急求 基因启动子上游序列 转录因子结合位点预测
请教大家，一直有个难题困扰我很久了。我想研究某个基因的自身的表达调控，想到在其转录位点上游找可能的转录因子结合位点，并希望能实验验证？那该如何做呢？谢谢！
Copyright &
All Rights Reserved.网站备案号：医学会议频道
MedSci梅斯医学APP下载
2017自然科学基金查询与分析系统(基础查询版)
支持模糊智能搜索，多关键词组合
NSFC基金分析链接： &&&&
&& &&&& && &&
项目名称基于CHIP-SEQ数据的microRNA启动子区域预测及转录因子结合位点分析
负责人& 副教授
批准金额20 万元
所属类别青年科学基金项目
阐明基因转录调控与转录后调控机制是后基因组时代的研究热点。microRNA是转录后调控基因表达的一类重要非编码RNA，近年来，生物学家揭示了许多microRNA的生物特性及其与疾病的关系，但对microRNA初始转录产物特性的研究进展缓慢。CHIP-SEQ数据的出现，为发展生物信息学方法，预测microRNA基因的启动子及转录因子结合位点，从而更好地阐明初始转录产物的生物学特性奠定了基础。本课题依托RNA聚合酶Ⅱ及组蛋白各种修饰的 CHIP-SEQ数据，研究基于CHIP-SEQ数据的启动子区域表示模型，设计模式参数学习算法在microRNA上游区域预测启动子，分析启动子基因组特征及转录因子结合位点；开发microRNA启动子预测软件及数据库系统，完善对microRNA初始转录产物的注释。本课题成果将为生物学家研究microRNA基因结构及microRNA中潜在的基因调控机制提供有力支持。
结题摘要microRNA（miRNA）是一类重要的转录后调控基因表达的非编码RNA，大约50% miRNA位于编码基因的内含子中，其它位于基因间区域或者已注释基因的反义链上。内含子miRNA的转录受控于它们的宿主基因的启动子，但是对于基因间miRNA的初始转录产物的特性基本上还是未知的，尤其是miRNA的启动子区域的识别依然是个难题。本课题利用已知蛋白质编码基因转录起始位点区域的RNA聚合酶ⅡCHIP-SEQ数据，构建CHIP-SEQ数据在启动子区域的表示模型，设计最大似然法与粒子群优化算法相结合的启动子区域学习算法，学习CHIP-SEQ 数据在注释基因转录起始位点区域的模式，根据此分布模式对miRNA的上游区进行搜索，预测相关miRNA启动子。算法在乳腺癌和宫颈癌RNA聚合酶ⅡCHIP-SEQ数据集中，分别预测出72和83个miRNA的启动子，经过基因组分析，这些启动子序列有高度的保守性，大部分启动子与CpG岛重叠，而且组蛋白修饰的信号特征也与蛋白质编码基因的启动子类似。在宫颈癌细胞中预测的miRNA启动子上，我们分析了转录因子STAT1对miRNA的调控功能，并找到了STAT1的协作因子AP1 和 C/EBP，并构建转录因子与miRNA的调控网络。课题组发现在一些双向启动子区域，RNA聚合酶II呈现双峰的分布，这意味着在双向启动子区域有两个独立的启动子。我们将单个启动子的CHIP-SEQ 数据的表示模型扩展为双启动子模型，提出了一个双向启动子的调控区域识别算法。在宫颈癌细胞系里，识别出249个双启动子和1094个单个启动子，其中76个启动子只覆盖了正链的基因，86个启动子只覆盖了反链的基因，932个基因覆盖了两个基因。基因表达数据显示单个启动子调控基因表达具有位置偏好型，STAT1更愿意结合具有启动子特征的调控区域。课题在执行过程中，已发表学术论文9篇，其中SCI检索5篇，EI检索2篇，目前在投论文2篇。课题组2009年10月在 “CAMDA 2009” 国际会议上获得唯一奖项“Best Presentation Award”，文章被推荐到PLoS One期刊上并在2010年发表。2011年此篇文章获得第十二届黑龙江省自然科学技术学术成果奖二等奖。课题组所在实验室目前培养参与本课题工作的博士研究生2名，在读博士研究生1名；培养硕士研究生3名，在读硕士研究生3名。
ClinicalTrials
关注Medsci
声明：MedSci(梅斯医学)登载此文出于传递更多信息之目的，并不意味着赞同其观点或证实其描述。文章内容仅供专业医生参考，具体诊断和治疗请咨询专科医生。
MedSci备案号
扫码领取IF曲线
IF连续增长的期刊小木虫 --- 500万硕博科研人员喜爱的学术科研平台
&&查看话题
新手，求助一个问题，如何验证转录因子与目的基因互作？有哪些方法呢？
RT-qPCR实验筛选出了几个差异表达的基因，对这几个基因启动子区域分析，表明启动子区域含有一个能与ARF转录因子结合的顺式作用元件，但是用什么方法能验证ARF转录因子真的结合在该基因的启动子上呢？先前实验室只做到定量表达分析上，没有做过验证，有什么方法能验证蛋白质与DNA的结合呢？
送公司把，估计一两k就出来了，酵母杂交实验要建酵母体系，很麻烦，凝胶阻滞实验要用到放射性同位素。
这个不清楚，我们课题组去年也遇到这问题，最后定的做酵母，因为我们的转录因子还设计到与其他蛋白形成异二聚体的问题，所以单杂双杂一起做了，就没有考虑免疫共沉淀和凝胶阻滞实验。
研究生必备与500万研究生在线互动！
扫描下载送金币
浏览器进程
打开微信扫一扫
随时随地聊科研ABS:Annotated regulatory binding sites from orthologous promoters:
ACTIVITY:Functional DNA/RNA site activity:
CisRed:Human regulatory DNA sequence motifs:
DBD:Transcription factor prediction database:
DBTBS:Bacillus subtilis promoters and transcription factors:
DoOP:Database of orthologous promoters: chordates and plants:
DPInteract: Binding sites for E. coli DNA-binding proteins:
EPD: Eukaryotic promoter database:
Extra-TRAIN:Extragenic regions and transcriptional regulators in bacteria and archaea:
HemoPDB:Hematopoietic promoter database:
HTPSELEX:Transcription factor binding site sequences obtained using high-throughput SELEX method:
InsulatorDB:Insulator regulatory elements in vertebrate genomes:
JASPAR:PSSMs for transcription factor DNA-binding sites:
MAPPER: Putative transcription factor binding sites in various genomes:
MPromDB:Mammalian promoter database:
PLACE:Plant cis-acting regulatory DNA elements:
PlantCARE:Plant promoters and cis-acting regulatory elements:
PlantProm:Plant promoter sequences for RNA polymerase II:
PRODORIC:Prokaryotic database of gene regulation networks:
PromEC:E. coli promoters with experimentally-identified transcriptional start sites:
SELEX_DB: DNA and RNA binding sites for various proteins, found by systematic evolution of ligands by exponential enrichment:
TESS:Transcription element search system:
TiProD:Tissue-specific promoter database:
TRACTOR db:Transcription factors in gamma-proteobacteria database:
TRANSCompel?:Composite regulatory elements affecting gene transcription in eukaryotes:
TRANSFAC?:Transcription factors and binding sites:
TRED:Transcriptional regulatory element database:
TRRD:Transcription regulatory regions of eukaryotic genes:
Human TF repertoire:
luscombe laboratory:
Teichmann laboratory:
Ensembl Compara database:
Ensembl Genome Browser:
Gene Ontology Home:
RegulonDB:
sUPERFAMily:
TRAnsFAC: http://www.
阅读(...) 评论()关注今日：4 | 主题：104598
微信扫一扫
扫一扫，下载丁香园 App
即送15丁当
有谁会用genomatix查询基因启动子区域并预测转录因子结合位点吗？
页码直达：
我用PROMO（TRANSFAC 8.3版），自己输入的目的基因前2000个bp作为启动子区域，查到我要的转录因子位点了，在前1300bp左右位置。但是再用genomatix查询，是直接填写基因名称然后选择启动子的，似乎只能默认前600左右bp为其启动子区域，然后查的结果就不一样了，感觉genomatix更专业，也是收费的，不知道这个启动子区域他们是怎么定的，能不能自己设置成前2000bp查询？还是说他的启动子区域就已经确定了是前600bp左右？1.PROMO 2.我的genomatix账号过期了，好像要填写个问卷才能再给几天免费使用权，这个是介绍，要使用可以注册登陆，有几天免费试用
不知道邀请谁？试试他们
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
你好，能跟我说一下PROMO怎么用的吗，step II粘贴启动子序列后就变成下图这样了怎么找可能结合的位点啊?请赐教！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
你好，你现在知道怎么预测一个基因的转录因子了吗？或者某个转录因子是否能调控已知的基因？菜鸟一枚，望大神指教！
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
关于丁香园}