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如何在genbank中查找一基因的序列（5页）.doc 5页
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如何在genbank中查找一基因的序列（5页）
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如何在genbank中查找一基因的序列GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。这些文件按类别分为几组：有些按照系统发生学划分，另外一些则按照生成这些序列数据的技术方法划分。目前GenBank中所有的记录均来自于最初作者向DNA序列数据库的直接提交。这些作者将序列数据作为论文的一部分来发表，或将数据直接公开。GenBank由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研究院下属国立生物技术信息中心建立，与日本DNA数据库（DDBJ）以及欧洲生物信息研究院的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（EMBL）一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。所有这三个中心都可以独立地接受数据提交，而三个中心之间则逐日交换信息，并制作相同的充分详细的数据库向公众开放（虽然格式上有细微的差别，并且所使用的信息系统也略有不同）。GenBank数据库格式的详细说明http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html在GeneBan中查找基因序列只要输入accession号就可以了，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source等信息源转换成accession号关于在GeneBank中查找序列我有几点体会：最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠.????其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子；如何在genbank查找某个细菌的基因序列？输入这个细菌的名字直接查，一般而且一般第一个会是全基因组序列进入ncbi的首页，database选nucleotide，输入你的关键词,如果库里收录里就如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例根据文献如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把GenbankID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。举例说明，例如：在2003年JBC的文章（ConditionalKnock-outofIntegrin-linkedKinaseDemonstratesanEssentialRoleinProteinKinaseB/AktActivation）中出现了“calreticulin(GenBankaccessionnumbergi)”，那么把“”输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的AY047586就可以看到基因的相关信息了...（呵呵，是不是有点太......easy了）xq这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。点击AY047586后出现的界面如下：如果只想获得序列（例如去设计PCR引物的时候），那就可以选择FASTA，这样就得到了FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。这就是FASTA格式的序列：如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO搜索结果出来了689条，哪一条是我想要的基因呢？点击箭头所指的LimitsLimits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能大大精简查询结果。我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围。我们要找什么基因来着？想起来了，是人的VEGF基因，那就开始选择：先选Genename(基因名称)；然后再选择LimitbyTaxonomy（生物分类限定）中的Homosapiens（人类），然后再点击“GO”只有一个结果直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是，在Genbank中，
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求助：怎么查基因的序列，求bcl-3的编码序列
急需bcl-3的编码序列，听说是在gene bank中可以查到，但是本人自己去查发现查不好。所以请高手帮忙查人的bcl-3基因序列。非常感谢！
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