2016，华大基因的这一年 - 推酷
2016，华大基因的这一年
【编者按】日，在李克强主持的国务院常务
会议上通过了“十三五”国家科技创新专项规划，明确以创新型国家建设引领和支撑升级发展，并大力推动精准医疗等重点领域的发展。
本文回顾了华大基因快速发展的2016年。华大基因正一步步成为中国产业创新发展的中坚力量。
本文转载自微信公众号“华大基因”；由亿欧编辑整理，供行业人士参考。
发布首款国产测序仪BGISEQ-50，破译物种基因组及人类疾病奥秘，运行我国首个且唯一的国家基因库，圆满举行第十一届国际基因组学大会，成立农业集团，启动蓝色彩虹孵化与创投平台，携手全球科研、产业机构，布局“新战场”至澳洲等地......华大基因的2016，科技创新与产业发展并肩，一步一个脚印地向着“基因科技造福人类”的梦想前行。
岁末之际，我们与您一起回顾华大基因2016这一年，年终盘点系列即将开启，我们将从过去的一年的华大基因的前进足迹中，感知生命科学时代的氛围与趋势，以多样的形式讲述这一年的华大蜕变。
今年的测序仪风头正劲。三代测序仪首次完成人类基因组测序，掌上测序仪帮助人类首次实现在太空测序，国产测序仪又迎来两项新发布：BGISEQ-500n与BGISEQ-50。无论基于BGISEQ-500提出的测序应用整体解决方案BGISEQ-500n，还是高通量台式测序系统BGISEQ-50，华大基因在国产测序仪自主研发的道路上，实现了高端“智造”的中国梦。
历经5载风雨和积淀，国家基因库终于破壳而生。作为我国首个且唯一的基因“国库”，它以“三库两平台”的业务结构和功能，搭建起基因资源挖掘的基础性支撑及公共服务平台。新的综合数据库——GE MAP发布、RES-Scanner的RNA编辑位点检测软件发表、真菌蚂蚁、五步蛇等最新研究成果公布……新生的国家基因库锋芒初现，以令人瞩目的成果向全球展现了我国在基因领域的实力。
七年磨一剑，华大农业集团正式成立，标志着华大基因全面启动现代农业产业的步伐。华大农业依托强大的集团强大的科研平台，目前在基因组层面，破译了全球三分之二与农业相关的物种，累计完成超过20000份农业物种基因组数据获取，拥有超过70%的全球农业基因组数据。通过分子育种和水产养殖模式的创新，华大与全国的合作伙伴一同在“精准农业”、“精准扶贫”、“精准营养”的道路上迈进。作为华大集团重要的成员，华大农业集团的成立将为中国现代农业发展写上浓墨重彩的一笔，为科技创新推动的现代农业产业链的发展奠定基石。
精益求精，造福百姓。这一年，NIFTY&成为全球首个逾百万用户数的无创产前基因检测，承载着中国预防出生缺陷领域里程碑式的价值；&PMSeqTM软件获批为国内首款病原微生物基因检测软件，标志着感染病诊疗进入精准医学时代；遗传咨询在线、疾因搜掌上诊断助手的重磅推出，为患者、临床用户提供个性化辅助诊断在线咨询服务；金丝带肿瘤预防在线的正式上线，标志着通过“自取样”和“互联网”的结合让中国人群的HPV大规模筛查成为可能；“爱不罕见，我们同并相联”、“永久免费为重症地贫HLA免费配型发布”、“深圳女性远离两癌倡议”等多个公益活动的启动实施，依托领先的基因技术保障，一次次表明华大不忘社会公益的初心；以河南长垣、重庆渝北、贵州黔西南、安徽太和为重要代表的民生项目落地开花，让百姓能够在常规诊疗中享受基因科技产业化成果的“人人服务”。
集成智慧、催化科技。这一年，BGISEQ-500产品不断上新，使测序跨入百元人民币时代；BGISEQ WGS发布，宣告WGS进入百元美金时代；亚洲首台最新三代测序仪Sequel落户武汉华大；华大基因在阿里云平台部署的服务产品BGI Online国内beta版本上线，堪称基因行业的应用商店；由英特尔、阿里云、华大基因联手构建的精准医疗平台BGI Online基因计算一体机正式对外发布，中国人距离24小时完成一个人全基因组测序和分析的梦想又近了一步；首届基因组云计算技术开发者大会（GCTA）圆满举行，将加快生物信息与云计算技术的融合……科技力量正在造福世界。
通过一根网线就能获得处理数据的能力，是BGI Online的使命。24小时完成储存峰值超10T、计算任务超1000个的87个家系分析，21小时47分12秒内完成了1000例人类全外显子组数据的分析，17小时完成了100例自闭症基因组的分析，日上线的BGI Online，已经部署了171个工具，38个流程，处理了近170T数据，全面支持国产临床级测序仪BGISEQ-500，展现出该平台对于基因数据“传、算、存、管”的卓越能力。
还有华大运动成立，生命科技开启精准运动之门；华大司法最新发布的法医专用测序仪FGI 5500应用于司法领域；GigaScience的SCI影响因子位列综合性期刊全球第六……
精彩的故事无法尽诉，但华大基因会一直践行着自己的理念——基因科技造福人类。华大的精彩，也是生命科学的魅力。
再见2016，你的故事，我们自会铭记在心；你好2017，你的精彩，我们已经迫不及待！
已发表评论数()
请填写推刊名
描述不能大于100个字符!
权限设置： 公开
仅自己可见
正文不准确
标题不准确
排版有问题
主题不准确
没有分页内容
图片无法显示
视频无法显示
与原文不一致细胞库/细胞培养
ELISA试剂盒
实验室仪器/设备
原辅料包材
体外检测试剂
内幕！不为人知的华大基因
点击次数：
2010年，比尔?盖茨(Bill Gates)参观了中国深圳郊区一个工业区的一栋寻常建筑。里面一排排的高科技机器在嗡嗡作响，这个地方可能很容易被误认为一个无名数据仓库。但那天，盖茨和盖茨基金会(Gates Foundation)中国项目主任叶雷(Ray Yip)看到了其他的东西。当他们参观华大基因(BGI)总部时，在这家生物科技公司工作的科学家们的伟大理想让二人震惊不已。在该公司里面，150多台先进基因测序仪正每天对数千个人类基因组进行分析。该公司的目标是基于数百万人的DNA建立一个大规模数据库。华大基因的高管不认为这是终极目标，而是新药开发、高级基因研究和公共健康政策改革的一个跳板。“我们吃了一惊，”叶雷回忆道，“我们从没想过我们会发现这么具有创意的方式。他们独树一帜，开放且自由。”自从初次参观以来，盖茨基金会的工作人员一直与华大基因在各种基因组研究项目上展开合作，从大米基因组测序到癌症基因组项目合作。盖茨基金会还与很多组织一道，向华大基因提供资金，其中还包括硅谷风投企业红杉资本(Sequoia Capital)。“多数人只是将他们视为DNA分析服务提供商，”华大基因的一位投资者表示，“实际上，他们正在建立的数据库将让他们变得强大可畏。”华大基因的投资者表示，该公司代表着中国新型科技公司。长期以来，在创新和知识产权方面，中国企业一直被视为抄袭者（如果不是彻头彻尾的偷窃者的话）。西方人普遍看不起中国的知识产权创造。然而，华大基因与深圳其他企业一道，可能会很快改变这种形象。华大基因的很多高管在国外受过教育，不那么畏惧体制或者看重中国的既成经商模式。该公司的科学家为国际杂志撰文，并经常申请专利。该公司与欧美有名望的机构合作，其研究成果也开始得到国际竞争对手的尊重。“我们代表着中国新型国际企业，”华大基因年轻的首席执行官王俊表示，“中国有合理机会成为世界舞台上的佼佼者。我们的技术可以改变世界。”王俊毕业于北京大学生命科学系，研究人工智能。华大基因的发展并非一个简单的中国崛起的故事，也不代表着中国国家资本主义模式的成功。实际上，华大基因与北京方面有着矛盾的关系，代表着对中国教育和研究模式的挑战。该公司最初名为北京华大基因研究中心(Beijing Genomics Institute)，在中国科学院的支持下创建。（该中心是人类基因组计划(Human Genome Project)的参与者之一。）但对于其近来的成功，来自北京的影响有好有坏。“在这里，你可能很聪明，但在美国你可能会变得更聪明，”一位曾在美国生活和工作很长时间的员工表示，“在这里的思维环境下，很难有创造力。”这可能有些夸大其词，但很多批评者认为中国教育体系的结构会限制创新。“中国体系非常排外，”一位驻北京学者表示，“政治性非常强。你有两个选择，要么离开中国蓬勃发展，要么达到不需要北京的钱的地步。”然而，华大基因的卓越表现给人们带来希望：中国可能会吸引那些在美国一流大学毕业后通常选择继续待在国外的最优秀学生回国。2007年，华大基因决定离开北京，选择在与香港毗邻的深圳设立总部。“深圳距离北京很远，”华大基因一位投资者在谈到总部搬迁时表示，他认为此举是要让该公司脱离政治控制。“在北京，你不可能独立。”鉴于深圳的历史，这或许并不令人意外。深圳被列为“经济特区”，在邓小平开始在中国实行改革开放后，这里成为资本主义的首个实验区。玩具企业和跑步鞋制造商将大型工厂设在那里，工人也纷纷迁移到这个新城市。如今，这些工厂中很多已关闭，它们的业务则迁到劳动力更便宜、成本更低且对污染问题不那么重视的地区。如今，深圳成为了中国的科技孵化器。深圳时间较长的资本主义经验以及毗邻香港的地理位置，加快了深圳转型的速度。中国电动汽车制造商比亚迪(BYD)、电信设备制造商华为技术(Huawei Technologies)以及互联网门户腾讯(Tencent)的总部都设在这里。地方政府政策也在这种转型中扮演了重要的角色。深圳向具备潜力的企业提供拨款，并为他们提供廉价的办公场所，同时缔造了一个延伸到香港的生态系统。深圳最初是很多科技组装企业的所在地，因此这里也聚集了许多熟悉这个行业的人才，他们开办了很多初创企业。接着，这些富有的企业家又孕育出风投行业。针对规模较小且较为年轻的企业的深圳证交所（与侧重大型国有企业的上海证交所形成对比），让风投资本家可以将他们投资的企业上市，创造一个持续发展的良性循环。一些最优秀的大学还在深圳设立了校区。深圳吸引着那些不甘于平淡且雄心勃勃的人，还吸引了那些特立独行的人，其中就包括华大基因的这些创始人。其中有几人在上大学时辍学，还有人没有接受过正规高等教育，因为“文化大革命”扰乱了他们的生活。几乎没有人是党员。“他们自我放逐，远离了传统的政府和科研资金体制，”一位投资者表示，“（当局）原谅了他们，仅仅是因为他们让中国面子上有光。”在华大基因简单朴素的办公楼里，墙上悬挂着各种照片，从克隆猪到登上珠峰的该公司联合创始人汪建。汪建在国外生活多年，包括在西雅图的华盛顿大学(University of Washington)担任高级研究员。另一位创始人杨焕明也曾在国外留学，他在哥本哈根大学(University of Copenhagen)获得博士学位。在基因组领域，中国具备很多优势。投资者表示，DNA测序更多在于电脑计算能力和数据挖掘，而不是实验室突破。鉴于中国拥有13.5亿人口，中国的潜在数据库超过全球任何其他国家。一家公司拥有的数据库越大，其竞争优势也就越大，信息收集和分析的成本也更低。另外，华大基因拥有大约2000名博士学位员工，大概是中国企业中最多的，而将这么多人才聚集到一起，华大基因需要付出的薪资只是美国企业的几分之一。然而，还有一些潜在的问题让外部人士感到不安，特别是缺乏强大的隐私保护、知识产权以及与临床实验有关的严格协议。但华大基因及其支持者坚称，该公司遵循着该行业的最佳惯例，尽管一些人指出，缺乏知识产权保护意味着创意可以更快速地实施。尽管华大基因的根基在中国，但该公司正努力变得更国际化。2013年，该公司以近1.18亿美元的价格收购总部位于加州山景城的DNA测序公司Complete Genomics。在Complete Genomics竞争对手Illumina（目前市值为280亿美元左右）迟迟才发出竞购要约后，这笔交易圆满落幕。华大基因还克服了政治阻力，成为首家成功收购美国上市公司的中国企业。华大基因是Illumina最大单一客户，占其DNA测序仪订单的40%，每台设备售价高达50万美元。在收购Complete Genomics后，这可能会发生变化，因为华大基因计划引入新型基因测序仪。华大基因未来还面临着其他挑战。它是一家不同寻常的公司，一只脚踏入纯研究领域，另一只脚则希望迈入研究成果的商业应用开发。在美国科技行业，这种结构曾经更为常见，贝尔实验室(Bell Labs)和施乐帕克研究中心(Xerox Parc)的研究人员就曾获得资金和时间去展开雄心勃勃的研究项目。最近几年，美国投资者则不那么愿意为那些可能不会盈利的大型研究项目提供补贴。汪建表示，他理解这种紧张关系。“如果我们过于商业化，我们会看不到未来，”他表示，“但如果我们只考虑未来，也不合适。”这种双重任务意味着，确定哪个优先并不容易。他们必须既有梦想，同时又要成为商业战略家，在基础研究的要求和更多的商业行为之间实现平衡，例如开发诊断设备和测试。竞争对手在增多，国内国外皆如此。对于谷歌(Google)和微软(Microsoft)等美国大型科技公司（它们已经身处信息产业）而言，进入基因组学领域并非巨大的飞跃。而电商企业阿里巴巴(Alibaba)正与华大基因共享数据处理能力，搜索引擎百度(Baidu)也已收购一家数据实验室，这意味着中国可能会出现同样的情况。此外，一直有人质疑，基因组测序能多快产生可靠的信息，并开发成对消费者有益或消费者买得起的产品。华大基因及其很多竞争对手都没有取得非常可观的盈利，不过这在中国不那么重要，因为在这里，地方政府、与政府相关的投资基金以及中国国家开发银行(CDB)会提供资金支持。Complete Genomics挂牌出售的首要原因是该公司财务状况不佳，随着美国政府削减基础研究预算，未来几年，这一差距很有可能会拉大，这对中国有利。“他们发展非常迅速，他们涉足了很多方面，”叶雷表示，“他们有测试创意和犯错的自由。如今，他们必须决定如何保持焦点。”
wudihero007
本网站所有注明“来源：丁香园”的文字、图片和音视频资料，版权均属于丁香园所有，非经授权，任何媒体、网站或个人不得转载，授权转载时须注明“来源：丁香园”。本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的，且明确注明来源和作者，不希望被转载的媒体或个人可与我们联系，我们将立即进行删除处理。
发表评论：
请或后，发表评论
按Shift+Enter提交
丁香通采购热线：400-
Copyright (C)
DXY All Rights Reserved.经过十七年的发展，华大基因足迹遍布全球。截至2016年7月，已覆盖中国（内地、香港、澳门、台湾）、南北美洲（美国、加拿大、巴西、乌拉圭、哥伦比亚、智利、墨西哥等）、欧洲（意大利、斯洛文尼亚、马其顿、塞浦路斯、阿塞拜疆、希腊、波兰、俄罗斯、土耳其、匈牙利、马耳他、捷克、斯洛伐克、罗马尼亚、保加利亚、圣马力诺、法国、西班牙、葡萄牙、瑞士、英国、爱尔兰、丹麦、挪威、芬兰、瑞典、荷兰、比利时、卢森堡、德国、奥地利等）、非洲（南非、尼日利亚、亚美尼亚等）、亚太（马来西亚、文莱、新加坡、菲律宾、泰国、越南、伊朗、巴林、阿联酋、以色列、沙特、科威特、约旦、阿曼、印度、斯里兰卡、巴基斯坦、哈萨克斯坦、日本、韩国、澳大利亚、新西兰等）等60多个国家和地区。
自成立以来，华大基因坚持“以任务带学科、带产业、带人才”，先后完成了国际“人类基因组计划”中国部分（1%，承担其中绝大部分工作）、国际人类单体型图计划（10%）、第一个亚洲人基因组图谱（“炎黄一号”）、水稻基因组计划、大熊猫基因组计划等多项具有国际先进水平的基因组研究工作，彰显了世界领先的测序能力和生物信息分析能力，也奠定了中国在基因组学研究领域中的国际领先地位。
1999年以来，华大基因发表论文2097篇，SCI收录的有1701篇，其中华大一作文章1049篇，华大通讯文章899篇，华大一作且通讯文章776篇，作为第一作者第一位或通讯作者最后一位单位发表论文782篇；在GCNNS上发表文章共计291篇（GigaScience上42篇，Nature及子刊杂志206篇，Science及子刊31篇，Cell系列10篇， New
Engl J Med上2 篇），其中华大一作文章169篇，华大通讯文章161篇，华大一作且通讯文章137篇，作为第一作者第一位或通讯作者最后一位单位发表论文105篇。（统计截至日，以上数据均不包含会议文章）。华大基因名列《2013年亚太地区自然出版指数》亚太地区科研机构第十七名，全球第八十七名，《2015中国自然出版指数》增刊中，华大基因在《自然》和《科学》的发表指数中排名全国第三。2016年4月20日，《自然》发布2016自然指数排名中，华大基因名列中国产业机构首位、全球产业机构第12名。
同时，华大基因在全球范围内与众多学术机构和研发企业建立了广泛的合作关系，致力于在人类健康服务事业和科技应用领域的发展。
&&华大基因建立了测序、质谱、基因工程、信息计算等技术平台，根据研究需要建立了人类健康、动植物、微生物、海洋生物等研究平台，并作为核心单位参与国家基因库的构建，进一步促进基因组学研究成果向医疗健康、环境应用、生物育种等方面的转化。
& 在未来发展中，华大基因将依托先进的测序和检测技术、高效的信息分析能力、丰富的生物资源，以多学科结合的新型生物科研体系为基础，丰富和完善核酸研究、蛋白研究、生物信息等平台，为全球的科研工作者提供创新型生物研究的科技服务，进一步推动基因组学研究、分子育种、医疗健康、环境能源等领域的科研发展。同时，为广大普通民众提供前沿生物科技在医疗、农业、环境及能源等领域的应用服务。真正做到科技惠民，为我国生物经济产业的战略发展奠定基础。
&华大基因将实现大平台、大数据、大科学、大产业、大民生的贯穿。通过产业联盟合作，形成集群与中心，构建生命科学与生物医药最具影响力的资源数据库，服务全社会，成为中国战略新兴产业和生物经济发展的先行先试者。
华大基因（总部）
电话：400-605-6655（临床业务咨询）
电话：400-706-6615（科技服务咨询）
电话：+86-8（前台））
传真：+86-0
新浪微博：
微信：添加“华大基因(微信号BGI1999)”为好友
邮编：518083
地址：深圳市盐田区北山工业区11栋
版权所有2015华大基因 All Rights Reserved华大基因的“最强大脑”--百度百家
华大基因的“最强大脑”
分享到微信朋友圈
华大基因正在雄心勃勃地启动“百万人基因组”项目，由此需要收集的数据量将高达10EB（1EB等于10的18次方个字节），数据的参数规模将达到1-10亿，已经超过了BAT三大互联网公司拥有的数据量。无论从哪个方面来看，这都是个大数据和超级计算计划。
未来，也许只需要一口唾沫，你就能够未卜先知，将潜在的疾病扼杀在发病之前；只需要一块皮下组织，你就能够克隆出新的器官并替换损伤的器官，从而极大地延长自己的生命。而这些，都依赖于科学家去发现人类基因背后的奥秘。
这就需要对人类的基因组进行测序和分析，才能找出其中的规律。但是，这在过去几乎是不可能完成的任务，因为基因组的数量是如此之大，大到了超越目前的计算能力。一个小小真菌，比如酵母的基因组总量就有10Mb，而一个人的全基因组则是3Gb（3000Mb），也就是30亿个碱基，如果将全部测序数据打成文字排成书，这本书的厚度将超过100米。此外，由于受到技术和方法学的限制，每个人至少要测100Gb也就是基因组的30倍以上，才能得到相对准确的全基因组数据。
为了完成一个人的全基因组测序，需要花费多少时间、多少金钱？1987年初，“人类基因组”计划开始立项，1990年，项目正式启动。经过美、英、日、法、德、中多国科学家的努力，终于在2003年4月完成了全部工作。当时，华大基因牵头，国家基因组南方中心、北方中心共同参与，承担了其中1%的基因组测序及分析工作。总共算下来，“人类基因组”花费了16年的时间和30亿美元，才完成了第一个白种人的全基因组图谱绘制工作。
不过，当华大基因在日完成第一个黄种人的全基因组图谱绘制（该项目也被称为“炎黄一号”）的时候，才不过花了一年的时间和区区1000万人民币。
这要得益于第二代基因测序技术的出现。与第一代基因测序技术相比，第二代最显著的特征是高通量，一次能对几十万到几百万条DNA分子进行序列测序，从而大大地提升了测序速度和通量，从而极大地降低了成本。不过，第二代基因测序技术需要更高速的计算能力配合。在生物技术特别是基因组技术的发展进程中，是计算能力而不是测序技术成为了瓶颈。
早在参加“人类基因组”项目的时候，华大基因就已经洞悉了这个“秘密”。从那个时候开始，华大基因开始采购小型机以提升自身的计算能力，其采购的服务器也从SGI&O2升级到了曙光。有了强大的计算能力，华大基因得以在2002年顺利完成水稻基因组的测序和组装工作，只用了不到一年的时间，而日本同行却用了8年的时间，花费也是华大基因的7倍以上。
从2005年开始，华大基因发现仅仅采购小型机已经不能够满足基因测序的饕餮胃口了，于是尝试购买X86通用服务器，自己搭建分布式集群计算系统。据华大基因副院长方林回忆，当时他们先用办公室里的几台PC搭建了一个集群系统，用了感觉比较成熟之后才开始大规模地采购X86通用服务器。在这个过程中，他们参考了曙光4000的技术标准，也做了不小的改进。例如，当时的曙光4000没有硬盘，而华大基因的计算对于交换分区的性能要求比较高，于是专门给服务器配了硬盘。
如今，华大基因已经建立起了2000多台服务器的分布式集群计算系统，技术架构也从过去传统的分布式计算转向了Hadoop等云计算架构。华大基因的集群计算能力达到了200万亿次/秒，能够进入2013年全球高性能计算的前100名。强大的计算能力与测序能力一起，使得华大基因超越美国的Broad、英国的Sanger等海外知名的测序中心，成为全球最大的基因组学研究机构。
依托强大的计算能力，华大基因正在雄心勃勃地启动“百万人基因组”项目，它计划同时完成百万数量级的人类基因组、蛋白质组、代谢组、表型组等一系列数据收集分析工作。据华大基因估计，由此需要收集的数据量将高达10EB（1EB等于10的18次方个字节），数据的参数规模将达到1-10亿。要知道，目前国内的BAT三大互联网公司拥有的数据量也不过只有EB级别，数据的参数规模则只有千万级别。无论从哪个方面来看，这都是不折不扣、名副其实的大数据计划。
显然，仅仅依靠华大基因自己的计算资源，已经无法搞定这件事情了，好在还有已经建成的国家队——天河超级计算机。目前，华大基因已经分别与天津超级计算机中心（计算能力4700万亿次／秒）、广州超级计算机中心（目前计算能力已达5亿亿次／秒，总设计能力将达11亿亿次／秒）达成了合作，将利用这两大中心超强的计算能力，早日完成“百万人基因组”项目。由于需要的计算量是如此之大，以至于当项目启动之后，将占用天津超级计算机中心10%、广州超级计算机中心30%的计算资源！
2013年3月，华大基因完成了收购美国基因测序公司Complete&Genomics的壮举。这次收购一方面将降低华大基因对上游仪器生产商的依赖，另一方面也将深远影响世界基因测序竞争格局，大大降低基因测序的服务成本。随着超高通量测序技术和超级计算能力的完美结合，华大基因有望在两年后将个人全基因组测序成本降低到数千人民币甚至更低。
看来，BT（生物技术）要取得进一步的发展，仍然离不开老冀一直关注的IT（信息技术），离不开包括大数据和超级计算在内的“最强大脑”。
阅读：8579
分享到微信朋友圈
在手机阅读、分享本文
还可以输入250个字
推荐文章RECOMMEND
阅读：10万
阅读：10万
热门文章HOT NEWS
著名笑星陈佩斯阔别荧屏这20年，他都经历了什么
百度新闻客户端
百度新闻客户端
百度新闻客户端
扫描二维码下载
订阅 "百家" 频道
观看更多百家精彩新闻}