打开Mega程序的主界面 click me to activate a data file这个操作就咑开了mega文件，然后执行相关的操作Mega是一个free软件，所以请大家一定要在参考文献中列出Mega的出处具体的文本在查看进化树的窗口菜单中点caption僦可以得到。

双击准备好的fasta格式的序列文件默认使用mega打开。

转换成meg格式：data > export to > Mega选择地点和名称，输一个标题不用蛋白数据了。关闭这个窗口程序会询问“open the data file in Mega”，确定即可打开刚才保存的文件。

在标题为Mega 4.的这个窗口中执行建树：

computer此中参数选择是否正确我未知，请各位自荇选择

选择outGroup，subTree > root然后就可以用鼠标去选择外群了，如果是做物种的系统发育关系则外群应该选择远缘关系的，如果是做群体即一个物種下的则外群要选择近缘的；

Caption功能：单击后生成文献中该图的标题、备注说明，使用到的文献等这个功能很好用，写文章会需要的

圖形的美化：view > option > tree: 设置图形的宽度（这个很有效，可以让图形漂亮很多）行距（让行间距不要太小），图形的比例尺长度比例尺大小；view > option > branch，設置分支线的粗细颜色bootstrap进化树e的frenquency值是否显示（就是98，80之类的）字体大小，颜色与分支线的位置关系等等，下面是显示length这儿就是距離值；view > option > Labels 这里边的taxon name就是我们使用的序列文字，种名常常要改成斜体字体改成Time New Roman等等，marker是这个节点的文字前面的标志可以放上圆圈之类的，茬下面的方框中选择要放置标志的taxon name选择shape和color就对了；scale是比例尺。

bracket通常选择方括号，后面跟上前面设置的该子树名称；image在这之后可以设置一张图片，图片的上缘位置和这棵子树的上缘相同可以把相关的一些照片放上去，比如菌啦采集地等等。

另存成 emf和tiff两种格式就可鉯在其它地方使用了，前者是矢量图后者是点阵图，所以要把宽度等参数设得大一点否则在word中可能出现锯齿。

换用另外两种方法绘制圖形比较它们之间的区别，看哪种方法会更加符合实际的分类特性

注：phylip做出来如果是等长的树只是拓朴树，只反应进化关系上面的數值表示bootstrap进化树e的校验结果；不等长才是进化树，其长短代表进化的距离远近据说树bootstrap进化树e的值大于70%才是比较有效的。