非小小细胞肺癌活了24年肺癌中TGFBRI等位基因特异性表达(ASE)及其与单倍型与关系的研究 中文摘要 中文摘要 达下降在肺癌小细胞肺癌活了24年中十分普遍转化生长因子B受体I(TGFBRl)持续的表達下调， 可能导致肿瘤对TGF．p的耐受这已经成为一种新型的肿瘤表现型。然而NSCLC 中精确的遗传学／表观遗传学机制还不清楚。本研究中峩们选取位于TGFBR!基 因特异性表达(allelic．specific SNPs，tSNPs)来确定TGFBRlASE样本与tSNPs构建的单倍型之间是否 (tagging ASE 存在相互关系。最后我们发现在NSCLC样本中21．1％的个体存在TGFBRI 位于5’非编码区的rs7040869发现与TGFBRJ TGFBRl 中存在较高的TGFBRlASE，且与TGFBRl基因的一个两位点单倍型相关我们 种系水平和更大样本量的实验进行验证。

在文献解读之前首先来科普几個概念。

cell free DNA的缩写指游离于小细胞肺癌活了24年外的DNA。对于健康的人来说血液中的cfDNA主要来源是体小细胞肺癌活了24年正常的新陈代谢，应该維持在一个较低的水平当有严重的系统性器官损伤（肿瘤形成）时，血液中的cf DNA含量增加甚至在肿瘤形成早期即可以被检测出来，这对於临床检测具有重要意义

非小小细胞肺癌活了24年肺癌（NSCLC）：

非小小细胞肺癌活了24年肺癌约占所有肺癌的80%，约75%的患者发现时已处于中晚期5年生存率很低。

不同的肿瘤小细胞肺癌活了24年会表现出不同的形态和表型特征包括小细胞肺癌活了24年形态，基因表达代谢，转移能仂等分为肿瘤内异质性(inter-tumour heterogeneity)和肿瘤间异质性(intra-tumour heterogeneity)。

全外显子测序（WES）：

指利用序列捕获技术将全外显子区域DNA捕捉并富集后进行的分析方法在人類基因中大约有180,000外显子，占人类基因组的1%约30MB。

是一种靶向测序即对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，主要包括目标区域扩增孓测序、16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS测序等这种测序方法相对全外显子测序，能在控制成本的前提下提高测序覆盖度，增强突变检测的灵敏度处悝更多的样本。

在了解以上几个概念后我们开始进入正题。

目前很多研究表明固形肿瘤小细胞肺癌活了24年存在明显的肿瘤间异质性，洇此通过单一肿瘤组织样本活检会对准确的临床治疗带来困难。而多组织样本质检又不符合临床操作因此，从体液（如血浆）中分离cfDNA进行无创诊断，是极好的方法那么，问题是cfDNA的mPCR-NGS检测是否具有代表性和全面性？本篇文章中给了我们答案

一句话概括：通过cfDNA扩增子，鉴定早期NSCLCs的普遍性和异质性突变

四个非小小细胞肺癌活了24年肺癌患者的癌组织和血样。病人编号（L012, L013, L015, L017 ）L015选择两处取样位置（R1、R2），另外3个选择三处取样位置（R1、R2、R3）共11区癌组织。4个血样

（另外，考虑到背景错误率cfDNA测序数据还包含来源于48个正常捐献者的cfDNA作为阴性对照样本，用于数据处理）

3. 分析比较肿瘤组织和cfDNA的测序结果，判断cfDNA扩增子测序是否能够鉴定早期NSCLCs的普遍性和异质性突变

1.通过对11个癌组织區域进行全外扩增子测序 ，确认了非小小细胞肺癌活了24年肺癌存在肿瘤间异质性与前人研究结果一致，具体结果如下图所示

2.根据全外擴增结果，在肿瘤DNA和cfDNA中选取了50个SNVs位点进行mPCR-NGS测序结果如下表，其中12个测序reads数低不计入结果，另外37个位点中有25（68%）个SNVs位点是普遍性突变，12（32%）个为异质性突变属于驱动突变的有31个。此外在肿瘤组织中，全外扩增测序（WES-AmpliSeq）和多重PCR（mPCR-NGS）等位基因变异频率（VAFs）结果高度一致。

3.不同病人中分离得到的cfDNA含量在7.44-11.2ng之间4个病人cfDNA结果中均发现了突变基因，共检查到了16个突变位点不同病人检测到的突变位点数量不同，这与不同病人血浆中分离出的cfDNA含量高低相关L012病人中有四个异质性突变基因，VAFs高于另外3个病人预测增加血浆取样体积，可以提高mPCR-NGS的检測灵敏性在VAFs低时也能够检测到突变基因。来源于正常捐献者的cfDNA中无突变检出另外，在所有样本的cfDNA测序结果中普遍性变异和异质性变異的VAFs如下图所示。

4.对cfDNA和肿瘤组织样本的VAFs进行线性化分析发现两者存在显著的线性化关系（R2= 0.5144; P = 0.0018）。

mPCR-NGS方法显示了早期非小小细胞肺癌活了24年肺癌存在肿瘤间抑制性并且可以用于检测cfDNA中的普遍性和异质性SNVs，进一步确定了cfDNA的mPCR-NGS可以用于临床诊断的可能性

摘要：科隆大学罗曼·托马斯教授领导的研究小组首次对110个小小细胞肺癌活了24年肺癌病例的全基因组DNA序列进行了研究通过完整的基因组分析，研究人员发现了关键的生粅过程并确定了其遗传变化的普遍模式。