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酵母双杂交 -课件（PPT演示）
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酵母双杂交
导读：酵母双杂交，酵母双杂交系统由Fields和Song等首先在研究真核基因转录调控中建立，酵母双杂交由Fields在1989年提出.他的产生是基于对真核细胞转录因子特别是，Fields建立了一个双杂交系统，双杂交系统的建立得力于对真核生物调控转录起始过程的认识，酵母双杂交系统利用杂交基因通过激活报道基因的表达探测蛋白－蛋白的相互作用，双杂交系统的另一个重要的元件是报道株，酵母细胞作为报道株的酵母双
酵母双杂交
酵母双杂交系统由Fields和Song等首先在研究真核基因转录调控中建立 。典型的真核生物转录因子， 如GAL4、GCN4、等都含有二个不同的结构域： DNA结合结构域(DNA-binding domain)和转录激活结构域(transcription-activating domain)。前者可识别DNA上的特异序列， 并使转录激活结构域定位于所调节的基因的上游， 转录激活结构域可同转录复合体的其他成分作用， 启动它所调节的基因的转录。
1、基本思想
酵母双杂交由Fields在1989年提出. 他的产生是基于对真核细胞转录因子特别是酵母转录因子GAL4性质的研究. GAL4包括两个彼此分离的但功能必需的结构域. 位于N端1-147位氨基酸残基区段的DNA结合域（DNA binding domain，DNA-BD）和位于C端768-881 位氨基酸残基区段的转录激活域（Activation domain,AD).DNA-BD能够识别位于GAL4效应基因（GAL4-responsivegene）的上游激活序列(Upstream activating sequence,UAS)，并与之结合. 而AD则是通过与转录机构（transcriptionmachinery）中的其他成分之间的结合作用，以启动UAS下游的基因进行转录. DNA-BD和AD单独分别作用并不能激活转录反应，但是当二者在空间上充分接近时，则呈现完整的GAL4转录因子活性并可激活UAS下游启动子，使启动子下游基因得到转录.
Fields建立了一个双杂交系统，BD与X蛋白融合，AD与Y蛋白融合，如果X、Y之间形成蛋白-蛋白复合物，使GAL4两个结构域重新构成，则会启动特异基因序列的转录. 他们利用Snf1与Snf4的相互作用， 将Snf1与BD融合，Snf4与AD融合，构建在穿梭质粒上. 其中Snf1是一种依赖于丝氨酸、苏氨酸的蛋白激酶，Snf4是他的一个结合蛋白. 研究者将二种穿梭质粒转化酵母GGY：171 菌株，该菌株含有LacZ报告基因，并已去除相应转录因子基因. 该实验的结果表明由Snf1和Snf4相互作用使得AD和BD在空间上接近，激活了报告基因LacZ的转录. 一般地，将BD-X的融合蛋白称作诱饵（bait),X往往是已知蛋白，AD-Y称作猎物（prey），能显示诱饵和猎物相互作用的基因称报告基因，通过对报告基因的检测，反过来可判断诱饵和猎物之间是否存在相互作用.
2、基本原理
双杂交系统的建立得力于对真核生物调控转录起始过程的认识。细胞起始基因转录需要有反式转录激活因子的参与。80年代的工作表明，转录激活因子在结构上是组件式的（modular）, 即这些因子往往由两个或两个以上相互独立的结构域构成, 其中有DNA结合结构域（DNA binding domain，简称为BD）和转录激活结构域（activation domain，简称为AD），它们是转录激活因子发挥功能所必需的。前者可识别DNA上的特异序列，并使转录激活结构域定位于所调节的基因的上游，转录激活结构域可同转录复合体的其他成分作用，启动它所调节的基因的转录。两个结构域不但可在其连接区适当部位打开， 仍具有各自的功能。而且不同两结构域可重建发挥转录激活作用。酵母双杂交系统利用杂交基因通过激活报道基因的表达探测蛋白－蛋白的相互作用。单独的BD虽然能和启动子结合，但是不能激活转录。而不同转录激活因子的BD和AD形成的杂合蛋白仍然具有正常的激活转录的功能。如酵母细胞的Gal4蛋白的BD与大肠杆菌的一个酸性激活结构域B42融合得到的杂合蛋白仍然可结合到Gal4结合位点并激活转录。主要有二类载体： a 含DNA -binding domain的载体； b 含DNA-activating domain的载体。一般编码一个蛋白的基因融合到明确的转录调控因子的DNA－结合结构域(如GAL4-bd， LexA-bd）； 另一个蛋白的基因融合到转录激活结构域（如GAL4-ad， VP16）。上述二类载体在构建融合基因时， 测试蛋白基因与结构域基因必须在阅读框内融合。融合基因在报告株中表达， 其表达产物只有定位于核内才能驱动
报告基因的转录。例如GAL4-bd具有核定位序列（nuclear-localization sequence）， 而GAL4-ad没有。因此， 在GAL4-ad氨基端或羧基端应克隆来自SV40的T-抗原的一段序列作为核定位的序列。目前研究中常用binding-domain基因有：GAL4（1-147）; LexA (E coli转录抑制因子）的DNA-bd编码序列。常用的activating-domain基因有：GAL4（768-881）和疱疹病毒VP16的编码序列等。
双杂交系统的另一个重要的元件是报道株。报道株指经改造的、含报道基因（reporter gene）的重组质粒的宿主细胞。最常用的是酵母细胞， 酵母细胞作为报道株的酵母双杂交系统具有许多优点： 〈1〉 易于转化、便于回收扩增质粒。〈2〉具有可直接进行选择的标记基因和特征性报道基因。〈3〉酵母的内源性蛋白不易同来源于哺乳动物的蛋白结合。激活结构域融合基因转入表达结合结构域融合基因的酵母细胞系中， 蛋白间的作用使得转录因子重建导致相邻的报道基因表达（如lacZ）， 从而可分析蛋白间的结合作用。
酵母双杂交系统能在体内测定蛋白质的结合作用， 具有高度敏感性。主要是由于：①采用高拷贝和强启动子的表达载体使杂合蛋白过量表达。②信号测定是在自然平衡浓度条件下进行， 而如免疫共沉淀等物理方法为达到此条件需进行多次洗涤，降低了信号强度。③杂交蛋白间稳定度可被激活结构域和结合结构域结合形成转录起始复合物而增强， 后者又与启动子DNA结合， 此三元复合体使其中各组分的结合趋于稳定。④通过mRNA产生多种稳定的酶使信号放大。同时， 酵母表型， X-Gal及HIS3蛋白表达等检测方法均很敏感。
随着对多种重要生物的大规模基因组测序工作的完成，基因工程领域又迎来了一个新的时代---功能基因组时代。它的任务就是对基因组中包含的全部基因的功能加以认识。生物体系的运作与蛋白质之间的互相作用密不可分，例如：DNA合成、基因转录激活、蛋白质翻译、修饰和定位以及信息传导等重要的生物过程均涉及到蛋白质复合体的作用。能够发现和验证在生物体中相互作用的蛋白质与核酸、蛋白质与蛋白质是认识它们生物学功能的第一步。
酵母双杂交技术作为发现和研究在活细胞体内的蛋白质与蛋白质之间的相互作用的技术平台，在近几年来得到了广泛运用。酵母双杂交系统是在真核模式生物酵母中进行的，研究活细胞内蛋白质相互作用，对蛋白质之间微弱的、瞬间的作用也能够通过报告基因的表达产物敏感地检测得到，它是一种具有很高灵敏度的研究蛋白质之间关系的技术。大量的研究文献表明，酵母双杂交技术既可以用来研究哺乳动物基因组编码的蛋白质之间的互作，也可以用来研究高等植物基因组编码的蛋白质之间的互作。因此，它在许多的研究领域中有着广泛的应用。本文就酵母双杂交的技术平台和应用加以介绍。
酵母双杂交系统的建立是基于对真核生物调控转录起始过程的认识。细胞起始基因转录需要有反式转录激活因子的参与。反式转录激活因子，例如酵母转录因子GAL4在结构上是组件式的（modular），往往由两个或两个以上结构上可以分开，功能上相互独立的结构域（domain）构成，其中有DNA结合功能域（DNA binding domain,DNA-BD）和转录激活结构域（activation domain，DNA-AD）。这两个结合域将它们分开时仍分别具有功能，但不能激活转录，只有当被分开的两者通过适当的途径在空间上较为接近时，才能重新呈现完整的GAL4转录因子活性，并可激活上游激活序列（upstream activating sequence,UAS）的下游启动子，使启动子下游基因得到转录。
根据这个特性，将编码DNA-BD的基因与已知蛋白质Bait protein的基因构建在同一个表达载体上，在酵母中表达两者的融合蛋白BD-Bait protein。将编码AD的基因和cDNA文库的基因构建在AD-LIBRARY表达载体上。同时将上述两种载体转化改造后的酵母，这种改造后的酵母细胞的基因组中既不能产生GAL4，又不能合成LEU、TRP、HIS、ADE，因此，酵母在缺乏这些营养的培养基上无法正常生长。当上述两种载体所表达的融合蛋白能够相互作用
时，功能重建的反式作用因子能够激活酵母基因组中的报告基因HIS、ADE、LACZ、MEL1，从而通过功能互补和显色反应筛选到阳性菌落。将阳性反应的酵母菌株中的AD-LIBRARY载体提取分离出来，从而对载体中插入的文库基因进行测序和分析工作。在酵母双杂交的基础上，又发展出了酵母单杂交、酵母三杂交和酵母的反向杂交技术。它们被分别用于核酸和文库蛋白之间的研究、三种不同蛋白之间的互作研究和两种蛋白相互作用的结构和位点。
4、文库筛选
将待测基因与Gal4或LexA或其他合适蛋白的DNA结合域融合构建诱饵质粒；将诱饵质粒转化缺乏报告基因启动子的酵母细胞株中，选择被转化的酵母；再将文库质粒转化到酵母中。通过报告基因的功能筛选相互作用的蛋白，从酵母中分离质粒然后转化E. coli ，从大肠杆菌中提取质粒并测序 ，在数据库中比对所测定序列与已知蛋白的同源性。
5、结构组成
酵母双杂交系统可应用于确定两已知有生理作用的蛋白间的作用位点或结构域。利用此系统已分析和测定了多种重要结构域， 如p85三磷酸肌醇激酶和p110亚单位作用的结构域v， p21cip1蛋白与增殖细胞核抗原(proliferating-cell nuclear antigen， PCNA) 的结合序列vi等。
此外酵母双杂交系统还应用于阐明蛋白质相互作用的结构域，绘制蛋白质联系图谱，在药物设计等许多方面。
酵母双杂交系统是在真核模式生物酵母中进行的，研究活细胞内蛋白质相互作用，对蛋白质之间微弱的、瞬间的作用也能够通过报告基因的表达产物敏感地检测得到，它是一种具有很高灵敏度的研究蛋白质之间关系的技术。大量的研究文献表明，酵母双杂交技术既可以用来研究哺乳动物基因组编码的蛋白质之间的互作，也可以用来研究高等植物基因组编码的蛋白质之间的互作。因此，它在许多的研究领域中有着广泛的应用。
发现新的蛋白质和蛋白质的新功能
酵母双杂交技术已经成为发现新基因的主要途径。当我们将已知基因作为诱饵，在选定的cDNA文库中筛选与诱饵蛋白相互作用的蛋白，从筛选到的阳性酵母菌株中可以分离得到AD-LIBRARY载体，并从载体中进一步克隆得到随机插入的cDNA片段，并对该片段的编码序列在GENBANK中进行比较，研究与已知基因在生物学功能上的联系。另外，也可作为研究已知基因的新功能或多个筛选到的已知基因之间功能相关的主要方法。例如：Engelender等人以神经末端蛋白alpha-synuclein 蛋白为诱饵蛋白，利用酵母双杂交CLONTECH MATCHMARKER SYSTEM 3为操作平台，从成人脑cDNA文库中发现了与alpha-synuclein相互作用的新蛋白Synphilin-1，并证明了Synphilin-1与alpha-synuclein 之间的相互作用与帕金森病的发病有密切相关。为了研究两个蛋白之间的相互作用的结合位点，找到影响或抑制两个蛋白相互作用的因素，Michael等人又利用酵母双杂交技术和基因修饰证明了alpha-synuclein的1-65个氨基酸残基和Synphilin-1的349-555个氨基酸残基之间是相互作用的位点。研究它们之间的相互作用位点有利于基因治疗药物的开发。
在细胞体内研究抗原和抗体的相互作用
利用酶联免疫（ELISA）、免疫共沉淀（CO-IP）技术都是利用抗原和抗体间的免疫反应，可以研究抗原和抗体之间的相互作用，但是，它们都是基于体外非细胞的环境中研究蛋白质与蛋白质的相互作用。而在细胞体内的抗原和抗体的聚积反应则可以通过酵母双杂交进行检测。例如：来源于矮牵牛的黄烷酮醇还原酶DFR与其抗体scFv的反应中，抗体的单链的三个可变区A4、G4、H3与抗原之间作用有强弱的差异。Geert等利用酵母双杂交技术，将DFR作为诱饵蛋白，编码抗体的三个可变区的基因分别被克隆在AD-LIBRARY载体上，将BD-BAIT载体和每种AD-LIBRARY载体分别转化改造后的酵母菌株中，并检测报告基因在克隆的菌落
中的表达活性，从而在活细胞的水平上检测抗原和抗体的免疫反应。
筛选药物作用位点及药物对蛋白相互作用影响
酵母双杂交的报告基因能否表达在于诱饵蛋白与靶蛋白之间的相互作用。对于能够引发疾病反应的蛋白互作可以采取药物干扰的方法，阻止它们的相互作用以达到治疗疾病的目的。例如：Dengue病毒能引起黄热病、肝炎等疾病，研究发现它的病毒RNA复制与依赖于RNA的RNA聚合酶（NS5）与拓扑异构酶NS3，以及细胞核转运受体BETA-importin的相互作用有关。研究人员通过酵母双杂交技术找到了这些蛋白之间相互作用的氨基酸序列。如果能找到相应的基因药物阻断这些蛋白之间的相互作用，就可以阻止RNA病毒的复制，从而达到治疗这种疾病的目的。
建立基因组蛋白连锁图
众多的蛋白质之间在许多重要的生命活动中都是彼此协调和控制的。基因组中的编码蛋白质的基因之间存在着功能上的联系。通过基因组的测序和序列分析发现了很多新的基因和EST序列，HUA等人利用酵母双杂交技术，将所有已知基因和EST序列为诱饵，在表达文库中筛选与诱饵相互作用的蛋白，从而找到基因之间的联系，建立基因组蛋白连锁图。对于认识一些重要的生命活动：如信号传导、代谢途径等有重要意义。
酵母双杂交系统的最主要的应用是快速、直接分析已知蛋白之间的相互作用及分离新的与已知蛋白作用的配体及其编码基因。酵母双杂交系统检测蛋白之间的相互作用具有以下优点： ⑴ 作用信号是在融合基因表达后， 在细胞内重建转录因子的作用而给出的， 省去了纯化蛋白质的繁琐步骤。⑵ 检测在活细胞内进行， 可以在一定程度上代表细胞内的真实情况。⑶ 检测的结果可以是基因表达产物的积累效应， 因而可检测存在于蛋白质之间的微弱的或暂时的相互作用。⑷酵母双杂交系统可采用不同组织、器官、细胞类型和分化时期材料构建cDNA文库， 能分析细胞浆、细胞核及膜结合蛋白等多种不同亚细胞部位及功能的蛋白。例如已报道成功分析了RAP1与RIF1ii、P21cip1与CDK2iii、p16与CDK4iv等之间的相互作用。
酵母双杂交系统是分析蛋白-蛋白间相互作用的有效和快速的方法， 有多方面的应用， 但仍存在一些局限性。⑴双杂交系统分析蛋白间的相互作用定位于细胞核内， 而许多蛋白间的相互作用依赖于翻译后加工如糖基化、二硫键形成等， 这些反应在核内无法进行。另外有些蛋白的正确折叠和功能有赖于其他非酵母蛋白的辅助， 这限制了某些细胞外蛋白和细胞膜受体蛋白等的研究。⑵酵母双杂交系统的一个重要的问题是&假阳性&。由于某些蛋白本身具有激活转录功能或在酵母中表达时发挥转录激活作用， 使DNA结合结构域杂交蛋白在无特异激活结构域的情况下可激活转录。另外某些蛋白表面含有对多种蛋白质的低亲和力区域， 能与其他蛋白形成稳定的复合物， 从而引起报告基因的表达， 产生&假阳性&结果。
许多研究者对双杂交系统进行了改进和发展，。例如采用假阳性显示分析法和双筛选系统以减少&假阳性&的发生；发展哺乳动物双杂交系统更好地研究蛋白间的相互作用。其中双筛选系统用二种不同的报告基因（常用lacZ和HIS3）有以下优势vii：⑴ 用不同的启动子表达位于酵母二个染色体上的报告基因， 可明显减少假阳性。⑵ 通过营养型筛选增强了筛选能力， 尤其适用于对较大的库容量而被选蛋白较少情况下的筛选。
哺乳动物双杂交系统Ⅷ也是一种基因水平上以重建转录因子功能为基础的体内分析方法。在此系统中，一种感兴趣的蛋白与Gal4--DNA结合结构域构成融合蛋白，另一种蛋白与单纯疱疹病毒VP16蛋白的激活结构域以融合蛋白表达。表达这些融合蛋白的载体与一个报道载体（CAT）共同转染哺乳动物细胞系。报道质粒含一个Gal4结合位点下游的cat基因。假如两个融合蛋白相互作用则cat报道基因表达水平明显增高。用此系统证实了P53蛋白与
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Gβ，Gβγ与腺苷酸环化酶Ⅱ在酵母双杂交和三杂交系统中的相互作用
摘 要：目的
探讨G蛋白β和γ亚基在Gβγ与效应器相互作用中的地位，特别是γ亚基在此相互关系中的作用。方法
利用酵母双杂交和自行构建的酵母三杂系统分别研究Gβ1和Gβγ2与腺苷酸环化酶Ⅱ（ACⅡ）的相互作
【题　名】Gβ，Gβγ与腺苷酸环化酶Ⅱ在酵母双杂交和三杂交系统中的相互作用
【作　者】李旌军 黄秉仁 等
【机　构】[1]中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所医学分 [2]中国医学科学院中国协和医科大
【刊　名】《中国医学科学院学报》 2001年第23卷第2期,115-118页
【关键词】Gβγ 腺苷酸环化酶Ⅱ 酵母三杂交系统 酵母双杂交系统
【文　摘】目的
探讨G蛋白β和γ亚基在Gβγ与效应器相互作用中的地位，特别是γ亚基在此相互关系中的作用。方法
利用酵母双杂交和自行构建的酵母三杂系统分别研究Gβ1和Gβγ2与腺苷酸环化酶Ⅱ（ACⅡ）的相互作用。结果
发现酵母三杂交系统中AD－β、γ2和BD－ACⅡ间的朴素作用明显强于双杂交系统中AD－β、和BD－ACⅡ的相互作用。对BD－ACⅡQ和AD－β、在酵母双杂交系统和三杂交系统中的表达进行免疫印迹杂交分析，发现其表达水平与β、兰乳糖苷酶活力大小无关，即酵母三杂交系统和双杂交系统中相互作用的显著差别不是由BD－ACⅡQ和AB－β1蛋白表达水平的差异所造成。结论
β亚基对维持Gβγ与ACⅡ的相互作用十分重要，而γ亚基的存在显著增强了β亚基与ACⅡ的相互作用，对维持Gβγ与ACⅡ的高亲和性很重要。
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交文库筛选介绍
在交系统中，编码诱饵蛋白和靶蛋白的基因分别克隆进BD和AD 载体，这样使得待研蛋白可融合表达GAL4 DNA 结合结构域和GAL4激活结构域。以上的两种载体共转化酵母细胞。如果诱饵蛋白和靶蛋白能够相互作用，那么GAL4 DNA 结合结构域和GAL4激活结构域就会相互作用，从而激活lacZ报道基因的表达。最终通过转化的酵母的表型来确定诱饵蛋白和靶蛋白是否有相互作用。
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文库筛选项目流程
交文库筛选样品要求
构建好的BD质粒或者已连到其他载体上的质粒（需提供诱饵基因序列），如果AD文库不是欧易公司构建需额外提供构建好的AD文库质粒或已转到酵母菌的酵母工作液。
● 1. 如何选择还是进行筛库？
根据诱饵基因的蛋白结构决定，如果诱饵基因定位在核内选择核系统；如果诱饵基因定位在膜上则选择膜系统；定位在细胞质蛋白可以用核体系也可以用膜体系，最好用膜体系。
● 2. 如何选择共转还是mating的方法进行筛库？
都可以，对于核系统欧易生物这两种筛库方法都有丰富的经验，但是膜系统只有共转一种筛库方法。
● 3. 如果诱饵基因有自激活怎么办？
如果诱饵基因有自激活现象，建议找出该基因的激活区域，然后将激活区域删除后重新构建BD质粒。
案例一：FTCD参与肝癌的发生与发展
研究背景：
Hypoxia-inducible fact ors (HIFs)在肝癌的发生发展中发挥着重要的作用。HIFs包括HIF-1ɑ和HIF-1β。其中，相关研究表明HIF-1ɑ的过表达可促进血管生成和肝癌的侵袭。
研究内容：
本研究采用交筛选与HIF-1ɑ互作的蛋白，随后采用real t ime PCR、Co-IP、双荧光素酶报告系统、ChIP、细胞侵袭、细胞增殖等进一步验证候选蛋白FTCD与HIF-1ɑ的相互作用，并分析其在肝癌发生发展中所介导的调控网络。研究表明：FTCD可与HIF-1ɑ互作，且FTCD通过hypoxia-HIF signaling&pathway参与肝癌的发生发展。
HIF-1α与F TCD互作
研究结果：
● 1. 将HIF-1ɑ cDNA序列亚克隆至pGBKT7载体，随后将其与Human Liver Matchmaker cDNA Library pACT2杂交来筛选其互作蛋白。共筛选到53个互作蛋白，其中包括formiminotransferase cyclodeaminase (FTCD)。FTCD被鉴定为肝癌的一个新的biomarker，因此将FTCD作为后续实验的研究重点。实验验证了HIF-1ɑ与FTCD之间的相互作用。此外，Co-IP也验证了HIF-1ɑ与FTCD之间的相互作用。
● 2. 为验证FTCD是否是hypoxia-induced gene，将HepG2, HeLa, A549, 293T cell分别进行低氧处理，并在mRNA和蛋白水平检测FTCD的表达。Real time PCR和WB结果表明：低氧处理可诱导FTCD的上调表达，且FTCD随着HIF-1ɑ 或HIF-2ɑ的下调而下调。
● 3. 在FTCD的启动区鉴定到hypoxic response element (HRE)，将HRE克隆至荧光素酶报告系统，研究表明：低氧处理可激活FTCD启动子。此外，ChIP分析表明，HIF-1ɑ可与FTCD的HRE结合。这些结果表明：在低氧情况下，HIF-1ɑ可直接调控FTCD的转录。
● 4. 为验证FTCD是否可调控HIF-1ɑ的转录激活。在低氧环境下，HIF-1ɑ的转录活性随着FTCD 敲降而显著降低。此外，在低氧环境下，FTCD的下调：1）显著减低HIF-1ɑ靶基因（Glut1、ENO1、VEGF、LDHA）的表达；2）减少葡萄糖消耗和乳酸产生；3）显著抑制HepG2 cells的增殖及侵袭；4）增强HepG2 细胞的化疗敏感性。
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上海张江生物医学服务联盟
上海张江生物医学服务联盟（SH ZJ Biomedical Service Alliance，简称BSA），由上海张江地区的多家从事生命科学及生物医药科研服务企业发起成立的企业协作联盟。
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