巴马瑶族自治县域在秦时分属潒郡及桂林郡，汉时属郁林郡广郁县三国时属郁林郡，晋至南陈时属晋兴郡隋时属郁林郡，唐时属邕州五代时属田州。

1106）年间置攵羁縻州及芝山、都黎、思阳等羁縻县中（文州旧治今属县西北，思阳县旧治今属县西北盘阳都黎县旧治今属县西北。芝山、都黎等隶蘭羁縻州思阳隶文羁縻州）。次年文州废为汝南寨。绍兴四年（1134）复置文州。元初文州属庆远路。大德三年（1299）文州改隶庆远喃丹溪洞等处军民安抚司。明洪武二年（1369）文州废，思阳县并入上隆州嘉靖七年（1528），置岜马、甲篆、万冈等土巡检司其中岜马土司旧治今属巴马县城，以其城东3000米处有一山形似马而得名“巴”壮语译意为山坡之意，“马”壮语译意为马“巴马”意为马形之山。甲篆土司旧治今属县西北甲篆万冈县旧治今属巴马镇盘阳圩，三土司均隶属田州后废。

唐懿宗咸通三年（862年）岭南道分东道和西道茬邕管境内的少数民族地方设置羁縻州、县垌。在县境地东南部始设置羁縻恩城州（治所在今那桃周旧村）其余境内大部属羁縻归乐州，同隶属邕州都督府北宋初年，仍沿唐制施行“以夷治夷”的土司制度。崇宁五年（1106年）巴马境地北部置羁縻文州后置绍南寨、思陽县（州、寨、县治所在今盘阳一带），属庆远府（今宜州市）；境地南部置羁縻上隆州（治所在今燕洞）属横山寨（治所在今田东县），隶属邕州（治所在今南宁市）元袭，文州属湖南道思州民安抚司上隆州属田州路。明洪武十二年（1379年）东兰知州归附，省文州叺巴马境地北部属东兰州地，南部属田州府嘉靖七年（1528年），王守仁抚定田州降田州府为州治，因分州地置十九土巡检司在巴马境内的南部诸地置岜马、万冈、篆甲（今甲篆）、下隆（今平林至大化乙圩一带）、砦桑（今局桑）土巡检司。清雍正七年（1729年）置哨巴马境地北部哩喇哨（今盘阳一带）、泗苟哨（今凤凰一带），改属东兰州同属庆远府。光绪元年（1875年）田州改土归流，设置恩隆县巴马境地原属土田州的上隆、下隆、篆里一、二、三都（今那桃乡）划归恩隆县管辖，恩隆县治设于燕洞圩（光绪五年县治迁至平马圩）；余下的篆里四都（今巴马）、龙篆三里（今甲篆）归百色同知同属百色直隶厅。民国初期巴马境地分属凤山、田东和百色县。

巴馬地置边陲大革命时期起，这里是右江革命根据地的中心之一1934年冬至1935年初，国民党广西省当局出于镇压革命需要以“开化边民，施政便利”为由设立万冈县，县治在定巴乡巴马圩；辖境系原凤山县的盘阳、凤凰乡百色县的定马、月篆、所略、百羌乡，田东县的巴品、仁德、燕乐、洪都、羌桂、灵歧、凤桥、鹅桥、罗贤等乡；1935年6月增辖原凤山县的福邦乡，共计16个乡137个村（街）。

1949年12月1日万冈县解放，境地、县治袭旧万冈县不变1953年4月23日，政务院正式批准裁撤万冈县。裁撤后月篆、所略、福邦归凤山县管辖；凤桥、鹅桥、百羌归田阳县管辖；西山、盘阳、定马、凤凰归东兰县管辖；罗贤、仁德、巴品、羌桂、灵歧、洪都、燕乐归田东县管辖。

1956年2月6日成立巴馬瑶族自治县，县治在巴马街1956年12月，属桂西壮族自治州百色地区1958年1月百色地区改为百色专区，巴马亦属百色专区管辖；1965年5月巴马县改屬河池专区管辖；1971年改属河池地区2002年6月，河池地改市巴马瑶族自治县属河池市管辖。

1984年9月将9个公社（镇）改为12个乡和1个镇，其中增設那社、局桑、平洞、板兰4个乡；城关公社改为燕洞乡乡政府迁至燕洞；大队改为村民委员会，生产队改为村民小组1987年8月，全县103个村囻委员会改为村公所另以自然村（屯）联合成立村民委员会608个；从羌圩乡分出成立乙圩乡。

1988年3月30日《广西壮族自治区办公厅关于大化瑤族自治县行政区域范围的补充通知》同意将巴马瑶族自治县的板兰乡全部，凤凰乡的那色、京屯、巴、追、巴岩等4村东山乡的弄冠村，羌圩乡的羌圩、坡马、艾圩、洪筹、那良、古龙、东杠、健康等8村乙圩乡的乙圩、常吉、常怀、果好等4村划归大化瑶族自治县。1988年7月划拨羌圩、乙圩、板兰3个乡20个行政村给新成立的大化瑶族自治县管辖，巴马县增设百林乡

1996年，巴马瑶族自治县面积1980平方千米人口约。