plos one 投稿流程过程中如何保存,不至于每次都要全部重新填

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【经验】关于PLOS one投稿
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这个帖子发布于6年零35天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
楼里已有很多关于PLOS one的讨论及投稿经验。本人想咨询:1.昨日很粗的读了稿约,任何临床方面的研究论著都要?2,审稿速度如何?一般从投稿到明确意见多久?因论坛中有说快也有说慢点, 3,有篇单中心回顾性的研究,样本量足够大,有一老外合作(这老外在我们这访问,与其交谈中发现这一IDEA,相关类似研究美国有少量报道,欧洲极个别,中国暂时未见报道),语言反复修改后应该没有很大问题,如果投往该刊,大家认为机会大吗?投稿前及投稿过程中需注意啥问题?谢谢
不知道邀请谁?试试他们
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PLoS ONE decision letter的模版和套话(有时稍有不同,依据editor的修改):区分major和minor,请注意下划线突出的语句。Acceptance:I am happy to inform you that the scientific content of your manuscript has been accepted for publication in PLoS ONE.Minor revision:Thank you for submitting your manuscript for review to PLoS ONE. After careful consideration, we have decided that your manuscript can be made acceptable for publication if it is revised according to the specific points detailed below.Major revision:Thank you for submitting your manuscript to PLoS ONE. After careful consideration, we believe that your study has the potential to be published provided you revise a few fundamental aspects of your paper, as described below. If you are prepared to undertake the work required, I would be pleased to reconsider my decision.Rejection:Thank you for submitting your manuscript to PLoS ONE. After careful consideration, we have decided that your manuscript does not meet one or more of our criteria and must be rejected for publication. Unfortunately we cannot accept a revised version of your manuscript. I am sorry that we cannot be more positive on this occasion.
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这个期刊感觉比较好投,我有两篇中了,而且编辑效率较高,一个月都有回复。第一篇接收,第二篇有小修改,我找了一家SCI论文编辑公司(, 是PLoS ONE官方网站鼓励使用的)修改后,也接收了。总体感觉,这个期刊的审稿人比较宽松,但文章一定要有一点料,也就是说数据要完整。
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给点建议啦!
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审稿速度一般50-60天给一审意见. 只要不是综述, 都在它的范围. 快和慢可能与具体文章不同而不同.
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ch_xue 审稿速度一般50-60天给一审意见. 只要不是综述, 都在它的范围. 快和慢可能与具体文章不同而不同.PLOS one 貌似没被SCI收录,是否有这回事?
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PLOS one 被SCI收录, 2010IF AROUND 4.5
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Plos ONE 被SCIE收录, 2010-IF为4.41.
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已投 PLoS one,请教两问题:1. 关于Academic editor的选择,大家有无特殊,如果不认识(我想这是绝大部分人的现状),又是与公布的editor的专长不是完全吻合而是交叉的情况下,如何选择?有无技巧?2.目前我稿已给稿号,到了editor invited阶段, 下一步大概会进过啥流程?谢了先
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论坛中应该有不少人投过或已在 PLoS one发过稿的,总有人给点意见吧!
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看来速度真的不快,2周还是editor invited,是不是下一步要等 editor愿不愿意来接手这稿子?
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下面是under review啊,最近到9月底美国和欧洲的不少专家都在度假,所以速度可能会比较慢一点
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这是慢啊。接近一个月还是editor invited,晕了
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我也在投. 4月26日投稿. 6月8日给大修意见. 6月24日修回. 7月28日给小修意见. 8月2日修回. 到现在..........lz慢慢等吧.
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看到园内的记录,已经43天了,难道他们不知道我们等的心焦了???
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丁香园准中级站友
ch_xue 我也在投. 4月26日投稿. 6月8日给大修意见. 6月24日修回. 7月28日给小修意见. 8月2日修回. 到现在..........lz慢慢等吧.好像PLoS ONE现在没有大修小修了,我的直接是Revise。感觉比较委婉,编辑的意见如下:Thank you very much for submitting your manuscript for review to PLoS ONE. After careful consideration, we have concluded that your manuscript has the potential to be published although some aspects of the manuscript will need to be changed prior to formal acceptance. We therefore ask that you revise your manuscript paying close attention to the specific points raised by both reviewers.(注:两个reviews的评价相对比较正面,总共只提了5个问题,主要是在表述方面,要求深刻一点,而且给了方向,言外之意按照他的方向补充几句话)此外,我们组的审稿周期,一个是1个半月,一个是1个月20几天,给的意见都是revise,审稿人只有两个,无审稿费,有1350美国刀的版面费,不限页码,不限彩图,因为是E版(SCIE),所以我的其中一篇稿子特别长,超过1万字,嘿嘿,总算过了一把瘾,因为别的杂志一般都限制在6000字左右,SCIE的不超白不超,开玩笑的。2011年JCR发布的IF是4.4,2011年全年的发文量可能会超过1万,想想都吓人,不过里面也不乏好的paper。我一般的被5-6分的杂志拒掉之后,PLoS ONE是首选。
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ywshui edited on
ywshui 好像PLoS ONE现在没有大修小修了,我的直接是Revise。感觉比较委婉,编辑的意见如下:Thank you very much for submitting your manuscript for review to PLoS ONE. After careful consideration, we have concluded that your manuscript has the potential to be published although some aspects of the manuscript will need to be changed prior to formal acceptance. We therefore ask that you revise your manuscript paying close attention to the specific points raised by both reviewers.(注:两个reviews的评价相对比较正面,总共只提了5个问题,主要是在表述方面,要求深刻一点,而且给了方向,言外之意按照他的方向补充几句话)此外,我们组的审稿周期,一个是1个半月,一个是1个月20几天,给的意见都是revise,审稿人只有两个,无审稿费,有1350美国刀的版面费,不限页码,不限彩图,因为是E版(SCIE),所以我的其中一篇稿子特别长,超过1万字,嘿嘿,总算过了一把瘾,因为别的杂志一般都限制在6000字左右,SCIE的不超白不超,开玩笑的。2011年JCR发布的IF是4.4,2011年全年的发文量可能会超过1万,想想都吓人,不过里面也不乏好的paper。我一般的被5-6分的杂志拒掉之后,PLoS ONE是首选。有Major revision 和minor revision. 在修改链接里. 你的这个Editor意见应该是小修. 我跟你一样. 马上要修回. 祝福自己, 也祝福你!God bless us!
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谢楼上捧场。真的太慢了。但愿耐心等待会有好结果
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我的6月28投的,现在仍在under review,我再等一周,没动静我就采取行动了!!!
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aning2599 我的6月28投的,现在仍在under review,我再等一周,没动静我就采取行动了!!!顶你。我跟你,不过我比你迟近一月。有点慢的
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上传图片后,Artwork Quality Results显示为有几个Fail。 截图所示,请问各位ps高手,怎么改动?谢谢~
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上传图片后,Artwork Quality Results显示为有几个Fail。 截图所示,请问各位ps高手,怎么改动?谢谢~把你的图片选择‘重新保存’,在出来的对话框里,点击选择“LZW”,并保存成TIFF格式,就这么简单
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不知如此高影响因子的杂志,因为是SCI扩展,不少地方不承认,唉!!
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今天总算换成了Under review,就等结果了估计还要很久
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plos one要求审稿人反馈意见的时间期限一般是14天,一般会在deadline前4天邮箱提示一下。给reviewer的选择中只有四种:accept,major,minor,reject,没有打分选项。感觉编辑的意见,要占很大分量。
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pyfanyuchen plos one要求审稿人反馈意见的时间期限一般是14天,一般会在deadline前4天邮箱提示一下。给reviewer的选择中只有四种:accept,major,minor,reject,没有打分选项。感觉编辑的意见,要占很大分量。我的文章投了将近3个月,期限14天,我的under reveiw都2个月啦,怎么还没required reviews completed啊
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aning2599 edited on
aning2599 我的文章投了将近3个月,期限14天,我的under reveiw都2个月啦,怎么还没required reviews completed啊我没给这个杂志投过,只review过几次。可能我是良民,每次都在规定期限内提交有投过的出来说说
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半个月过去了,还是“Editor Invited” 状态
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慢慢来吧,这杂志收稿多,每年总体效率很高,从发表这么多文章可看出;就投稿的每个个体来说效率很低,急的同志就不要选择这杂志了。
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丁香园荣誉版主
cexoihtydx 半个月过去了,还是“Editor Invited” 状态3 weeks, with editor
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我最近也投了plos one,现在好像变严格了,先是要我补伦理支持材料,再就是要我修改语法,然后就是再次修改语法,折腾了一两个月才正式进入程序,大约过了2周才变成editor invited ,一天后变成under review,10天后minor revision,看了楼上各位的介绍,看来我这次修回算是很快的了,我已经重投回去了,2周了还没有消息,因为没有很好的解决专家提的意见所以有点担心,不知道会不会出现被拒的惨剧。
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ggjun 3 weeks, with editor20天了,今天由“Editor Invited”变成“with editor”,这进度是前进了还是倒退了啊?
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PLoS ONE decision letter的模版和套话(有时稍有不同,依据editor的修改):区分major和minor,请注意下划线突出的语句。Acceptance:I am happy to inform you that the scientific content of your manuscript has been accepted for publication in PLoS ONE.Minor revision:Thank you for submitting your manuscript for review to PLoS ONE. After careful consideration, we have decided that your manuscript can be made acceptable for publication if it is revised according to the specific points detailed below.Major revision:Thank you for submitting your manuscript to PLoS ONE. After careful consideration, we believe that your study has the potential to be published provided you revise a few fundamental aspects of your paper, as described below. If you are prepared to undertake the work required, I would be pleased to reconsider my decision.Rejection:Thank you for submitting your manuscript to PLoS ONE. After careful consideration, we have decided that your manuscript does not meet one or more of our criteria and must be rejected for publication. Unfortunately we cannot accept a revised version of your manuscript. I am sorry that we cannot be more positive on this occasion.
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这个期刊感觉比较好投,我有两篇中了,而且编辑效率较高,一个月都有回复。第一篇接收,第二篇有小修改,我找了一家SCI论文编辑公司(, 是PLoS ONE官方网站鼓励使用的)修改后,也接收了。总体感觉,这个期刊的审稿人比较宽松,但文章一定要有一点料,也就是说数据要完整。
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xiaoQ2 这个期刊感觉比较好投,我有两篇中了,而且编辑效率较高,一个月都有回复。第一篇接收,第二篇有小修改,我找了一家SCI论文编辑公司(, 是PLoS ONE官方网站鼓励使用的)修改后,也接收了。总体感觉,这个期刊的审稿人比较宽松,但文章一定要有一点料,也就是说数据要完整。感觉我们英语也不差,楼上不需做这方面广告了,谢绝。
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今日进入Required Reviews Completed;谜底就要揭晓了。
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关于丁香园一篇meta分析文章的悲催投稿经历
【交流】我所经历过的旁观过的投稿
(更新02.24---一篇meta分析文章的悲催投稿经历&
文章转自 丁香园 &作者&
& & & &小弟研究生在读学生一枚,今年6月份博士毕业,遗传学专业。导师算是本领域的小牛人一个吧,实验室平均每年1-2篇9分以上的文章,4-5篇5分左右的文章。我的专业是医学遗传学,做精神疾病的遗传学研究,大部分是目前引人争议的SNP研究,当然还有后续的功能实验,主要是体外水平的细胞实验。小弟从2011年到现在,经历过几次投稿,和大家分享一下经历。
& & & &在园子里也混迹了几年时间,大部分时间在看帖,偶尔回帖,求助过园友,请教过园友,也帮助过园友,鼓励过园友,还刺激过园友,嘲讽过园友,当然,一切都无恶意,只是就事论事,还是希望大家能够投稿顺利,多多发文章。
Nature&Science:这两个杂志我都没有中稿过,只是有幸投过一次Nature,一个星期编辑部拒稿。我的导师对这两个杂志充满了热情,实验室几乎有点水准的文章老板都要从这两个杂志开始投,无一例外全部拒稿,虽然很多文章最后也中了Genome Research、American Journal of Human Genetics等级别的杂志,但是在这两个杂志连送审的机会都没有,这也导致我在看其它人投这两个杂志时一般都充满了悲观情绪,虽然文章的创新性很重要,但是我感觉那是要建立在扎实强大的工作基础之上,&拍脑袋&想出来的科研去试这两个杂志,难。
Molecular Psychiatry(IF&12):精神病学领域的&老大&,近几年影响因子蹿升很快,在2011年甚至达到了15以上,我做的每一个结果比较好的课题文章几乎都要从这个杂志开始投稿。一个字,难,似乎主编对中国人的文章有些保留意见,当然我没有证据这样说。送审过三次,两次是原创性研究的letter to the editor,编辑部对这种格式的文章处理速度很慢,一般都要在编辑部放一个月左右才决定是否送审,审稿速度也不快,都是一个positive意见一个negative意见,主编拒稿;目前还有一篇original article的文章在这个杂志审稿,一审两个审稿人,都是很positive的意见,提了几个小问题,但是主编只给了reject and resubmit的机会,连major revision都不是,目前正在等待二审结果中。哎,投这个杂志的经历全是心酸。
American Journal of Psychiatry(IF&12):
精神病学领域的&老二&,这个杂志相比较molecular psychiatry要nice许多了,虽然它主要收录临床文章,偶尔也有genetics方面的,我们的一篇文章在molecular psychiatry(letter to the editor)拒稿后,我们把文章扩展成article,改投到这个杂志,1月半月,一审结束,major revision,再过一个月,接收,这是我第一次投这个杂志,就有幸中稿。这个杂志的审稿速度快,编辑很nice,一般会选一个你推荐的审稿人审稿,但是不代表这个杂志不critical,我们也发生过投稿该杂志,两个审稿人意见很positive,编辑部直接拒稿的事情。这个杂志也收录letter to the editor格式的文章(原创性研究和comment),但是对字数要求极为严格,算上参考文献不能多于500字。在2012年的时候我投过一篇原创性的letter到该杂志,一审是minor revision,结果修改后被拒,主编在decision letter里面一再解释,说你们的文章很好,按照审稿人意见修改的也很好,但是非常抱歉我们的杂志空间有限,不能接收你们的文章。我的导师知道之后只说this is life,这样的结果连argue的机会都没有。在去年年底,做了一篇目前正流行的核磁共振影像学的研究,以letter格式投到该杂志,40天审稿结束,major revision,修改后没几天就接收了。随后没几天,我在阅读这个杂志某一期发表的article时,觉得有一点问题,就连夜写了个comment给该杂志,也是40天的时间,编辑部通知我直接接收;在这里不禁要感叹下编辑部真是很nice,这篇comment接收后我跟编辑部联系问能否再加一个作者,本以为会遇到点麻烦的,结果主编直接问我要了姓名和邮箱,甚至没有提出疑问。
American Journal of Human Genetics(IF&10):
遗传学领域的&老二&。投过两次这个杂志,一次送审,两个审稿人,一个positive,一个中性意见,编辑部拒稿,我们写了封反驳信,无果。我的导师从2003年建立实验室以来中过两次该杂志,都是在2009年以前,研究内容是进化和人类迁徙方面的。在近两年,似乎AJHG的主编换了,杂志收录的文章风格也变了,大部分都是疾病的家系研究加上后续功能研究,少数的GWAS文章,其它类型的文章很少见了。在2011年年底,我们实验室投过一篇藏族高原适应的文章到AJHG,一审major revision,按照审稿人的意见修改后,结果拒稿,在一审中没提什么问题的第二个审稿人结果在二审的时候重新提了很多问题,甚至包括了一些政治敏感问题,我记得好像是说&西藏是一个国家,虽然中国政府认为它隶属于中国,但是美国不这样认为,作者想把文章投到美国的杂志,就要遵循美国的规矩&,还说了很多类似的话,由此可见,中国人在投稿的时候还是会受到歧视的。提一个小插曲,我曾经跟一个台湾同行寻求合作,他回邮件说很乐意合作,但是在他的affiliation中只能是Taiwan,而不能是Taiwan,China。。。不过也并不是经常会遇到这种情况,在我们实验室近两年在这个领域发的文章越来越多,和国外同行的交流也越来越多,在最近的发表和待发表的几篇文章中都有很多国外的同行参加了我们的研究。不知是不是主观意向,我们去年开始投的文章遇到的审稿压力比以前小多了,经常是审稿人提几个小问题,然后文章接收。
Human Molecular Genetics(IF&7):
遗传学领域的经典杂志。我的导师在建立实验室后中过几篇该杂志文章,最晚一篇是在2008年。在近两年,感觉HMG跟AJHG一样,杂志收录的文章风格有所改变,功能研究的文章逐渐增多,大多是转基因动物文章,遗传学分析和进化分析的文章开始减少。不过该杂志收录的功能研究文章仍显得粗糙,与专业的功能杂志文章仍有不少差距。遗传学分析文章目前只看到过全基因组关联分析研究(GWAS)和大样本量的大范围marker的meta-analysis。我们实验室(包括我)在近两年投到该杂志的文章均未送审,且都是在编辑部放了超过20天之后才通知拒稿的。
Molecular Biology and Evolution(IF&5):
我并未投过该杂志,但是这却是我们实验室最经常投稿的杂志,我的导师目前也是该杂志的副主编。由于MEGA4文章引用量巨大的原因,MBE杂志在2010年的影响因子达到9.8,一举超过PNAS。随后MBE对文章的要求比之前要提高很多,单基因的进化分析文章相比之前已很难在上面发表,编辑一般会要求补功能实验,估计也是想借此之机提高杂志的档次吧。不过在随后的一年(2011),MBE的影响因子又降到5.5分,并且在2012年仍未升上去,去年MBE又发表了MEGA5,不知道这篇文章对MBE的影响因子会有多大影响,今年7月份就可以看到了。我们实验室藏族高原适应的文章被AJHG拒稿后,改投到MBE,主编给了大修机会,目前仍在修改中,不知道能否最终中稿。。。
Schizophrenia Research(IF&4):
一个专门研究精神分裂症的杂志,影响因子常年在4-5分之间,对文章的质量要求没有那么高。我目前已经在该杂志发表过三篇文章,2011年第一次在这个杂志投稿,一审4个半月,8个审稿人,均是positive意见,不知道主编怎么想的;第二篇文章一审4个月,1个审稿人;第三篇文章一审5个月,一个审稿人。几乎每一篇文章我们都要催稿,不过催也没用,感觉主编不是特别热情,只是让我们be patient。如果不是逼不得已,不会投该杂志。
PLoS Genetics(IF&8):
我的导师经常说这个杂志很picky,我有幸以第二作者身份投过一次该杂志,一审两个月时间,三个审稿人,两个positive意见,一个中性意见,主编给了大修的机会,但是需要补实验。结果二审的时候第三个审稿人,就是一审时中性意见的那个人,提了很多意见,甚至提出我们的研究没有biology significance,结果编辑部讨论后拒稿。负责我们文章的副主编是我导师的熟人,他和我的导师说这文章没有argue的机会了,编辑部其它人都同意第三个审稿人的意见,只能拒稿。
PLoS One(IF&4):
相信很多园友都有投稿该杂志的经历吧,我就说说我所知道的。这个杂志投稿过程中需要填写的要求相对其它杂志要多一些,例如ethnic assessment等,另外,因为投稿量巨大的原因,文章在投到该杂志之后要等20天左右才能invited editor,但是在开始审稿后速度则相对快一点,一般主编要求审稿在10天内审稿结束,所以文章投到PLoS One后如果没有意外,在40天内都能收到审稿结果了。我的导师是PLoS One的academic editor,也认识很多PLoS One的其它副主编,在投稿时会推荐自己认识的副主编。我在去年有一篇文章投到PLoS One,是我导师的朋友负责该文章,两个审稿人也是我们推荐的,所以从投稿到接收都非常顺利。PLoS One的投稿量巨大,academic editor的数量也很多,也包括很多中国人,即便如此,每个academic editor的工作量也是相当大,我登陆我的导师的PLoS One账号,发现几乎每天都有新文章的invitation。
Biological Psychiatry(IF&8):
影响因子在近几年都在8-9之间,文章的质量相对于MP和AJP有一定差距。在投稿时需要Manuscript Submission Form,每个作者都要纸质签名然后扫描合并成一个文件由通讯作者上传。编辑部对文章的初筛并不十分严格,一般会送审。审稿速度很快,一般一审最多45天就有消息了,我经历过几次审稿最少的是送了三个审稿人,最多是五个审稿人,估计是主编一次性同时送了几个审稿人。但是在做根据审稿人意见做决定时则相对严格很多,我最近的一次投稿是三个审稿人,一个没有意见,建议直接接收,一个建议小修,一个建议拒稿,主编直接拒稿。遗憾的是,到目前为止都没有在这个杂志上发表过文章。
Schizophrenia Bulletin(IF&8):
一个研究精神分裂症的小众杂志,每年收录的文章不多,投稿也不算多,我在12月份投稿时看编号应该一年投稿不超过600篇,主要收录精神分裂症的临床研究,其它方面的研究并不多。投稿状态一般是先awaiting editor assignment,然后就是under review了,没有with editor这一阶段,所以在投稿前期文章是否送审并不清楚,但是这个杂志效率很快,从投稿到一审回来一般是40天,最长不会超过2个月。这个杂志编辑部对文章的要求跟biological psychiatry差不多。比较新奇的是这个杂志给修改机会的状态是Acceptable Only If Adequately Revised & Requiring Rereview,而不是major revision,minor revision或者reject and resubmit。遗憾的是,我曾经有一次投稿得到修改的机会,但是二审被拒了,第一个审稿人在一审时要求我们加一篇Genome Research上的文章,只告诉了第一个作者的名字,我们在Genome Research上并未搜到审稿人要求加的文章,审稿人也以这个理由拒稿了,后来我们重新搜索这个作者的文章,发现是发表在PLoS Biology上的文章,而不是Genome Research,不过为时已晚。
American Journal of Medical Genetics Part B: Neuropsychiatric Genetics(IF&3):医学遗传学的经典杂志,影响因子不高,对文章的要求也相对低一点。我在2012年投过一次该杂志,审稿40天,major revision,第一个审稿人提了5个minor comments,很容易回答;第二个审稿人只提了英语语法问题,总的来说都不算很难回答,最后接收也没遇到太大问题。这个杂志收录review,article,brief communication,letter to the editor格式的文章,有时候也收录较系统的阴性结果文章,对于文章有一定质量,又急于发表的,这个杂志是个不错的选择。
The World Journal of Biological Psychiatry(IF&2):
一个小众杂志。影响因子从2008年1分多逐渐增长到2010年5分多,我有一篇文章在2010年投到这个杂志,审稿时间巨长,一审5个多月,开始送了两个审稿人,第一个审稿人两个小问题,第二个审稿人就比较复杂了,在开始说文章做的很好,但是提了巨多的问题,A4版的word足足有4页多!所以主编又送了第三个审稿人,也没有意见,因此给了大修的机会,二审一个月后文章接收。这个杂志的投稿让我后悔不已,不仅审稿时间长,而且影响因子在2011年降到了2分!我的文章在8分多的杂志(schizophrenia bulletin)获得了修改的机会,因为某些原因被拒稿,却没想到最后只投到了一个2分多的杂志上。更可笑的是,在2011年影响因子出来之后,在之后的半年里该杂志在主页上还挂着2010年的影响因子(5分多),然后说自己的杂志在psychiatry领域排名第7。到2012年了,还在挂着2010年的影响因子就有些不像话了,没想到杂志居然把影响因子这一版块取消了,不在主页显示影响因子和杂志排名是多少了。在可以预见的将来,我都不会再投稿该杂志。
PNAS(IF&9):
非常遗憾我目前还没有在该杂志发表文章的经历,只投稿过一次,并未送审,主编本人提了点建议,说增加转基因动物模型可以考虑送审。所以对这个杂志的审稿要求并不十分清楚,不过很奇怪,我们实验室前阵子投的两篇文章到PNAS,均未送审,但是投稿到影响因子更高的AJHG杂志,则均送审。我们实验室去年投的藏族迁徙的文章到PNAS,送审,一个月审稿意见就返回来了,一个positive一个negative,主编拒稿。不知道文章中有大牛(美国科学院院士?)是否更有利投稿,不过在2009年,我们隔壁实验室的老板做的一篇转基因动物的文章,准备投到PNAS,之前联系了一个美国科学院院士让他当共同通讯作者,由他来推荐,文章最后接收。
& & & &不知是不是主观感觉,从2012年开始,投文章的难度相对以前要明显大很多了。这一年,实验室经历过三次修稿(两次大修,一次小修)后被拒,直接拒稿的次数更是多很多。编辑部根据审稿意见的决定比之前更加的critical,可能是因为现在好文章的产量相对以前明显增多的原因,另外,有人说因为这两年国外的科研形势也不好,经费不好拿,所以审稿人和主编的心情也相对差一些,对待其它人的文章也更加挑剔一些,哈哈,无论如何,做出好的无可挑剔的文章才是王道。
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& & & &我现在所做的课题是在我进实验室之后才慢慢开展的,主要是做中国人群中精神分裂症的遗传学研究,而目前搞这些研究的主要是国外的科研人员,国内主要集中在上海交通大学、清华大学和四川大学。在我们开始研究的初期,样本量小,也不认识很多其它的国内国外同行,所以投出去的文章有时候会很波折,经常是改了又改,这样的情况持续了两年多,慢慢发了几篇4分左右的文章,又因为运气好发了一篇10分多的文章,反响很好。后来开始慢慢意识到合作的重要性,尤其是和国外实验室的合作,所以开始逐渐联系国外的实验室。我的导师为了锻炼我,并不亲自联系合作,而是让我自己来操作。我在平时阅读文献时就慢慢了解到哪些国家有哪些实验室有样本,有GWAS数据,就会给他们写邮件,他们当中有一些人回邮件了,但是很多都先问我们有没有研究基础,以前发表过哪些文章,看了我们发表的文章之后才决定给我们数据。就这样,通过几次合作,慢慢认识了越来越多的国内国外的合作者,在我现在的一篇正在审稿的文章,有超过50个来自国外的共同作者,超过40家的合作单位,美国,德国,英国,法国,瑞典等,其中有很多是大牛级别的人物。
& & & &也是在这篇文章中,我的导师第一次跟我提到"suggested reviewers"对文章审稿的重要性,他让我问问国外合作者的意见,问问他们有哪些建议的审稿人,虽然不一定会送到他们手中审稿。在我询问过国外合作者之后,他们也表示同意我导师的说法,"suggested reviewers"非常重要,并给我推荐了几个国外的审稿人,就这样,我们总共推荐了6个审稿人,其中只有一个审稿人是中国人,还是在国外工作的。幸运的是,在我们投稿后,主编真的选择了一个我们推荐的审稿人,别问我们怎么知道的。。。除了这篇正在审稿的文章,从去年年底开始我的文章都由自己投稿,在填写suggested reviewers也更加认真,没有想到,在最近投的4篇文章中有2篇文章都送到我推荐的审稿人手上,还是我刚毕业两年的师兄手上(目前在美国做博后),这两年,我和我师兄也一起发表了很多文章。虽然很多杂志在投稿须知里说不要推荐近期和你有合作关系的科研人员,但是似乎也有一些杂志并不在意,估计主编在送审的时候也没有自己查我们推荐的审稿人的背景。
& & & &说个题外话,在近两年的合作中,除了给我的文章带来了很多益处之外,我在前段时间申请博后时也有一位德国的老板给我写了推荐信,虽然我们并未谋过面,也未通过电话,只是通过邮件联系,但是真的很感谢这位导师。而我即将工作的博后的老板,一位在霍普金斯的美国医学科学院院士,也曾经跟我们有过两次合作经历(文章已发表),而我之前提到那篇目前正在审稿的文章,也是在我们写完初稿后让我的博后老板帮忙阅读修改(那时他还没有给我博后offer),并提了一些很好的意见。
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Journal of Psychiatric Research(IF&4):
由于近年来做psychiatry研究方面的人逐渐增多,很多这个方面的杂志的影响因子都有所提高,JPR在去年的时候影响因子还没有达到4,今年的影响因子已升到4.6。我和我的师兄有一篇共享一作的文章,投过几个杂志(影响因子从12到8到4),均被拒,包括其中一次小修被拒,再上一次被拒稿之后,我放弃了这篇文章,于是我师兄开始单独投这篇文章,我也从共同第一作者变成其它作者(我自愿的)。我师兄将文章投到Journal of Psychiatric Research,审稿两个月,昨天刚刚将审稿意见发过来,编辑给了修改的机会。这是一篇阴性结果的文章,两个个审稿人,都提了技术上的问题,我把编辑发的邮件和部分审稿人的意见贴出来,和大家分享一下。
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Journal of Medical Genetics(IF&6):
医学遗传学的经典杂志,比Human Molecular Genetics稍微低半个档次吧,但是近两年收录的文章的档次也提高很多,很多是GWAS研究,涉及的后续功能研究不多。我师兄在2008年有一篇精神分裂症的候选基因相关性分析的研究文章,被Schizophrenia Reseach拒稿后,改投该杂志,一审一个月多一点(37天),两个审稿人都只提了一些小问题,二审10天后接收。但是在我2010年开始投稿后,投过两次该杂志,均未送审(不到10天时间拒稿),那时GWAS研究开始逐渐增多,我后来和一个日本同行交流过,他说现在的JMG对于psychiatry的遗传学有很大成见,因为目前psychiatry的疾病诊断标准并不明确(即由于目前诊断的局限,精神分裂症并不一定真的是精神分裂症,可能是由很多亚型疾病混合在一起的,或者甚至是其它精神疾病如双向情感障碍等),所以遗传学分析存在很大问题。不知他说的是否正确,不过在这三年JMG收录的psychiatry方面的遗传学分析文章确实寥寥无几,大部分是cancer的遗传学研究和某种罕见疾病的case report。
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一篇meta分析文章的悲催投稿经历:
我们实验室截止到目前一直在做某个基因在精神分裂症发病中的作用,包括遗传学分析和现在的动物模型研究,这个基因的一个SNP(用rs1234表示)在欧洲的GWAS研究中首次被报道。我们遗传学分析的文章已经发表在American Journal of Psychiatry和American Journal of Medical Genetics,其中发表的数据大部分都是我们自己产生的中国人群的original data。截止到2012年的7月份,在中国人群已有超过10份样本产生了rs1234的data(超过20000份样本),但是结果却严重不一致,我们的前期研究结果支持rs1234在中国人群中并不与精神分裂症相关,而有一些研究小组则报道了显著结果,为了系统的证实rs1234在中国人群是否与精神分裂症相关,我们利用中国所有可以利用的data做了meta-analysis,结果也支持rs1234并不与精神分裂症相关,但是p=0.10。
这篇文章的意义:我和我的导师都认为该文章的意义并不是特别大,但是为了科学的严谨性,以及为以后实验室(包括自己和其它实验室)的研究提出指引方向,我们还是决定将这篇meta-analysis文章投出去。我们第一次以letter to the editor的格式投molecular psychiatry,精神病学的旗舰杂志,审稿50天(9月22日-11月12日),拒稿,两个审稿人的意见如下:
Reviewer #1&(Comments to the Author):&
& & & &This report of no association of rs1234 in china is credible, although I find the final recommendation less so. If it is associated with endophenotypes that are true intermediate phenotypes for SZ, then the failure to find association to SZ becomes simply one of power. So the final conclusions contradict the primary conclusions. I think the primary conclusion is more strongly supported.&
& & & &Meta analyses on the scale conducted are fairly trivial. I would not think molecular psychiatry is the correct place for them.&
& & & & Reviewer #2 (Comments to the Author):&
& & & &This manuscript describes a meta-analysis of rs1234 in Chinese samples. The marker was reported to be associated with schizophrenia in European populations in a large association study. Overall, the method used in this paper is appropriate, but I feel that the authors might have over-interpreted their results. The appropriate conclusion is that the analysis did not provide clear evidence, one way or the other. The reasons are below:&
& & & & 1. In association studies, a replication study normally requires much larger sample size. In this case, the original study was done with 7,308 cases and 12,834 controls, the reported OR is 1.12. This meta analysis collected a sample of 8,460 cases and 11,549 controls. Given the winner's curse, we would expect a smaller effect size, therefore, for a direct replication, this sample size is marginal, as shown in their own power calculation with an OR of & 1.1. If we use the actual OR of 1.06 to do the calculation, the power may be less than 80%.&
& & & &2. For this analysis, it is a test if A allele is a risk factor for schizophrenia, so it can be interpreted as a one-tailed test. Under this circumstance, a p value of 0.12 can be interpreted as significant, supporting the association of A allele with the risk to schizophrenia. While this interpretation may be liberal, interpreting this as evidence of no association is also problematic.&
& & & & A minor issue is the use of image data. I think it is unnecessary in this manuscript. A negative association of this SNP with those brain structural phenotypes should not be interpreted as no association of the marker with the disease, or vice versa.
& & & &这次投稿的时候在meta-analysis还包括了brain imaging的data,但是两个审稿人的意见并不positive,因此主编拒稿,也在我们的情理之中,后来我们又将该文章扩写成article,改投到schizophrenia bulletin,审稿26天(11月19日-12月15日),拒稿,审稿人的意见如下:
Referee: 1-----Comments to the Author
& & & &In this study the authors examine the effect of the putative schizophrenia risk SNP rs1234, by a meta-analysis of previous studies in Chinese. They further also study the effect of this SNP on brain structures in healthy Chinese subjects.
& & & &The study of risk variants for schizophrenia in populations other than that of Western European decent is very important and interesting, and the methodology of the paper seems sound.&
& & & & However, my major concern is that in my opinion the present paper does not add enough to what is cu...
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