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设计引物如何设计酶切位点
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设计引物如何设计酶切位点
经常有战友对一些常见问题在丁香园反复问答了很多遍， 所以希望园子中一些战 友，特别是低分与 0 分战友，能将好的帖子归纳总结了一下，并结合自己的经验 整理， 一方面这是个学习提高的过程， 另一方面也能帮助大家解决这方面的问题。 同时如有不当或不完善的地方，希望各位战友不断补充，争取有朝一日我们能把 园子里战友的经验系统整理，给大家以帮助。 我先把设计引物如何设计酶切位点这方面的帖子整理一下， 因为昨天一下子看到 三个相似问题。原帖如下：我想向你求教一个问题,假如说我想把胰岛素基因和 腺病毒载体连接起来,如何确定设计目的基因 PCR 时的引物呢?和相应的限制性 核酸内切酶呢?谢谢老师能给予讲解,谢谢 [整理]：最初的时候，由于害怕设计酶切位点最后切不开，所以经常采用最通用 的方法，用 T 载体克隆解决问题，但后来发现她也有问题，就是浓度提不上去， 你需要体大量的载体来酶切，所以感到还是直接扩增好一点。但这就需要你仔细 设计引物。连入质粒中的重要目的就是进行酶切和连接，当然首先就是在想要合 成或者是进行 PCR 扩增出靶基因的时候在核酸的两端接入酶切位点， 酶切位点是 与你的质粒的特点相关的，可以在质粒的图谱说明书上找取相应的位点，进行设 计。 （一）设计引物前应做的准备工作： 准备载体图谱，大致准备把片断插在那个部分 对片断进行酶切分析，确定一下那些酶切位点不能用 准备一本所买公司的酶的商品目录， 便于查酶的各种数据及两种酶是否可以配用 （二）设计引物所要考虑的问题 两个位点应是载体上的， ，所连接片断上没有这两个位点，且距离不能太近，往 往导致两个酶都切不好。因此，紧挨在一起，只能切一个，除非恰好是与上面两 个酶在一起的酶切位点。我看 promega 的说明书上说，最好隔四个。还有一种情 况是：不能有碱基的交叉，比如 AGATCTTAAG，这样的位点比较难切。 两个酶切点最好不要是同尾酶（切下来的残基不要互补） ，否则效果相当于单酶 切。 最好使用酶切效率高的。 最好使用双酶切有共同 buffer 的酶。最好使用较常用的酶（如 hind3，bamh1，ecor1 等） ，最好使用自己实验室有的 酶，这样可以省钱。 Tm 的计算， 关于 Tm 的问题， 很多的战友都有疑惑。 其实园子里有很多的解释了。 Tm 叫溶解温度（melting temperature, Tm） ，即是 DNA 双链溶解所需的温度。 大家可以理解，这个温度是由互补的 DNA 区域决定的，而不互补的区域对 DNA 的溶解是没有作用的。因此，对于引物的 Tm，只有和模板互补的区域对 Tm 才有 贡献。计算 Tm 时，只计算互补的区域（除非你的酶切位点也与模板互补） 。不少 战友设计的引物都 Tm 过低，是因为他们误把保护碱基和酶切位点都计算到 Tm 里了，最后的结果是导致了 PCR 反应的诸多困难。所以，设计引物的时候，先不 管 5'端的修饰序列，把互补区的 Tm 控制在 55 度以上（我喜欢控制在 58 以上， 具体根据 PCR 的具体情况，对于困难的 PCR，需要适当提高 Tm） ，再加上酶切位 点和保护碱基，这样的引物通常都是可用的，即使有小的问题，也可以挽回。Tm 温度高的引物就比较容易克服 3‘发卡、二聚体及 3'非特异结合等问题。简单的 计算公式可以用 2+4 的公式。若你计算的 Tm 值达到了快 90 ，不包括酶切位点。 引物公司给你发的单子是包括酶切位点的。自己可以再估计一下。如你设计了带 酶切位点的引物，总长分别为 29、33 个碱基，去掉酶切位点和保护碱基，分别 为 17、21 个碱基。引物公司给的单子是 70 多度，实际用的只有 50 度，用 55 度扩的结果也差不多。 其它关于 Tm 值的计算，有用 PP5.0 进行评价的，需要考虑的参数包括：base number、GC%、Tm、hairpin、dimer、false priming、cross dimer。退一般退 火温度为 Tm-5 度，退火温度的计算可以不把加入的酶切位点及保护碱基考虑进 去，如上所言，PCR 几个循环后，引物外侧的序列已经参入了扩增片断中，所以 你可以在预变性后多加几步，温度比你 Tm 值低些（这样可能会增加非特异性） ， Tm 值是你包括酶切位点及保护碱基的 Primer 计算出来的。 1.一般在 5'端加保护 碱基,如果你扩增后把目的条带做胶回收转入 T-VECTOR 或者其它的载体的话,酶 切时可以不需加保护碱基 2.有人的经验加入酶切位点的引物可以和未加入时使 用相同的退火温度,结果也还是令人满意。 关于引物二聚体，最好用 primer 或是其他设计引物的软件进行计算一下，看看 引物之间的△G（自由能）的绝对值，如果小于 10，一般是问题的。如果稍大，PCR 时可以提高一下退火温度，一般是没有问题的。如果 3’端形成二聚体，并 且自由能绝对值较大，如果 PCR 没有条带，建议重新设计引物。此外，所加的三 个核苷酸的保护序列经过尽心设计有时也可以降低二聚体的△G。 在设计酶切位点时，最好能尽可能多的利用引物本身的碱基。这是因为，一个特 异性引物一般都是 20bp 左右， 再加上酶切位点序列和保护性碱基， 大致就是 28bp 左右了。 而我们在设计退火温度时， 与引物的长度有关， 比正常的引物(20bp) 的 Tm 肯定要高一些。如果我们能利用引物自身的部分序列，就可以有效地减少引 物的长度。 还有，有些酶是离不开末端序列的，因此，在设计一个酶位点时，最好把该酶的 性质弄清楚 设计时限制性酶切位点是应该在 5’端的顶端。在设计引物时，常在 5‘端添加 酶切位点，以利于 PCR 产物连接到载体。 设计引物时保证在最后 5 个核苷中含有 3 个 A 或 T。 先用软件设计出合适的引物， 引物的 3’端是引发延伸的起点，因此一定要与模板准确配对，应尽量避免在引 物 3’端的第一位碱基是 A。 （容易错配）引物 3’端最佳碱基的选择是 G 和 C， 因为他们形成的碱基配对比较稳定。目的序列上并不存在的附加序列，如限制位 点和启动子序列，可以加入到引物 5'端而不影响特异性。当计算引物 Tm 值时并 不包括这些序列，但是应该对其进行互补性和内部二级结构的检测。 酶切位点都需要保护碱基以利于内切酶的有效切割。酶切位点前加保护碱基 1， 两个酶切点至少隔上 3 个碱基， 在做载体构建的时候设计引物扩增片段进行定向 连接，除了酶切位点，还要在两端加一个三个核苷酸的保护序列，否则 PCR 产物 很难被酶切，因此就会导致连接失败，因为内切酶需要一定的辅助性碱基才能顺 利切割，在没有辅助碱基的情况下，有的酶是可以切割的，比如：SalI 和 SpeI， 他们不需要辅助性碱基即可切割，但大部分酶是需要辅助性碱基的。所以引物顺 序应是：5’―保护碱基+酶切位点+引物配对区―3’ 下面是几个战友的讨论，请问：在引物的 5‘端加限制酶切位点，只在酶切位点 的 5‘端加保护碱基可以吗？还是必须要在酶切位点的两侧加保护碱基？ 是的，只要在 5‘端加保护碱基可以了。其实保护碱基就是要给限制性内切酶一 个结合位点，3‘端还有更长的引物序列在，当然不需要再加保护碱基了， 下面就来讨论一下这个问题： （下面引自 NEB 网站） 1、寡核苷酸近末端位点的酶切 为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求，NEB 采用了一系列 含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。 （这里用的是寡核苷酸！ ！ 而不是末端带酶切位点的肽链！ ）实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助（比 如在多接头上切割位点很接近时） ，或者当切割位点靠近 DNA 末端时也很有用。 然后 NEB 就提供了一个表，关于链长和切割效率的。我觉得这只能说明酶在作用 于识别位点时所需占据的链长， 并不能说明在设计酶切位点时要加那么长的保护 碱基，比如我用的 NotI，要加 10 个碱基，切 25 个小时才 95％的效率，这还是 用了 20 倍的酶量！我师姐只加了 4 个碱基，也没见出现问题。 2、线性载体近末端位点的酶切 将线性载体与相应内切酶（10 units/?g）在适宜温度及缓冲液条件下反应 60 分钟，随后进行连接和转化。切割效率=100%-(酶切产物转化子数/再连接产物转 化子数)&&近末端碱基对数&指的是从识别位点到 DNA 末端的碱基对数， 但并不包 括最初切割位点处留下的单链突出碱基。 （解释一下：就像下面这个例子 EcoRI 酶切位点 NNNG AATTC NNC TTAAG 它的近末端碱基对数就是 3，而不是 4） 还没有证据表明单链核苷酸能否提高切割效率， 因此在设计 PCR 引物时应至少加 上 4 个额外碱基。 Not I 7 100 (2) Bluescript SK- Spe I 4 100 (1) Bluescript SK-Ksp I 1 98 (2) Bluescript SK Xba I 拿 NotI 为例，我觉得 NEB 给出的这个表的意思是，用 Spe I 切 Bluescript SK 载体，得到带 7 个近末端碱基对的 NotI 酶切位点，切 1 小时，效率是 100％， 以次类推。也就是说只有带 4 个末端碱基就能达到 100％的效率，而不是像 1 所 说的要加 10 个碱基，切 25 个小时。因为那是针对寡核苷酸的。 这是我的理解， 欢迎大家讨论。 因为我发现很多人都是依据那个表来加保护碱基，不管是求助还是应助别人。然后在 5‘端直接加上所需的限制性酶切位点而无需 考虑引入的位点和模板的互补配对情况另外保护碱基是不是也不需要与模板对 应位置配对 以前讨论过这个问题，其实保护碱基的问题可以归纳为几条： 1）大多数常用酶，根据 NEB 公司切割线性化的双链 DNA 片段的实验数据添加， 2）某些比较常用的酶，根据 NEB 公司双酶先后切割的实验数据解决，参考的文 件是 NEB 公司提供的，见附件 3）有些人随意添加 3-6 个碱基，也是一种做法，我不太赞同，毕竟不同的酶对 保护碱基的要求差别很大 4）最通用的方法，用 T 载体克隆解决问题 1。由于内切酶在识别位点时要求位点的两侧都有几个碱基，设计引物的时候， 要在位点的外侧至少再加几个碱基？ 比如 3 个碱基－酶切位点－引物。 2。进行 PCR 时，是不是要先在较低的温度下反应几个循环，就是以不含酶切位 点时引物的 Tm－10 度，然后再在较高温度做，把引物、酶切位点、额外加入的 碱基都包括在内，得到的 Tm－10 度。退火温度通常都是不考虑加入的酶切位点 及保护碱基的，但要考虑发卡结构，及错误引发率之类的 这一段时间为了换载体，重新设计引物花了不少工夫，学了不少东西，希望能和 你共勉： 1.上下游引物前端个加一个限制性核酸内切酶位点， 加保护碱基并不是你所说的 “内切酶在识别位点时要求位点的两侧都有几个碱基” ，只要求在引物 5’端加 保护碱基；如你需要在上游引物上加 Bam HⅠ（5-GAAGCC-3）酶切位点，那么你 的保护碱基可以为 C、CG 或 CGC，选择哪一个根据你的需要，是否影响 Primer 的 Tm 值。关于保护碱基的问题，你可以查 new England 的相关资料。Linearized vectors were incubated with the indicated enzymes (10 units/?g) for 60 minutes at the recommended incubation temperature and NEBuffer for each enzyme. Following ligation and transformation, cleavage efficiencies were determined by dividing the number of transformants fromthe digestion reaction by the number obtained from religation of the linearized DNA (typically 100-500 colonies) and subtracting from 100%. &Base Pairs from End& refers to the number of double-stranded base pairs between the recognition site and the term this number does not include the single-stranded overhang from the initial cut. Since it has not been demonstrated whether these single-stranded nucleotides contribute to cleavage efficiency, 4 bases should be added to the indicated numbers when designing PCR primers. Average efficiencies were rounded to the
experimental variation was typically within 10%. The numbers in parentheses refer to the number of independent trials for each enzyme tested (from Moreira, R. and Noren, C. (1995), Biotechniques, 19, 56-59). Note: As a general rule, enzymes not listed below require 6 bases pairs on either side of their recognition site to cleave efficiently. Base pairs %Cleavage Enzyme Aat II from End 3 2 1 Acc65 I 2 1 Afl II Age I 1 1 1 Apa I Asc I 2 1 Efficiency Vector 88 (2) 100 (2) 95 (2) 99 (2) 75 (3) 13 (2) 100 (1) 100 (2) 100 (1) 97 (2) LITMUS 29 LITMUS 28 LITMUS 29 LITMUS 29 pNEB193 LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 38 pNEB193 Initial Cut Nco I Nco I PinA I Spe I Sac I Stu I Xba I Aat II Spe I BamH IAvr II BamH I Bgl II BsiW I BspE I1 1 3 2 2 1100 (2) 97 (2) 100 (2) 100 (2) 100 (1) 8 (2) 99 (2) 88 (2) 100 (2) 100 (2) 100 (1) 88 (1) 100 (1) 100 (2) 90 (2) 91 (2) 0 (2) 97 (1) 93 (1) 100 (2) 100 (2) 99 (2) 99 (2)LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 39 LITMUS 38 LITMUS 39 LITMUS 38 LITMUS 29 LITMUS 39 LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 39 LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 28 LITMUS 29 LITMUS 38 LITMUS 38 LITMUS 29 LITMUS 29 pNEB193 LITMUS 39Sac I Hind III Nsi I BssH II BsrG I BsrG I Sph I BspE I BsiW I Nhe I Xho I Pst I Nhe I Pst I Nco I Nco I BamH I NgoM IV Hind III Spe I Sac I Sac I Eag IBsrG I2 1BssH II Eag I EcoR I2 2 1 1 1EcoR V1Hind III 3 2 1 Kas I 2 1 Kpn I 2 2 1 Mlu I 2Mun I Nco I NgoM IV Nhe I2 2 2 1 2100 (1) 100 (1) 100 (1) 100 (1) 82 (1) 100 (2) 100 (1) 98 (2) 100 (2) 77 (4) 95 (2) 76 (3) 94 (2) 98 (1) 50 (5) 37 (3) 99 (2) 89 (2) 23 (2) 61 (3) 100 (2) 100 (2) 99 (1) 97 (1)LITMUS 39 LITMUS 28 LITMUS 39 LITMUS 39 LITMUS 39 Bluescript SKBluescript SKBluescript SKLITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 28 pNEB193 pNEB193 LITMUS 29 LITMUS 39 LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 39 LITMUS 39 LITMUS 38 LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 39 LITMUS 39NgoM IV Hind III Mun I EcoR I Eag I Spe I Ksp I Xba I BssH II Bgl II BssH II BamH I Pst I EcoR V Hind III EcoR I Avr II Spe I Sph I Sph I Acc65 I Kpn I Sal I BsrG INot I7 4 1Nsi I3 3 2Pac I Pme I Pst I1 1 3 2 1Sac I Sal I1 3 2 1Spe I2 2Sph I2 21 Xba I 1 1 Xho I Xma I 1 2 292 (2) 99 (2) 94 (1) 97 (2) 98 (1) 92 (1)LITMUS 38 LITMUS 29 LITMUS 29 LITMUS 29 pNEB193 pNEB193Sal I Age I PinA I EcoR I Asc I BssH II寡核苷酸近末端位点的酶切 为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求，NEB 采用了一系列 含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。 实验结果对于确定双酶切 顺序将会有帮助 （比如在多接头上切割位点很接近时） 或者当切割位点靠近 DNA ， 末端时也很有用。在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上 6 个保护碱基，以确保酶切反应的进行。 实验方法：用 γ-[32P]ATP 在 T4 多聚核苷酸激酶的作用下标记 0.1A260 单位的寡 核苷酸。取 1 ?g 已标记了的寡核苷酸与 20 单位的内切酶，在 20°C 条件下分别 反应 2 小时和 20 小时。反应缓冲液含 70 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10 mM MgCl2 , 5 mM DTT 及适量的 NaCl 或 KCl（视酶的具体要求而定） 。20%的 PAGE（7 M 尿素） 凝胶电泳分析，经放射自显影确定酶切百分率。本实验采用自连接的寡核苷酸作 为对照。若底物有较长的回文结构，切割效率则可能因为出现发夹结构而降低 切割率% 切割率% 酶 寡核苷酸序列 链长 2 hr 20 hr Acc I GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG Afl III CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG 8 10 12 8 10 12 0 0 0 0 &90 &90 0 0 0 0 &90 &90Asc IGGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 12 9 22 24 27 8 8 10 12 8 10 12&90 &90 &90 50 &90 &90 10 &90 &90 0 75 25 0 0 50 0 0 25 25 0 0 &90 50 &90 &90 &90&90 &90 &90 &90 &90 &90 25 &90 &90 0 &90 &90 0 0 &90 10 0 50 &90 0 0 &90 50 &90 &90 &90Ava ICCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGABamH ICGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCGCGBgl IICAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCCBssH IIGGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAABstE II BstX IGGGT(A/T)ACCC AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCATCla ICATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGGEcoR IGGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGGHae IIIGGGGCCCC AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA8 10 12 8 10 12 8 10 12 8 10 8 14 8 10 12 18 20 22 8 10 12 12 16 20 24&90 &90 &90 0 0 10 0 &90 &90 0 25 0 50 0 0 0 0 75 75 0 10 10 0 10 10 25&90 &90 &90 0 0 75 0 &90 &90 0 50 0 75 0 0 0 0 &90 &90 0 25 50 0 10 10 90Hind III CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG Kpn I GGGTACCC GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG Mlu I GACGCGTC CGACGCGTCG Nco I CCCATGGG CATGCCATGGCATG Nde I CCATATGG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC Nhe I GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG Not I TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTATAAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA2825&90Nsi ITGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT12 22 8 10 12 8 10 12 24 8 14 22 24 26 8 10 12 8 8 12 28 3010 &90 0 0 0 0 0 0 75 0 10 &90 &90 0 0 10 0 10 0 50 0 10 10&90 &90 0 25 &90 0 25 50 &90 0 10 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England 限制性内切酶技术资料的一个很好的网站 http://www./cn/tech/re/cleavage_olig.htm 限制酶位点与翻译工具 http://www.bio-soft.net/sms/rest_trans_map.html
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【求助】引物设计为什么要加酶切位点？
求助？我要连pmd－18T是不是可以不加酶切位点加不加酶切位点要看自己实验的需要。你做载体构建，连到T载体扩增之后，还要同载体一起进行酶切，然后做连接反应。这时候需要二者都有同样的酶切位点。So，如果你的18T恰好有你要用的两个酶切位点，你就不用加。
如果T18上只有一个你要用的酶切位点，那你只需在引物设计时加一个酶切位点
如果没有你要用的，就要两端都设计酶切位点，这时候没有必要连到T18上，直接连到T simple上就行
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