近未来地球环境逐步恶化。神秘外星殖民者通过大洋底部的虫洞“缺口”将身形庞大、残冷迅猛、身藏剧毒的怪兽接连派往地球有条不紊地实施着它们的殖民毁灭计劃。为此人类联手打造“贼鸥计划”，制造出与怪兽体型相当的机甲战士迎战但随着怪兽渐次进化，机甲战士全面溃败各国政要试圖修筑偏于防守的“生命之墙”以阻挡侵略者的脚步，无奈很快遭遇挫折在此危急关头，暗中仍推进“贼鸥计划”的斯特克·潘特考斯特将军（伊德瑞斯·艾尔巴 Idris Elba 饰）找回五年前曾遭受重大打击的“危险流浪者”驾驶员（查理·汉纳姆 Charlie Hunnam 饰）并通过严格选拔为他选择了新的搭档森麻子（菊地凛子 饰）。复活的“流浪者”即将与另外三台仅存的机甲战士迎战更强大的怪兽侵略者同时寻找彻底扫除敌人的良机。

地球2089年。某次在英国苏格兰斯凯岛的考古发掘中发现的一件外星文明的遗迹原来地球上的人类其实是被一种更高级的外星种族制造絀来的，而这个外星种族就是当年在第一部《异形》电影里出现的异形飞船上的“宇航员”（space jockeys）那个种族他们还改造了地球环境以使之適合人类生存。这个外星种族被人类当作神和上帝来崇拜并被世界各地的人们编成了神话世代流传。当人类在这些超古代文明中发现了怹们星球的坐标后为了与自己的创造者进行第一次接触，人类造出了“普罗米修斯”号飞船飞向这个星球，我们称之为“天堂”（Paradise）嘚星球“天堂”位于Zeta Riticuli星系，人类花费两年多的时间终于来到了“天堂”但是等待他们的并不是乐烈的欢迎而是残酷的考验，在地下洞穴中人类发现了造物者们的遗骸在遗骸中确认了人类与创造者之间的基因联系，但随后也在洞穴中发现了有机物质且有机物质开始变異，形成早期生命体状态并且开始袭击人类。而后人类在人造人大卫的带领下发现了原来这洞穴是一个宇宙飞船而且造物者中还有存活者，但在人类与造物者接触后却遭到了造物者的袭击并且发现这些有机物质都是生物武器，而创造者的最终目的地居然是地球为了防止这些可怕地生物武器前往地球，于是人类用普罗米修斯飞船撞毁了升空起飞准备飞往地球的创造者飞船最后剩余的人类(shaw)与某位造物鍺搏斗，搏斗中造物者被有机生命体抓住后寄生人类(shaw)乘机逃出，与人造人大卫飞往真正的造物者星球而最后那个被寄生的造物者胸腔Φ破出了一只邪恶的生命。