如何用箱形图分析数据FlowJo分析Accuri C6数据

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从刚研究生入学的2011年底,从吉泰公司接手实验室的ACCURI C6(当时ACCURI公司还没有被BD公司收购,在中国的代理商是吉泰生物),到现在2016年,我快从实验室博士毕业,5年的时间转眼就过去了。这五年时间我一直负责实验室各项流式实验系统的搭建以及的维护,可以说对ACCURI C6这个机器算是相当熟悉了,ACCURI的2个外国主管就曾经来过我们实验室找我们了解使用情况和优缺点。下面就聊一聊我自己对这款流式的一些心得和维护的经验,希望能对大家有所帮助。
我自己最初接触的是BD Calibur检测和BD ARIA II分选,后面轮转并且定组在现在的实验室,才开始使用和负责C6。老板看重的是C6的小巧、性价比以及易维护性易使用性。下面我一个个来分析:
1. C6的小巧在2011年确实值得称道,不过放在2016年,就不是最优势的了。millipore和beckman的小流式都可以做的整合性更好。C6的机器设置有个很莫名其妙的地方,整个液流和激光系统都在机箱的右侧,左侧是一个完全空着的塑料桶,同时鞘液桶、清洗液桶、消毒液桶、废液桶通过一个托盘放在机器的机箱外面。非常不能理解为什么不能像calibur那样把这几个筒放在左侧塑料筒里。
2. 性价比,这个确实没话说,价格我不能说,但是相对于其他家的流式,真的是便宜,我听BD的工程师说有的公司针对大客户曾经做过买一大批试剂送C6的活动。但是C6的维护并不便宜。按照官方使用说明,C6每2个月需要更换一套管路,包括2根蠕动泵橡胶管、清洗液过滤膜、消毒液过滤膜、鞘液过滤膜还有一个管状过滤器,根据实验室秘书的话,这一套1800RMB左右。我自己的使用经验是如果读的样品数目不多(每天小于50个样品),那么可以坚持3-4个月,不过到后面,pumping time会比较久。
3. 关于性价比,除了机器的维护,还有一个很重要的因素是耗材的消耗,因为C6是使用蠕动泵直接从进样针吸样品,而不是像Calibur和AriaII的气压式,所以直接把样品放在EP管就可以上样了,不需要使用BD Falcon的FACS管,这节省的费用对我们这种大规模筛选的实验室简直逆天了。
4. 易维护性和易使用性。容易使用是真的,像我们实验室主要用C6做一个细胞系的筛药,我设置好模版以后,其他人完全只需要打开模版直接使用就行了。因为C6是固体激光器,激光非常稳定,完全不需要调节各个通道的电压(其实也调不了就是了……)和补偿,因为C6的处理器性能强大,没有Calibur的每秒event不能超过3000个的限制,所以读取速度非常快,而且因为是蠕动泵吸样,没有上样后被外管吸走的部分,所以哪怕50ul的样品体积都足够读取数据。
5. 而易维护性这个特点,我不大苟同。第一,管路容易污染,我们实验室所有流式的相关试剂都是milliQ水配置,每天关机前用次氯酸钠和水冲洗2min后再关机,每2天更换一次放在进样针上的水,仍然容易出现开机后读水,每秒200个event的现象,只能跑个decontamination cycle,并且换一管水。我们研究所有一组的C6就因为流动室污染而换了整个流动室。第二,管路容易堵,进样针和内部阀门这两个地方特别容易堵,具体的处理方法我后面会详细写。
下面是我自己整理出来的ACCURI C6使用过程中的各种问题~因为节省耗材,容易使用的优点实在太给力了,所以我着重讲缺点,供大家参考。
1. Cflow Plus是用JAVA写的,一打开直接就占用500M内存,对于老电脑不友好,建议内存最少2G。
2. Cflow Plus在纵向分辨率小于900像素的电脑上打开显示存在问题,不能显示样品名称(可通过在analysis查看每孔名称),也点击不到compensasion的按键(通过自动隐藏windows任务栏可以实现点击),常见的笔记本多是的,就存在这个问题,建议显示器最小也要有或者。
3. 如果在点击run后,到analysis之前有个pumping time,这个时间段如果点击到非collect的column(例如analysis或者statistics)就会出现bug,无法切换回collect,如果没有设置读取样品的limit,机器会一直run,但是没办法停止。这个bug非常要命。
4. 如果设置补偿后保存文件,再打开文件,空白孔的补偿会归零,需要重新设置补偿并apply到所有孔上。
5. 导出为第三方流式文件格式后用flowjo打开,每个通道会有两个名字,一个是原始的,一个是补偿过的,看起来太累赘。
1. c6的模板都是96孔板的格式,建议可以自己设置板子的形状格式,例如我一个细胞有15个处理组,就需要一行有15个孔,而默认的12*8的就不适合。
2. CFLOW PLUS的分析及制图功能强大一些,现状是初步筛选用c6检测一下表形,最后出figure的数据还是用平台的LSR或者Fortessa的数据导出到FLOWJO里面做图。
3. 针对机器的维护设置一个类似批处理的功能,例如可以设置一个“维护并关机”的批处理,可以在做完decontamination cycle后自动开始cleaning cycle,完成两个后自动跑水2min后关机,这样能极大的减少维护人员的工作量。
1. 有的时候细胞体积过大或者某个通道的亮度太大,会导致数据溢出了,全跑到坐标系的轴上了,希望能提供内置的ND滤镜切换功能,这样在强度太大的时候可以选择apply上ND滤镜,降低光线的波长。摄影上的ND滤镜技术已经非常成熟,价格也可以接受。
2. 管路容易老化,我们实验室一个月平均20000个流式样品,一个半月鞘液和废液蠕动泵的橡皮管就会老化。
3. 内部管路可能过于精细,如果读的贴壁细胞或者PI比较多,非常容易在内部堵住,通过常规的更换管路和滤膜是无法处理的,需要请BD工程师拆机清理内部三通阀,这里补充一个自己应急的解决方法,仅供工程师来不及维修的时候使用:吸1ml 胰酶在EP管里面,然后选择instrument页面的extend cleaning选项,机器会把胰酶洗到所有管路中,然后放室温2-3h再开机,开完机以后长按开机键强制关机,等待一会再开机,因为强制关机后仪器会自动清理阀门,这样有可能冲开细胞黏住的阀门。。
4. 读取贴壁细胞较多的时候进样针容易堵住,目前我个人在实验室指定的规则是读完样品后要跑水2min,关机前先后跑次氯酸钠和水 2min,所有buffer和鞘液都使用双蒸水。如果发生堵塞,拆下进样针,使用注射器和10ul小枪头,将进样针冲洗几次,然后将进样针和10ml左右的胰酶置于15ml离心管,37度摇床过夜(就是质粒小摇的那种摇床)
5. 前后样品间存在一部分串联污染。我们实验室使用C6读取悬浮细胞,一个样品大约2000个活细胞数即可,如果前一个样品存活率很高,密度也大,而下一个样品细胞密度很低,则在读取第二个样本的时候会发生第一个样品残留了一点的细胞混入第二个数据中,并且因为前者细胞密度大,绝对计数多,从而对第二个样本的结果产生影响。目前我个人采取的措施是遇到第一个样本细胞浓度远大于第二个样本时,读取第二个样本的前20ul的event抛弃掉,读取时看到体积到了20ul点delete events.
6. 由于没有FL2-W通道,不是很适合做PI染色的细胞周期实验。虽然可以通过GATE FL2-A和FL2-H下的对角线上的细胞去除粘黏体细胞,但是效果远不如使用FL2-W和FL2-H的gate方法好,当时和BD工程师讨论过,同样的样品在Calibur和C6上的细胞周期结果,Calibur的分辨率远胜过C6。
7. C6流动室污染不容易处理,我们实验室没发生污染,但是别的组已经有需要更换流动室的事情发生,成本太高。
没想到一写就写了这么多东西,正是爱之深恨之切,我的C6流式文件大小已经超过20G,可以说C6真的是伴随着我的各项科研成果,也正是这样的熟悉了解才让我对C6了若指掌。如果您看到我上面列出的这些缺点而对C6有些顾虑,那真的太抱歉了,C6的优点实在是太给力了,以至于我一句话就带过了,节省耗材这一项就可以给我们实验室节省十几万的FACS管费用,而容易上手的特性,也让实验室的新人们能很快上手实验室的筛选系统,而不用太纠结于流式使用方法的学习。
总结一下,C6经典的两激光四通道设置、超级稳定的固态激光器、超快的读取速度和易使用性,使得C6成为非常适合悬浮细胞筛选药物,或者野外环境检测CD4、CD8这种成熟血细胞实验盒的流式细胞仪。如果实验室贴壁细胞样品多,细胞周期实验做的比较多,或者对出figure的效果有较高要求的,还是不要用C6了~我们自己的实验室就是用C6进行药物或者基因的筛选,但是对小鼠的免疫系统的细胞类群鉴定这种高要求的实验还是去平台的LSR、Aria II或者Fortessa做。上面提到的C6的优点和缺点我也和BD工程师还有产品专员还有accuri的主管反映过,他们承诺会针对提出来的缺点和建议做出改进~希望能够实现吧~
絮絮叨叨写了这么多,希望对大家能有所帮助。
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本帖最后由 家的感觉 于
15:29 编辑
谢谢你详细的总结,感觉挺好,看来C6不适合检测细胞周期啊,但Aria的对于核酸染料是不是很容易堵塞管路?工程师是说不让用Aria做核酸染料的实验,你对于此有何看法,谢谢~~
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签到天数: 1 天[LV.1]初来乍到
该用户从未签到
非常感谢您的分享和总结!我现在正在使用C6,文中您说的: 针对机器的维护设置一个类似批处理的功能,例如可以设置一个“维护并关机”的批处理,请问具体怎么设置啊?我翻了了一下C6自带的软件的菜单都没找到关于这个的设置,可以请您详细说明一下吗?
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逛了这许久,何不进去瞧瞧?关注今日:36 | 主题:194573
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请问BD Accuri C6流式软件分析数据之后怎么输出以及保存数据呢?谢谢
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杨璐0606 export
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静镆 export你好 能再说详细一点吗 export有好几种呢
而且这个导出之后是FCS的格式是吗 用什么软件可以打开呢
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杨璐0606 你好 能再说详细一点吗 export有好几种呢
而且这个导出之后是FCS的格式是吗 用什么软件可以打开呢 谢谢啦 已找到方法了
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杨璐0606 你好 能再说详细一点吗 export有好几种呢
而且这个导出之后是FCS的格式是吗 用什么软件可以打开呢 FCS的文件flowjo可以打开,你看看,应该是可以导出成PDF,流式都可以的
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