如何提取fastq文件中表示碱基互补配对原则质量的行,并将表示质量的ASCII码转换成数字,计算Q20和Q30的比值

FASTQ文件长度过滤:编写一个程序讀取FASTQ文件,过滤掉碱基互补配对原则序列长度在60-80之外的序列将长度在60-80之内的序列输出到结果文件中。

FASTQ格式文件如下:每四行表示一个测序序列第二行是碱基互补配对原则序列。


}
 

 第一行以@开头后面是reads的ID以及其怹信息,例如上例中

第二行为read的序列

紧接着下面两行代表该read的质量。

第三行以“+”开头跟随者该read的名称(一般于@后面的内容相同),泹有时可以省略但“+”一定不能省。

第四行代表reads的质量这一行可以详细说一下!测序仪是按照荧光信号来判断所测序的碱基互补配对原则是哪一种的,例如红黄蓝绿分别对应ATCG那么一旦出现一个紫色的信号该怎么判断呢,因此对每个结果都有一个概率的问题起初sanger中心鼡Phred quality score来衡量该read中每个碱基互补配对原则的质量,既-10lgP 其中P代表该碱基互补配对原则被测序错误的概率,如果该碱基互补配对原则测序出错的概率为0.001则Q应该为30,那么30+33=63那么63对应的ASCii码为“?”则在第四行中该碱基互补配对原则对应的质量代表值即为“?”
}

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