3.3 番茄LeUCP基因沉默植株的鉴定48&&&&&&&&3.3.4 番茄LeUCP基因沉默对光合作用光响应曲线的影响48-49&&&&&&&&3.3.5 番茄LeUCP基因沉默对光合参数的影响49-51&&&&&&&&3.3.6 番茄LeUCP基因沉默对Rubisco及FBPase活性的影响51&&&&&&&&3.3.7 番茄LeUCP基因沉默对叶绿素荧光参数的影响51-52&&&&&&&&3.3.8 番茄LeUCP基因沉默对电子流分配的影响52-53&&&&3.4 讨论53-564 番茄线粒体解偶联蛋白基因(LeUCP)沉默对番茄呼吸作用及抗逆性的影响56-80&&&&4.1 材料培养和试验设计56-57&&&&&&&&4.1.1 材料培养57&&&&&&&&4.1.2 试验设计57&&&&4.2 试验方法57-63&&&&&&&&4.2.1 总RNA提取、纯化和cDNA合成57-58&&&&&&&&4.2.2 呼吸速率的测定58&&&&&&&&4.2.3 细胞色素氧化酶活性的测定58-59&&&&&&&&4.2.4 丙酮酸含量的测定59&&&&&&&&4.2.5 泛醌库氧化还原状态的测定59&&&&&&&&4.2.6 线粒体顺乌头酸酶含量的测定59-60&&&&&&&&4.2.7 柠檬酸含量的测定60&&&&&&&&4.2.8 NADH及NAD~+的测定60&&&&&&&&4.2.9 H_2O_2含量测定60-61&&&&&&&&4.2.10 H_2O_2和O_2~(.-)组织化学染色61&&&&&&&&4.2.11 叶片O_2~(.-)产生速率的检测61&&&&&&&&4.2.12 叶绿素荧光成像分析61-62&&&&&&&&4.2.13 丙二醛(MDA)含量的测定62&&&&&&&&4.2.14 抗氧化酶活性的测定62-63&&&&&&&&4.2.15 AsA和DHA含量和谷胱甘肽含量的测定63&&&&4.3 结果与分析63-77&&&&&&&&4.3.1 番茄LeUCP基因沉默对呼吸作用的影响63-64&&&&&&&&4.3.2 番茄LeUCP基因沉默对细胞色素氧化酶及其基因表达的影响64-65&&&&&&&&4.3.3 番茄LeUCP基因沉默对交替氧化酶基因表达的影响65-66&&&&&&&&4.3.4 番茄LeUCP基因沉默对泛醌库和丙酮酸含量的影响66&&&&&&&&4.3.5 番茄LeUCP基因沉默对线粒体顺乌头酸酶活性和柠檬酸含量的影响66-67&&&&&&&&4.3.6 番茄LeUCP基因沉默对NADH含量及其氧化还原状态的影响67-68&&&&&&&&4.3.7 PQ对番茄LeUCP基因表达量的影响68-69&&&&&&&&4.3.8 番茄LeUCP基因介导PQ对H_2O_2含量的影响69&&&&&&&&4.3.9 番茄LeUCP基因介导PQ对O_2~(.-)含量的影响69-71&&&&&&&&4.3.10 番茄LeUCP基因介导番茄对PQ抗性的调控71&&&&&&&&4.3.11 番茄LeUCP基因介导PQ对MDA的影响71-72&&&&&&&&4.3.12 番茄LeUCP基因介导PQ对抗氧化酶活性的影响72-74&&&&&&&&4.3.13 番茄LeUCP基因介导PQ对番茄抗坏血酸和谷胱甘肽含量的影响74-75&&&&&&&&4.3.14 番茄LeUCP基因介导高温对H_2O_2和O_2~-含量的影响75-77&&&&4.4 讨论77-805 结论80-81参考文献81-91个人简历及发表文章91分享到:相关文献|}

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